-
પૂર્ણ-લંબાઈની mRNA સિક્વન્સિંગ-નેનોપોર
વ્યાપક ટ્રાન્સક્રિપ્ટમ વિશ્લેષણ માટે આરએનએ સિક્વન્સિંગ એક અમૂલ્ય સાધન છે.નિઃશંકપણે, પરંપરાગત ટૂંકા-વાંચન અનુક્રમે અહીં અસંખ્ય મહત્વપૂર્ણ વિકાસ પ્રાપ્ત કર્યો છે.તેમ છતાં, તે ઘણીવાર પૂર્ણ-લંબાઈના આઇસોફોર્મ ઓળખ, પ્રમાણીકરણ, પીસીઆર પૂર્વગ્રહમાં મર્યાદાઓનો સામનો કરે છે.
નેનોપોર સિક્વન્સિંગ પોતાને અન્ય સિક્વન્સિંગ પ્લેટફોર્મ્સથી અલગ પાડે છે, જેમાં ન્યુક્લિયોટાઇડ્સ ડીએનએ સંશ્લેષણ વિના સીધા વાંચવામાં આવે છે અને દસ કિલોબેઝ પર લાંબું વાંચન જનરેટ કરે છે.આ સંપૂર્ણ-લંબાઈના ટ્રાંસ્ક્રિપ્ટ્સને પાર કરીને ડાયરેક્ટ રીડ-આઉટ અને આઇસોફોર્મ-સ્તરના અભ્યાસમાં પડકારોનો સામનો કરવા સક્ષમ બનાવે છે.
પ્લેટફોર્મ:નેનોપોર પ્રોમેથિયન
પુસ્તકાલય:cDNA-PCR
-
ડી નોવો ફુલ-લેન્થ ટ્રાન્સક્રિપ્ટોમ સિક્વન્સિંગ -PacBio
ડી નોવોપૂર્ણ-લંબાઈના ટ્રાન્સક્રિપ્ટોમ સિક્વન્સિંગ તરીકે પણ ઓળખાય છેડી નોવોIso-Seq વાંચન લંબાઈમાં PacBio સિક્વન્સરનો લાભ લે છે, જે કોઈપણ વિરામ વિના પૂર્ણ-લંબાઈના cDNA પરમાણુઓના ક્રમને સક્ષમ કરે છે.આ ટ્રાન્સક્રિપ્ટ એસેમ્બલી સ્ટેપ્સમાં જનરેટ થયેલી કોઈપણ ભૂલોને સંપૂર્ણપણે ટાળે છે અને આઇસોફોર્મ-લેવલ રિઝોલ્યુશન સાથે યુનિજીન સેટ બનાવે છે.આ યુનિજીન સેટ ટ્રાન્સક્રિપ્ટોમ સ્તરે "સંદર્ભ જીનોમ" તરીકે શક્તિશાળી આનુવંશિક માહિતી પ્રદાન કરે છે.વધુમાં, નેક્સ્ટ જનરેશન સિક્વન્સિંગ ડેટા સાથે જોડીને, આ સેવા આઇસોફોર્મ-સ્તરની અભિવ્યક્તિના ચોક્કસ પ્રમાણને સશક્ત બનાવે છે.
પ્લેટફોર્મ: PacBio સિક્વલ IIલાઇબ્રેરી: SMRT બેલ લાઇબ્રેરી -
યુકેરીયોટિક mRNA સિક્વન્સિંગ-ઇલ્યુમિના
mRNA સિક્વન્સિંગ ચોક્કસ પરિસ્થિતિઓ હેઠળ કોષોમાંથી ટ્રાન્સક્રિપ્ટ થયેલ તમામ mRNA ની પ્રોફાઇલિંગને સક્ષમ કરે છે.તે જનીન અભિવ્યક્તિ પ્રોફાઇલ, જનીન રચનાઓ અને ચોક્કસ જૈવિક પ્રક્રિયાઓની મોલેક્યુલર મિકેનિઝમ્સને જાહેર કરવા માટે એક શક્તિશાળી તકનીક છે.આજની તારીખે, mRNA સિક્વન્સિંગ મૂળભૂત સંશોધન, ક્લિનિકલ ડાયગ્નોસ્ટિક્સ, ડ્રગ ડેવલપમેન્ટ વગેરેમાં વ્યાપકપણે કાર્યરત છે.
