मेटाजेनोमिक अनुक्रमण - एनजीएस
मेटाजीनोम जीवों के मिश्रित समुदाय की संपूर्ण आनुवंशिक सामग्री का संग्रह है, जैसे कि पर्यावरणीय और मानव मेटाजीनोम। इसमें संवर्धनीय और असंवर्धनीय दोनों प्रकार के सूक्ष्मजीवों के जीनोम शामिल होते हैं। एनजीएस के साथ शॉटगन मेटाजीनोमिक अनुक्रमण पर्यावरणीय नमूनों में अंतर्निहित इन जटिल जीनोमिक परिदृश्यों के अध्ययन को सक्षम बनाता है, जो केवल वर्गीकरण संबंधी प्रोफाइलिंग से कहीं अधिक प्रदान करता है, साथ ही प्रजाति विविधता, प्रचुरता गतिशीलता और जटिल जनसंख्या संरचनाओं में सूक्ष्म अंतर्दृष्टि भी देता है। वर्गीकरण संबंधी अध्ययनों के अलावा, शॉटगन मेटाजीनोमिक्स कार्यात्मक जीनोमिक्स परिप्रेक्ष्य भी प्रदान करता है, जिससे एन्कोडेड जीन और पारिस्थितिक प्रक्रियाओं में उनकी संभावित भूमिकाओं का पता लगाया जा सकता है। अंततः, आनुवंशिक तत्वों और पर्यावरणीय कारकों के बीच सहसंबंध नेटवर्क की स्थापना सूक्ष्मजीव समुदायों और उनकी पारिस्थितिक पृष्ठभूमि के बीच जटिल अंतर्संबंध की समग्र समझ में योगदान करती है। निष्कर्षतः, मेटाजीनोमिक अनुक्रमण विविध सूक्ष्मजीव समुदायों की जीनोमिक जटिलताओं को उजागर करने और इन जटिल पारिस्थितिक तंत्रों के भीतर आनुवंशिकी और पारिस्थितिकी के बीच बहुआयामी संबंधों को स्पष्ट करने के लिए एक महत्वपूर्ण उपकरण है।
प्लेटफ़ॉर्म: इलुमिना नोवासेक और डीएनएसबीएसईक्यू-टी7
सेवा के लाभ
●सूक्ष्मजीव समुदाय प्रोफाइलिंग के लिए पृथक्करण और संवर्धन-मुक्त विधि: अकृष्य जीवों से आनुवंशिक सामग्री की अनुक्रमण क्षमता प्राप्त करना।
●उच्च संकल्पपर्यावरण के नमूनों में कम मात्रा में पाई जाने वाली प्रजातियों का पता लगाना।
●व्यापक जैवसूचना विश्लेषण:यह अध्ययन न केवल वर्गीकरण संबंधी विविधता पर बल्कि समुदाय की कार्यात्मक विविधता पर भी केंद्रित है।
●विस्तृत अनुभव:विभिन्न अनुसंधान क्षेत्रों में कई मेटाजेनोमिक्स परियोजनाओं को सफलतापूर्वक पूरा करने और 200,000 से अधिक नमूनों को संसाधित करने के शानदार ट्रैक रिकॉर्ड के साथ, हमारी टीम प्रत्येक परियोजना में व्यापक अनुभव लेकर आती है।
सेवा विनिर्देश
| अनुक्रमण प्लेटफ़ॉर्म | अनुक्रमण रणनीति | डेटा की अनुशंसा की गई | गुणवत्ता नियंत्रण |
| इलुमिना नोवासेक या डीएनएसबीएसईक्यू-टी7 | पीई150 | 6-20 जीबी | Q30≥85% |
सेवा आवश्यकताएँ
| सांद्रता (एनजी/µएल) | कुल राशि (एनजी) | आयतन (µL) |
| ≥1 | ≥30 | ≥20 |
● मिट्टी/कीचड़: 2-3 ग्राम
● पशु की आंतों में पाई जाने वाली मात्रा: 0.5-2 ग्राम
● आंतों की सामग्री-कीट: 0.1-0.25 ग्राम
● पौधे की सतह (समृद्ध तलछट): 0.5-1 ग्राम
● किण्वन घोल में समृद्ध तलछट): 0.2-0.5 ग्राम
● मल (बड़े जानवरों का): 0.5-2 ग्राम
● चूहे का मल: 3-5 दाने
● फुफ्फुसीय एल्वियोलर लैवेज द्रव: फ़िल्टर पेपर
