BMKCloud Log in
条形banner-03

Nā huahana

ʻO ke kaʻina transcriptome holoʻokoʻa - Illumina

Hāʻawi ka holo transcriptome holoʻokoʻa i kahi ala ākea i ka hoʻopili ʻana i nā molekole RNA like ʻole, e hoʻopili ana i nā coding (mRNA) a me nā RNA non-coding (lncRNA, circRNA, a me miRNA).Hoʻopili kēia ʻenehana i ka transcriptome piha o nā cell kikoʻī i ka manawa i hāʻawi ʻia, e ʻae ai i ka ʻike holoʻokoʻa o nā kaʻina kelepona.ʻIke ʻia hoʻi ʻo "total RNA sequencing," manaʻo ia e wehe i nā ʻoihana hoʻoponopono paʻakikī i ka pae transcriptome, e hiki ai i ka loiloi hohonu e like me ka hoʻokūkū RNA endogenous (ceRNA) a me ka loiloi RNA hui.Hōʻailona kēia i ka hana mua i ke ʻano hana, ʻoi aku ka wehe ʻana i nā ʻoihana hoʻoponopono e pili ana i nā pilina ceRNA circRNA-miRNA-mRNA.


Nā kikoʻī lawelawe

Bioinformatics

Nā hopena hōʻike

Hoʻolaha ʻia

Nā hiʻohiʻona

● Hale waihona lua e hoʻonohonoho i ka transcriptome holoʻokoʻa: hoʻopau ʻia ka rRNA a ukali ʻia e ka hoʻomākaukau hale waihona PE150 a me ke koho nui a ukali ʻia e ka hoʻomākaukau waihona SE50

● Hoʻopiha piha i ka bioinformatics ka nānā ʻana o mRNA, lncRNA, circRNA a me miRNA i nā hōʻike bioinformatics ʻokoʻa

● Ka nānā 'ana o nā hua'ōlelo RNA a pau ma ka hō'ike hui pū, me ka nānā 'ana i nā pūnaewele ceRNA.

Pono lawelawe

ʻIke hohonu o nā pūnaewele hoʻoponopono: Hoʻohana ʻia ka ʻikena pūnaewele ceRNA e ka hui pū ʻana o ka mRNA, lncRNA, circRNA a me miRNA a me kahi kahe hana bioinformatic pau loa.

Hōʻikeʻike piha: hoʻohana mākou i nā ʻikepili he nui e hoʻopuka pono i nā Genes Differentially Expressed (DEGs) a hana i ka loiloi hoʻonui e pili ana, e hāʻawi ana i nā ʻike e pili ana i nā kaʻina kelepona a me nā molekala e pili ana i ka pane transcriptome.

ʻIke Nui: me kahi moʻolelo o ka hoʻopau kūleʻa ʻana ma luna o 2000 mau papahana transcriptome holoʻokoʻa ma nā kahua noiʻi like ʻole, lawe kā mākou hui i ka waiwai o ka ʻike i kēlā me kēia papahana.

Hoʻomalu maikaʻi loa: hoʻokō mākou i nā wahi mana koʻikoʻi ma nā pae āpau, mai ka laʻana a me ka hoʻomākaukau ʻana i ka waihona a hiki i ka sequencing a me nā bioinformatics.Mālama kēia mākaʻikaʻi ʻana i ka hāʻawi ʻana i nā hopena kiʻekiʻe mau.

● Hōʻike piha: hoʻohana mākou i nā ʻikepili he nui e hoʻopuka pono i nā Genes Differentially Expressed (DEGs) a hana i ka loiloi hoʻonui e pili ana, e hāʻawi ana i nā ʻike e pili ana i nā kaʻina kelepona a me nā molekala e pili ana i ka pane transcriptome.

Kākoʻo ma hope o ke kūʻai aku: ʻO kā mākou kūpaʻa e ʻoi aku ma mua o ka hoʻopau ʻana o ka papahana me kahi manawa lawelawe 3 mahina ma hope o ke kūʻai aku.I kēia manawa, hāʻawi mākou i ka hahai ʻana o ka papahana, kōkua hoʻoponopono, a me nā hālāwai Q&A e hoʻoponopono i nā nīnau pili i nā hopena.

