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条形बैनर-03

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गैर-संदर्भ आधारित एमआरएनए अनुक्रमण-इलुमिना

एमआरएनए अनुक्रमण, विशिष्ट अवधि में यूकेरियोट के रूप में मैसेंजर आरएनए (एमआरएनए) को पकड़ने के लिए अगली पीढ़ी की अनुक्रमण तकनीक (एनजीएस) को अपनाता है, जब कुछ विशेष कार्य सक्रिय हो रहे होते हैं।सबसे लंबी प्रतिलेख को 'यूनिजीन' कहा जाता था और बाद के विश्लेषण के लिए संदर्भ अनुक्रम के रूप में उपयोग किया जाता था, जो बिना संदर्भ के प्रजातियों के आणविक तंत्र और नियामक नेटवर्क का अध्ययन करने का एक प्रभावी साधन है।

ट्रांस्क्रिप्टोम डेटा असेंबली और यूनिजीन कार्यात्मक एनोटेशन के बाद

(1)एसएसआर विश्लेषण, सीडीएस भविष्यवाणी और जीन संरचना पहले से तैयार की जाएगी।

(2) प्रत्येक नमूने में यूनिजीन अभिव्यक्ति का परिमाणीकरण किया जाएगा।

(3) यूनिजीन अभिव्यक्ति के आधार पर नमूनों (या समूहों) के बीच विभेदित रूप से व्यक्त यूनिजीन की खोज की जाएगी

(4)विभिन्न रूप से व्यक्त स्वदेशी लोगों का क्लस्टरिंग, कार्यात्मक एनोटेशन और संवर्धन विश्लेषण किया जाएगा


सेवा विवरण

बायोइनफॉरमैटिक्स

डेमो परिणाम

मामले का अध्ययन

विशेषताएँ

● किसी भी संदर्भ जीनोम से स्वतंत्र,

● डेटा का उपयोग प्रतिलेखों की संरचना और अभिव्यक्ति का विश्लेषण करने के लिए किया जा सकता है

● परिवर्तनीय क्लिपिंग साइटों की पहचान करें

सेवा लाभ

● BMKCloud-आधारित परिणाम वितरण: परिणाम BMKCloud प्लेटफ़ॉर्म के माध्यम से डेटा फ़ाइल और इंटरैक्टिव रिपोर्ट के रूप में वितरित किए जाते हैं, जो मानक जैव सूचना विज्ञान विश्लेषण के आधार पर जटिल विश्लेषण आउटपुट और अनुकूलित डेटा खनन के उपयोगकर्ता के अनुकूल पढ़ने की अनुमति देता है।

● बिक्री के बाद की सेवाएँ: बिक्री के बाद की सेवाएँ परियोजना के पूरा होने पर 3 महीने के लिए वैध होती हैं, जिसमें परियोजनाओं का अनुवर्ती, समस्या-निवारण, परिणाम प्रश्नोत्तर आदि शामिल हैं।

नमूना आवश्यकताएँ और वितरण

नमूना आवश्यकताएँ:

न्यूक्लियोटाइड्स:

सांद्र(एनजी/μl)

मात्रा (μg)

पवित्रता

अखंडता

≥ 20

≥ 0.5

ओडी260/280=1.7-2.5

ओडी260/230=0.5-2.5

जेल पर सीमित या कोई प्रोटीन या डीएनए संदूषण नहीं दिखाया गया है।

पौधों के लिए: RIN≥6.5;

जानवरों के लिए: RIN≥7.0;

5.0≥28S/18S≥1.0;

सीमित या कोई आधारभूत उन्नयन नहीं

ऊतक: वजन (सूखा): ≥1 ग्राम
*5 मिलीग्राम से छोटे ऊतक के लिए, हम फ्लैश फ्रोजन (तरल नाइट्रोजन में) ऊतक का नमूना भेजने की सलाह देते हैं।

सेल निलंबन: सेल गिनती = 3×107
*हम जमे हुए सेल लाइसेट को शिप करने की सलाह देते हैं।यदि वह सेल 5×10 से छोटा है5, तरल नाइट्रोजन में फ़्लैश जमे हुए की सिफारिश की जाती है।

खून के नमूने:
पीए×जीनब्लडआरएनएट्यूब;
6mLTRIzol और 2mL रक्त (TRIzol:Blood=3:1)

अनुशंसित नमूना वितरण

कंटेनर:
2 मिली सेंट्रीफ्यूज ट्यूब (टिन फ़ॉइल अनुशंसित नहीं है)
नमूना लेबलिंग: समूह+प्रतिकृति जैसे A1, A2, A3;बी1, बी2, बी3... ...

शिपमेंट:
1. सूखी बर्फ: नमूनों को बैग में पैक करके सूखी बर्फ में दबा देना चाहिए।
2.आरएनएस्टेबल ट्यूब: आरएनए नमूनों को आरएनए स्थिरीकरण ट्यूब (उदाहरण के लिए आरएनएस्टेबल®) में सुखाया जा सकता है और कमरे के तापमान में भेजा जा सकता है।

सेवा कार्य प्रवाह

नमूना QC

प्रयोग डिज़ाइन

नमूना वितरण

नमूना वितरण

पायलट प्रयोग

आरएनए निष्कर्षण

पुस्तकालय की तैयारी

पुस्तकालय निर्माण

अनुक्रमण

अनुक्रमण

डेटा विश्लेषण

डेटा विश्लेषण

बिक्री के बाद सेवाएँ

बिक्री के बाद की सेवाएँ


  • पहले का:
  • अगला:

