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डीएनए/आरएनए अनुक्रमण – नैनोपोर सीक्वेंसर

ONT सीक्वेंसिंग नैनोपोर पर आधारित एक एकल अणु वास्तविक समय विद्युत संकेत अनुक्रमण तकनीक है, और प्रत्येक प्लेटफॉर्म का सीक्वेंसिंग सिद्धांत समान है। दोहरे-स्ट्रैंड वाले DNA/RNA, बायोफिल्म में अंतर्निहित नैनोपोरस प्रोटीन से बंधते हैं और मोटर प्रोटीन के नेतृत्व में खुलते हैं। बायोफिल्म के दोनों ओर से वोल्टेज अंतर के प्रभाव में, DNA/RNA स्ट्रैंड एक निश्चित दर से नैनोपोर चैनल प्रोटीन से गुजरते हैं। DNA/RNA स्ट्रैंड पर विभिन्न बेस के रासायनिक गुणों में अंतर के कारण, जब एक एकल बेस या DNA अणु नैनोपोर चैनल से गुजरता है, तो यह विभिन्न विद्युत संकेतों में परिवर्तन उत्पन्न करता है। इन संकेतों का पता लगाकर और उनका मिलान करके, संबंधित बेस प्रकारों की गणना की जा सकती है, और वास्तविक समय में अनुक्रम का पता लगाया जा सकता है।

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सेवा विवरण

डेमो परिणाम

सेवा विवरण विशेषताएँ

प्लैटफ़ॉर्म	पुस्तकालय का आकार	सैद्धांतिक डेटा उपज (प्रति कोशिका)	एकल-आधार सटीकता	आवेदन
नैनोपोर	8Kb, 10kb, 20kb, अल्ट्रा लॉन्ग, cDNA-PCR	70-90 जीबी/सेल	85-92%	एसवी कॉलिंग, डी नोवो, पूर्ण-लंबाई अनुक्रमण, आइसो-सीक्व, जीन एनोटेशन, डीएनए मेथाइलेशन का पता लगाना

सेवा के लाभ

● पैकबियो सीक्वेंसिंग प्लेटफॉर्म पर 5 वर्षों से अधिक का अनुभव, विभिन्न प्रजातियों से संबंधित हजारों पूर्ण परियोजनाओं पर काम करने का अनुभव।
● बीएमकेजीन, ऑक्सफोर्ड नैनोपोर का एक आधिकारिक भागीदार है, जिसके पास ड्यूल प्लेटफॉर्म आरएनए/डीएनए प्रमाणन है।
● ऐसे सीक्वेंसर के मुख्यधारा के मॉडल उपलब्ध हैं जिनमें पूर्ण उपकरण और पर्याप्त सीक्वेंसिंग थ्रूपुट मौजूद हैं।
● नैनोपोर प्लेटफॉर्म पर आधारित, 10 से अधिक पशु और पादप डेनोवो शोध अंतरराष्ट्रीय स्तर पर प्रतिष्ठित पत्रिकाओं में प्रकाशित हो चुके हैं।

नमूना आवश्यकताएँ

नमूना प्रकार

मात्रा

सांद्रता (क्यूबिट ®)

आयतन

पवित्रता

अन्य

जीनोमिक डीएनए

डेटा की आवश्यकता पर निर्भर करता है

≥20एनजी/μl

≥15μl

ओडी260/280=1.7-2.2;

OD260/230≥1.5;

260 एनएम पर स्पष्ट शिखर, कोई संदूषण नहीं

सांद्रता को क्यूबिट और क्यूबिट/नैनोपोर ≤ 2 द्वारा मापा जाना चाहिए

कुल आरएनए

≥1.2 माइक्रोग्राम

≥100μg/μl

≥15μl

ओडी260/280=1.7-2.5;

OD260/230=0.5-2.5; कोई संदूषण नहीं

RIN मान ≥7.5

सेवा कार्यप्रवाह

नमूना तैयार करना

पुस्तकालय निर्माण

अनुक्रमण

डेटा विश्लेषण

परियोजना प्रसव

पहले का: इलुमिना की पूर्व-निर्मित लाइब्रेरी

अगला: विशिष्ट-स्थान प्रवर्धित खंड अनुक्रमण (SLAF-Seq)

डीएनए नमूने के डेटा गुणवत्ता का आकलन

तालिका 1. स्वच्छ डेटा पर सांख्यिकी।

बीएमकिड	रॉसेक्वनम	रॉसमबेस	क्लीनसेक्वनम	क्लीनसमबेस	क्लीनएन50लेन	क्लीनएन90लेन	क्लीनमीनलेन	क्लीनमैक्सलेन	क्लीनमीनक्वाल
डीएनए_बीएमके01	1,218,239	26.37	1,121,736	25.90	28,014	15,764	23,090	143,181	9

आरएनए नमूने का डेटा गुणवत्ता मूल्यांकन

तालिका 1. स्वच्छ डेटा पर सांख्यिकी।

फ़ाइलनाम	क्लाइंट आईडी	रीडनम	बेसनम	एन50	औसत लंबाई	अधिकतम लंबाई	औसत क्यूस्कोर
आरएनए_बीएमके001	C2	8,947,708	4,047,230,083	398	452	129,227	प्रश्न 12