नॉन-रेफरेंस आधारित mRNA सीक्वेंसिंग-NGS
विशेषताएँ
● लाइब्रेरी तैयार करने से पहले पॉली mRNA को कैप्चर करना
● किसी भी संदर्भ जीनोम से स्वतंत्र: ट्रांसक्रिप्ट के डी नोवो संयोजन के आधार पर, कई डेटाबेस (NR, Swiss-Prot, COG, KOG, eggNOG, Pfam, GO, KEGG) के साथ एनोटेट किए गए यूनिजीन की एक सूची तैयार करना।
● जीन अभिव्यक्ति और प्रतिलेख संरचना का व्यापक जैवसूचना विश्लेषण
सेवा के लाभ
●व्यापक विशेषज्ञताबीएमकेजीन में 6 लाख से अधिक नमूनों को संसाधित करने के अनुभव के साथ, हमारी टीम सेल कल्चर, ऊतक और शारीरिक तरल पदार्थ जैसे विभिन्न प्रकार के नमूनों को शामिल करते हुए, प्रत्येक परियोजना में व्यापक अनुभव लेकर आती है। हमने विभिन्न अनुसंधान क्षेत्रों में 1 लाख से अधिक mRNA-Seq परियोजनाओं को सफलतापूर्वक पूरा किया है।
●कठोर गुणवत्ता नियंत्रणहम नमूना और लाइब्रेरी तैयार करने से लेकर अनुक्रमण और जैवसूचना विज्ञान तक, सभी चरणों में मुख्य नियंत्रण बिंदुओं को लागू करते हैं। यह सावधानीपूर्वक निगरानी उच्च गुणवत्ता वाले परिणामों की निरंतर प्राप्ति सुनिश्चित करती है।
● व्यापक व्याख्याहम विभेदक रूप से व्यक्त जीन (डीईजी) को कार्यात्मक रूप से एनोटेट करने और संबंधित संवर्धन विश्लेषण करने के लिए कई डेटाबेस का उपयोग करते हैं, जो ट्रांसक्रिप्टोम प्रतिक्रिया के अंतर्निहित सेलुलर और आणविक प्रक्रियाओं पर अंतर्दृष्टि प्रदान करता है।
●बिक्री के बाद सहायताहमारी प्रतिबद्धता परियोजना पूर्ण होने के बाद भी 3 महीने की बिक्री पश्चात सेवा अवधि तक विस्तारित है। इस दौरान, हम परियोजना का अनुवर्ती कार्रवाई, समस्या निवारण सहायता और परिणामों से संबंधित किसी भी प्रश्न के समाधान हेतु प्रश्नोत्तर सत्र प्रदान करते हैं।
नमूना संबंधी आवश्यकताएँ और वितरण
| पुस्तकालय | अनुक्रमण रणनीति | डेटा की अनुशंसा की गई | गुणवत्ता नियंत्रण |
| पॉली ए समृद्ध | इलुमिना PE150 डीएनएसबीएसईक्यू-टी7 | 6-10 जीबी | Q30≥85% |
नमूना आवश्यकताएँ:
न्यूक्लियोटाइड:
| सांद्रता (एनजी/एमएल) | मात्रा (मिग्रा) | पवित्रता | अखंडता |
| ≥ 10 | ≥ 0.2 | OD260/280=1.7-2.5 OD260/230=0.5-2.5 जेल पर प्रोटीन या डीएनए की संदूषण की मात्रा बहुत कम या न के बराबर दिखाई दी। | पौधों के लिए: RIN≥4.0; पशुओं के लिए: RIN≥4.5; 5.0≥28S/18S≥1.0; सीमित या कोई आधारभूत उन्नयन नहीं |
● पौधे:
जड़, तना या पंखुड़ी: 450 मिलीग्राम
पत्ती या बीज: 300 मिलीग्राम
फल: 1.2 ग्राम
● पशु:
हृदय या आंत: 300 मिलीग्राम
आंतरिक अंग या मस्तिष्क: 240 मिलीग्राम
मांसपेशी: 450 मिलीग्राम
हड्डियाँ, बाल या त्वचा: 1 ग्राम
● आर्थ्रोपोड्स:
कीड़े-मकोड़े: 6 ग्राम
क्रस्टेशिया: 300 मिलीग्राम
● संपूर्ण रक्त: 1 ट्यूब
● कोशिकाएँ: 106 कोशिकाओं
अनुशंसित नमूना वितरण
कंटेनर: 2 मिलीलीटर सेंट्रीफ्यूज ट्यूब (टिन फॉयल का उपयोग करने की सलाह नहीं दी जाती है)
नमूना लेबलिंग: समूह + प्रतिकृति जैसे A1, A2, A3; B1, B2, B3।
शिपमेंट:
1. ड्राई आइस: नमूनों को बैग में पैक करके ड्राई आइस में दबा देना चाहिए।
2. आरएनएस्टेबल ट्यूब: आरएनए के नमूनों को आरएनए स्थिरीकरण ट्यूब (जैसे आरएनएस्टेबल®) में सुखाया जा सकता है और कमरे के तापमान पर भेजा जा सकता है।
सेवा कार्य प्रवाह
प्रयोग डिजाइन
नमूना वितरण
आरएनए निष्कर्षण
पुस्तकालय निर्माण
अनुक्रमण
डेटा विश्लेषण
बिक्री पश्चात सेवाएं
बायोइनफॉरमैटिक्स
ट्रांसक्रिप्टोम संयोजन और यूनिजीन चयन
यूनिजीन एनोटेशन
नमूना सहसंबंध और जैविक प्रतिकृतियों का आकलन
विभेदक रूप से व्यक्त जीन (डीईजी)
डीईजी का कार्यात्मक एनोटेशन
डीईजी का कार्यात्मक संवर्धन
बीएमकेजीन की यूकेरियोटिक एनजीएस एमआरएनए अनुक्रमण सेवाओं द्वारा सुगम बनाई गई प्रगति का अन्वेषण प्रकाशनों के एक सुनियोजित संग्रह के माध्यम से करें।
शेन, एफ. एट अल. (2020) 'अमूर कैटफ़िश (सिलुरस एसोटस) के गोनाड्स में डी नोवो ट्रांसक्रिप्टोम असेंबली और सेक्स-बायस्ड जीन अभिव्यक्ति', जीनोमिक्स, 112(3), पृ. 2603–2614. doi: 10.1016/J.YGENO.2020.01.026.
झांग, सी. एट अल. (2016) 'प्याज (एलियम सेपा एल.) में बल्ब सूजन और विकास के दौरान सुक्रोज चयापचय का ट्रांसक्रिप्टोम विश्लेषण', फ्रंटियर्स इन प्लांट साइंस, 7 (सितंबर), पृ. 212763. doi: 10.3389/FPLS.2016.01425/BIBTEX.
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ज़ू, एल. एट अल. (2021) 'डी नोवो ट्रांसक्रिप्टोम विश्लेषण लवणता तनाव के तहत पोडोकार्पस मैक्रोफिलस की नमक सहनशीलता में अंतर्दृष्टि प्रदान करता है', बीएमसी प्लांट बायोलॉजी, 21(1), पृ. 1–17. doi: 10.1186/S12870-021-03274-1/FIGURES/9.
