मेटागेनोमिक सीक्वेंसिंग -एनजीएस
सेवा लाभ
● माइक्रोबियल समुदाय प्रोफाइलिंग के लिए अलगाव और खेती-मुक्त
● पर्यावरणीय नमूनों में कम बहुतायत वाली प्रजातियों का पता लगाने में उच्च रिज़ॉल्यूशन
● "मेटा-" का विचार कार्यात्मक स्तर, प्रजाति स्तर और जीन स्तर पर सभी जैविक विशेषताओं को एकीकृत करता है, जो एक गतिशील दृष्टिकोण को दर्शाता है जो वास्तविकता के करीब है।
● बीएमके ने 10,000 से अधिक नमूनों को संसाधित करने के साथ विभिन्न नमूना प्रकारों में व्यापक अनुभव अर्जित किया है।
सेवा विशिष्टताएँ
| प्लैटफ़ॉर्म | अनुक्रमण | अनुशंसित डेटा | बदलाव का समय |
| इलुमिना नोवासेक 6000 | पीई150 | 6 जी/10 जी/20 जी | 45 कार्य दिवस |
जैव सूचना विज्ञान विश्लेषण करता है
● कच्चा डेटा गुणवत्ता नियंत्रण
● मेटाजेनोम असेंबली
● गैर-अनावश्यक जीन सेट और एनोटेशन
● प्रजाति विविधता विश्लेषण
● आनुवंशिक कार्य विविधता विश्लेषण
● अंतर-समूह विश्लेषण
● प्रायोगिक कारकों के विरुद्ध एसोसिएशन विश्लेषण
नमूना आवश्यकताएँ और वितरण
नमूना आवश्यकताएँ:
के लिएडीएनए अर्क:
| नमूना प्रकार | मात्रा | एकाग्रता | पवित्रता |
| डीएनए अर्क | > 30 एनजी | > 1 एनजी/μl | ओडी260/280= 1.6-2.5 |
पर्यावरणीय नमूनों के लिए:
| नमूना प्रकार | अनुशंसित नमूनाकरण प्रक्रिया |
| मिट्टी | नमूना राशि: लगभग.5 ग्राम;शेष सूखे पदार्थ को सतह से हटाने की जरूरत है;बड़े टुकड़ों को पीसें और 2 मिमी फिल्टर से गुजारें;आरक्षण के लिए बाँझ ईपी-ट्यूब या साइरोट्यूब में विभाज्य नमूने। |
| मल | नमूना राशि: लगभग.5 ग्राम;आरक्षण के लिए बाँझ ईपी-ट्यूब या क्रायोट्यूब में नमूने एकत्र करें और उन्हें अलग करें। |
| आंत्र सामग्री | नमूनों को सड़न रोकने वाली स्थिति में संसाधित करने की आवश्यकता है।एकत्रित ऊतक को पीबीएस से धोएं;पीबीएस को सेंट्रीफ्यूज करें और अवक्षेपक को ईपी-ट्यूबों में इकट्ठा करें। |
| कीचड़ | नमूना राशि: लगभग.5 ग्राम;आरक्षण के लिए बाँझ ईपी-ट्यूब या क्रायोट्यूब में कीचड़ का नमूना एकत्र करें और उसे अलग करें |
| जल निकाय | सीमित मात्रा में माइक्रोबियल वाले नमूने के लिए, जैसे नल का पानी, कुएं का पानी, आदि, कम से कम 1 एल पानी इकट्ठा करें और झिल्ली पर माइक्रोबियल को समृद्ध करने के लिए 0.22 माइक्रोन फिल्टर से गुजारें।झिल्ली को बाँझ ट्यूब में संग्रहित करें। |
| त्वचा | त्वचा की सतह को स्टेराइल कॉटन स्वाब या सर्जिकल ब्लेड से सावधानीपूर्वक खुरचें और इसे स्टेराइल ट्यूब में रखें। |
अनुशंसित नमूना वितरण
नमूनों को तरल नाइट्रोजन में 3-4 घंटे के लिए फ्रीज करें और दीर्घकालिक आरक्षण के लिए तरल नाइट्रोजन या -80 डिग्री में संग्रहित करें।सूखी बर्फ के साथ नमूना शिपिंग आवश्यक है।
सेवा कार्य प्रवाह
नमूना वितरण
पुस्तकालय निर्माण
अनुक्रमण
डेटा विश्लेषण
बिक्री के बाद की सेवाएँ
1.हिस्टोग्राम: प्रजाति वितरण
2. कार्यात्मक जीन केईजीजी चयापचय मार्गों को एनोटेट करते हैं
3.हीट मैप: सापेक्ष जीन प्रचुरता के आधार पर विभेदक कार्य
4. CARD एंटीबायोटिक प्रतिरोध जीन का चक्र
बीएमके मामला
मृदा-मैंग्रोव जड़ सातत्य के साथ एंटीबायोटिक प्रतिरोध जीन और जीवाणु रोगजनकों की व्यापकता
प्रकाशित:खतरनाक सामग्रियों का जर्नल, 2021
अनुक्रमण रणनीति:
सामग्री: मैंग्रोव जड़ से जुड़े नमूनों के चार टुकड़ों के डीएनए अर्क: अरोपित मिट्टी, राइजोस्फीयर, एपिस्फीयर और एंडोस्फीयर डिब्बे
प्लेटफ़ॉर्म: इलुमिना हाईसेक 2500
लक्ष्य: मेटाजेनोम
16S rRNA जीन V3-V4 क्षेत्र
मुख्य परिणाम
मिट्टी से पौधों में एंटीबायोटिक प्रतिरोध जीन (एआरजी) के प्रसार का अध्ययन करने के लिए मैंग्रोव पौधों की मिट्टी-जड़ सातत्य पर मेटागेनोमिक अनुक्रमण और मेटाबार्कोडिंग प्रोफाइलिंग को संसाधित किया गया था।मेटागेनोमिक डेटा से पता चला है कि 91.4% एंटीबायोटिक प्रतिरोध जीन आमतौर पर ऊपर उल्लिखित सभी चार मिट्टी के डिब्बों में पहचाने गए थे, जो एक निरंतर फैशन दिखाता है।16एस आरआरएनए एम्प्लिकॉन अनुक्रमण ने 346 प्रजातियों का प्रतिनिधित्व करते हुए 29,285 अनुक्रम उत्पन्न किए।एम्प्लिकॉन अनुक्रमण द्वारा प्रजातियों की प्रोफाइलिंग के साथ संयोजन करके, यह प्रसार जड़ से जुड़े माइक्रोबायोटा से स्वतंत्र पाया गया, हालांकि, इसे आनुवंशिक तत्वों के मोबाइल द्वारा सुगम बनाया जा सकता है।इस अध्ययन ने परस्पर जुड़े मिट्टी-जड़ सातत्य के माध्यम से मिट्टी से पौधों में एआरजी और रोगजनकों के प्रवाह की पहचान की।
संदर्भ
वांग, सी., हू, आर., स्ट्रॉन्ग, पी.जे., ज़ुआंग, डब्ल्यू., और शू, एल.।(2020)।मृदा-मैंग्रोव जड़ सातत्य के साथ एंटीबायोटिक प्रतिरोध जीन और जीवाणु रोगजनकों की व्यापकता।खतरनाक सामग्रियों का जर्नल, 408, 124985.
