पूर्ण-लंबाई एमआरएनए अनुक्रमण -पैकबायो
सेवा लाभ
● 3'-अंत से 5'-अंत तक पूर्ण-लंबाई वाले सीडीएनए अणु का सीधा रीड-आउट
● अनुक्रम संरचना में आइसो-फॉर्म लेवल रिज़ॉल्यूशन
● उच्च सटीकता और अखंडता के साथ प्रतिलेख
● विभिन्न प्रजातियों के लिए अत्यधिक अनुकूल
● 4 PacBio Sequel II अनुक्रमण प्लेटफार्मों से सुसज्जित बड़ी अनुक्रमण क्षमता
● 700 से अधिक पैकबियो-आधारित आरएनए अनुक्रमण परियोजनाओं के साथ अत्यधिक अनुभवी
● BMKCloud-आधारित परिणाम वितरण: प्लेटफ़ॉर्म पर अनुकूलित डेटा-माइनिंग उपलब्ध है।
● बिक्री के बाद की सेवाएं परियोजना के पूरा होने पर 3 महीने के लिए वैध हैं
सेवा विशिष्टताएँ
प्लेटफ़ॉर्म: पैकबियो सीक्वल II
अनुक्रमण लाइब्रेरी: पॉली ए-समृद्ध एमआरएनए लाइब्रेरी
अनुशंसित डेटा उपज: 20 जीबी/नमूना (प्रजाति के आधार पर)
एफएलएनसी（%）： ≥75%
*एफएलएनसी: पूर्ण-लंबाई वाले गैर-काइमेरिक ट्रांसक्रिप्ट
जैव सूचना विज्ञान विश्लेषण करता है
● कच्चा डेटा प्रोसेसिंग
● प्रतिलेख पहचान
● अनुक्रम संरचना
● अभिव्यक्ति परिमाणीकरण
● फ़ंक्शन एनोटेशन
नमूना आवश्यकताएँ और वितरण
नमूना आवश्यकताएँ:
न्यूक्लियोटाइड्स:
| सांद्र(एनजी/μl) | मात्रा (μg) | पवित्रता | अखंडता |
| ≥ 120 | ≥ 0.6 | ओडी260/280=1.7-2.5 ओडी260/230=0.5-2.5 जेल पर सीमित या कोई प्रोटीन या डीएनए संदूषण नहीं दिखाया गया है। | पौधों के लिए: RIN≥7.5; जानवरों के लिए: RIN≥8.0; 5.0≥ 28S/18S≥1.0; सीमित या कोई आधारभूत उन्नयन नहीं |
ऊतक: वजन (सूखा):≥1 ग्राम
*5 मिलीग्राम से छोटे ऊतक के लिए, हम फ्लैश फ्रोजन (तरल नाइट्रोजन में) ऊतक का नमूना भेजने की सलाह देते हैं।
सेल निलंबन:सेल गिनती = 3×106- 1×107
*हम जमे हुए सेल लाइसेट को शिप करने की सलाह देते हैं।यदि वह सेल 5×10 से छोटा है5, तरल नाइट्रोजन में फ़्लैश जमे हुए की सिफारिश की जाती है, जो सूक्ष्म निष्कर्षण के लिए बेहतर है।
खून के नमूने:आयतन≥1 एमएल
सूक्ष्मजीव:द्रव्यमान ≥ 1 ग्राम
अनुशंसित नमूना वितरण
कंटेनर:
2 मिली सेंट्रीफ्यूज ट्यूब (टिन फ़ॉइल अनुशंसित नहीं है)
नमूना लेबलिंग: समूह+प्रतिकृति जैसे A1, A2, A3;बी1, बी2, बी3... ...