પ્લેટફોર્મ: Illumina NovaSeq 6000
-
બિન-સંદર્ભ આધારિત mRNA સિક્વન્સિંગ-ઇલ્યુમિના
એમઆરએનએ સિક્વન્સિંગ ચોક્કસ સમયગાળામાં મેસેન્જર આરએનએ(એમઆરએનએ) ફોર્મ યુકેરીયોટને કેપ્ચર કરવા માટે નેક્સ્ટ જનરેશન સિક્વન્સિંગ ટેકનિક (એનજીએસ) અપનાવે છે જ્યારે કેટલાક વિશેષ કાર્યો સક્રિય થઈ રહ્યા છે.સૌથી લાંબી ટ્રાંસ્ક્રિપ્ટને 'યુનિજીન' કહેવામાં આવતું હતું અને અનુગામી પૃથ્થકરણ માટે સંદર્ભ ક્રમ તરીકે ઉપયોગમાં લેવાય છે, જે સંદર્ભ વિના પ્રજાતિના મોલેક્યુલર મિકેનિઝમ અને નિયમનકારી નેટવર્કનો અભ્યાસ કરવાનું અસરકારક માધ્યમ છે.
ટ્રાન્સક્રિપ્ટોમ ડેટા એસેમ્બલી અને યુનિજીન ફંક્શનલ એનોટેશન પછી
(1)SNP પૃથ્થકરણ, SSR વિશ્લેષણ, CDS અનુમાન અને જનીન માળખું પ્રીફોર્મ કરવામાં આવશે.
(2) દરેક નમૂનામાં યુનિજીન અભિવ્યક્તિનું પ્રમાણીકરણ કરવામાં આવશે.
(3)યુનિજીન અભિવ્યક્તિના આધારે નમૂનાઓ (અથવા જૂથો) વચ્ચે વિભેદક રીતે વ્યક્ત કરાયેલ યુનિજીન્સ શોધવામાં આવશે
(4) વિભિન્ન રીતે વ્યક્ત યુનિજીન્સનું ક્લસ્ટરિંગ, કાર્યાત્મક ટીકા અને સંવર્ધન વિશ્લેષણ કરવામાં આવશે
-
લાંબી નોન-કોડિંગ સિક્વન્સિંગ-ઇલ્યુમિના
લાંબા નોન-કોડિંગ RNAs (lncRNAs) એ 200 nt થી વધુ લંબાઈવાળા RNA અણુઓનો એક પ્રકાર છે, જે અત્યંત ઓછી કોડિંગ સંભવિતતા દ્વારા વર્ગીકૃત થયેલ છે.LncRNA, નોન-કોડિંગ RNAsમાં મુખ્ય સભ્ય તરીકે, મુખ્યત્વે ન્યુક્લિયસ અને પ્લાઝ્મામાં જોવા મળે છે.સિક્વન્સિંગ ટેક્નોલોજી અને બાયોઇન્ફોર્મટિક્સનો વિકાસ અસંખ્ય નવલકથા એલએનસીઆરએનએની ઓળખને સક્ષમ કરે છે અને તેને જૈવિક કાર્યો સાથે સાંકળે છે.સંચિત પુરાવા સૂચવે છે કે lncRNA એપિજેનેટિક નિયમન, ટ્રાન્સક્રિપ્શન નિયમન અને પોસ્ટ-ટ્રાન્સક્રિપ્શન નિયમનમાં વ્યાપકપણે સામેલ છે.
-
નાના આરએનએ સિક્વન્સિંગ-ઇલ્યુમિના
સ્મોલ આરએનએ નોન-કોડિંગ આરએનએ પરમાણુઓના વર્ગનો ઉલ્લેખ કરે છે જે સામાન્ય રીતે 200nt થી ઓછી લંબાઈ ધરાવતા હોય છે, જેમાં માઇક્રો RNA (miRNA), સ્મોલ ઇન્ટરફેન્સિંગ RNA (siRNA), અને piwi-interacting RNA (piRNA) નો સમાવેશ થાય છે.
માઇક્રોઆરએનએ (miRNA) એ અંતર્જાત નાના આરએનએનો એક વર્ગ છે જેની લંબાઈ લગભગ 20-24nt છે, જે કોષોમાં વિવિધ મહત્વપૂર્ણ નિયમનકારી ભૂમિકાઓ ભજવે છે.miRNA ઘણી જીવન પ્રક્રિયાઓમાં સામેલ છે જે પેશીઓને જાહેર કરે છે - વિશિષ્ટ અને તબક્કા - વિશિષ્ટ અભિવ્યક્તિ અને વિવિધ જાતિઓમાં ખૂબ જ સંરક્ષિત છે.
-
circRNA સિક્વન્સિંગ-ઇલ્યુમિના
સંપૂર્ણ ટ્રાન્સક્રિપ્ટોમ સિક્વન્સિંગ એ તમામ પ્રકારના RNA પરમાણુઓને પ્રોફાઈલ કરવા માટે ડિઝાઇન કરવામાં આવી છે, જેમાં કોડિંગ (mRNA) અને નોન-કોડિંગ RNA (lncRNA, circRNA અને miRNA સહિત) જે ચોક્કસ સમયે ચોક્કસ કોષો દ્વારા ટ્રાન્સક્રિપ્ટ કરવામાં આવે છે.સંપૂર્ણ ટ્રાન્સક્રિપ્ટોમ સિક્વન્સિંગ, જેને "ટોટલ આરએનએ સિક્વન્સિંગ" તરીકે પણ ઓળખવામાં આવે છે, તેનો હેતુ ટ્રાન્સક્રિપ્ટમ સ્તરે વ્યાપક નિયમનકારી નેટવર્ક્સને જાહેર કરવાનો છે.NGS ટેક્નોલોજીનો લાભ લઈને, ceRNA પૃથ્થકરણ અને સંયુક્ત RNA વિશ્લેષણ માટે સમગ્ર ટ્રાન્સક્રિપ્ટોમ ઉત્પાદનોના સિક્વન્સ ઉપલબ્ધ છે, જે કાર્યાત્મક પાત્રાલેખન તરફનું પ્રથમ પગલું પૂરું પાડે છે.circRNA-miRNA-mRNA આધારિત ceRNA ના નિયમનકારી નેટવર્કને જાહેર કરે છે.
-
સંપૂર્ણ ટ્રાન્સક્રિપ્ટમ સિક્વન્સિંગ - ઇલુમિના
સંપૂર્ણ ટ્રાન્સક્રિપ્ટોમ સિક્વન્સિંગ એ તમામ પ્રકારના RNA પરમાણુઓને પ્રોફાઈલ કરવા માટે ડિઝાઇન કરવામાં આવી છે, જેમાં કોડિંગ (mRNA) અને નોન-કોડિંગ RNA (lncRNA, circRNA અને miRNA સહિત) જે ચોક્કસ સમયે ચોક્કસ કોષો દ્વારા ટ્રાન્સક્રિપ્ટ કરવામાં આવે છે.સંપૂર્ણ ટ્રાન્સક્રિપ્ટોમ સિક્વન્સિંગ, જેને "ટોટલ આરએનએ સિક્વન્સિંગ" તરીકે પણ ઓળખવામાં આવે છે, તેનો હેતુ ટ્રાન્સક્રિપ્ટમ સ્તરે વ્યાપક નિયમનકારી નેટવર્ક્સને જાહેર કરવાનો છે.NGS ટેક્નોલોજીનો લાભ લઈને, ceRNA પૃથ્થકરણ અને સંયુક્ત RNA વિશ્લેષણ માટે સમગ્ર ટ્રાન્સક્રિપ્ટોમ ઉત્પાદનોના સિક્વન્સ ઉપલબ્ધ છે, જે કાર્યાત્મક પાત્રાલેખન તરફનું પ્રથમ પગલું પૂરું પાડે છે.circRNA-miRNA-mRNA આધારિત ceRNA ના નિયમનકારી નેટવર્કને જાહેર કરે છે.
-
પ્રોકાર્યોટિક આરએનએ સિક્વન્સિંગ
બદલાતા સેલ્યુલર ટ્રાન્સક્રિપ્ટોમનું વિશ્લેષણ કરીને, આપેલ ક્ષણે આરએનએની હાજરી અને જથ્થાને જાહેર કરવા માટે પ્રોકાર્યોટિક આરએનએ સિક્વન્સિંગ નેક્સ્ટ જનરેશન સિક્વન્સિંગ (એનજીએસ) નો ઉપયોગ કરે છે.અમારી કંપનીની પ્રોકેરીયોટિક RNA ક્રમાંકન, ખાસ કરીને સંદર્ભ જીનોમ સાથે પ્રોકેરીયોટ્સનું લક્ષ્ય રાખે છે, જે તમને ટ્રાન્સક્રિપ્ટમ પ્રોફાઇલિંગ, જનીન માળખું વિશ્લેષણ વગેરે પ્રદાન કરે છે. તે મૂળભૂત વિજ્ઞાન સંશોધન, દવા સંશોધન અને વિકાસ અને વધુ માટે વ્યાપકપણે લાગુ કરવામાં આવ્યું છે.
પ્લેટફોર્મ: Illumina NovaSeq 6000
-
મેટાટ્રાન્સક્રિપ્ટોમ સિક્વન્સિંગ
મેટાટ્રાન્સક્રિપ્ટોમ સિક્વન્સિંગ કુદરતી વાતાવરણ (એટલે કે માટી, પાણી, સમુદ્ર, મળ અને આંતરડા.) ની અંદર સૂક્ષ્મજીવાણુઓ (યુકેરીયોટ્સ અને પ્રોકેરીયોટ્સ બંને) ની જનીન અભિવ્યક્તિને ઓળખે છે. ખાસ કરીને, આ સેવાઓ તમને જટિલ માઇક્રોબાયલ સમુદાયોની સંપૂર્ણ જનીન અભિવ્યક્તિ પ્રોફાઇલિંગ મેળવવા માટે પરવાનગી આપે છે, ટેક્સોનોમિકસ. પ્રજાતિઓ, વિવિધ રીતે વ્યક્ત કરાયેલા જનીનોનું કાર્યાત્મક સંવર્ધન વિશ્લેષણ અને વધુ.
પ્લેટફોર્મ: Illumina NovaSeq 6000
