-
હાઇ-સી આધારિત ક્રોમેટિન ક્રિયાપ્રતિક્રિયા
હાઇ-સી એ પ્રોબિંગ પ્રોક્સિમિટી-આધારિત ક્રિયાપ્રતિક્રિયાઓ અને હાઇ-થ્રુપુટ સિક્વન્સિંગને જોડીને જીનોમિક રૂપરેખાંકન મેળવવા માટે રચાયેલ પદ્ધતિ છે. આ પદ્ધતિ ફોર્માલ્ડિહાઇડ સાથે ક્રોમેટિન ક્રોસલિંકિંગ પર આધારિત છે, ત્યારબાદ પાચન અને રિ-લિગેશન થાય છે જેથી ફક્ત સહસંયોજક રીતે જોડાયેલા ટુકડાઓ જ લિગેશન પ્રોડક્ટ્સ બનાવે. આ લિગેશન પ્રોડક્ટ્સને સિક્વન્સ કરીને, જીનોમના 3D સંગઠનનો અભ્યાસ કરવો શક્ય છે. હાઇ-સી જીનોમના તે ભાગોના વિતરણનો અભ્યાસ કરવાનું શક્ય બનાવે છે જે હળવા પેક્ડ છે (A કમ્પાર્ટમેન્ટ્સ, યુક્રોમેટિન) અને ટ્રાન્સક્રિપ્શનલી સક્રિય હોવાની શક્યતા વધુ છે, અને તે પ્રદેશો જે વધુ ચુસ્ત રીતે પેક્ડ છે (B કમ્પાર્ટમેન્ટ્સ, હેટરોક્રોમેટિન). હાઇ-સીનો ઉપયોગ ટોપોલોજીકલી એસોસિએટેડ ડોમેન્સ (TADs) ને નિર્ધારિત કરવા માટે પણ થઈ શકે છે, જીનોમના એવા પ્રદેશો કે જેમાં ફોલ્ડ સ્ટ્રક્ચર્સ છે અને સમાન અભિવ્યક્તિ પેટર્ન હોવાની શક્યતા છે, અને ક્રોમેટિન લૂપ્સ, ડીએનએ પ્રદેશો ઓળખવા માટે પણ થઈ શકે છે જે પ્રોટીન દ્વારા એકસાથે લંગરાયેલા છે અને જે ઘણીવાર નિયમનકારી તત્વોથી સમૃદ્ધ હોય છે. BMKGene ની Hi-C સિક્વન્સિંગ સેવા સંશોધકોને જીનોમિક્સના અવકાશી પરિમાણોનું અન્વેષણ કરવા માટે સશક્ત બનાવે છે, જે જીનોમ નિયમન અને આરોગ્ય અને રોગમાં તેની અસરોને સમજવા માટે નવા માર્ગો ખોલે છે.
-
ક્રોમેટિન ઇમ્યુનોપ્રીસિપિટેશન સિક્વન્સિંગ (ChIP-seq)
ક્રોમેટિન ઇમ્યુનોપ્રીસિપિટેશન (CHIP) એ એક તકનીક છે જે એન્ટિબોડીઝનો ઉપયોગ કરીને DNA-બંધનકર્તા પ્રોટીન અને તેમના અનુરૂપ જીનોમિક્સ લક્ષ્યોને પસંદગીયુક્ત રીતે સમૃદ્ધ બનાવે છે. NGS સાથે તેનું સંકલન હિસ્ટોન ફેરફાર, ટ્રાન્સક્રિપ્શન પરિબળો અને અન્ય DNA-બંધનકર્તા પ્રોટીન સાથે સંકળાયેલ DNA લક્ષ્યોનું જીનોમ-વ્યાપી પ્રોફાઇલિંગ સક્ષમ બનાવે છે. આ ગતિશીલ અભિગમ વિવિધ કોષ પ્રકારો, પેશીઓ અથવા પરિસ્થિતિઓમાં બંધનકર્તા સ્થળોની તુલનાને સક્ષમ બનાવે છે. ChIP-Seq ના કાર્યક્રમો ટ્રાન્સક્રિપ્શનલ નિયમન અને વિકાસલક્ષી માર્ગોના અભ્યાસથી લઈને રોગ મિકેનિઝમ્સને સ્પષ્ટ કરવા સુધી ફેલાયેલા છે, જે તેને જીનોમિક નિયમન લેન્ડસ્કેપ્સને સમજવા અને ઉપચારાત્મક આંતરદૃષ્ટિને આગળ વધારવા માટે એક અનિવાર્ય સાધન બનાવે છે.
