उच्च थ्रूपुट अनुक्रमण (ATAC-seq) के साथ ट्रांसपोजेस-एक्सेसिबल क्रोमेटिन के लिए परख
सेवा सुविधाएँ
● डीएनए-प्रोटीन अंतःक्रियाओं को संरक्षित करने के लिए, इस सेवा में निकाले गए न्यूक्लिक एसिड के बजाय ऊतक के नमूनों की आवश्यकता होती है।
● एटीएसी विधि में ऊतक पृथक्करण, उसके बाद नाभिक पृथक्करण, टीएन5 उपचार और शुद्धिकरण, पीसीआर प्रवर्धन, आकार चयन और अनुक्रमण शामिल हैं।
● इलुमिना नोवासेक में अनुक्रमण
सेवा के लाभ
●उच्च संवेदनशीलता:लाइब्रेरी तैयार करने और सीक्वेंसिंग के लिए कम प्रारंभिक कोशिका मात्रा पर्याप्त है।
●अत्यंत जानकारीपूर्ण तकनीकयह एक साथ खुले क्रोमेटिन और सक्रिय नियामक तत्वों जैसे कि ट्रांसक्रिप्शन फैक्टर बाइंडिंग साइट्स के जीनोमिक स्थानों को प्रकट करता है।
●अच्छी प्रायोगिक पुनरुत्पादकतातकनीकी प्रतिकृतियां उत्कृष्ट पुनरावृत्ति क्षमता दर्शाती हैं।
●व्यापक विशेषज्ञतासैकड़ों एटीएसी सीक्वेंसिंग परियोजनाओं को सफलतापूर्वक पूरा करने के साथ, बीएमकेजीन एक दशक से अधिक का अनुभव, एक उच्च कुशल विश्लेषण टीम, व्यापक सामग्री और उत्कृष्ट बिक्रीोत्तर सहायता प्रदान करता है।
●ट्रांसक्रिप्टोमिक्स विश्लेषण के साथ जुड़ने की संभावना: यह आरएनए-सीक्वेंसिंग जैसे अन्य ओमिक्स डेटा के साथ एटीएसी सीक्वेंसिंग के एकीकृत विश्लेषण की अनुमति देता है।
● व्यापक जैवसूचना विश्लेषणइससे न केवल क्रोमेटिन के खुले क्षेत्रों और उनकी संबंधित कार्यप्रणाली (प्रमोटर, यूटी, एक्सॉन, इंट्रॉन) की पहचान संभव हो पाती है, बल्कि नमूनों के बीच क्रोमेटिन के खुले क्षेत्रों में अंतर का विश्लेषण भी संभव हो पाता है।
सेवा विनिर्देश
| पुस्तकालय | अनुक्रमण रणनीति | अनुशंसित डेटा आउटपुट | गुणवत्ता नियंत्रण |
| ATAC-seq | इलुमिना PE150 | > 20 मिलियन रीड्स जीनोम के आकार के आधार पर (मानव: 50 मिलियन रीड्स) | Q30≥85% |
नमूना आवश्यकताएँ
नमूने का प्रकार: ऊतक, जीवित या जमे हुए कोशिकाएं, रक्त
● सेल संख्या: ≥ 106कोशिकाओं
● ऊतक का वजन: ≥ 200 मिलीग्राम ताजा ऊतक
● रक्त: ≥ 4 मिलीलीटर
सेवा कार्य प्रवाह
प्रयोग डिजाइन
नमूना वितरण
डीएनए निष्कर्षण
पुस्तकालय निर्माण
अनुक्रमण
डेटा विश्लेषण
बिक्री पश्चात सेवाएं
इसमें निम्नलिखित विश्लेषण शामिल है:
● कच्चे डेटा की गुणवत्ता नियंत्रण;
● संदर्भ जीनोम से मैपिंग के आधार पर पीक कॉलिंग;
● शिखर स्थान पर जीन एनोटेशन;
● मोटिफ विश्लेषण: प्रतिलेखन कारक बंधन स्थलों (टीएफबीएस) की पहचान;
● विभेदक शिखर विश्लेषण और एनोटेशन।
1. टीएसएस और आसन्न क्षेत्रों (±3 केबी) में एटीएसी रीड्स के वितरण का हीटमैप
2. विभिन्न जीनोम घटकों में खुले क्रोमेटिन क्षेत्र का वितरण
3. समूहों के बीच विभेदक पीक कॉलिंग
बीएमकेजीन की एटीएसी अनुक्रमण सेवाओं द्वारा सुगम बनाए गए अनुसंधान संबंधी प्रगति का पता लगाने के लिए प्रकाशनों के एक सुनियोजित संग्रह का उपयोग करें।
फू, ए.इत्यादि।(2023) 'करेला (Momordica charantia L. var. abbreviata Ser.) के टेलोमेयर-से-टेलोमेयर जीनोम संयोजन से फल के विकास, संरचना और पकने की आनुवंशिक विशेषताओं का पता चलता है'बागवानी अनुसंधान, 10(1). डीओआई: 10.1093/एचआर/यूएचएसी228।
गोंग, बी.इत्यादि।(2023) 'ग्लियोमा में ऑन्कोजीन के रूप में स्रावी किनेज FAM20C की एपिजेनेटिक और ट्रांसक्रिप्शनल सक्रियता',जर्नल ऑफ जेनेटिक्स एंड जीनोमिक्स, 50(6), पृ. 422-433. डीओआई: 10.1016/जे.जेजीजी.2023.01.008।
अरे।इत्यादि।(2023) 'ब्यूटिरेट, सी-फॉस-निर्भर एक्ससीटी दमन को प्रेरित करके कोलोरेक्टल कैंसर में फेरोप्टोसिस प्रतिरोध को उलट देता है',रेडॉक्स जीवविज्ञान, 65, पृ. 102822. doi: 10.1016/J.REDOX.2023.102822.