  • बायोइनफॉरमैटिक्स

    wps_doc_11

    1.एमआरएनए (डेनोवो) असेंबली का सिद्धांत

    ट्रिनिटी द्वारा, रीड्स को छोटे-छोटे टुकड़ों में विभाजित किया जाता है, जिन्हें के-मेर के नाम से जाना जाता है।फिर इन के-मर्स का उपयोग बीजों के रूप में किया जाता है, जिन्हें कंटीग्स में विस्तारित किया जाता है और फिर कॉन्टिग ओवरलैपिंग के आधार पर घटक बनाया जाता है।अंत में, घटकों में प्रतिलेखों को पहचानने के लिए डी ब्रुइज़न को यहां लागू किया गया था।

    एमआरएनए-(डी-नोवो)-ट्रिनिटी का अवलोकन

    एमआरएनए (डी नोवो) ट्रिनिटी का अवलोकन

    2.एमआरएनए (डी नोवो) जीन अभिव्यक्ति स्तर का वितरण

    RNA-Seq जीन अभिव्यक्ति का अत्यधिक संवेदनशील अनुमान प्राप्त करने में सक्षम है।आम तौर पर, प्रतिलेख अभिव्यक्ति एफपीकेएम की पता लगाने योग्य सीमा 10^-2 से 10^6 तक होती है

    एमआरएनए-(डी-नोवो)-प्रत्येक-नमूने में एफपीकेएम-घनत्व का वितरण

    प्रत्येक नमूने में एफपीकेएम घनत्व का एमआरएनए (डी नोवो) वितरण

    3.एमआरएनए (डी नोवो) डीईजी का संवर्धन विश्लेषण करें

    जीओ (जीन ओन्टोलॉजी) डेटाबेस एक संरचित जैविक एनोटेशन प्रणाली है जिसमें जीन और जीन उत्पाद कार्यों की एक मानक शब्दावली होती है।इसमें कई स्तर होते हैं, जहां स्तर जितना कम होगा, कार्य उतने ही अधिक विशिष्ट होंगे।

    एमआरएनए-(डी-नोवो)-जीओ-वर्गीकरण-ऑफ-डीईजी-एट-सेकंड-लेवल

    दूसरे स्तर पर डीईजी का एमआरएनए (डी नोवो) जीओ वर्गीकरण

    बीएमके मामला

    प्याज में बल्ब की सूजन और विकास के दौरान सुक्रोज चयापचय का ट्रांसक्रिप्टोम विश्लेषण (एलियम सेपा एल.)

    प्रकाशित: पादप विज्ञान में सीमाएँ,2016

    अनुक्रमण रणनीति

    इलुमिना हाईसेक2500

    नमूना संग्रह

    इस अध्ययन में यूटा येलो स्वीट स्पेन किस्म "Y1351" का उपयोग किया गया था।एकत्र किये गये नमूनों की संख्या थी
    बल्ब की सूजन (डीएएस) के 15वें दिन (2-सेमी व्यास और 3-4 ग्राम वजन), 30वें दिन (5-सेमी व्यास और 100-110 ग्राम वजन), और 40वें दिन पर ∼3 (7-सेमी व्यास और वजन) 260-300 ग्राम)।

    मुख्य परिणाम

    1. वेन आरेख में, विकासात्मक चरणों के सभी तीन जोड़े में कुल 146 डीईजी का पता लगाया गया था
    2. "कार्बोहाइड्रेट परिवहन और चयापचय" का प्रतिनिधित्व केवल 585 स्वदेशी लोगों (यानी, एनोटेटेड सीओजी का 7%) द्वारा किया गया था।
    3. जीओ डेटाबेस में सफलतापूर्वक एनोटेट किए गए यूनिजेन्स को बल्ब विकास के तीन अलग-अलग चरणों के लिए तीन प्रमुख श्रेणियों में वर्गीकृत किया गया था।"जैविक प्रक्रिया" प्रमुख श्रेणी में सबसे अधिक प्रतिनिधित्व "चयापचय प्रक्रिया" का था, उसके बाद "सेलुलर प्रक्रिया" का स्थान था।"आण्विक कार्य" की मुख्य श्रेणी में सबसे अधिक प्रतिनिधित्व वाली दो श्रेणियां "बाध्यकारी" और "उत्प्रेरक गतिविधि" थीं।

    पीबी-पूर्ण-लंबाई-आरएनए-अनुक्रमण-केस-अध्ययन

    ऑर्थोलॉगस समूहों (सीओजी) वर्गीकरण के समूहों का हिस्टोग्राम

    पीबी-पूर्ण-लंबाई-आरएनए-अनुक्रमण-केस-अध्ययन

    तीन विकासात्मक चरणों में बल्बों से प्राप्त यूनिजीन के लिए जीन ऑन्टोलॉजी (जीओ) वर्गीकरण का हिस्टोग्राम

    पीबी-पूर्ण-लंबाई-आरएनए-अनुक्रमण-केस-अध्ययन

    वेन आरेख प्याज के बल्ब के विकास के किन्हीं दो चरणों में भिन्न रूप से व्यक्त जीन को दर्शाता है

    संदर्भ

    झांग सी, झांग एच, झान जेड, एट अल।प्याज में बल्ब की सूजन और विकास के दौरान सुक्रोज चयापचय का ट्रांसक्रिप्टोम विश्लेषण (एलियम सेपा एल.)[जे]।फ्रंटियर्स इन प्लांट साइंस, 2016, 7:1425-।डीओआई: 10.3389/एफपीएल.2016.01425

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