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मेटाजेनोमिक सीक्वेंसिंग-टीजीएस

图तस्वीरें 67

मेटाजीनोम जीवों के मिश्रित समुदाय की आनुवंशिक सामग्री का संग्रह है, जैसे कि पर्यावरणीय और मानव मेटाजीनोम। इसमें संवर्धनीय और असंवर्धनीय दोनों प्रकार के सूक्ष्मजीवों के जीनोम शामिल होते हैं। मेटाजीनोमिक अनुक्रमण पारिस्थितिक नमूनों में अंतर्निहित इन जटिल जीनोमिक परिदृश्यों के अध्ययन को वर्गीकरण संबंधी प्रोफाइलिंग से कहीं अधिक प्रदान करके सक्षम बनाता है। यह एन्कोडेड जीनों और पर्यावरणीय प्रक्रियाओं में उनकी संभावित भूमिकाओं का पता लगाकर कार्यात्मक जीनोमिक्स परिप्रेक्ष्य भी प्रदान करता है। हालांकि मेटाजीनोमिक अध्ययनों में इलुमिना अनुक्रमण के साथ पारंपरिक शॉटगन दृष्टिकोणों का व्यापक रूप से उपयोग किया जाता रहा है, नैनोपोर और पैकबियो लॉन्ग-रीड अनुक्रमण के आगमन ने इस क्षेत्र को बदल दिया है। नैनोपोर और पैकबियो तकनीक डाउनस्ट्रीम बायोइन्फॉर्मेटिक विश्लेषणों, विशेष रूप से मेटाजीनोम संयोजन को बढ़ाती है, जिससे अधिक निरंतर संयोजन सुनिश्चित होते हैं। रिपोर्टों से संकेत मिलता है कि नैनोपोर-आधारित और पैकबियो-आधारित मेटाजीनोमिक्स ने जटिल माइक्रोबायोम से पूर्ण और बंद जीवाणु जीनोम सफलतापूर्वक उत्पन्न किए हैं (मॉस, ईएल, एट अल., नेचर बायोटेक, 2020)। नैनोपोर रीड्स को इलुमिना रीड्स के साथ एकीकृत करने से त्रुटि सुधार के लिए एक रणनीतिक दृष्टिकोण मिलता है, जिससे नैनोपोर की अंतर्निहित कम सटीकता को कम किया जा सकता है। यह तालमेलपूर्ण संयोजन प्रत्येक अनुक्रमण प्लेटफॉर्म की खूबियों का लाभ उठाता है, संभावित सीमाओं को दूर करने और मेटाजेनोमिक विश्लेषण की सटीकता और विश्वसनीयता को बढ़ाने के लिए एक मजबूत समाधान प्रदान करता है।

प्लेटफ़ॉर्म: नैनोपोर प्रोमेथियन 48, इलुमिया और पैकबियो रेवियो


सेवा विवरण

बायोइनफॉरमैटिक्स

डेमो परिणाम

विशेष प्रकाशन

सेवा सुविधाएँ

● नैनोपोर P48 (10Kb लाइब्रेरी) और पैकबियो रेवियो (8Kb लाइब्रेरी) पर लॉन्ग रीड सीक्वेंसिंग।

● त्रुटि सुधार: इलुमिना नोवासेक (PE150 लाइब्रेरी) पर अनुक्रमण

सेवा के लाभ

उच्च गुणवत्ता वाली मेटाजीनोम असेंबली:कम संख्या में ऐसे कॉन्टिग्स जिनमें निरंतरता अधिक हो।

उच्चतर सटीकता:प्रजाति की पहचान और कार्यात्मक जीन का पूर्वानुमान।

बेहतर असेंबलीजीवाणु जीनोम पृथक्करण और तुलनात्मक मेटाजीनोम विश्लेषण को सुगम बनाना।

व्यापक जैवसूचना विश्लेषण:हमारा विश्लेषण न केवल वर्गीकरण संबंधी विविधता पर बल्कि समुदाय की कार्यात्मक विविधता पर भी केंद्रित है।

विस्तृत अनुभवहमारी टीम हर परियोजना में व्यापक अनुभव लेकर आती है, विभिन्न अनुसंधान क्षेत्रों में कई मेटाजेनोमिक्स परियोजनाओं को सफलतापूर्वक पूरा करने और 200,000 से अधिक नमूनों को संसाधित करने का एक सफल ट्रैक रिकॉर्ड है।

सेवा विनिर्देश

अनुक्रमण प्लेटफ़ॉर्म

अनुक्रमण रणनीति

डेटा की अनुशंसा की गई

इलुमिना नोवासेक

पीई150

6 जीबी

नैनोपोर पी48

10 केबी

6 / 10 जीबी

पैकबियो रेवियो

8 केबी

10 / 20 जीबी

नमूना आवश्यकताएँ

 

सांद्रता (एनजी/µएल)

कुल मात्रा (µg)

आयतन (µL)

इलुमिना PE150 लाइब्रेरी

≥1

≥0.03

≥20

नैनोपोर 10 केबी लाइब्रेरी

≥40

≥2

≥20

PacBio 8 kb लाइब्रेरी

≥50

10 माइक्रोग्राम/कोशिका ≥20

सेवा कार्य प्रवाह

नमूना वितरण

नमूना वितरण

पुस्तकालय की तैयारी

पुस्तकालय निर्माण

अनुक्रमण

अनुक्रमण

डेटा विश्लेषण

डेटा विश्लेषण

बिक्री के बाद की सेवाएं

बिक्री पश्चात सेवाएं


  • पहले का:
  • अगला:

  • 流程图 贝贝第三फोटो-02

    इसमें निम्नलिखित विश्लेषण शामिल है:

    ● अनुक्रमण डेटा गुणवत्ता नियंत्रण

    ● मेटाजीनोम संयोजन और जीन भविष्यवाणी

    ● जीन एनोटेशन

    ● वर्गीकरण संबंधी अल्फा विविधता विश्लेषण

    ● समुदाय का कार्यात्मक विश्लेषण: जैविक कार्य, चयापचय, एंटीबायोटिक प्रतिरोध

    ● कार्यात्मक और वर्गीकरण संबंधी विविधता दोनों का विश्लेषण:

    बीटा विविधता विश्लेषण

    अंतर-समूह विश्लेषण

    सहसंबंध विश्लेषण: पर्यावरणीय कारकों और बाहरी संरचना एवं विविधता के बीच

    गैर-अनावश्यक जीन सेट वितरण:

    图तस्वीरें 68 

    जीन एनोटेशन: केईजीजी पाथवे

    图तस्वीरें 69 

    जीन एनोटेशन: eggNOG

     图तस्वीरें 70

     

    जीन एनोटेशन: CAZY कार्बोहाइड्रेट

     图तस्वीरें71

    प्रजाति सहसंबंध नेटवर्क:

     图तस्वीरें72

    इस विशेष प्रकाशन के माध्यम से नैनोपोर + इलुमिना के साथ बीएमकेजीन की मेटाजेनोमिक्स अनुक्रमण सेवा द्वारा सुगम बनाई गई प्रगति का अन्वेषण करें:

    जिन, एच. एट अल. (2023) 'इनर मंगोलियाई लोगों के मानव आंत माइक्रोबायोम का एक उच्च-गुणवत्ता वाला जीनोम संकलन', नेचर माइक्रोबायोलॉजी 2023 8:1, 8(1), पृ. 150–161. doi: 10.1038/s41564-022-01270-1.

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