पूर्ण-लंबाई mRNA अनुक्रमण-नैनोपोर
विशेषताएँ
● पॉली-ए mRNA का संग्रहण, उसके बाद cDNA संश्लेषण और लाइब्रेरी निर्माण
● पूर्ण लंबाई वाले प्रतिलेखों का अनुक्रमण
● संदर्भ जीनोम के साथ संरेखण पर आधारित जैवसूचना विश्लेषण
● जैवसूचना विश्लेषण में न केवल जीन और आइसोफॉर्म स्तर पर अभिव्यक्ति शामिल है, बल्कि lncRNA, जीन संलयन, पॉली-एडेनिलेशन और जीन संरचना का विश्लेषण भी शामिल है।
सेवा के लाभ
●आइसोफॉर्म स्तर पर अभिव्यक्ति का मात्रात्मक निर्धारण: विस्तृत और सटीक अभिव्यक्ति विश्लेषण को सक्षम बनाना, उन परिवर्तनों को उजागर करना जो संपूर्ण जीन अभिव्यक्ति का विश्लेषण करते समय छिपे रह सकते हैं।
●डेटा की आवश्यकता में कमी:नेक्स्ट-जेनरेशन सीक्वेंसिंग (एनजीएस) की तुलना में, नैनोपोर सीक्वेंसिंग में डेटा की आवश्यकता कम होती है, जिससे कम डेटा के साथ जीन अभिव्यक्ति मात्रा निर्धारण संतृप्ति के समकक्ष स्तर प्राप्त किए जा सकते हैं।
●अभिव्यक्ति मात्रा निर्धारण की उच्च सटीकताजीन और आइसोफॉर्म दोनों स्तरों पर
●अतिरिक्त ट्रांस्क्रिप्टोमिक जानकारी की पहचान: वैकल्पिक पॉलीएडेनिलेशन, फ्यूजन जीन और एलसीएनआरएन और उनके लक्ष्य जीन
●व्यापक विशेषज्ञताहमारी टीम प्रत्येक परियोजना में व्यापक अनुभव लेकर आती है, जिसने 850 से अधिक नैनोपोर पूर्ण-लंबाई ट्रांसक्रिप्टोम परियोजनाएं पूरी की हैं और 8,000 से अधिक नमूनों का प्रसंस्करण किया है।
●बिक्री के बाद सहायताहमारी प्रतिबद्धता परियोजना पूर्ण होने के बाद भी 3 महीने की बिक्री पश्चात सेवा अवधि तक विस्तारित है। इस दौरान, हम परियोजना का अनुवर्ती कार्रवाई, समस्या निवारण सहायता और परिणामों से संबंधित किसी भी प्रश्न के समाधान हेतु प्रश्नोत्तर सत्र प्रदान करते हैं।
नमूना संबंधी आवश्यकताएँ और वितरण
| पुस्तकालय | अनुक्रमण रणनीति | डेटा की अनुशंसा की गई | गुणवत्ता नियंत्रण |
| पॉली ए समृद्ध | नैनोपोर प्रोमेथियन 48 | 6/12 जीबी | औसत गुणवत्ता स्कोर: Q10 |
नमूना आवश्यकताएँ:
न्यूक्लियोटाइड:
| सांद्रता (एनजी/एमएल) | मात्रा (मिग्रा) | पवित्रता | अखंडता |
| ≥ 100 | ≥ 1.0 | OD260/280=1.7-2.5 OD260/230=0.5-2.5 जेल पर प्रोटीन या डीएनए की संदूषण की मात्रा बहुत कम या न के बराबर दिखाई दी। | पौधों के लिए: RIN≥7.0; पशुओं के लिए: RIN≥7.5; 5.0≥28S/18S≥1.0; सीमित या कोई आधारभूत उन्नयन नहीं |
● पौधे:
जड़, तना या पंखुड़ी: 450 मिलीग्राम
पत्ती या बीज: 300 मिलीग्राम
फल: 1.2 ग्राम
● पशु:
हृदय या आंत: 300 मिलीग्राम
आंतरिक अंग या मस्तिष्क: 240 मिलीग्राम
मांसपेशी: 450 मिलीग्राम
हड्डियाँ, बाल या त्वचा: 1 ग्राम
● आर्थ्रोपोड्स:
कीड़े-मकोड़े: 6 ग्राम
क्रस्टेशिया: 300 मिलीग्राम
● संपूर्ण रक्त: 1 ट्यूब
● कोशिकाएँ: 106 कोशिकाओं
अनुशंसित नमूना वितरण
कंटेनर: 2 मिलीलीटर सेंट्रीफ्यूज ट्यूब (टिन फॉयल का उपयोग करने की सलाह नहीं दी जाती है)
नमूना लेबलिंग: समूह + प्रतिकृति जैसे A1, A2, A3; B1, B2, B3।
शिपमेंट:
1. ड्राई आइस: नमूनों को बैग में पैक करके ड्राई आइस में दबा देना चाहिए।
2. आरएनएस्टेबल ट्यूब: आरएनए के नमूनों को आरएनए स्थिरीकरण ट्यूब (जैसे आरएनएस्टेबल®) में सुखाया जा सकता है और कमरे के तापमान पर भेजा जा सकता है।
सेवा कार्य प्रवाह
न्यूक्लियोटाइड:
नमूना वितरण
पुस्तकालय निर्माण
अनुक्रमण
डेटा विश्लेषण
बिक्री पश्चात सेवाएं
सेवा कार्य प्रवाह
ऊतक:
प्रयोग डिजाइन
नमूना वितरण
आरएनए निष्कर्षण
पुस्तकालय निर्माण
अनुक्रमण
डेटा विश्लेषण
बिक्री पश्चात सेवाएं
● कच्चे डेटा का प्रसंस्करण
● प्रतिलेख पहचान
● वैकल्पिक स्प्लिसिंग
● जीन स्तर और आइसोफॉर्म स्तर पर अभिव्यक्ति का मात्रात्मक निर्धारण
● विभेदक अभिव्यक्ति विश्लेषण
● फंक्शन एनोटेशन और संवर्धन (डीईजी और डीईटी)
वैकल्पिक स्प्लिसिंग विश्लेषण
वैकल्पिक पॉलीएडेनिलेशन विश्लेषण (एपीए)
lncRNA भविष्यवाणी
नए जीनों की व्याख्या
डीईटी का क्लस्टरिंग
डीईजी में प्रोटीन-प्रोटीन नेटवर्क
बीएमकेजीन की नैनोपोर फुल-लेंथ एमआरएनए सीक्वेंसिंग सेवाओं द्वारा सुगम बनाई गई प्रगति का अन्वेषण प्रकाशनों के एक क्यूरेटेड संग्रह के माध्यम से करें।
गोंग, बी. एट अल. (2023) 'ग्लियोमा में ऑन्कोजीन के रूप में स्रावी किनेज FAM20C का एपिजेनेटिक और ट्रांसक्रिप्शनल सक्रियण', जर्नल ऑफ जेनेटिक्स एंड जीनोमिक्स, 50(6), पृ. 422–433. doi: 10.1016/J.JGG.2023.01.008.
हे, जेड. एट अल. (2023) 'लिम्फोसाइट्स की पूर्ण-लंबाई ट्रांसक्रिप्टोम अनुक्रमण IFN-γ के प्रति प्रतिक्रिया करती है, फ्लॉन्डर (पैरालिचथिस ओलिवेसियस) में Th1-झुकाव वाली प्रतिरक्षा प्रतिक्रिया का पता चलता है', फिश एंड शेलफिश इम्यूनोलॉजी, 134, पृ. 108636. doi: 10.1016/J.FSI.2023.108636.
मा, वाई. एट अल. (2023) 'नेमोपिलेमा नोमुराई विष पहचान के लिए पैकबियो और ओएनटी आरएनए अनुक्रमण विधियों का तुलनात्मक विश्लेषण', जीनोमिक्स, 115(6), पृ. 110709. doi: 10.1016/J.YGENO.2023.110709.
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