नैनोपोर पूर्ण-लंबाई ट्रांसक्रिप्टोम

नैनोपोर ट्रांसक्रिप्टोम सीक्वेंसिंग पूर्ण-लंबाई वाले सीडीएनए की सीक्वेंसिंग करने, ट्रांसक्रिप्ट आइसोफॉर्म की सटीक पहचान और मात्रा निर्धारित करने की एक शक्तिशाली विधि है। बीएमकेक्लाउड नैनोपोर फुल-लेंथ ट्रांसक्रिप्टोम पाइपलाइन को नैनोपोर प्लेटफॉर्म पर उत्पन्न आरएनए-सीक्वेंसिंग डेटा का उच्च-गुणवत्ता वाले, सुव्यवस्थित संदर्भ जीनोम के विरुद्ध विश्लेषण करने के लिए डिज़ाइन किया गया है, जो जीन और ट्रांसक्रिप्ट दोनों स्तरों पर गुणात्मक और मात्रात्मक विश्लेषण प्रदान करता है। गुणवत्ता नियंत्रण के बाद, पूर्ण-लंबाई वाले नॉन-काइमेरिक (एफएलएनसी) सीक्वेंस प्राप्त किए जाते हैं और अनावश्यक ट्रांसक्रिप्ट को हटाने के लिए सर्वसम्मति सीक्वेंस को संदर्भ जीनोम पर मैप किया जाता है। इस ट्रांसक्रिप्ट सेट से, अभिव्यक्ति की मात्रा निर्धारित की जाती है और विभेदक रूप से व्यक्त जीन और ट्रांसक्रिप्ट की पहचान की जाती है और उन्हें कार्यात्मक रूप से एनोटेट किया जाता है। पाइपलाइन में वैकल्पिक पॉलीएडेनिलेशन (एपीए) विश्लेषण, वैकल्पिक स्प्लिसिंग विश्लेषण, सरल अनुक्रम दोहराव (एसएसआर) विश्लेषण, एलएनसीआरएनए और संबंधित लक्ष्यों का पूर्वानुमान, कोडिंग अनुक्रमों (सीडीएस) का पूर्वानुमान, जीन परिवार विश्लेषण, ट्रांसक्रिप्शन कारक विश्लेषण, नए जीनों का पूर्वानुमान और ट्रांसक्रिप्ट का कार्यात्मक एनोटेशन भी शामिल है।