पूर्ण-लंबाई mRNA अनुक्रमण - PacBio
विशेषताएँ
● पॉली-ए mRNA से cDNA का संश्लेषण और उसके बाद लाइब्रेरी का निर्माण
● सीसीएस मोड में अनुक्रमण, हाई-फाई रीड्स उत्पन्न करना
● पूर्ण लंबाई वाले प्रतिलेखों का अनुक्रमण
● इस विश्लेषण के लिए संदर्भ जीनोम की आवश्यकता नहीं है; हालाँकि, इसका उपयोग किया जा सकता है।
● जैवसूचना विश्लेषण ट्रांसक्रिप्ट आइसोफॉर्म lncRNA, जीन संलयन, पॉली-एडेनिलेशन और जीन संरचना के विश्लेषण को सक्षम बनाता है।
सेवा के लाभ
●उच्च सटीकताहाई-फाई रीडिंग की सटीकता 99.9% से अधिक (Q30) है, जो NGS के बराबर है।
● वैकल्पिक स्प्लिसिंग विश्लेषणसंपूर्ण ट्रांसक्रिप्ट की सीक्वेंसिंग से आइसोफॉर्म की पहचान और विशेषता का निर्धारण संभव हो पाता है।
●व्यापक विशेषज्ञता1100 से अधिक PacBio फुल-लेंथ ट्रांसक्रिप्टोम प्रोजेक्ट्स को पूरा करने और 2300 से अधिक नमूनों को संसाधित करने के शानदार ट्रैक रिकॉर्ड के साथ, हमारी टीम हर प्रोजेक्ट में भरपूर अनुभव लेकर आती है।
●बिक्री के बाद सहायताहमारी प्रतिबद्धता परियोजना पूर्ण होने के बाद भी 3 महीने की बिक्री पश्चात सेवा अवधि तक विस्तारित है। इस दौरान, हम परियोजना का अनुवर्ती कार्रवाई, समस्या निवारण सहायता और परिणामों से संबंधित किसी भी प्रश्न के समाधान हेतु प्रश्नोत्तर सत्र प्रदान करते हैं।
नमूना संबंधी आवश्यकताएँ और वितरण
| पुस्तकालय | अनुक्रमण रणनीति | डेटा की अनुशंसा की गई | गुणवत्ता नियंत्रण |
| पॉलीए समृद्ध mRNA CCS लाइब्रेरी | पैकबियो सीक्वल II पैकबियो रेवियो | 20/40 जीबी 5/10 एम सीसीएस | Q30≥85% |
नमूना आवश्यकताएँ:
न्यूक्लियोटाइड:
● पौधे:
जड़, तना या पंखुड़ी: 450 मिलीग्राम
पत्ती या बीज: 300 मिलीग्राम
फल: 1.2 ग्राम
● पशु:
हृदय या आंत: 300 मिलीग्राम
आंतरिक अंग या मस्तिष्क: 240 मिलीग्राम
मांसपेशी: 450 मिलीग्राम
हड्डियाँ, बाल या त्वचा: 1 ग्राम
● आर्थ्रोपोड्स:
कीड़े-मकोड़े: 6 ग्राम
क्रस्टेशिया: 300 मिलीग्राम
● संपूर्ण रक्त: 1 ट्यूब
● कोशिकाएँ: 106 कोशिकाओं
| सांद्रता (एनजी/एमएल) | मात्रा (मिग्रा) | पवित्रता | अखंडता |
| ≥ 100 | ≥ 1.0 | OD260/280=1.7-2.5 OD260/230=0.5-2.5 जेल पर प्रोटीन या डीएनए की संदूषण की मात्रा बहुत कम या न के बराबर दिखाई दी। | पौधों के लिए: RIN≥7.5; पशुओं के लिए: RIN≥8.0; 5.0≥ 28S/18S≥1.0; सीमित या कोई आधारभूत उन्नयन नहीं |
अनुशंसित नमूना वितरण
कंटेनर: 2 मिलीलीटर सेंट्रीफ्यूज ट्यूब (टिन फॉयल का उपयोग करने की सलाह नहीं दी जाती है)
नमूना लेबलिंग: समूह + प्रतिकृति जैसे A1, A2, A3; B1, B2, B3।
शिपमेंट:
1. ड्राई आइस: नमूनों को बैग में पैक करके ड्राई आइस में दबा देना चाहिए।
