पूर्ण-लंबाई mRNA अनुक्रमण -PacBio
विशेषताएँ
● पॉली-ए mRNA से सीडीएनए संश्लेषण के बाद लाइब्रेरी तैयारी
● सीसीएस मोड में अनुक्रमण, हाईफाई रीड्स उत्पन्न करना
● पूर्ण-लंबाई वाले प्रतिलेखों का अनुक्रमण
● विश्लेषण के लिए संदर्भ जीनोम की आवश्यकता नहीं है; हालाँकि, इसका उपयोग किया जा सकता है
● जैव सूचनात्मक विश्लेषण ट्रांसक्रिप्ट आइसोफॉर्म lncRNA, जीन फ्यूजन, पॉली-एडेनिलेशन और जीन संरचना का विश्लेषण करने में सक्षम बनाता है
सेवा लाभ
●उच्च सटीकता: हाईफाई रीडिंग 99.9% से अधिक सटीकता के साथ (Q30), NGS के बराबर
● वैकल्पिक स्प्लिसिंग विश्लेषणसंपूर्ण प्रतिलेखों का अनुक्रमण आइसोफॉर्म की पहचान और लक्षण-निर्धारण को सक्षम बनाता है
●व्यापक विशेषज्ञता: 1100 से अधिक पैकबायो पूर्ण-लंबाई ट्रांसक्रिप्टोम परियोजनाओं को पूरा करने और 2300 से अधिक नमूनों को संसाधित करने के ट्रैक रिकॉर्ड के साथ, हमारी टीम हर परियोजना में अनुभव का खजाना लाती है।
●बिक्री के बाद सहायताहमारी प्रतिबद्धता परियोजना के पूरा होने के बाद भी 3 महीने की बिक्री-पश्चात सेवा अवधि तक जारी रहती है। इस दौरान, हम परियोजना अनुवर्ती कार्रवाई, समस्या निवारण सहायता और परिणामों से संबंधित किसी भी प्रश्न के समाधान के लिए प्रश्नोत्तर सत्र प्रदान करते हैं।
नमूना आवश्यकताएँ और वितरण
| पुस्तकालय | अनुक्रमण रणनीति | अनुशंसित डेटा | गुणवत्ता नियंत्रण |
| पॉलीए समृद्ध mRNA CCS लाइब्रेरी | पैकबायो सीक्वल II पैकबायो रेवियो | 20/40 जीबी 5/10 एम सीसीएस | क्यू30≥85% |
नमूना आवश्यकताएँ:
न्यूक्लियोटाइड:
● पौधे:
जड़, तना या पंखुड़ी: 450 मिलीग्राम
पत्ती या बीज: 300 मिलीग्राम
फल: 1.2 ग्राम
● पशु:
हृदय या आंत: 300 मिलीग्राम
आंत या मस्तिष्क: 240 मिलीग्राम
मांसपेशी: 450 मिलीग्राम
हड्डियाँ, बाल या त्वचा: 1 ग्राम
● आर्थ्रोपोड्स:
कीड़े: 6 ग्राम
क्रस्टेशिया: 300 मिलीग्राम
● संपूर्ण रक्त: 1 ट्यूब
● कोशिकाएं: 106 कोशिकाओं
| सांद्र (एनजी/μl) | मात्रा (μg) | पवित्रता | अखंडता |
| ≥ 100 | ≥ 1.0 | ओडी260/280=1.7-2.5 ओडी260/230=0.5-2.5 जेल पर प्रोटीन या डीएनए संदूषण सीमित या शून्य दिखाया गया। | पौधों के लिए: RIN≥7.5; जानवरों के लिए: RIN≥8.0; 5.0≥ 28एस/18एस≥1.0; सीमित या कोई आधार रेखा ऊंचाई नहीं |
अनुशंसित नमूना वितरण
कंटेनर: 2 मिली सेंट्रीफ्यूज ट्यूब (टिन फॉयल अनुशंसित नहीं है)
नमूना लेबलिंग: समूह+प्रतिकृति उदाहरणार्थ A1, A2, A3; B1, B2, B3.
