Eukaryotic mRNA sequencing-Illumina
Pono
ØʻIke Loa: Ma luna o 200,000 mau laʻana i hana ʻia ma BMK e uhi ana i nā ʻano laʻana like ʻole, me ka moʻomeheu cell, ka ʻiʻo, ka wai kino, etc.
ØPūnaehana hoʻomalu maikaʻi koʻikoʻi: Ke nānā pono ʻia nei nā helu hoʻokele maikaʻi ma o nā ʻanuʻu āpau e pili ana i ka hoʻomākaukau ʻana i ka laʻana, ka hoʻomākaukau ʻana i ka waihona, ka hoʻonohonoho ʻana a me nā bioinformatics ma lalo o ka nānā pono ʻana i mea e hoʻopuka ai i nā hopena kiʻekiʻe.
ØLoaʻa nā waihona ʻikepili he nui no ka annotation hana a me nā haʻawina hoʻonui e hoʻokō i nā pahuhopu noiʻi like ʻole.
ØNā lawelawe ma hope o ke kūʻai ʻana: Manaʻo nā lawelawe ma hope o ke kūʻai aku no 3 mau mahina ma hope o ka pau ʻana o ka papahana, me ka hahai ʻana i nā papahana, ka hoʻopiʻi pilikia, nā hopena Q&A, etc.
Nā Koina Laʻana a me ka Hoʻouna ʻana
| Hale Waihona Puke | Hoʻolālā kaʻina | Manaʻo ʻia ka ʻikepili | Ka Mana Mana |
| Hoʻonui ʻia ka Poly A | Illumina PE150 | 6 Gb | Q30≥85% |
Nā Koina Laʻana:
Nucleotides:
| Maemae | Pono pono | Ka nui |
| OD260/280≥1.7-2.5 OD260/230≥0.5-2.5Hoʻopaʻa ʻia a ʻaʻole hoʻi i ka protein a i ʻole DNA contamination i hōʻike ʻia ma ka gel. | No nā mea kanu: RIN≥6.5; No nā holoholona: RIN≥7; 28S/18S≥1.0; palena a ʻaʻohe kiʻekiʻe kumu. | Conc.≥30 ng/μl;Volum ≥ 10 μl;Huina ≥ 1.5 μg |
Tissue: Kaumaha(maloʻo):≥1 g
*No ka ʻiʻo liʻiliʻi ma mua o 5 mg, manaʻo mākou e hoʻouna i ka hāpana kikoo uila (i loko o ka nitrogen wai).
Hoʻokuʻu kelepona:Helu kelepona = 3×106- 1×107
* Manaʻo mākou e hoʻouna i ka lysate cell frozen.Inā ʻoi aku ka liʻiliʻi o ka helu kelepona ma mua o 5x105, ʻoi aku ka maikaʻi o ka hoʻoheheʻe ʻana i ka ʻili.
Nā laʻana koko:Volume≥1 ml
Microorganism:Ka nui ≥ 1 g
Manaʻo ʻia ka hāʻawi laʻana
ʻO ka pahu: 2 ml centrifuge tube (ʻAʻole ʻōlelo ʻia ʻo Tin foil)
Laʻana lepili: Pūʻulu+hoʻopiʻi e laʻa me A1, A2, A3;B1, B2, B3... ...
Hoʻouna:
- ʻO ka hau maloʻo: Pono e hoʻopili ʻia nā laʻana i loko o nā ʻeke a kanu ʻia i loko o ka hau maloʻo.
- Nā paipu RNAstable: Hiki ke hoʻomaloʻo ʻia nā laʻana RNA i loko o ka paipu hoʻopaʻa RNA (e laʻa me RNAstable®) a hoʻouna ʻia i ka wela lumi.
Holo Hana Hana
Hoʻolālā hoʻokolohua
Hāʻawi laʻana
RNA unuhi
Kūkulu hale waihona puke
Ke kaʻina ʻana
ʻIkepili ʻikepili
Nā lawelawe ma hope o ke kūʻai aku
Bioinformatics
Eukaryotic MRNA sequencing analysis workflow
Bioinformatics
ØKa mana maikaʻi ʻikepili maka
ØHōʻike i ka genome alignment
ØʻO ka nānā ʻana i ka hana transcript
ØKa helu hōʻike
ØKa nānā ʻana o ka ʻōlelo ʻokoʻa
ØHoʻopuka helu hana a hoʻonui
1.mRNA Ikepili Saturation curve
2.Ka wehewehe ʻōlelo ʻokoʻa-Pālua pele
3.KEGG anootation ma DEGs
4.Hoʻokaʻawale GO ma nā DEG
