मेटागेनोमिक सीक्वेंसिंग-नैनोपोर
सेवा लाभ
Øउच्च गुणवत्ता वाली असेंबली-प्रजातियों की पहचान और कार्यात्मक जीन भविष्यवाणी की सटीकता बढ़ाना
Øबंद जीवाणु जीनोम अलगाव
Øविविध क्षेत्रों में अधिक शक्तिशाली और विश्वसनीय अनुप्रयोग, जैसे रोगजनक सूक्ष्मजीवों या एंटीबायोटिक प्रतिरोध से संबंधित जीन का पता लगाना
Øतुलनात्मक मेगाहेनज विश्लेषण
सेवा विनिर्देश
| अनुक्रमणप्लैटफ़ॉर्म | पुस्तकालय | अनुशंसित डेटा उपज | अनुमानित टर्न-अराउंड समय |
| इल्लुमिना नोवासेक 6000 | पीई250 | 50K/100K/300K Tags | तीस दिन |
जैव सूचना विज्ञान विश्लेषण
üकच्चा डेटा गुणवत्ता नियंत्रण
üमेटागेनोम असेंबली
üगैर-निरर्थक जीन सेट और एनोटेशन
üप्रजाति विविधता विश्लेषण
üआनुवंशिक कार्य विविधता विश्लेषण
üअंतर-समूह विश्लेषण
üप्रयोगात्मक कारकों के खिलाफ एसोसिएशन विश्लेषण
नमूना आवश्यकताएँ और वितरण
नमूना आवश्यकताओं और वितरण
नमूना आवश्यकताएँ:
के लिएडीएनए अर्क:
| नमूना प्रकार | राशि | एकाग्रता | पवित्रता |
| डीएनए अर्क | 30 एनजी | ＞ 1 एनजी / μl | OD260/280= 1.6-2.5 |
पर्यावरण के नमूने के लिए:
| नमूना प्रकार | अनुशंसित नमूनाकरण प्रक्रिया |
| मिट्टी | नमूना राशि: लगभग।5 ग्राम;शेष सूखे पदार्थ को सतह से हटाने की जरूरत है;बड़े टुकड़ों को पीसकर 2 मिमी फिल्टर से गुजारें;आरक्षण के लिए बाँझ ईपी-ट्यूब या साइरोट्यूब में विभाज्य नमूने। |
| मल | नमूना राशि: लगभग।5 ग्राम;आरक्षण के लिए बाँझ ईपी-ट्यूब या क्रायोट्यूब में नमूने लीजिए और विभाज्य। |
| आंतों की सामग्री | नमूनों को सड़न रोकनेवाला स्थिति के तहत संसाधित करने की आवश्यकता है।पीबीएस के साथ एकत्र ऊतक धो लें;पंजाबियों को केंद्रापसारक और ईपी-ट्यूबों में अवक्षेपक एकत्र करें । |
| कीचड़ | नमूना राशि: लगभग।5 ग्राम;आरक्षण के लिए बाँझ ईपी-ट्यूब या क्रायोट्यूब में कीचड़ का नमूना एकत्र करें और विभाज्य करें |
| जल निकाय | सीमित मात्रा में माइक्रोबियल, जैसे नल का पानी, कुएं का पानी, आदि के नमूने के लिए, कम से कम 1 लीटर पानी इकट्ठा करें और झिल्ली पर माइक्रोबियल को समृद्ध करने के लिए 0.22 माइक्रोन फिल्टर से गुजरें।मेम्ब्रेन को स्टेराइल ट्यूब में स्टोर करें। |
| त्वचा | बाँझ कपास झाड़ू या सर्जिकल ब्लेड के साथ त्वचा की सतह को सावधानी से खुरचें और इसे बाँझ ट्यूब में रखें। |
अनुशंसित नमूना वितरण
तरल नाइट्रोजन में नमूनों को 3-4 घंटे के लिए फ्रीज करें और तरल नाइट्रोजन या-80 डिग्री में दीर्घकालिक आरक्षण के लिए स्टोर करें।सूखी बर्फ के साथ नमूना शिपिंग की आवश्यकता है।
सेवा कार्य प्रवाह
नमूना वितरण
पुस्तकालय निर्माण
अनुक्रमण
डेटा विश्लेषण
बिक्री के बाद सेवाएं
1. हीटमैप: प्रजाति समृद्धि क्लस्टरिंग
2. केईजीजी चयापचय पथ के लिए एनोटेट किए गए कार्यात्मक जीन
3. प्रजाति सहसंबंध नेटवर्क
4. कार्ड एंटीबायोटिक प्रतिरोध जीन के सर्कोस
बीएमके केस
नैनोपोर मेटागेनोमिक्स बैक्टीरिया के निचले श्वसन संक्रमण के तेजी से नैदानिक निदान को सक्षम बनाता है
प्रकाशित:नेचर बायोटेक्नोलॉजी, 2019
तकनीकी हाइलाइट्स
अनुक्रमण: नैनोपोर मिनियन
क्लिनिकल मेटागेनोमिक्स बायोइनफॉरमैटिक्स: होस्ट डीएनए रिक्तीकरण, डब्ल्यूआईएमपी और एआरएमए विश्लेषण
तेजी से पता लगाना: 6 घंटे
उच्च संवेदनशीलता: 96.6%
मुख्य परिणाम
2006 में, कम श्वसन संक्रमण (LR) के कारण विश्व स्तर पर 3 मिलियन मानव मृत्यु हुई।LR1 रोगज़नक़ का पता लगाने की विशिष्ट विधि खेती है, जिसमें खराब संवेदनशीलता, लंबे समय तक चलने वाला समय और प्रारंभिक एंटीबायोटिक चिकित्सा में मार्गदर्शन की कमी है।एक तीव्र और सटीक माइक्रोबियल निदान लंबे समय से एक तत्काल आवश्यकता रही है।ईस्ट एंग्लिया विश्वविद्यालय के डॉ. जस्टिन और उनके सहयोगियों ने रोगज़नक़ों का पता लगाने के लिए नैनोपोर-आधारित मेटागेनोमिक विधि को सफलतापूर्वक विकसित किया।उनके वर्कफ़्लो के अनुसार, 99.99% होस्ट डीएनए समाप्त हो सकता है।रोगजनकों और एंटीबायोटिक प्रतिरोधी जीनों में पता लगाना 6 घंटे में पूरा किया जा सकता है।
संदर्भ
चारलाम्पस, टी।, के, जीएल, रिचर्डसन, एच।, आयडिन, ए।, और ओ'ग्राडी, जे।(2019)।नैनोपोर मेटागेनोमिक्स बैक्टीरिया के निचले श्वसन संक्रमण के तेजी से नैदानिक निदान को सक्षम बनाता है।नेचर बायोटेक्नोलॉजी, 37(7), 1.