शिपमेंट:
1. सूखी बर्फ: नमूनों को बैग में पैक करके सूखी बर्फ में दबाना होगा।
2. आरएनएस्टेबल ट्यूब: आरएनए नमूनों को आरएनए स्थिरीकरण ट्यूब (जैसे आरएनएस्टेबल®) में सुखाया जा सकता है और कमरे के तापमान पर भेजा जा सकता है।
सेवा कार्य प्रवाह
प्रयोग डिजाइन
नमूना वितरण
आरएनए निष्कर्षण
पुस्तकालय निर्माण
अनुक्रमण
डेटा विश्लेषण
बिक्री के बाद की सेवाएं
इसमें निम्नलिखित विश्लेषण शामिल है:
● कच्चे डेटा की गुणवत्ता नियंत्रण
● वैकल्पिक पॉलीएडेनिलेशन विश्लेषण (APA)
● फ्यूजन ट्रांसक्रिप्ट विश्लेषण
● वैकल्पिक स्प्लिसिंग विश्लेषण
● यूनिवर्सल सिंगल-कॉपी ऑर्थोलॉग्स (BUSCO) विश्लेषण की बेंचमार्किंग
● नवीन प्रतिलेख विश्लेषण: कोडिंग अनुक्रमों (सीडीएस) और कार्यात्मक एनोटेशन की भविष्यवाणी
● lncRNA विश्लेषण: lncRNA और लक्ष्यों की भविष्यवाणी
● माइक्रोसैटेलाइट पहचान (एसएसआर)
BUSCO विश्लेषण
वैकल्पिक स्प्लिसिंग विश्लेषण
वैकल्पिक पॉलीएडेनिलेशन विश्लेषण (APA)
उपन्यास प्रतिलेखों का कार्यात्मक एनोटेशन
इस विशेष प्रकाशन में BMKGene की नैनोपोर पूर्ण-लंबाई mRNA अनुक्रमण सेवाओं द्वारा सुगम की गई प्रगति का अन्वेषण करें।
मा, वाई. एट अल. (2023) 'नेमोपिलेमा नोमुराई विष पहचान के लिए पैकबायो और ओएनटी आरएनए अनुक्रमण विधियों का तुलनात्मक विश्लेषण', जीनोमिक्स, 115(6), पृष्ठ 110709. doi: 10.1016/J.YGENO.2023.110709.
चाओ, क्यू. एट अल. (2019) 'पॉपुलस स्टेम ट्रांसक्रिप्टोम की विकासात्मक गतिशीलता', प्लांट बायोटेक्नोलॉजी जर्नल, 17(1), पृ. 206–219. doi: 10.1111/PBI.12958.
देंग, एच. एट अल. (2022) 'एक्टिनिडिया लैटिफोलिया (एक एस्कॉर्बेट-समृद्ध फल फसल) के फल विकास और पकने के दौरान एस्कॉर्बिक एसिड सामग्री में गतिशील परिवर्तन और संबंधित आणविक तंत्र', इंटरनेशनल जर्नल ऑफ मॉलिक्यूलर साइंसेज, 23(10), पृष्ठ 5808. doi: 10.3390/IJMS23105808/S1.
हुआ, एक्स. एट अल. (2022) 'पेरिस पॉलीफ़िला में बायोएक्टिव पॉलीफ़िलिन में शामिल बायोसिंथेटिक पाथवे जीन की प्रभावी भविष्यवाणी', कम्युनिकेशंस बायोलॉजी 2022 5:1, 5(1), पृ. 1–10. doi: 10.1038/s42003-022-03000-z.
लियू, एम. एट अल. (2023) 'टूटा एब्सोल्यूटा (मेयरिक) ट्रांसक्रिप्टोम और साइटोक्रोम पी450 जीन का संयुक्त पैकबायो आइसो-सीक और इलुमिना आरएनए-सीक विश्लेषण', इंसेक्ट्स, 14(4), पृ. 363. doi: 10.3390/INSECTS14040363/S1.
वांग, लिजुन एट अल. (2019) 'रिकिनस कम्युनिस में रिकिनोलेइक एसिड बायोसिंथेसिस की बेहतर समझ के लिए इलुमिना आरएनए अनुक्रमण के साथ संयुक्त पैकबायो एकल-अणु वास्तविक समय विश्लेषण का उपयोग करके ट्रांसक्रिप्टोम जटिलता का एक सर्वेक्षण', बीएमसी जीनोमिक्स, 20(1), पृष्ठ 1–17. doi: 10.1186/S12864-019-5832-9.