પ્લેટફોર્મ: ઇલુમિના નોવાસેક
-
આખા જીનોમ બાયસલ્ફેટ સિક્વન્સિંગ (WGBS)
આ ટેકનિક, જે ડીએનએના બાયસલ્ફાઇટ ટ્રીટમેન્ટ પર આધારિત છે જે અનમિથિલેટેડ સાયટોસાઇન્સને યુરેસિલ (C થી U) માં રૂપાંતરિત કરે છે, જ્યારે મિથિલેટેડ સાયટોસાઇન્સને યથાવત રાખે છે, તે ડીએનએ મિથિલેશનના ઊંડાણપૂર્વકના સંશોધન માટે ગોલ્ડ-સ્ટાન્ડર્ડ પદ્ધતિ તરીકે ઊભું છે, ખાસ કરીને સાયટોસાઇન (5-mC) માં પાંચમું સ્થાન, જે જનીન અભિવ્યક્તિ અને સેલ્યુલર પ્રવૃત્તિનું મુખ્ય નિયમનકાર છે.
આ ટેકનિક સિંગલ-બેઝ રિઝોલ્યુશન પ્રદાન કરે છે, જે સંશોધકોને મિથાઈલોમની વ્યાપક તપાસ કરવાની અને નમૂનાઓમાં અસામાન્ય મિથાઈલેશન પેટર્ન શોધવાની મંજૂરી આપે છે. WGBS નો ઉપયોગ કરીને, વૈજ્ઞાનિકો જીનોમ-વ્યાપી મિથાઈલેશન લેન્ડસ્કેપ્સમાં અજોડ આંતરદૃષ્ટિ મેળવી શકે છે, જે વિવિધ જૈવિક પ્રક્રિયાઓ અને રોગોના અંતર્ગત એપિજેનેટિક મિકેનિઝમ્સની સૂક્ષ્મ સમજ પૂરી પાડે છે.
-
હાઇ થ્રુપુટ સિક્વન્સિંગ (ATAC-seq) સાથે ટ્રાન્સપોઝેઝ-એક્સેસિબલ ક્રોમેટિન માટે પરીક્ષણ
ATAC-seq એ એક હાઇ-થ્રુપુટ સિક્વન્સિંગ ટેકનિક છે જેનો ઉપયોગ જીનોમ-વ્યાપી ક્રોમેટિન ઍક્સેસિબિલિટી વિશ્લેષણ માટે થાય છે. તેનો ઉપયોગ જનીન અભિવ્યક્તિ પર વૈશ્વિક એપિજેનેટિક નિયંત્રણના જટિલ મિકેનિઝમ્સની ઊંડી સમજ પૂરી પાડે છે. આ પદ્ધતિ સિક્વન્સિંગ એડેપ્ટરો દાખલ કરીને ખુલ્લા ક્રોમેટિન પ્રદેશોને એકસાથે ફ્રેગમેન્ટ અને ટેગ કરવા માટે હાયપરએક્ટિવ Tn5 ટ્રાન્સપોઝેઝનો ઉપયોગ કરે છે. અનુગામી PCR એમ્પ્લીફિકેશન સિક્વન્સિંગ લાઇબ્રેરીની રચનામાં પરિણમે છે, જે ચોક્કસ અવકાશ-સમય પરિસ્થિતિઓ હેઠળ ખુલ્લા ક્રોમેટિન પ્રદેશોની વ્યાપક ઓળખ માટે પરવાનગી આપે છે. ATAC-seq સુલભ ક્રોમેટિન લેન્ડસ્કેપ્સનો સર્વાંગી દૃષ્ટિકોણ પૂરો પાડે છે, જે પદ્ધતિઓથી વિપરીત છે જે