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ओएनटी अनुक्रमण नैनोपोर्स पर आधारित एक एकल अणु वास्तविक समय विद्युत सिग्नल अनुक्रमण तकनीक है, प्रत्येक प्लेटफ़ॉर्म का अनुक्रमण सिद्धांत समान है।डबल-स्ट्रैंडेड डीएनए/आरएनए बायोफिल्म में एम्बेडेड नैनोपोरस प्रोटीन से बंधेगा और बायोफिल्म के दोनों तरफ से वोल्टेज अंतर की कार्रवाई के तहत मोटर प्रोटीन के नेतृत्व में खुल जाएगा, डीएनए/आरएनए स्ट्रैंड एक निश्चित समय पर नैनोपोर चैनल प्रोटीन से गुज़रेंगे दर।डीएनए/आरएनए स्ट्रैंड पर विभिन्न आधारों के रासायनिक गुणों में अंतर के कारण, जब एक एकल आधार या डीएनए अणु नैनोपोर चैनल से गुजरता है, तो यह विभिन्न विद्युत संकेतों में परिवर्तन का कारण बनेगा।इन संकेतों का पता लगाकर और उनके अनुरूप, संबंधित आधार प्रकारों की गणना की जा सकती है, और अनुक्रम का वास्तविक समय पता लगाना पूरा किया जा सकता है।