એકલ-ન્યુક્લીઅર આરએનએ સિક્વન્સિંગ
ટેકનિકલ યોજના
ન્યુક્લીનું આઇસોલેશન 10× જીનોમિક્સ ક્રોમિયમ™ દ્વારા પ્રાપ્ત થાય છે, જેમાં ડબલ ક્રોસિંગ સાથે આઠ-ચેનલ માઇક્રોફ્લુઇડિક્સ સિસ્ટમ હોય છે. આ સિસ્ટમમાં, બારકોડ અને પ્રાઇમર, ઉત્સેચકો અને એક ન્યુક્લીઅસ સાથેના જેલ મણકા નેનોલિટર-કદના તેલના ડ્રોપમાં સમાવિષ્ટ હોય છે, જે જેલ બીડ-ઇન-ઇમલ્શન (GEM) ઉત્પન્ન કરે છે. એકવાર GEM રચાય છે, પછી દરેક GEM માં કોષ લિસિસ અને બારકોડનું પ્રકાશન કરવામાં આવે છે. mRNA ને 10× બારકોડ અને UMI સાથે cDNA અણુઓમાં ઉલટાવીને ટ્રાન્સક્રિપ્ટ કરવામાં આવે છે, જે આગળ પ્રમાણભૂત સિક્વન્સિંગ લાઇબ્રેરી બાંધકામને આધીન છે.
સુવિધાઓ
● થીજી ગયેલા પેશીઓમાંથી સિંગલ-ન્યુક્લી સસ્પેન્શનની તૈયારી
● જેલ બીડ-ઇન-ઇમલ્શન (GEM) ની રચના અને ત્યારબાદ cDNA સંશ્લેષણ
● GEM માં દરેક મણકો 4 વિભાગોથી બનેલા પ્રાઇમર્સથી ભરેલો હોય છે:
mRNA પ્રાઇમિંગ અને cDNA સંશ્લેષણ માટે પોલી(dT) ટેઇલ,
એમ્પ્લીફિકેશન બાયસ સુધારવા માટે યુનિક મોલેક્યુલર આઇડેન્ટિફાયર (UMI)
૧૦x બારકોડ
આંશિક વાંચન 1 સિક્વન્સિંગ પ્રાઈમરનો બંધનકર્તા ક્રમ
ફાયદા
સિંગલ-ન્યુક્લિયસ આરએનએ સિક્વન્સિંગ સિંગલ-કોષ આરએનએ સિક્વન્સિંગની મર્યાદાઓને દૂર કરે છે, જેનાથી આ શક્ય બને છે:
● ફક્ત તાજા નમૂનાઓ સુધી મર્યાદિત નહીં પરંતુ સ્થિર નમૂનાઓનો ઉપયોગ
● તાજા કોષોના ઉત્સેચક ઉપચારની સરખામણીમાં થીજી ગયેલા કોષોનો ઓછો તણાવ, જે ઓછા તણાવ-પ્રેરિત જનીનોના સ્વરૂપમાં ટ્રાન્સક્રિપ્ટોમ ડેટામાં પ્રતિબિંબિત થાય છે.
● લાલ રક્તકણોને પહેલા દૂર કરવાની જરૂર નથી.
● અમર્યાદિત સેલ વ્યાસ
● વિશ્લેષણ માટે યોગ્ય એવા નમૂનાઓની વિશાળ શ્રેણી, જેમાં જટિલ અને નાજુક પેશીઓના પ્રકારોનો સમાવેશ થાય છે જે પેશીઓના વિઘટન દરમિયાન કોષોના ગંઠાઈ જવા અથવા વિનાશ માટે સંવેદનશીલ હોય છે.
