मेटागेनोमिक सीक्वेंसिंग -एनजीएस
एक मेटाजेनोम जीवों के मिश्रित समुदाय की कुल आनुवंशिक सामग्री का एक संग्रह है, जैसे कि पर्यावरण और मानव मेटागेनोम। इसमें खेती योग्य और गैर खेती योग्य दोनों प्रकार के सूक्ष्मजीवों के जीनोम शामिल हैं। एनजीएस के साथ शॉटगन मेटागेनोमिक अनुक्रमण, टैक्सोनोमिक प्रोफाइलिंग से अधिक प्रदान करके पर्यावरणीय नमूनों में एम्बेडेड इन जटिल जीनोमिक परिदृश्यों के अध्ययन को सक्षम बनाता है, जिससे प्रजातियों की विविधता, बहुतायत गतिशीलता और जटिल जनसंख्या संरचनाओं में भी बारीक अंतर्दृष्टि मिलती है। टैक्सोनोमिक अध्ययनों से परे, शॉटगन मेटागेनोमिक्स एक कार्यात्मक जीनोमिक्स परिप्रेक्ष्य भी प्रदान करता है, जो एन्कोडेड जीन की खोज और पारिस्थितिक प्रक्रियाओं में उनकी अनुमानित भूमिकाओं को सक्षम बनाता है। अंत में, आनुवंशिक तत्वों और पर्यावरणीय कारकों के बीच सहसंबंध नेटवर्क की स्थापना माइक्रोबियल समुदायों और उनकी पारिस्थितिक पृष्ठभूमि के बीच जटिल परस्पर क्रिया की समग्र समझ में योगदान करती है। निष्कर्ष में, मेटागेनोमिक अनुक्रमण विविध माइक्रोबियल समुदायों की जीनोमिक पेचीदगियों को उजागर करने, इन जटिल पारिस्थितिक तंत्रों के भीतर आनुवंशिकी और पारिस्थितिकी के बीच बहुमुखी संबंधों को उजागर करने के लिए एक महत्वपूर्ण उपकरण के रूप में खड़ा है।
प्लेटफ़ॉर्म: इलुमिना नोवासेक और डीएनबीएसईक्यू-टी7
सेवा लाभ
●माइक्रोबियल समुदाय प्रोफाइलिंग के लिए अलगाव और खेती-मुक्त विधि: अनुपयोगी जीवों से आनुवंशिक सामग्री के अनुक्रमण को सक्षम करना।
●उच्च संकल्प: पर्यावरणीय नमूनों में कम बहुतायत वाली प्रजातियों का पता लगाएं।
●व्यापक जैव सूचना विज्ञान विश्लेषण:न केवल टैक्सोनॉमिक विविधता पर बल्कि समुदाय की कार्यात्मक विविधता पर भी ध्यान केंद्रित किया गया।
●विस्तृत अनुभव:विभिन्न अनुसंधान डोमेन में कई मेटाजेनोमिक्स परियोजनाओं को सफलतापूर्वक बंद करने और 200,000 से अधिक नमूनों को संसाधित करने के ट्रैक रिकॉर्ड के साथ, हमारी टीम हर परियोजना में समृद्ध अनुभव लेकर आती है।
सेवा विशिष्टताएँ
| अनुक्रमण मंच | अनुक्रमण रणनीति | डेटा अनुशंसित | गुणवत्ता नियंत्रण |
| इलुमिना नोवासेक या DNBSEQ-T7 | पीई150 | 6-20जीबी | Q30≥85% |
सेवा आवश्यकताएँ
| एकाग्रता (एनजी/μL) | कुल राशि (एनजी) | आयतन (µL) |
| ≥1 | ≥30 | ≥20 |
● मिट्टी/कीचड़: 2-3 ग्राम
● आंत्र सामग्री-पशु: 0.5-2 ग्राम
● आंतों की सामग्री-कीट: 0.1-0.25 ग्राम
● पौधे की सतह (समृद्ध तलछट): 0.5-1 ग्राम
● किण्वन शोरबा समृद्ध तलछट): 0.2-0.5 ग्राम
● मल (बड़े जानवर): 0.5-2 ग्राम
● मल (चूहे) : 3-5 दाने
● फुफ्फुसीय वायुकोशीय लैवेज द्रव: फिल्टर पेपर
● योनि स्वैब: 5-6 स्वैब
● त्वचा/जननांग स्वाब/लार/मौखिक कोमल ऊतक/ग्रसनी स्वाब/रेक्टल स्वाब: 2-3 स्वाब
● सतही सूक्ष्मजीव: 5-6 स्वाब
● वॉटरबॉडी/एयर/बायोफिल्म: फिल्टर पेपर
● एन्डोफाइट्स: 2-3 ग्राम
● दंत पट्टिका: 0.5-1 ग्राम
सेवा कार्य प्रवाह
नमूना वितरण
पुस्तकालय निर्माण
अनुक्रमण
डेटा विश्लेषण
बिक्री के बाद की सेवाएँ
निम्नलिखित विश्लेषण शामिल है:
● अनुक्रमण डेटा गुणवत्ता नियंत्रण
● मेटाजेनोम असेंबली और जीन भविष्यवाणी
● जीन एनोटेशन
● टैक्सोनोमिक अल्फा विविधता विश्लेषण
● समुदाय का कार्यात्मक विश्लेषण: जैविक कार्य, चयापचय, एंटीबायोटिक प्रतिरोध
● कार्यात्मक और वर्गीकरण विविधता दोनों पर विश्लेषण:
बीटा विविधता विश्लेषण
अंतर-समूह विश्लेषण
सहसंबंध विश्लेषण: पर्यावरणीय कारकों और OUT संरचना और विविधता के बीच
कार्यात्मक विश्लेषण: कार्ड एंटीबायोटिक प्रतिरोध
केईजीजी चयापचय मार्गों का विभेदक विश्लेषण: महत्वपूर्ण मार्गों का हीटमैप
वर्गीकरण वितरण की अल्फा विविधता: एसीई सूचकांक
वर्गीकरण वितरण की बीटा विविधता: पीसीओए
प्रकाशनों के क्यूरेटेड संग्रह के माध्यम से इलुमिना के साथ बीएमकेजीन की मेटागेनोम अनुक्रमण सेवाओं द्वारा सुगम की गई प्रगति का पता लगाएं।
है, क्यू. एट अल. (2023) 'विभिन्न संस्कृति के पानी के तापमान पर संक्रामक हेमेटोपोएटिक नेक्रोसिस वायरस से संक्रमित रेनबो ट्राउट (ओंकोरहिन्चस मायकिस) की आंतों की सामग्री में परिवर्तन का मेटाजेनोमिक और मेटाबॉलिक विश्लेषण',माइक्रोबायोलॉजी में फ्रंटियर्स, 14, पृ. 1275649. डीओआई: 10.3389/एफएमआईसीबी.2023.1275649।
माओ, सी. एट अल. (2023) 'विभिन्न पोषी अवस्थाओं की शहरी झीलों में माइक्रोबियल समुदाय, प्रतिरोध जीन और प्रतिरोधी जोखिम: आंतरिक संबंध और बाहरी प्रभाव',खतरनाक सामग्री अग्रिम जर्नल, 9, पृ. 100233. डीओआई: 10.1016/जे.हजादव.2023.100233।
सु, एम. एट अल. (2022) 'मेटागेनोमिक विश्लेषण से भेड़ रुमेन के तरल-संबद्ध और ठोस-संबद्ध सूक्ष्मजीवों के बीच संरचना और कार्य में अंतर का पता चला',माइक्रोबायोलॉजी में फ्रंटियर्स, 13, पृ. 851567. डीओआई: 10.3389/एफएमआईसीबी.2022.851567।
यिन, जे. एट अल. (2023) 'मोटे निंगज़ियांग सुअर-व्युत्पन्न माइक्रोबायोटा दुबले डीएलवाई सूअरों में मांसपेशी फैटी एसिड जमाव को बढ़ावा देने के लिए कार्निटाइन चयापचय को फिर से जोड़ता है',नवप्रवर्तन, 4(5), पृ. 100486. doi: 10.1016/J.XINN.2023.100486।
झाओ, एक्स. एट अल. (2023) 'हैहे मुहाना, चीन की ऊपरी और निचली पहुंच में प्रतिनिधि जैव/गैर-अपघटनीय प्लास्टिक और गैर-प्लास्टिक मलबे के संभावित जोखिमों में मेटागेनोमिक अंतर्दृष्टि',संपूर्ण पर्यावरण का विज्ञान, 887, पृ. 164026. डीओआई: 10.1016/जे.एससीआईटीओटीईएनवी.2023.164026।