शिपमेंट:
1. सूखी बर्फ: नमूनों को बैग में पैक करके सूखी बर्फ में दबा देना चाहिए।
2. आरएनएस्टेबल ट्यूब: आरएनए नमूनों को आरएनए स्थिरीकरण ट्यूब (जैसे आरएनएस्टेबल®) में सुखाया जा सकता है और कमरे के तापमान में भेजा जा सकता है।
सेवा कार्य प्रवाह
प्रयोग डिज़ाइन
नमूना वितरण
आरएनए निष्कर्षण
पुस्तकालय निर्माण
अनुक्रमण
डेटा विश्लेषण
बिक्री के बाद की सेवाएँ
1.एफएलएनसी लंबाई वितरण
पूर्ण-लंबाई वाले गैर-काइमेरिक रीड (एफएलएनसी) की लंबाई पुस्तकालय निर्माण में सीडीएनए की लंबाई को इंगित करती है।पुस्तकालय निर्माण की गुणवत्ता के मूल्यांकन में एफएलएनसी लंबाई वितरण एक महत्वपूर्ण संकेतक है।
एफएलएनसी लंबाई वितरण पढ़ें
2.पूर्ण ओआरएफ क्षेत्र लंबाई वितरण
हम यूनिजीन सेट उत्पन्न करने के लिए प्रोटीन कोडिंग क्षेत्रों और संबंधित अमीनो एसिड अनुक्रमों की भविष्यवाणी करने के लिए ट्रांसडिकोडर का उपयोग करते हैं, जिसमें सभी नमूनों में पूर्ण गैर-अनावश्यक ट्रांसक्रिप्ट जानकारी शामिल होती है।
पूर्ण ओआरएफ क्षेत्र लंबाई वितरण
3.केईजीजी मार्ग संवर्धन विश्लेषण
PacBio अनुक्रमण डेटा द्वारा उत्पन्न पूर्ण-लंबाई प्रतिलेख सेट पर एनजीएस-आधारित आरएनए अनुक्रमण डेटा को संरेखित करके विभेदित रूप से व्यक्त प्रतिलेख (डीईटी) की पहचान की जा सकती है।इन डीईटी को विभिन्न कार्यात्मक विश्लेषणों के लिए आगे संसाधित किया जा सकता है, उदाहरण के लिए केईजीजी मार्ग संवर्धन विश्लेषण।
डीईटी केईजीजी मार्ग संवर्धन-डॉट प्लॉट
बीएमके मामला
पॉपुलस स्टेम ट्रांस्क्रिप्टोम की विकासात्मक गतिशीलता
प्रकाशित: प्लांट बायोटेक्नोलॉजी जर्नल, 2019
अनुक्रमण रणनीति:
नमूना संग्रह:स्टेम क्षेत्र: नैनलिन895 से शीर्ष, पहला इंटरनोड(आईएन1), दूसरा इंटरनोड(आईएन2), तीसरा इंटरनोड(आईएन3), इंटरनोड(आईएन4) और इंटरनोड(आईएन5)
एनजीएस-अनुक्रम:15 व्यक्तियों के आरएनए को एक जैविक नमूने के रूप में एकत्र किया गया था।एनजीएस अनुक्रम के लिए प्रत्येक बिंदु की तीन जैविक प्रतिकृतियां संसाधित की गईं
टीजीएस-अनुक्रम:स्टेम क्षेत्रों को तीन क्षेत्रों में विभाजित किया गया था, यानी शीर्ष, IN1-IN3 और IN4-IN5।प्रत्येक क्षेत्र को चार प्रकार की लाइब्रेरी के साथ PacBio अनुक्रमण के लिए संसाधित किया गया था: 0-1 केबी, 1-2 केबी, 2-3 केबी और 3-10 केबी।
मुख्य परिणाम
1. कुल 87150 पूर्ण-लंबाई प्रतिलेखों की पहचान की गई, जिसमें 2081 नवीन आइसोफॉर्म और 62058 नवीन वैकल्पिक स्प्लिस्ड आइसोफॉर्म की पहचान की गई।
2.1187 एलएनसीआरएनए और 356 संलयन जीन की पहचान की गई।
3.प्राथमिक वृद्धि से द्वितीयक वृद्धि तक, 995 भिन्न रूप से व्यक्त जीनों से 15838 भिन्न रूप से व्यक्त प्रतिलेखों की पहचान की गई।सभी डीईजी में, 1216 प्रतिलेखन कारक थे, जिनमें से अधिकांश की अभी तक रिपोर्ट नहीं की गई है।
4.जीओ संवर्धन विश्लेषण से प्राथमिक और द्वितीयक विकास में कोशिका विभाजन और ऑक्सीकरण-कमी प्रक्रिया के महत्व का पता चला।
वैकल्पिक स्प्लिसिंग घटनाएँ और विभिन्न आइसोफॉर्म
प्रतिलेखन कारकों पर WGCNA विश्लेषण
संदर्भ
चाओ क्यू, गाओ जेडएफ, झांग डी, एट अल।पॉपुलस स्टेम ट्रांस्क्रिप्टोम की विकासात्मक गतिशीलता।प्लांट बायोटेक्नॉल जे. 2019;17(1):206-219.doi:10.1111/pbi.12958