સિંગલ-કોષ આરએનએ સિક્વન્સિંગ દ્વારા વિશ્લેષણ કરી શકાતા નથી અને સિંગલ ન્યુક્લી આરએનએ સિક્વન્સિંગ માટે લાયક છે તેવા નમૂનાઓ:
| કોષ / પેશી | કારણ |
| તાજા થીજી ગયેલા પેશી | નવી અથવા લાંબા સમયથી સાચવેલી સંસ્થાઓ મેળવવામાં અસમર્થ |
| સ્નાયુ કોષ, મેગાકેરિયોસાઇટ, ચરબી… | કોષનો વ્યાસ ખૂબ મોટો છે જેથી તે સાધનમાં પ્રવેશી શકે નહીં. |
| લીવર… | તોડવા માટે ખૂબ નાજુક, એકલ કોષોને અલગ પાડવામાં અસમર્થ |
| ચેતાકોષ કોષ, મગજ… | વધુ સંવેદનશીલ, સરળતાથી તણાવમાં આવી શકે છે, જે ક્રમના પરિણામોને બદલી નાખશે |
| સ્વાદુપિંડ, થાઇરોઇડ… | એન્ડોજેનસ ઉત્સેચકોથી સમૃદ્ધ, સિંગલ સેલ સસ્પેન્શનના ઉત્પાદનને અસર કરે છે |
સિંગલ-ન્યુક્લિયસ વિરુદ્ધ સિંગલ-કોષ
| એક-ન્યુક્લિયસ | એક-કોષીય |
| અમર્યાદિત કોષ વ્યાસ | કોષ વ્યાસ: 10-40 μm |
| સામગ્રી સ્થિર પેશી હોઈ શકે છે | સામગ્રી તાજી પેશીની હોવી જોઈએ. |
| થીજી ગયેલા કોષોનો ઓછો તણાવ | એન્ઝાઇમ સારવાર કોષ તાણ પ્રતિક્રિયાનું કારણ બની શકે છે |
| લાલ રક્તકણો દૂર કરવાની જરૂર નથી | લાલ રક્તકણો દૂર કરવાની જરૂર છે |
| પરમાણુ જૈવ માહિતી વ્યક્ત કરે છે | આખો કોષ જૈવ માહિતી વ્યક્ત કરે છે |
વિશિષ્ટતાઓ
| નમૂના આવશ્યકતાઓ | પુસ્તકાલય | ક્રમ વ્યૂહરચના | ભલામણ કરેલ ડેટા | ગુણવત્તા નિયંત્રણ |
| પ્રાણી પેશી ≥ 200 મિલિગ્રામ છોડની પેશીઓ ≥ 400 મિલિગ્રામ | ૧૦x જીનોમિક્સ એસએન સીડીએનએ લાઇબ્રેરી | ઇલુમિના PE150 | પ્રતિ સેલ 100K PE રીડ (૧૦૦-૨૦૦ જીબી) | 700-1200 ન્યુક્લી/μl અને ન્યુક્લી અખંડિતતા માઇક્રોસ્કોપ હેઠળ અવલોકન કરવામાં આવી |
નમૂના તૈયારી માર્ગદર્શન અને સેવા કાર્યપ્રવાહ વિશે વધુ વિગતો માટે, કૃપા કરીને કોઈ સાથે વાત કરવા માટે નિઃસંકોચ રહોBMKGENE નિષ્ણાત
સેવા કાર્ય પ્રવાહ
નીચેના વિશ્લેષણનો સમાવેશ થાય છે:
● ગુણવત્તા નિયંત્રણ: કોષોની સંખ્યા, જનીન શોધ, કોષોની ચોક્કસ ઓળખ, RNA પરમાણુઓ અને અભિવ્યક્તિનું પ્રમાણીકરણ
● આંતરિક નમૂના વિશ્લેષણ:
સેલ ક્લસ્ટરિંગ અને ક્લસ્ટર એનોટેશન
વિભેદક અભિવ્યક્તિ વિશ્લેષણ: ક્લસ્ટરોમાં DEG ની ઓળખ
