BMKCloud Log in
条形banner-03

Nā huahana

BMKMANU S1000 Spatial Transcriptome

He kuleana koʻikoʻi ka hoʻonohonoho ʻana o nā cell i nā kaʻina hana ola like ʻole, e like me ka infiltration immune, embryo development, etc.Me ka hoʻomohala ʻana o ka ʻenehana, pono e aʻo ʻia ka morphology kikoʻī ultra-clear a me ka ʻokoʻa maoli o ka ʻōlelo molekika spatial me ka hoʻonā kiʻekiʻe.Hāʻawi ʻo BMKGENE i ka lawelawe hoʻokaʻina spatial transcriptome holoʻokoʻa, hoʻokahi manawa mai nā laʻana i nā ʻike olaola.

Ua hoʻoikaika nā ʻenehana transcriptomic spatial i nā hiʻohiʻona hou i nā ʻano noiʻi like ʻole ma o ka hoʻoholo ʻana i ka moʻolelo hōʻike gene me ka ʻike kikoʻī i nā ʻano like ʻole.

ʻO ka chip transcriptome āpau: BMKMANU S1000

Papahana: Illumina NovaSeq Platform


Nā kikoʻī lawelawe

Bioinformatics

Nā hopena hōʻike

BMKMANU S1000 Spatial Transcriptome Technical Scheme

S1000.

Pono o BMKMANU S1000

1) Hoʻonā Sub-cellular: Loaʻa i kēlā me kēia wahi hopu he> 2 miliona spatial Barcoded Spots me ke anawaena o 2.5 µm a me kahi ākea o 5 µm ma waena o nā kikowaena kiko, e hiki ai i ka nānā ʻana i ka transcriptome spatial me ka hoʻonā sub-cellular (5 µm).

s1000 (1)

2) Ka nānā 'ana i ka ho'onā 'ana i nā pae he nui: 'O ka nānā 'ana i nā pae he nui ma'alahi mai ka 100 μm a hiki i ka 5 μm no ka ho'oholo 'ana i nā hi'ohi'ona 'oko'a ma ka ho'onā kūpono.

s1000 (2)

3) Ka hoʻopili ʻana i ka transcriptome profiling: Hiki ke kālailai ʻia nā kope i hopu ʻia mai ka paheʻe ʻiʻo holoʻokoʻa, me ka ʻole o ka kaupalena ʻana i ka helu o nā genes a me ka wahi i kuhikuhi ʻia.

s1000 (3)

Nā kikoʻī lawelawe

Hale Waihona Puke

Hoʻolālā kaʻina

Hoʻopuka ʻia ka ʻikepili

S1000 cDNA waihona

BMKMANU S1000-Illumina PE150

60Gb / hāpana

Nā Koina Laʻana

Laʻana

Helu

Nui

RNA maikaʻi

ʻOCT i hoʻokomo ʻia i ka ʻiʻo poloka

2-3 poloka/ hāpana

Ma kahi.6.8x6.8x6.8 mm3

RIN≥7

No nā kikoʻī hou aku e pili ana i ke alakaʻi hoʻomākaukau laʻana a me ke kahe hana lawelawe, e ʻoluʻolu e kamaʻilio me a

Holo Hana Hana

Laʻana QC

Hoʻolālā hoʻokolohua

hāʻawi laʻana

Hāʻawi laʻana

Hoʻokolohua hoʻokele

Hoʻāʻo mua

Hoʻopaʻa paʻi kikoʻī

Hoʻopaʻa paʻi kikoʻī

Hoʻomākaukau hale waihona puke

Kūkulu hale waihona puke

Ke kaʻina ʻana

Ke kaʻina ʻana

ʻIkepili ʻikepili

ʻIkepili ʻikepili

Mahope o ke kuai ana

Nā lawelawe ma hope o ke kūʻai aku


  • Mua:
  • Aʻe:

  • 10x (9)

    ʻIke ʻia nā ʻikepili i hana ʻia e BMKMANU S1000 me ka hoʻohana ʻana i ka polokalamu "BSTMatrix", i hoʻolālā kūʻokoʻa ʻia e BMKGENE, me:

    1) Hoʻokumu ʻana i ka matrix hōʻike Gene
    2) HE hoʻoponopono kiʻi
    3) Hoʻohālikelike me nā polokalamu ʻaoʻao ʻekolu no ka nānā ʻana
    4) Kōkua ʻo "BSTViewer" pūnaewele i ka loaʻa ʻana o nā hopena hiʻohiʻona ma nā ʻōlelo hoʻoholo like ʻole.

    1.Spot clustering

    s1000 (4)

    2. Māhele Spatial

    s1000 (5)s1000 (6)

    Note: Olelo Hooholopae=13 (100 µm, hema); 7 (50 µm, akau)

    3. Hōʻike hōʻailona abundance clustering heatmap

    s1000 (7)

    4.Inter-laʻanaʻikepiliʻikepili

    s1000 (8)

     

    kiʻi i kahi ʻōlelo

    E kākau i kāu leka ma aneʻi a hoʻouna mai iā mākou

    E hoʻouna i kāu leka iā mākou: