मेटागेनोमिक सीक्वेंसिंग -एनजीएस
सेवा लाभ
माइक्रोबियल कम्युनिटी प्रोफाइलिंग के लिए आइसोलेशन और खेती-मुक्त
● पर्यावरणीय नमूनों में कम प्रचुरता वाली प्रजातियों का पता लगाने में उच्च विभेदन
● "मेटा-" का विचार कार्यात्मक स्तर, प्रजाति स्तर और जीन स्तर पर सभी जैविक विशेषताओं को एकीकृत करता है, जो एक गतिशील दृश्य को दर्शाता है जो वास्तविकता के करीब है।
● BMK ने 10,000 से अधिक नमूनों को संसाधित करने के साथ विविध नमूना प्रकारों में व्यापक अनुभव संचित किया है।
सेवा निर्दिष्टीकरण
| प्लैटफ़ॉर्म | अनुक्रमण | अनुशंसित डेटा | बदलाव का समय |
| इल्लुमिना नोवासेक 6000 | PE150 | 6 जी/10 जी/20 जी | 45 कार्य दिवस |
जैव सूचना विज्ञान विश्लेषण करता है
● कच्चा डेटा गुणवत्ता नियंत्रण
● मेटाजेनोम असेंबली
● गैर-निरर्थक जीन सेट और एनोटेशन
● प्रजाति विविधता विश्लेषण
● आनुवंशिक कार्य विविधता विश्लेषण
● अंतर-समूह विश्लेषण
● प्रयोगात्मक कारकों के खिलाफ एसोसिएशन विश्लेषण
नमूना आवश्यकताएँ और वितरण
नमूना आवश्यकताएँ:
के लिएडीएनए निष्कर्ष:
| नमूना प्रकार | मात्रा | एकाग्रता | पवित्रता |
| डीएनए निष्कर्ष | > 100 एनजी | > 1 एनजी/μl | ओडी260/280= 1.6-2.5 |
पर्यावरण के नमूने के लिए:
| नमूना प्रकार | अनुशंसित नमूनाकरण प्रक्रिया |
| मिट्टी | नमूना राशि: लगभग।5 ग्राम;शेष मुरझाए हुए पदार्थ को सतह से हटाने की जरूरत है;बड़े टुकड़ों को पीसकर 2 मिमी फिल्टर से गुजारें;आरक्षण के लिए बाँझ ईपी-ट्यूब या साइरोट्यूब में विभाज्य नमूने। |
| मल | नमूना राशि: लगभग।5 ग्राम;आरक्षण के लिए बाँझ ईपी-ट्यूब या क्रायोट्यूब में नमूने एकत्र करें और विभाज्य करें। |
| आंतों की सामग्री | नमूनों को सड़न रोकने वाली स्थिति के तहत संसाधित करने की आवश्यकता है।पीबीएस के साथ एकत्रित ऊतक धोएं;पीबीएस को सेंट्रीफ्यूज करें और ईपी-ट्यूबों में अवक्षेपण एकत्र करें। |
| कीचड़ | नमूना राशि: लगभग।5 ग्राम;आरक्षण के लिए बाँझ ईपी-ट्यूब या क्रायोट्यूब में कीचड़ का नमूना लीजिए और विभाज्य करें |
| जल निकाय | माइक्रोबियल की सीमित मात्रा वाले नमूने के लिए, जैसे कि नल का पानी, अच्छी तरह से पानी, आदि, कम से कम 1 एल पानी इकट्ठा करें और झिल्ली पर माइक्रोबियल को समृद्ध करने के लिए 0.22 माइक्रोन फिल्टर से गुजरें।झिल्ली को बाँझ ट्यूब में स्टोर करें। |
| त्वचा | बाँझ कपास झाड़ू या सर्जिकल ब्लेड के साथ त्वचा की सतह को सावधानीपूर्वक खुरचें और इसे बाँझ ट्यूब में रखें। |
अनुशंसित नमूना वितरण
3-4 घंटे के लिए तरल नाइट्रोजन में नमूनों को फ्रीज करें और लंबी अवधि के आरक्षण के लिए तरल नाइट्रोजन या -80 डिग्री में स्टोर करें।ड्राई-आइस के साथ नमूना शिपिंग आवश्यक है।
सेवा कार्य प्रवाह
नमूना वितरण
पुस्तकालय निर्माण
अनुक्रमण
डेटा विश्लेषण
बिक्री के बाद सेवाएं
1.हिस्टोग्राम: प्रजाति वितरण
2. कार्यात्मक जीन केईजीजी चयापचय मार्गों के लिए एनोटेट किए गए
3. हीट मैप: सापेक्ष जीन बहुतायत के आधार पर विभेदक कार्य
4.CARD एंटीबायोटिक प्रतिरोध जीन के सर्कस
बीएमके केस
मिट्टी-मैंग्रोव जड़ सातत्य के साथ एंटीबायोटिक प्रतिरोध जीन और जीवाणु रोगजनकों की व्यापकता
प्रकाशित:खतरनाक सामग्रियों का जर्नल, 2021
अनुक्रमण रणनीति:
सामग्री: मैंग्रोव जड़ से जुड़े नमूनों के चार टुकड़ों के डीएनए अर्क: अनप्लांटेड मिट्टी, राइजोस्फीयर, एपिस्फीयर और एंडोस्फीयर कम्पार्टमेंट
प्लेटफार्म: इलुमिना हाईसेक 2500
लक्ष्य: मेटाजेनोम
16S rRNA जीन V3-V4 क्षेत्र
मुख्य परिणाम
मिट्टी से पौधों में एंटीबायोटिक प्रतिरोध जीन (एआरजी) के प्रसार का अध्ययन करने के लिए मैंग्रोव पौधों की मिट्टी-रूट निरंतरता पर मेटागेनोमिक अनुक्रमण और मेटाबार्कोडिंग प्रोफाइलिंग को संसाधित किया गया था।मेटागेनोमिक डेटा से पता चला है कि ऊपर उल्लिखित सभी चार मिट्टी के डिब्बों में 91.4% एंटीबायोटिक प्रतिरोध जीन की पहचान की गई थी, जो एक निरंतर फैशन दिखाती है।16S rRNA एम्प्लिकॉन सीक्वेंसिंग ने 29,285 अनुक्रम उत्पन्न किए, जो 346 प्रजातियों का प्रतिनिधित्व करते हैं।एम्प्लिकॉन अनुक्रमण द्वारा प्रोफाइलिंग प्रजातियों के साथ संयोजन, यह प्रसार जड़ से जुड़े माइक्रोबायोटा से स्वतंत्र पाया गया, हालांकि, इसे आनुवंशिक तत्वों के मोबाइल द्वारा सुगम बनाया जा सकता है।इस अध्ययन ने परस्पर जुड़े मिट्टी-जड़ सातत्य के माध्यम से पौधों में मिट्टी से एआरजी और रोगजनकों के प्रवाह की पहचान की।
संदर्भ
वांग, सी., हू, आर., स्ट्रॉन्ग, पीजे, झुआंग, डब्ल्यू., और शू, एल.।(2020)।मिट्टी-मैंग्रोव जड़ सातत्य के साथ एंटीबायोटिक प्रतिरोध जीन और जीवाणु रोगजनकों की व्यापकता।खतरनाक सामग्री का जर्नल, 408, 124985.
