Hoʻemi ʻia ka Hoʻohālikelike Bisulfite Sequencing (RRBS)
ʻO ka hoʻokaʻina ʻana o ka bisulfite representation i hoʻēmi ʻia (RRBS) e hilinaʻi nei i ka hoʻonui ʻana o nā wahi waiwai o ka mokupuni CpG e ka ʻoki ʻana o MspI a ukali ʻia e ke koho ʻana i ka nui o nā ʻāpana 200-500/600 bps. No laila, ʻo nā wahi kokoke i nā mokupuni CpG wale nō i hoʻokaʻina ʻia, ʻoiai ʻo nā mea me nā mokupuni CpG mamao e kāpae ʻia mai ka nānā ʻana. ʻO kēia kaʻina hana, i hui pū ʻia me ka hoʻokaʻina ʻana o ka bisulfite, e ʻae i ka ʻike kiʻekiʻe o ka methylation DNA, a ʻo ke ʻano hoʻokaʻina, ʻo PE150, e kālele pono ana i nā wēlau o nā mea hoʻokomo ma mua o ka waena, e hoʻonui ana i ka pono o ka profiling methylation.
Ua kū mai kēia ʻano hana ma ke ʻano he koho kūpono a kūpono hoʻi no ka Whole Genome Bisulfite Sequencing (WGBS) i ka noiʻi methylation DNA. ʻOiai ʻo WGBS e hāʻawi i nā ʻike piha ma ka nānā ʻana i ka genome holoʻokoʻa ma ka hoʻonā kumu hoʻokahi, hiki i kona kumukūʻai kiʻekiʻe ke lilo i mea palena, kahi a RRBS e hōʻemi nei i kēia pilikia ma ke koho ʻana i kahi ʻāpana ʻelele o ka genome. He mea hana waiwai nui kēia ʻano hana e hiki ai ke noiʻi methylation DNA kūpono a hoʻolaha i ka ʻike o nā ʻano epigenetic.
Nā Hiʻohiʻona Lawelawe
● Ka hoʻonohonoho ʻana ma Illumina NovaSeq.
● Pono i kahi genome kuhikuhi.
● Hoʻohana ʻia ka Lambda DNA e nānā i ka pono o ka hoʻololi ʻana o ka bisulfite.
● Nānā ʻia hoʻi ka pono o ka hoʻoheheʻe ʻana o MspI.
● Ka hoʻoheheʻe ʻana o ka enzyme pālua no nā laʻana mea kanu.
Nā Pōmaikaʻi o ka Lawelawe
●ʻO kahi koho kūpono a kūpono hoʻi no ka WGBSHiki iā ia ke hoʻokō ʻia ka nānā ʻana ma ke kumu kūʻai haʻahaʻa a me nā koi laʻana haʻahaʻa.
●Paepae piha:Hāʻawi mākou i ka lawelawe hoʻokahi-kū maikaʻi loa mai ka hana ʻana i nā laʻana, ke kūkulu ʻana i nā hale waihona puke, a me ka sequencing a hiki i ka nānā ʻana i ka bioinformatics.
●Ka ʻIke LoaUa loaʻa iā mākou ka holomua ma nā ʻano ʻano like ʻole. Lawe mai ʻo BMKGENE ma mua o hoʻokahi ʻumi makahiki o ka ʻike, kahi hui loiloi akamai loa, ka ʻike piha, a me ke kākoʻo maikaʻi loa ma hope o ke kūʻai aku.
Nā Kikoʻī Hana
| Hale Waihona Puke | Hoʻolālā Hoʻonohonoho | Ka hoʻopuka ʻikepili i manaʻo ʻia | Kaohi maikaʻi |
| Hale waihona puke i hoʻoheheʻe ʻia ʻo MspI a mālama ʻia me Bisulfite | ʻIllumina PE150 | 8 Gb | Q30 ≥ 85% Hoʻololi ʻana o ka bisulfite > 99% Ka pono o ka ʻoki ʻana o MspI > 95% |
Nā Koina Laʻana
| Ka nui o ka hui ʻana (ng/µL) | Ka nui holoʻokoʻa (µg) |
| |
| ʻADN genomic | ≥ 30 | ≥ 1 | Ka palena o ka hōʻino ʻana a i ʻole ka haumia |
Kahe Hana Lawelawe
Hoʻouna ʻana i nā laʻana
Ke kūkulu ʻana i ka hale waihona puke
Ka hoʻonohonoho ʻana
Ka loiloi ʻikepili
Nā lawelawe ma hope o ke kūʻai aku
ʻO ka loiloi BI e komo pū ana me kēia mau mea:
● Ka mana hoʻomalu maikaʻi o ka hoʻonohonoho ʻana i nā maka;
● Ke hoʻohālikelike ʻana i ka genome kuhikuhi;
● Ka ʻike ʻana i nā kumu methylated 5mC a me ka ʻike ʻana i ke kumu;
● Ka nānā ʻana i ka hoʻolaha ʻana o ka methylation a me ka hoʻohālikelike ʻana i ka laʻana;
● Ka Nānā ʻana i nā ʻĀpana Methylated ʻokoʻa (DMRs);
● Ka hoʻākāka hana o nā genes e pili ana i nā DMR.
Ka mana maikaʻi: ka pono o ka hoʻoheheʻe ʻana (ma ka hoʻohālikelike genome)
Ka mana maikaʻi: hoʻololi bisulfite (i ka unuhi ʻike methylation)
Palapala ʻāina Methylation: 5mC methylation genome-wide distribution
Hoʻohālikelike laʻana: Ka Nānā ʻĀpana Nui
Ka nānā ʻana o nā ʻĀpana Methylated ʻokoʻa (DMRs): palapala wela
E ʻimi i nā holomua noiʻi i kōkua ʻia e nā lawelawe hoʻonohonoho genome bisulfite holoʻokoʻa a BMKGene ma o kahi hōʻiliʻili o nā puke i hoʻonohonoho pono ʻia.
Li, Z. et al. (2022) 'Ke hoʻonohonoho hou ʻana i ka hilinaʻi kiʻekiʻe i loko o nā pūnaewele like Leydig e ka hoʻāla ʻana o CRISPR a me nā kumu paracrine',PNAS Nexus, 1(4). hana: 10.1093/PNASNEXUS/PGAC179.
Tian, H. et al. (2023) 'Ka nānā ʻana i ka methylation DNA genome-ākea o ke ʻano o ke kino i nā māhoe monozygotic Kina',Ka Nūpepa ʻEulopa no ka Noiʻi Lapaʻau, 53(11), p. e14055. doi: 10.1111/ECI.14055.
Wu, Y. et al. (2022) 'DNA methylation a me ka lakio pūhaka-a-hip: kahi noiʻi hui epigenome-ākea i nā māhoe monozygotic Kina',Ka Nūpepa o ka Noiʻi Endocrinological, 45(12), pp. 2365–2376. doi: 10.1007/S40618-022-01878-4.