● योनि स्वाब: 5-6 स्वाब
● त्वचा/जननांग स्वाब/लार/मुंह के कोमल ऊतक/ग्रसनी स्वाब/मलाशय स्वाब: 2-3 स्वाब
● सतह पर मौजूद सूक्ष्मजीव: 5-6 स्वाब
● जल निकाय/वायु/जैविक परत: फ़िल्टर पेपर
● एंडोफाइट्स: 2-3 ग्राम
● दांतों पर जमी प्लाक: 0.5-1 ग्राम
सेवा कार्य प्रवाह
नमूना वितरण
पुस्तकालय निर्माण
अनुक्रमण
डेटा विश्लेषण
बिक्री पश्चात सेवाएं
इसमें निम्नलिखित विश्लेषण शामिल है:
● अनुक्रमण डेटा गुणवत्ता नियंत्रण
● मेटाजीनोम संयोजन और जीन भविष्यवाणी
● जीन एनोटेशन
● वर्गीकरण संबंधी अल्फा विविधता विश्लेषण
● समुदाय का कार्यात्मक विश्लेषण: जैविक कार्य, चयापचय, एंटीबायोटिक प्रतिरोध
● कार्यात्मक और वर्गीकरण संबंधी विविधता दोनों का विश्लेषण:
बीटा विविधता विश्लेषण
अंतर-समूह विश्लेषण
सहसंबंध विश्लेषण: पर्यावरणीय कारकों और बाहरी संरचना एवं विविधता के बीच
कार्यात्मक विश्लेषण: कार्ड एंटीबायोटिक प्रतिरोध
KEGG चयापचय मार्गों का विभेदक विश्लेषण: महत्वपूर्ण मार्गों का हीटमैप
वर्गीकरण वितरण की अल्फा विविधता: एसीई सूचकांक
वर्गीकरण वितरण की बीटा विविधता: पीसीओए
बीएमकेजीन की इलुमिना के साथ मेटाजीनोम अनुक्रमण सेवाओं द्वारा सुगम बनाई गई प्रगति का अन्वेषण प्रकाशनों के एक सुनियोजित संग्रह के माध्यम से करें।
हाई, क्यू. एट अल. (2023) 'विभिन्न संवर्धन जल तापमानों पर संक्रामक हेमेटोपोएटिक नेक्रोसिस वायरस से संक्रमित रेनबो ट्राउट (ऑनकोरहिन्चस माइकिस) की आंतों की सामग्री में परिवर्तन का मेटाजेनोमिक और मेटाबोलोमिक विश्लेषण'फ्रंटियर्स इन माइक्रोबायोलॉजी, 14, पृ. 1275649. doi: 10.3389/FMICB.2023.1275649.
माओ, सी. एट अल. (2023) 'विभिन्न पोषण अवस्थाओं की शहरी झीलों में सूक्ष्मजीव समुदाय, प्रतिरोध जीन और प्रतिरोधक जोखिम: आंतरिक संबंध और बाहरी प्रभाव'जर्नल ऑफ हैज़र्डस मैटेरियल्स एडवांसेज, 9, पृ. 100233. डीओआई: 10.1016/जे.हजादव.2023.100233।
सु, एम. एट अल. (2022) 'मेटाजेनोमिक विश्लेषण ने भेड़ के रूमेन के तरल-संबंधी और ठोस-संबंधी सूक्ष्मजीवों के बीच संरचना और कार्य में अंतर का खुलासा किया',फ्रंटियर्स इन माइक्रोबायोलॉजी, 13, पृ. 851567. doi: 10.3389/FMICB.2022.851567.
यिन, जे. एट अल. (2023) 'मोटापे से ग्रस्त निंगज़ियांग सूअर से प्राप्त माइक्रोबायोटा दुबले डीएलवाई सूअरों में मांसपेशियों में वसा अम्ल जमाव को बढ़ावा देने के लिए कार्निटाइन चयापचय को पुनर्व्यवस्थित करता है',नवाचार, 4(5), पृ. 100486. doi: 10.1016/J.XINN.2023.100486.
झाओ, एक्स. एट अल. (2023) 'चीन के हैहे मुहाना के ऊपरी और निचले हिस्सों में प्रतिनिधि जैव/गैर-अपघटनीय प्लास्टिक और गैर-प्लास्टिक मलबे के संभावित जोखिमों में मेटाजेनोमिक अंतर्दृष्टि'संपूर्ण पर्यावरण का विज्ञान, 887, पृ. 164026. डीओआई: 10.1016/जे.एससीआईटीओटीईएनवी.2023.164026।
