डीएनए/आरएनए अनुक्रमण-पैकबायो सीक्वेंसर
विशेषताएँ
PacBio सीक्वेंसर पर दो अनुक्रमण मोड: सतत लांग रीड (सीएलआर) और सर्कुलर सर्वसम्मति रीड (सीसीएस)
| अनुक्रमण मोड | पुस्तकालय का आकार | सैद्धांतिक डेटाउपज (प्रति सेल) | एकल-आधारशुद्धता | अनुप्रयोग |
| सीएलआर | 20Kb, 30Kb, आदि। | 80 जीबी से 130 जीबी | लगभग।85% | दे नोवो, एसवी कॉलिंग, आदि। |
| सीसीएस | 15-20 केबी | 14 से 40 जीबी/सेल (अगली कड़ी II) 70 से 110 जीबी/सेल (रेवियो) नमूनों पर निर्भर करता है | लगभग।99% | दे नोवो, एसएनपी/इंडेल/एसवी कॉलिंग, आईएसओ-सेक, |
रेवियो और सीक्वल II के प्रदर्शन और विशेषताओं की तुलना
| शर्तें | अगली कड़ी द्वितीय प्रणाली | रेविओ प्रणाली | बढ़ोतरी |
| उच्च घनत्व | 8 मिलियन ZMW | 25 मिलियन ZMW | 3x |
| स्वतंत्र चरण | 1 | 4 | 4x |
| कम चलने का समय | 30 घंटे | चौबीस घंटे | 1.25x |
| 30X हाईफाई मानव जीनोम/वर्ष | 88 | 1,300 | 1कुल मिलाकर 5x |
सेवा लाभ
● विभिन्न प्रजातियों के साथ हजारों बंद परियोजनाओं के साथ PacBio अनुक्रमण प्लेटफ़ॉर्म पर 8 वर्षों से अधिक का अनुभव।
● पर्याप्त सीक्वेंसिंग थ्रूपुट की गारंटी देने के लिए रेवियो नवीनतम PacBio सीक्वेंसिंग प्लेटफॉर्म से पूरी तरह सुसज्जित है।
● तेज़ टर्न-अराउंड समय, उच्च डेटा उपज और अधिक सटीक डेटा।
● सैकड़ों उच्च प्रभाव वाले PacBio-आधारित प्रकाशनों में योगदान दिया।
नमूना आवश्यकताएँ
| नमूना प्रकार | मात्रा | एकाग्रता (Qubit®) | आयतन | पवित्रता | अन्य |
| जीनोमिक डीएनए | डेटा आवश्यकता पर निर्भर | ≥50 एनजी/μl | ≥15μl | ओडी260/280=1.7-2.2; OD260/230=1.8-2.5； 260 एनएम पर स्पष्ट शिखर，कोई संदूषण नहीं | एकाग्रता को क्यूबिट और क्यूबिट/नैनोपोर = 0.8-2.5 द्वारा मापा जाना चाहिए |
| कुल आरएनए | ≥1.2μg | ≥120 एनजी/μl | ≥15μl | ओडी260/280=1.7-2.5; OD260/230=0.5-2.5；कोई संदूषण नहीं | आरआईएन मान ≥7.5 5≥28S/18S≥1 |
सेवा कार्यप्रवाह
नमूना तैयार करना
पुस्तकालय निर्माण
अनुक्रमण
डेटा विश्लेषण
परियोजना प्रसव
1.इन-हाउस डेटा यील्ड
63 सीसीएस कोशिकाओं से उत्पन्न डेटा (26 प्रजातियों से)
| डेटा-पैकबायो-सीसीएस-15 केबी | औसत | अधिकतम | मिन | मंझला |
| उपज - सबरीड्स (जीबी) | 421.12 | 544.27 | 221.38 | 426.58 |
| यील्ड - सीसीएस(जीबी) | 25.93 | 38.59 | 10.86 | 25.43 |
| पोलीमरेज़ N50 | 145,651 | 175,430 | 118,118 | 144,689 |
| सबरीड्स N50 | 17,509 | 23,924 | 12,485 | 17,584 |
| सीसीएस N50 | 14,490 | 19,034 | 9,876 | 14,747 |
| औसत लंबाई-पोलीमरेज़ | 67,995 | 89,379 | 49,664 | 66,433 |
| औसत लंबाई-उपपाठ | 15,866 | 21,036 | 11,657 | 16,012 |
| औसत लंबाई-सीसीएस | 14,489 | 19,074 | 8,575 | 14,655 |
16 सीएलआर कोशिकाओं से उत्पन्न डेटा (76 प्रजातियों से)
| डेटा-पैकबायो-सीएलआर-30केबी | औसत | अधिकतम | मिन | मंझला |
| उपज - सबरीड्स (जीबी) | 142.20 | 291.40 | 50.55 | 142.49 |
| पोलीमरेज़ N50 | 39,456 | 121,191 | 15,389 | 35,231 |
| सबरीड्स N50 | 28,490 | 41,012 | 14,430 | 29,063 |
| औसत लंबाई-पोलीमरेज़ | 22,063 | 48,886 | 8,747 | 21,555 |
| औसत लंबाई-उपपाठ | 17,720 | 27,225 | 8,293 | 17,779 |
2.डेटा क्यूसी - डेमोडेटा उपज पर सांख्यिकी
| नमूना | सीसीएस संख्या पढ़ता है | कुल सीसीएस आधार (बीपी) | सीसीएस पढ़ता है N50 (बीपी) | सीसीएस औसत लंबाई (बीपी) | सीसीएस सबसे लंबे समय तक पढ़ा गया (बीपी) | सबरीड्स बेस (बीपी) | सीसीएस दर(%) |
| PB_BMKxxx | 3,444,159 | 54,164,122,586 | 15,728 | 15,726 | 36,110 | 863,326,330,465 | 6.27 |