2. आरएनएस्टेबल ट्यूब: आरएनए के नमूनों को आरएनए स्थिरीकरण ट्यूब (जैसे आरएनएस्टेबल®) में सुखाया जा सकता है और कमरे के तापमान पर भेजा जा सकता है।
सेवा कार्य प्रवाह
प्रयोग डिजाइन
नमूना वितरण
आरएनए निष्कर्षण
पुस्तकालय निर्माण
अनुक्रमण
डेटा विश्लेषण
बिक्री पश्चात सेवाएं
इसमें निम्नलिखित विश्लेषण शामिल है:
● कच्चे डेटा की गुणवत्ता नियंत्रण
● वैकल्पिक पॉलीएडेनिलेशन विश्लेषण (एपीए)
● फ्यूजन ट्रांसक्रिप्ट विश्लेषण
● वैकल्पिक स्प्लिसिंग विश्लेषण
● यूनिवर्सल सिंगल-कॉपी ऑर्थोलॉग्स (BUSCO) विश्लेषण का बेंचमार्किंग
● नवीन प्रतिलेख विश्लेषण: कोडिंग अनुक्रमों (सीडीएस) का पूर्वानुमान और कार्यात्मक एनोटेशन
● lncRNA विश्लेषण: lncRNA और लक्ष्यों का पूर्वानुमान
● माइक्रोसैटेलाइट पहचान (एसएसआर)
बुस्को विश्लेषण
वैकल्पिक स्प्लिसिंग विश्लेषण
वैकल्पिक पॉलीएडेनिलेशन विश्लेषण (एपीए)
नए प्रतिलेखों का कार्यात्मक एनोटेशन
इस विशेष प्रकाशन में बीएमकेजीन की नैनोपोर फुल-लेंथ एमआरएनए सीक्वेंसिंग सेवाओं द्वारा सुगम बनाई गई प्रगति का अन्वेषण करें।
मा, वाई. एट अल. (2023) 'नेमोपिलेमा नोमुराई विष पहचान के लिए पैकबियो और ओएनटी आरएनए अनुक्रमण विधियों का तुलनात्मक विश्लेषण', जीनोमिक्स, 115(6), पृ. 110709. doi: 10.1016/J.YGENO.2023.110709.
चाओ, क्यू. एट अल. (2019) 'पॉपुलस स्टेम ट्रांसक्रिप्टोम की विकासात्मक गतिशीलता', प्लांट बायोटेक्नोलॉजी जर्नल, 17(1), पृ. 206–219. doi: 10.1111/PBI.12958.
डेंग, एच. एट अल. (2022) 'एक्टिनिडिया लैटिफोलिया (एक एस्कॉर्बेट-समृद्ध फल फसल) के फल विकास और पकने के दौरान एस्कॉर्बिक एसिड सामग्री में गतिशील परिवर्तन और संबंधित आणविक तंत्र', इंटरनेशनल जर्नल ऑफ मॉलिक्यूलर साइंसेज, 23(10), पृ. 5808. doi: 10.3390/IJMS23105808/S1.
हुआ, एक्स. एट अल. (2022) 'पेरिस पॉलीफ़िला में बायोएक्टिव पॉलीफ़िलिन में शामिल बायोसिंथेटिक पाथवे जीन की प्रभावी भविष्यवाणी', कम्युनिकेशंस बायोलॉजी 2022 5:1, 5(1), पृ. 1–10. doi: 10.1038/s42003-022-03000-z.
लियू, एम. एट अल. (2023) 'टुटा एब्सोलुटा (मेयरिक) ट्रांसक्रिप्टोम और साइटोक्रोम पी450 जीन का संयुक्त पैकबियो आइसो-सेक और इलुमिना आरएनए-सेक विश्लेषण', कीड़े, 14(4), पृ. 363. doi: 10.3390/INSECTS14040363/S1.
वांग, लिजुन एट अल. (2019) 'रिकिनस कम्युनिस में रिसिनोलिक एसिड जैवसंश्लेषण की बेहतर समझ के लिए इलुमिना आरएनए अनुक्रमण के साथ संयुक्त पैकबियो सिंगल-मॉलिक्यूल रियल-टाइम विश्लेषण का उपयोग करके ट्रांसक्रिप्टोम जटिलता का एक सर्वेक्षण', बीएमसी जीनोमिक्स, 20(1), पृ. 1–17. doi: 10.1186/S12864-019-5832-9.