ફક્ત ટ્રાન્સક્રિપ્શન ફેક્ટર બંધનકર્તા સાઇટ્સ અથવા ચોક્કસ હિસ્ટોન-સંશોધિત પ્રદેશો પર ધ્યાન કેન્દ્રિત કરે છે. આ ખુલ્લા ક્રોમેટિન પ્રદેશોને ક્રમ આપીને, ATAC-seq સક્રિય નિયમનકારી સિક્વન્સ અને સંભવિત ટ્રાન્સક્રિપ્શન ફેક્ટર બંધનકર્તા સાઇટ્સની શક્યતા ધરાવતા પ્રદેશોને જાહેર કરે છે, જે સમગ્ર જીનોમમાં જનીન અભિવ્યક્તિના ગતિશીલ મોડ્યુલેશનમાં મૂલ્યવાન આંતરદૃષ્ટિ પ્રદાન કરે છે.
-
ઘટાડેલ પ્રતિનિધિત્વ બાયસલ્ફાઇટ સિક્વન્સિંગ (RRBS)
ઘટાડેલ પ્રતિનિધિત્વ બાયસલ્ફાઇટ સિક્વન્સિંગ (RRBS) MspI ક્લીવેજ દ્વારા CpG ટાપુ-સમૃદ્ધ પ્રદેશોના સંવર્ધન પર આધાર રાખે છે અને ત્યારબાદ 200-500/600 bps ટુકડાઓનું કદ પસંદ કરવામાં આવે છે. પરિણામે, ફક્ત CpG ટાપુઓની નજીકના પ્રદેશોને જ સિક્વન્સ કરવામાં આવે છે, જ્યારે દૂરના CpG ટાપુઓ ધરાવતા પ્રદેશોને વિશ્લેષણમાંથી બાકાત રાખવામાં આવે છે. બાયસલ્ફાઇટ સિક્વન્સિંગ સાથે જોડાયેલી આ પ્રક્રિયા, DNA મેથિલેશનના ઉચ્ચ-રીઝોલ્યુશન શોધને મંજૂરી આપે છે, અને સિક્વન્સિંગ અભિગમ, PE150, ખાસ કરીને મધ્યને બદલે ઇન્સર્ટ્સના છેડા પર ધ્યાન કેન્દ્રિત કરે છે, જે મેથિલેશન પ્રોફાઇલિંગની કાર્યક્ષમતામાં વધારો કરે છે.
આ તકનીક ડીએનએ મેથિલેશન સંશોધનમાં હોલ જીનોમ બાયસલ્ફાઇટ સિક્વન્સિંગ (WGBS) ના ખર્ચ-અસરકારક અને કાર્યક્ષમ વિકલ્પ તરીકે ઉભરી આવી છે. જ્યારે WGBS સિંગલ બેઝ રિઝોલ્યુશન પર સમગ્ર જીનોમની તપાસ કરીને વ્યાપક આંતરદૃષ્ટિ પ્રદાન કરે છે, ત્યારે તેની ઊંચી કિંમત મર્યાદિત પરિબળ બની શકે છે, જે RRBS વ્યૂહાત્મક રીતે જીનોમના પ્રતિનિધિ ભાગનું પસંદગીયુક્ત વિશ્લેષણ કરીને આ પડકારને ઘટાડે છે. આ પદ્ધતિ એક અમૂલ્ય સાધન છે જે ખર્ચ-અસરકારક DNA મેથિલેશન સંશોધનને સક્ષમ બનાવે છે અને એપિજેનેટિક મિકેનિઝમ્સના જ્ઞાનને આગળ ધપાવે છે.
