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Hi-C एक ऐसी विधि है जिसे निकटता-आधारित अंतःक्रियाओं की जांच और उच्च-थ्रूपुट अनुक्रमण को मिलाकर जीनोमिक संरचना को समझने के लिए डिज़ाइन किया गया है। यह विधि फॉर्मेल्डिहाइड के साथ क्रोमेटिन के क्रॉसलिंकिंग पर आधारित है, जिसके बाद पाचन और पुनः लिगेशन इस प्रकार किया जाता है कि केवल सहसंयोजक रूप से जुड़े खंड ही लिगेशन उत्पाद बनाते हैं। इन लिगेशन उत्पादों के अनुक्रमण द्वारा, जीनोम के त्रिविमीय संगठन का अध्ययन करना संभव है। Hi-C जीनोम के उन भागों के वितरण का अध्ययन करने में सक्षम बनाता है जो हल्के ढंग से पैक होते हैं (A कंपार्टमेंट, यूक्रोमेटिन) और जिनके प्रतिलेखन सक्रिय होने की अधिक संभावना होती है, और उन क्षेत्रों का भी जो अधिक कसकर पैक होते हैं (B कंपार्टमेंट, हेटरोक्रोमेटिन)। Hi-C का उपयोग टोपोलॉजिकली एसोसिएटेड डोमेन (TADs) को इंगित करने के लिए भी किया जा सकता है, जो जीनोम के वे क्षेत्र हैं जिनमें मुड़ी हुई संरचनाएं होती हैं और जिनके समान अभिव्यक्ति पैटर्न होने की संभावना होती है, और क्रोमेटिन लूप की पहचान करने के लिए भी किया जा सकता है, जो DNA क्षेत्र होते हैं जो प्रोटीन द्वारा एक साथ जुड़े होते हैं और अक्सर नियामक तत्वों से समृद्ध होते हैं। बीएमकेजीन की हाई-सी सीक्वेंसिंग सेवा शोधकर्ताओं को जीनोमिक्स के स्थानिक आयामों का पता लगाने में सक्षम बनाती है, जिससे जीनोम विनियमन और स्वास्थ्य और बीमारी में इसके निहितार्थों को समझने के लिए नए रास्ते खुलते हैं।