ક્લસ્ટર DEGs નું કાર્યાત્મક એનોટેશન અને સંવર્ધન
● આંતર-જૂથ વિશ્લેષણ:
ડેટાનું સંયોજન
વિભેદક અભિવ્યક્તિ વિશ્લેષણ: જૂથોમાં DEG ની ઓળખ
જૂથ DEGs નું કાર્યાત્મક ટીકા અને સંવર્ધન
● અદ્યતન વિશ્લેષણ:
કોષ ચક્ર વિશ્લેષણ
સ્યુડોટાઇમ વિશ્લેષણ
સેલ કોમ્યુનિકેશન વિશ્લેષણ (સેલફોનડીબી)
જનીન સેટ સંવર્ધન વિશ્લેષણ (GSEA)
આંતરિક-નમૂના વિશ્લેષણ
કોષ ક્લસ્ટરીંગ:
વિભેદક અભિવ્યક્તિ વિશ્લેષણ: ક્લસ્ટર DEGs
આંતર-જૂથ વિશ્લેષણ
વિભેદક અભિવ્યક્તિ વિશ્લેષણ: જૂથ DEGs
અદ્યતન વિશ્લેષણ:
સ્યુડોટાઇમ વિશ્લેષણ:
કોષ ચક્ર વિશ્લેષણ:
આ ફીચર્ડ પ્રકાશનોમાં 10X ક્રોમિયમ દ્વારા BMKGene ની સિંગલ-ન્યુક્લિયસ RNA સિક્વન્સિંગ સેવાઓ દ્વારા કરવામાં આવેલી પ્રગતિઓનું અન્વેષણ કરો:
વાંગ, એલ. એટ અલ. (2021) 'સિંગલ-સેલ ટ્રાન્સક્રિપ્ટોમિક વિશ્લેષણ સ્ટીરોઈડ-પ્રતિરોધક અસ્થમાના ઉત્તેજનામાં ફેફસાના રોગપ્રતિકારક લેન્ડસ્કેપને છતી કરે છે',યુનાઇટેડ સ્ટેટ્સ ઑફ અમેરિકાની નેશનલ એકેડેમી ઑફ સાયન્સની કાર્યવાહી, 118(2), પૃષ્ઠ. e2005590118. doi: 10.1073/pnas.2005590118
ઝેંગ, એચ. એટ અલ. (2022) 'ગ્રેવ્સ ડિસીઝ અને હાશિમોટો થાઇરોઇડિટિસના સૂક્ષ્મ પર્યાવરણમાં રોગપ્રતિકારક કોષોમાં અવ્યવસ્થિત જનીન અભિવ્યક્તિ અને અસામાન્ય મેટાબોલિક સિગ્નલિંગ માટે એક વૈશ્વિક નિયમનકારી નેટવર્ક',ઇમ્યુનોલોજીમાં ફ્રન્ટીઅર્સ, 13, પૃષ્ઠ. 879824. doi: 10.3389/FIMMU.2022.879824/BIBTEX.
ટિયાન, એચ. એટ અલ. (2023) 'સિંગલ-સેલ ટ્રાન્સક્રિપ્ટોમ ફ્લાઉન્ડર (પેરાલિચથિસ ઓલિવેસિયસ) માં નિષ્ક્રિય એડવર્ડસિએલા ટાર્ડા સાથે રસીકરણ પછી લ્યુકોસાઇટ્સની વિજાતીયતા અને રોગપ્રતિકારક પ્રતિભાવોને ઉજાગર કરે છે',જળચરઉછેર, ૫૬૬, પૃષ્ઠ ૭૩૯૨૩૮. doi: ૧૦.૧૦૧૬/જે.એક્વાકલ્ચર.૨૦૨૩.૭૩૯૨૩૮.
યુ, વાય. એટ અલ. (2023) 'ફોટોડાયનેમિક થેરાપી ગેસ્ટ્રિક કેન્સરવાળા દર્દીઓમાં એન્ટિ-ટ્યુમર રોગપ્રતિકારક શક્તિને ફરીથી બનાવીને રોગપ્રતિકારક ચેકપોઇન્ટ ઇન્હિબિટર્સના પરિણામને સુધારે છે',ગેસ્ટ્રિક કેન્સર, 26(5), પૃષ્ઠ. 798–813. doi: 10.1007/S10120-023-01409-X/METRICS.
