Eukaryotic mRNA Sequencing-Illumina
Pono
● Loaʻa ka ʻike: Ua hana ʻia ma luna o 200,000 mau laʻana ma BMK e uhi ana i nā ʻano laʻana like ʻole, e like me ka moʻomeheu cell, ka ʻiʻo, ka wai kino, a me nā mea ʻē aʻe a ʻoi aku ma mua o 7,000 mRNA-Seq papahana i pani ʻia e uhi ana i nā wahi noiʻi like ʻole.
● Pūnaehana hoʻomalu maikaʻi koʻikoʻi: Ke nānā pono ʻia nei nā kumu hoʻomalu maikaʻi ma o nā ʻanuʻu a pau e like me ka hoʻomākaukau ʻana i ka laʻana, ka hoʻomākaukau ʻana i ka waihona, ka hoʻonohonoho ʻana a me nā bioinformatics ma lalo o ka nānā pono ʻana i mea e hoʻopuka ai i nā hopena kiʻekiʻe.
● Loaʻa nā waihona ʻikepili he nui no ka hōʻike hana a me nā haʻawina hoʻonui e hoʻokō i nā pahuhopu noiʻi like ʻole.
● Nā lawelawe ma hope o ke kūʻai aku: Manaʻo nā lawelawe ma hope o ke kūʻai aku no 3 mau mahina ma hope o ka pau ʻana o ka papahana, me ka hahai ʻana i nā papahana, ka hoʻopiʻi pilikia, nā hopena Q&A, etc.
Nā Koina Laʻana a me ka Hoʻouna ʻana
| Hale Waihona Puke | Hoʻolālā kaʻina | Manaʻo ʻia ka ʻikepili | Ka Mana Mana |
| Hoʻonui ʻia ʻo Poly A | Illumina PE150 | 6 Gb | Q30≥85% |
Nā Koina Laʻana:
Nucleotides:
| Conc.(ng/μl) | Ka nui (μg) | Maemae | Pono pono |
| ≥ 20 | ≥ 0.5 | OD260/280=1.7-2.5 OD260/230=0.5-2.5 Hoʻopaʻa ʻia a ʻaʻole hoʻi i ka protein a i ʻole DNA contamination i hōʻike ʻia ma ka gel. | No nā mea kanu: RIN≥6.5; No nā holoholona: RIN≥7.0; 5.0≥28S/18S≥1.0; palena a ʻaʻole kiʻekiʻe kumu |
Tissue: Kaumaha(maloʻo):≥1 g
*No ka ʻiʻo liʻiliʻi ma mua o 5 mg, manaʻo mākou e hoʻouna i kahi hāpana kikoo uila (i loko o ka nitrogen wai).
Hoʻokuʻu kelepona:Helu kelepona = 3×106- 1×107
* Manaʻo mākou e hoʻouna i ka lysate cell frozen.Inā ʻoi aku ka liʻiliʻi o kēlā cell ma mua o 5 × 105.
Nā laʻana koko:Volume≥1 ml
Microorganism:Ka nui ≥ 1 g
Manaʻo ʻia ka hāʻawi laʻana
ʻO ka pahu: 2 ml centrifuge tube (ʻAʻole ʻōlelo ʻia ʻo Tin foil)
Laʻana lepili: Pūʻulu+hoʻopiʻi e laʻa me A1, A2, A3;B1, B2, B3... ...
Hoʻouna:
- ʻO ka hau maloʻo: Pono e hoʻopili ʻia nā laʻana i loko o nā ʻeke a kanu ʻia i loko o ka hau maloʻo.
- Nā paipu RNAstable: Hiki ke hoʻomaloʻo ʻia nā laʻana RNA i ka paipu hoʻopaʻa RNA (e laʻa me RNAstable®) a hoʻouna ʻia i loko o ka wela lumi.
Holo Hana Hana
Hoʻolālā hoʻokolohua
Hāʻawi laʻana
RNA unuhi
Kūkulu hale waihona puke
Ke kaʻina ʻana
ʻIkepili ʻikepili
Nā lawelawe ma hope o ke kūʻai aku
Bioinformatics
Eukaryotic MRNA sequencing analysis workflow
Bioinformatics
ØKa mana maikaʻi ʻikepili maka
ØHōʻike i ka genome alignment
ØKa nānā 'ana i ka hana transcript
ØKa helu hōʻike
ØKa nānā ʻana o ka ʻōlelo ʻokoʻa
ØHoʻopuka helu hana a hoʻonui
1.mRNA Ikepili Saturation curve
2.Ka nānā ʻana o ka ʻōlelo ʻokoʻa-Pālua pele
3.KEGG anootation ma DEGs
4.Hoʻokaʻawale GO ma nā DEG