Nā Koina Laʻana a me ka Hoʻouna ʻana

Hale Waihona Puke

Hoʻolālā kaʻina

Manaʻo ʻia ka ʻikepili

Ka Mana Mana

Ua pau ka rRNA

Illumina PE150

16 Gb

Q30≥85%

Nui i koho ʻia

Illumina SE50

Heluhelu 10-20M

 

Nā Koina Laʻana:

Nucleotides:

Conc.(ng/μl)

Ka nui (μg)

Maemae

Pono pono

≥ 100

≥ 1

OD260/280=1.7-2.5

OD260/230=0.5-2.5

Hoʻopaʻa ʻia a ʻaʻole hoʻi i ka protein a i ʻole DNA contamination i hōʻike ʻia ma ka gel.

Nā mea kanu: RIN≥6.5

Holoholona: RIN≥7.0

5.0≥28S/18S≥1.0;

palena a ʻaʻole kiʻekiʻe kumu

Manaʻo ʻia ka hāʻawi laʻana

ipu:
2 ml centrifuge paipu (ʻaʻole ʻōlelo ʻia ʻo Tin foil)
Laʻana lepili: Pūʻulu+hoʻopiʻi e laʻa me A1, A2, A3;B1, B2, B3... ...

Hoʻouna:
1.Dry-ice: Pono e hoʻopiliʻia nā laʻana i loko o nāʻeke a kanuʻia i loko o ka hau maloʻo.
2.RNAstable tubes: Hiki ke hoʻomaloʻo ʻia nā laʻana RNA ma ka RNA stabilization tube (eg RNAstable®) a hoʻouna ʻia i loko o ka lumi wela.

Holo Hana Hana

Laʻana QC

Hoʻolālā hoʻokolohua

hāʻawi laʻana

Hāʻawi laʻana

Hoʻokolohua hoʻokele

RNA unuhi

Hoʻomākaukau hale waihona puke

Kūkulu hale waihona puke

Ke kaʻina ʻana

Ke kaʻina ʻana

ʻIkepili ʻikepili

ʻIkepili ʻikepili

Mahope o ke kuai ana

Nā lawelawe ma hope o ke kūʻai aku


  • Mua:
  • Aʻe:

  • Bioinformatics

    wps_doc_16

    Hōʻike hōʻike RNA

     图片41

    Nā genes Hōʻike ʻokoʻa

    图片42

     

     

    ka nānā ʻana o ka ceRNA

     图片43Nā miRNA i hōʻike ʻokoʻa a me nā RNA pili

    图片44 

     E ʻimi i nā holomua noiʻi i hoʻomaʻamaʻa ʻia e BMKGene 'nā lawelawe hoʻokaʻina transcriptome holoʻokoʻa ma o ka hōʻiliʻili ʻana o nā puke.

     

    Dai, Y. et al.(2022) 'Nā palapala hōʻike piha o nā mRNA, lncRNA a me nā miRNA i ka maʻi Kashin-Beck i ʻike ʻia e ka RNA-sequencing', Molecular Omics, 18(2), pp. 154–166.doi: 10.1039/D1MO00370D.

    Liu, N. nan et al.(2022) 'Ka nānā 'ana i nā transcriptomes holo'oko'a no ke kū anuanu o Apis cerana ma Changbai Mountain i ka wā ho'oilo.', Gene, 830, pp. 146503–146503.doi: 10.1016/J.GENE.2022.146503.

    Wang, XJ et al.(2022) 'Multi-Omics Integration-Based Prioritization of Cometing Endogenous RNA Regulation Networks in Small Cell Lung Cancer: Molecular Characteristics and Drug Candidates', Frontiers in Oncology, 12, p.904865. doi: 10.3389/FONC.2022.904865/BIBTEX.

    Xu, P. et al.(2022) 'Hōʻike ka ʻimi hoʻohui ʻana o ka lncRNA/circRNA-miRNA-mRNA hōʻike ʻike i nā ʻike hou i nā hana hiki ke pane i nā nematodes root-knot i ka pīkī', BMC Genomics, 23(1), pp. 1–12.doi: 10.1186 / S12864-022-08470-3 / NUI / 7.

    Yan, Z. et al.(2022) 'Hōʻike ka hoʻokaʻina RNA holoʻokoʻa i nā hana molekala e pili ana i ka mālama ʻana i ka maikaʻi postharvest ma broccoli e ka ʻulaʻula LED irradiation', Postharvest Biology and Technology, 188, p.111878. doi: 10.1016/J.POSTHARVBIO.2022.111878.

    kiʻi i kahi ʻōlelo

    E kākau i kāu leka ma aneʻi a hoʻouna mai iā mākou

    E hoʻouna i kāu leka iā mākou: