डे नोवो फंगल जीनोम असेंबली
BMKGENE कवक जीनोम के लिए बहुमुखी समाधान प्रदान करता है, जो विविध अनुसंधान आवश्यकताओं और वांछित जीनोम पूर्णता को पूरा करता है। केवल शॉर्ट-रीड इलुमिना सीक्वेंसिंग का उपयोग करके एक ड्राफ्ट जीनोम तैयार किया जा सकता है। नैनोपोर या पैकबियो का उपयोग करके शॉर्ट-रीड और लॉन्ग-रीड सीक्वेंसिंग को मिलाकर लंबे कॉन्टिग्स के साथ अधिक परिष्कृत कवक जीनोम प्राप्त किया जा सकता है।
सेवा सुविधाएँ
वांछित जीनोम पूर्णता के स्तर के आधार पर चुनने के लिए दो संभावित विकल्प उपलब्ध हैं:
● ड्राफ्ट जीनोम विकल्प: इलुमिना नोवासेक पीई150 के साथ शॉर्ट-रीड सीक्वेंसिंग।
● कवक का सूक्ष्म जीनोम विकल्प:
जीनोम सर्वेक्षण: इलुमिना नोवासेक पीई150।
जीनोम असेंबली: PacBio Revio (HiFi रीड्स) या Nanopore PromethION 48.
सेवा के लाभ
●कई अनुक्रमण रणनीतियाँ उपलब्ध हैंजीनोम की पूर्णता के विभिन्न अनुसंधान लक्ष्यों और आवश्यकताओं के लिए
●संपूर्ण बायोइन्फॉर्मेटिक्स कार्यप्रवाह:इसमें जीनोम असेंबली और कई जीनोमिक तत्वों की भविष्यवाणी, कार्यात्मक जीन एनोटेशन और कॉन्टिग एंकरिंग शामिल हैं।
●व्यापक विशेषज्ञता12,000 से अधिक माइक्रोबियल जीनोम को इकट्ठा करने के अनुभव के साथ, हम एक दशक से अधिक का अनुभव, एक उच्च कुशल विश्लेषण टीम, व्यापक सामग्री और उत्कृष्ट बिक्रीोत्तर सहायता प्रदान करते हैं।
●बिक्री के बाद सहायता:परियोजना पूर्ण होने के बाद भी हमारी प्रतिबद्धता 3 महीने की बिक्री पश्चात सेवा अवधि तक विस्तारित है। इस दौरान, हम परियोजना का अनुवर्ती कार्रवाई, समस्या निवारण सहायता और परिणामों से संबंधित किसी भी प्रश्न के समाधान हेतु प्रश्नोत्तर सत्र प्रदान करते हैं।
सेवा विनिर्देश
| सेवा | अनुक्रमण रणनीति | गुणवत्ता नियंत्रण |
| मसौदा जीनोम | इलुमिना PE150 100x | Q30≥85% |
| फाइन जीनोम | जीनोम सर्वेक्षण: इलुमिना PE150 50 x असेंबली: PacBio HiFi 30x या Nanopore 100x | कॉन्टिग N50 ≥1Mb (पैकबियो यूनिसेल्यूलर) कॉन्टिग N50 ≥2Mb (ONT एककोशिकीय) कॉन्टिग N50 ≥500kb (अन्य) |
सेवा आवश्यकताएँ
| सांद्रता (एनजी/µएल) | कुल मात्रा (µg) | आयतन (µL) | ओडी260/280 | ओडी260/230 | |
| पैकबियो | ≥20 | ≥2 | ≥20 | 1.7-2.2 | ≥1.6 |
| नैनोपोर | ≥40 | ≥2 | ≥20 | 1.7-2.2 | 1.0-3.0 |
| Illumina | ≥1 | ≥0.06 | ≥20 | - | - |
एककोशिकीय कवक: ≥3.5x1010 कोशिकाओं
वृहद कवक: ≥10 ग्राम
सेवा कार्य प्रवाह
नमूना वितरण
पुस्तकालय निर्माण
अनुक्रमण
डेटा विश्लेषण
बिक्री पश्चात सेवाएं
इसमें निम्नलिखित विश्लेषण शामिल है:
जीनोम सर्वेक्षण:
- अनुक्रमण डेटा गुणवत्ता नियंत्रण
- जीनोम का आकलन: आकार, विषमयुग्मजीता, दोहराव वाले तत्व
फाइन जीनोम असेंबली:
- अनुक्रमण डेटा गुणवत्ता नियंत्रण
- डी नोवोविधानसभा
- जीनोम घटक विश्लेषण: सीडीएस और कई जीनोमिक तत्वों का पूर्वानुमान
- कई सामान्य डेटाबेस (GO, KEGG, आदि) और उन्नत डेटाबेस (CARD, CAZy, आदि) के साथ कार्यात्मक एनोटेशन।
जीनोम सर्वेक्षण: के-मेर वितरण
जीनोम संयोजन: जीन समरूप एनोटेशन (एनआर डेटाबेस)
जीनोम संयोजन: कार्यात्मक जीन एनोटेशन (जीओ)
बीएमकेजीन की फंगल जीनोम असेंबली सेवाओं द्वारा सुगम बनाई गई प्रगति का अन्वेषण प्रकाशनों के एक सुनियोजित संग्रह के माध्यम से करें।
हाओ, जे. एट अल. (2023) 'जलमग्न परिस्थितियों में औषधीय मशरूम इनोनोटस ओब्लिकस का एकीकृत ओमिक प्रोफाइलिंग'बीएमसी जीनोमिक्स, 24(1), पृ. 1–12. doi: 10.1186/S12864-023-09656-Z/FIGURES/3.
लू, एल. एट अल. (2023) 'जीनोम अनुक्रमण से गेहूं के शार्प आईस्पॉट रोगजनक राइजोक्टोनिया सेरेलिस के विकास और रोगजनक तंत्र का पता चलता है',द क्रॉप जर्नल, 11(2), पृ. 405-416। डीओआई: 10.1016/जे.सीजे.2022.07.024।
झांग, एच. एट अल. (2023) 'विभिन्न टर्फग्रास पर डॉलर स्पॉट पैदा करने वाली चार क्लेरिरीडिया प्रजातियों के लिए जीनोम संसाधन',पादप रोग, 107(3), पृ. 929–934. doi: 10.1094/PDIS-08-22-1921-A
झांग, एसएस एट अल. (2023) 'खाद्य मशरूम ग्रिफोला फ्रोंडोसा में एक चतुर्भुजीय संभोग प्रणाली के आनुवंशिक और आणविक साक्ष्य',जर्नल ऑफ फंगी, 9(10), पृ. 959. doi: 10.3390/JOF9100959/S1.
