page_head_bg

Nā huahana

Eukaryotic mRNA sequencing-Illumina

Hiki i ka mRNA sequencing ke hoʻopili i nā mRNA āpau i unuhi ʻia mai nā cell ma lalo o nā kūlana kikoʻī.He ʻenehana ikaika ia no ka hōʻike ʻana i ka moʻolelo hōʻike gene, nā ʻano hana a me nā hana molekala o kekahi mau kaʻina olaola.I kēia lā, ua hoʻohana nui ʻia ka mRNA sequencing i ka noiʻi kumu, diagnostics clinical, development drug, etc.

Papahana: Illumina NovaSeq 6000


Nā kikoʻī lawelawe

Bioinformatics

Nā hopena hōʻike

Pono

ØʻIke Loa: Ma luna o 200,000 mau laʻana i hana ʻia ma BMK e uhi ana i nā ʻano laʻana like ʻole, me ka moʻomeheu cell, ka ʻiʻo, ka wai kino, etc.

ØPūnaehana hoʻomalu maikaʻi koʻikoʻi: Ke nānā pono ʻia nei nā helu hoʻokele maikaʻi ma o nā ʻanuʻu āpau e pili ana i ka hoʻomākaukau ʻana i ka laʻana, ka hoʻomākaukau ʻana i ka waihona, ka hoʻonohonoho ʻana a me nā bioinformatics ma lalo o ka nānā pono ʻana i mea e hoʻopuka ai i nā hopena kiʻekiʻe.

ØLoaʻa nā waihona ʻikepili he nui no ka annotation hana a me nā haʻawina hoʻonui e hoʻokō i nā pahuhopu noiʻi like ʻole.

ØNā lawelawe ma hope o ke kūʻai ʻana: Manaʻo nā lawelawe ma hope o ke kūʻai aku no 3 mau mahina ma hope o ka pau ʻana o ka papahana, me ka hahai ʻana i nā papahana, ka hoʻopiʻi pilikia, nā hopena Q&A, etc.

Nā Koina Laʻana a me ka Hoʻouna ʻana

Hale Waihona Puke Hoʻolālā kaʻina Manaʻo ʻia ka ʻikepili Ka Mana Mana
Hoʻonui ʻia ka Poly A Illumina PE150

6 Gb

Q30≥85%

Nā Koina Laʻana:

Nucleotides:

Maemae Pono pono Ka nui
OD260/280≥1.7-2.5 OD260/230≥0.5-2.5Hoʻopaʻa ʻia a ʻaʻole hoʻi i ka protein a i ʻole DNA contamination i hōʻike ʻia ma ka gel. No nā mea kanu: RIN≥6.5; No nā holoholona: RIN≥7; 28S/18S≥1.0; palena a ʻaʻohe kiʻekiʻe kumu. Conc.≥30 ng/μl;Volum ≥ 10 μl;Huina ≥ 1.5 μg

Tissue: Kaumaha(maloʻo):≥1 g
*No ka ʻiʻo liʻiliʻi ma mua o 5 mg, manaʻo mākou e hoʻouna i ka hāpana kikoo uila (i loko o ka nitrogen wai).

Hoʻokuʻu kelepona:Helu kelepona = 3×106- 1×107
* Manaʻo mākou e hoʻouna i ka lysate cell frozen.Inā ʻoi aku ka liʻiliʻi o ka helu kelepona ma mua o 5x105, ʻoi aku ka maikaʻi o ka hoʻoheheʻe ʻana i ka ʻili.

Nā laʻana koko:Volume≥1 ml

Microorganism:Ka nui ≥ 1 g

Manaʻo ʻia ka hāʻawi laʻana

ʻO ka pahu: 2 ml centrifuge tube (ʻAʻole ʻōlelo ʻia ʻo Tin foil)

Laʻana lepili: Pūʻulu+hoʻopiʻi e laʻa me A1, A2, A3;B1, B2, B3... ...

Hoʻouna:

  1. ʻO ka hau maloʻo: Pono e hoʻopili ʻia nā laʻana i loko o nā ʻeke a kanu ʻia i loko o ka hau maloʻo.
  2. Nā paipu RNAstable: Hiki ke hoʻomaloʻo ʻia nā laʻana RNA i loko o ka paipu hoʻopaʻa RNA (e laʻa me RNAstable®) a hoʻouna ʻia i ka wela lumi.

Holo Hana Hana

logo_01

Hoʻolālā hoʻokolohua

logo_02

Hāʻawi laʻana

logo_03

RNA unuhi

logo_04

Kūkulu hale waihona puke

logo_05

Ke kaʻina ʻana

logo_06

ʻIkepili ʻikepili

logo_07

Nā lawelawe ma hope o ke kūʻai aku


  • Mua:
  • Aʻe:

  • Bioinformatics

    2(1)

    Eukaryotic MRNA sequencing analysis workflow

    Bioinformatics

    ØKa mana maikaʻi ʻikepili maka

    ØHōʻike i ka genome alignment

    ØʻO ka nānā ʻana i ka hana transcript

    ØKa helu hōʻike

    ØKa nānā ʻana o ka ʻōlelo ʻokoʻa

    ØHoʻopuka helu hana a hoʻonui

    1.mRNA Ikepili Saturation curve

    3(1)

    2.Ka wehewehe ʻōlelo ʻokoʻa-Pālua pele

    4(1)

    3.KEGG anootation ma DEGs

    5(1)

    4.Hoʻokaʻawale GO ma nā DEG

    6(1)

    kiʻi i kahi ʻōlelo

    E kākau i kāu leka ma aneʻi a hoʻouna mai iā mākou

    E hoʻouna i kāu leka iā mākou: