BMKCloud Log in
条形 banner-03

Kayayyaki

Tsarin Metagenomic-Nanopore

Metagenomics wani kayan aiki ne na kwayoyin halitta da ake amfani dashi don nazarin abubuwan da aka haɗe da kwayoyin halitta da aka samo daga samfurori na muhalli, wanda ke ba da cikakkun bayanai game da bambancin nau'in nau'in nau'in nau'in nau'in nau'in nau'in nau'in nau'in nau'in nau'in nau'in nau'in nau'in nau'i nau'i nau'i nau'i nau'i nau'i nau'i nau'i nau'i nau'i nau'i nau'i nau'i nau'i nau'i nau'i nau'i nau'i nau'i nau'i nau'i nau'i nau'i nau'i nau'i nau'i nau'i nau'i nau'i nau'i nau'i nau'i nau'i nau'i nau'i nau'i nau'i nau'i nau'i nau'i nau'i nau'i nau'i nau'i nau'i nau'i nau'i nau'i nau'i nau'i nau'i nau'i nau'i nau'i nau'i nau'i nau'i nau'i) nau'i-nau'i-nau'i na kwayoyin da ake amfani da su don nazarin abubuwan da suka shafi muhalli,da sauransu. zuwa nazarin metagenomic.Fitaccen aikin sa a cikin tsayin karantawa ya inganta binciken metagenomic na rafi, musamman taron metagenome.Yin amfani da fa'idodin tsayin karantawa, nazarin metagenomic na tushen Nanopore yana iya samun ƙarin ci gaba da taro idan aka kwatanta da abubuwan metagenomics na harbi.An buga cewa Nanopore na tushen metagenomics sun sami nasarar haifar da cikakkun kuma rufaffiyar kwayoyin halittar kwayoyin cuta daga microbiomes (Moss, EL, et. al,Nature Biotech, 2020)

Dandalin:Nanopore PromethION P48


Cikakkun Sabis

Sakamakon Demo

BMK Case

Amfanin Sabis

● Babban High-High-girma-Inganta daidaito na Sanarwar tantanin halitta da Hasashen Masana

● Rufewar keɓewar kwayoyin halittar ƙwayoyin cuta

● Ƙarin ƙarfi kuma abin dogaro a aikace a wurare daban-daban, misali gano ƙwayoyin cuta na ƙwayoyin cuta ko ƙwayoyin cuta masu alaƙa da ƙwayoyin cuta.

● Kwatanta metagenome bincike

Ƙayyadaddun Sabis

 Dandalin

Jeri

Bayanan da aka ba da shawarar

Lokacin Juya

Nanopore

ONT

6 G/10

65 Kwanakin aiki

Binciken bioinformatics

● Raw data ingancin kula

● Taron metagenome

● Saitin kwayoyin halitta da ba a sake sakewa ba

● Nazari iri-iri

● Binciken bambancin aikin kwayoyin halitta

● Bincike tsakanin ƙungiyoyi

● Binciken ƙungiyar akan abubuwan gwaji

nanopore

Samfuran Bukatun da Bayarwa

Samfurin buƙatun da bayarwa

Samfuran Bukatun:   

DominCire DNA:

Nau'in Misali

Adadin

Hankali

Tsafta

Cire DNA

1-1.5 g

20 ng/ml

OD260/280= 1.6-2.5

Don samfuran muhalli:

Nau'in samfurin

Hanyar samfurin da aka ba da shawarar

Ƙasa

Adadin samfur: kimanin.5 g;ku.Ya kamata a cire ragowar abin da ya bushe daga saman;Niƙa manyan guda kuma ku wuce ta 2 mm tace;Samfuran Aliquot a cikin bakararre EP-tube ko cyrotube don ajiya.

Najasa

Adadin samfur: kimanin.5 g;ku.Tattara da liquot samfurori a cikin bakararre EP-tube ko cryotube don ajiyar wuri.

Abubuwan ciki na hanji

Ana buƙatar sarrafa samfuran ƙarƙashin yanayin aseptic.Wanke nama da aka tattara tare da PBS;Centrifuge PBS kuma tattara hazo a cikin EP-tuben.

Lalacewa

Adadin samfur: kimanin.5 g;ku.Tattara da liquot samfurin sludge a cikin bakararre EP-tube ko cryotube don ajiya

Ruwan ruwa

Don samfurin tare da iyakataccen adadin ƙwayoyin cuta, kamar ruwan famfo, ruwan rijiya, da sauransu, Tattara ruwa aƙalla 1 L kuma ku wuce ta 0.22 μm tace don wadatar da ƙananan ƙwayoyin cuta akan membrane.Ajiye membrane a cikin bututu bakararre.

Fatar jiki

A hankali a goge saman fata tare da swab ɗin auduga mai bakararre ko ɓawon tiyata sannan a sanya shi cikin bututu mara kyau.

Isar da Samfurin Nasiha

Daskare samfuran a cikin ruwa nitrogen na sa'o'i 3-4 kuma adana a cikin ruwa nitrogen ko -80 digiri zuwa ajiyar dogon lokaci.Ana buƙatar jigilar samfuri tare da bushe-kankara.

Gudun Aikin Sabis

samfurin bayarwa

Samfurin bayarwa

Shirye-shiryen Laburare

Gina ɗakin karatu

Jeri

Jeri

Binciken bayanai

Binciken bayanai

Bayan Sabis na siyarwa

Bayan-sayar da sabis


  • Na baya:
  • Na gaba:

  • 1.Heatmap: Nau'in wadata tari32.Ayyukan kwayoyin halitta annotate zuwa KEGG hanyoyin rayuwa43.Species dangantaka cibiyar sadarwa54.Circos na CARD kwayoyin juriya
    6

    BMK Case

    Nanopore metagenomics yana ba da damar gano saurin ganewar asibiti na ƙwayoyin cuta na ƙananan ƙwayoyin cuta

    Buga:Nature Biotechnology, 2019

    Babban Halayen Fasaha
    Tsarin: Nanopore MinION
    Clinical metagenomics bioinformatics: Mai watsa shiri ragewar DNA, WIMP da ARMA bincike
    Ganewar gaggawa: 6 hours
    Babban hankali: 96.6%

    Sakamako mai mahimmanci

    A cikin 2006, ƙananan cututtukan numfashi (LR) ya haifar da mutuwar mutane miliyan 3 a duniya.Hanyar da aka saba don gano ƙwayoyin cuta na LR1 ita ce noma, wanda ke da rashin hankali, dogon lokaci-lokaci kuma rashin jagora a farkon maganin rigakafi.Gaggawa da sauri da daidaiton ƙwayoyin cuta ya daɗe yana buƙatar gaggawa.Dokta Justin daga Jami'ar Gabashin Anglia tare da abokan aikinsa sun yi nasarar ƙera hanyar Nanopore na metagenomic don gano ƙwayoyin cuta.Dangane da aikin su, 99.99% na DNA mai gida na iya raguwa.Ana iya gama gano ƙwayoyin cuta da ƙwayoyin ƙwayoyin cuta a cikin sa'o'i 6.

    Magana
    Charalampous, T. , Kay, GL , Richardson, H. , Aydin, A. , & O'Grady, J. .(2019).Nanopore metagenomics yana ba da damar gano saurin ganewar asibiti na ƙwayoyin cuta na ƙananan ƙwayoyin cuta.Halitta Biotechnology, 37(7), 1.

    samun zance

    Ku rubuta sakonku anan ku aiko mana

    Aiko mana da sakon ku: