Nā huahana

Hoʻokahi-nucleus RNA Sequencing

ʻO ka holomua o ka hopu ʻana i ke kelepona hoʻokahi a me ka ʻenehana kūkulu hale waihona puke me ka hui pū ʻana me ke kaʻina hana kiʻekiʻe e hiki ai i nā haʻawina hōʻike gene ma ke kumu cell-by-cell.Hāʻawi ia i kahi ʻōnaehana hohonu a piha hoʻi i nā heluna cell paʻakikī, kahi e pale nui ai i ka huna ʻana i ko lākou heterogeneity ma ka lawe ʻana i ka awelika o nā cell āpau.

Eia nō naʻe, ʻaʻole kūpono kekahi mau cell e hana ʻia i hoʻokuʻu ʻia hoʻokahi-cell, no laila, pono nā ʻano hana hoʻomākaukau ʻē aʻe - ka unuhi ʻana o ka nucleus mai nā ʻiʻo, ʻo ia hoʻi, lawe pololei ʻia ka nucleus mai nā ʻiʻo a i ʻole cell a hoʻomākaukau ʻia i hoʻokahi-nucleus suspension no hoʻokahi- ke kaʻina ʻana o ke kelepona.

Hāʻawi ʻo BMK i ka 10× Genomics ChromiumTM i hoʻokumu ʻia i ka lawelawe hoʻokaʻina RNA pū hoʻokahi.Ua hoʻohana nui ʻia kēia lawelawe i nā haʻawina e pili ana i nā haʻawina e pili ana i nā maʻi, e like me ka hoʻokaʻawale ʻana o ka cell immune, heterogeneity tumor, tissue development, etc.

ʻĀpana kope kope: 10× Genomics

Papahana: Illumina NovaSeq Platform

Kāhea iā mā˚ou

Nā kikoʻī lawelawe

Bioinformatics

Nā hopena hōʻike

Kuʻuna loea

Loaʻa ka hoʻokaʻawale ʻana o ka nuclei e 10 × Genomics Chromium TM, nona ka ʻōnaehana microfluidics ʻewalu-channel me nā ala ʻelua.Ma kēia ʻōnaehana, ua hoʻopili ʻia kahi pahu gel me nā barcodes a me ka primer, nā enzymes a me kahi nucleus hoʻokahi i loko o ka kulu aila nui nanoliter, e hana ana i ka Gel Bead-in-Emulsion (GEM).Ke hoʻokumu ʻia ka GEM, hana ʻia ka cell lysis a me ka hoʻokuʻu ʻana i nā barcode i kēlā me kēia GEM.Hoʻololi ʻia ka mRNA i loko o nā molekala cDNA me 10x barcodes a me UMI, kahi e pili ana i ke kūkulu ʻana i ka hale waihona puke.

ʻAʻole kūpono ka ʻupena no ka hoʻomākaukau ʻana i ka hoʻopaneʻe ʻana o ke kelepona hoʻokahi

Kelepona / Tissue	Ke kumu
Wehe hou i ke kino hau	ʻAʻole hiki ke loaʻa i nā hui hou a i mālama ʻia paha
ʻO ka ʻiʻo ʻiʻo, Megakaryocyte, Fat…	Nui loa ke anawaena o ke kelepona no ke komo ʻana i ka mea kani
ʻĀpaʻa…	ʻAʻole hiki ke hoʻokaʻawale i nā cell hoʻokahi
Kelepona neuron, lolo…	ʻOi aku ka maʻalahi, maʻalahi i ke koʻikoʻi, e hoʻololi i nā hopena sequencing
Pancreas, Thyroid…	Loaʻa i nā enzymes endogenous, e pili ana i ka hana ʻana o ka hoʻokuʻu ʻana o ke kelepona hoʻokahi

Single-nucleus vs Single-cell

Hoʻokahi-nucleus	pakahi-kele
ʻO ke anawaena kelepona palena ʻole	Ke anawaena pūnaewele: 10-40 μm
Hiki i nā mea ke lilo i mea hau	ʻO ka mea pono he kikokiko hou
ʻO ke koʻikoʻi haʻahaʻa o nā pūnaewele hau	Hiki i ka hoʻohana ʻana i ka enzyme ke hoʻoulu i ke koʻikoʻi o ka cell
ʻAʻole pono e wehe ʻia ke koko ʻulaʻula	Pono e wehe ʻia ke koko ʻulaʻula
Hōʻike ka Nuclear i ka bioinformation	Hōʻike ke kelepona holoʻokoʻa i ka bioinformation