PacBio 2+3 फुल-लेंथ mRNA सॉल्यूशन
विशेषताएँ
● अध्ययन का स्वरूप:
पैकबियो का उपयोग करके अनुक्रमित पूल किए गए नमूने से ट्रांसक्रिप्ट आइसोफॉर्म की पहचान की गई।
अलग-अलग नमूनों (परीक्षण की जाने वाली प्रतिकृतियां और स्थितियां) का अनुक्रमण किया गया।ट्रांसक्रिप्ट अभिव्यक्ति की मात्रा निर्धारित करने के लिए एनजीएस का उपयोग किया जाता है।
● CCS मोड में PacBio सीक्वेंसिंग, जिससे हाई-फाई रीड्स उत्पन्न होते हैं
● पूर्ण लंबाई वाले प्रतिलेखों का अनुक्रमण
● विश्लेषण के लिए संदर्भ जीनोम की आवश्यकता नहीं है; हालाँकि, इसका उपयोग किया जा सकता है।
● जैवसूचना विश्लेषण में न केवल जीन और आइसोफॉर्म स्तर पर अभिव्यक्ति शामिल है, बल्कि lncRNA, जीन संलयन, पॉली-एडेनिलेशन और जीन संरचना का विश्लेषण भी शामिल है।
लाभ
● उच्च सटीकताहाई-फाई रीडिंग की सटीकता 99.9% से अधिक (Q30) है, जो NGS के बराबर है।
● वैकल्पिक स्प्लिसिंग विश्लेषणसभी ट्रांसक्रिप्ट की सीक्वेंसिंग से आइसोफॉर्म की पहचान और लक्षण वर्णन संभव हो पाता है।
● पैकबियो और एनजीएस की खूबियों का संयोजनयह आइसोफॉर्म स्तर पर अभिव्यक्ति का मात्रात्मक विश्लेषण करने में सक्षम बनाता है, जिससे उन परिवर्तनों का पता चलता है जो संपूर्ण जीन अभिव्यक्ति का विश्लेषण करते समय छिपे रह सकते हैं।
● व्यापक विशेषज्ञताहमने 2300 से अधिक नमूनों का प्रसंस्करण किया है, हमारी टीम प्रत्येक परियोजना में व्यापक अनुभव लेकर आती है।
● बिक्री के बाद सहायताहमारी प्रतिबद्धता परियोजना पूर्ण होने के बाद भी 3 महीने की बिक्री पश्चात सेवा अवधि तक विस्तारित है। इस दौरान, हम परियोजना का अनुवर्ती कार्रवाई, समस्या निवारण सहायता और परिणामों से संबंधित किसी भी प्रश्न के समाधान हेतु प्रश्नोत्तर सत्र प्रदान करते हैं।
नमूना संबंधी आवश्यकताएँ और वितरण
| पुस्तकालय | अनुक्रमण रणनीति | डेटा की अनुशंसा की गई | गुणवत्ता नियंत्रण |
| पॉलीए समृद्ध mRNA CCS लाइब्रेरी | पैकबियो सीक्वल II पैकबियो रेवियो | 20/40 जीबी 5/10 एम सीसीएस | Q30≥85% |
| पॉली ए समृद्ध | इलुमिना PE150 | 6-10 जीबी | Q30≥85% |
न्यूक्लियोटाइड
|
| सांद्रता (एनजी/एमएल) | मात्रा (मिग्रा) | पवित्रता | अखंडता |
| इलुमिना लाइब्रेरी | ≥ 10 | ≥ 0.2 | OD260/280=1.7-2.5 OD260/230=0.5-2.5 जेल पर प्रोटीन या डीएनए की संदूषण की मात्रा बहुत कम या न के बराबर दिखाई दी। | पौधों के लिए: RIN≥4.0; पशुओं के लिए: RIN≥4.5; 5.0≥28S/18S≥1.0; सीमित या कोई आधारभूत उन्नयन नहीं |
| पैकबियो लाइब्रेरी | ≥ 100 | ≥ 1.0 | OD260/280=1.7-2.5 OD260/230=0.5-2.5 जेल पर प्रोटीन या डीएनए की संदूषण की मात्रा बहुत कम या न के बराबर दिखाई दी। | पौधे: RIN≥7.5 पशु: RIN≥8.0 5.0≥28S/18S≥1.0; सीमित या कोई आधारभूत उन्नयन नहीं |
अनुशंसित नमूना वितरण
कंटेनर: 2 मिलीलीटर सेंट्रीफ्यूज ट्यूब (टिन फॉयल का उपयोग करने की सलाह नहीं दी जाती है)
नमूना लेबलिंग: समूह + प्रतिकृति जैसे A1, A2, A3; B1, B2, B3।
शिपमेंट:
1. सूखी बर्फ:नमूनों को थैलियों में पैक करके सूखी बर्फ में दबा देना चाहिए।
2. आरएनएस्टेबल ट्यूब: आरएनए के नमूनों को आरएनए स्थिरीकरण ट्यूब (जैसे आरएनएस्टेबल®) में सुखाया जा सकता है और कमरे के तापमान पर भेजा जा सकता है।
इसमें निम्नलिखित विश्लेषण शामिल है:
- कच्चा डेटा
- गुणवत्ता नियंत्रण
- वैकल्पिक पॉलीएडेनिलेशन विश्लेषण (एपीए)
- फ्यूजन ट्रांसक्रिप्ट विश्लेषण
- वैकल्पिक स्प्लिसिंग विश्लेषण
- यूनिवर्सल सिंगल-कॉपी ऑर्थोलॉग्स (BUSCO) विश्लेषण का बेंचमार्किंग
- नवीन प्रतिलेख विश्लेषण: कोडिंग अनुक्रमों (सीडीएस) का पूर्वानुमान और कार्यात्मक एनोटेशन
- lncRNA विश्लेषण: lncRNA और लक्ष्यों का पूर्वानुमान
- माइक्रोसैटेलाइट पहचान (एसएसआर)
- विभेदक रूप से व्यक्त ट्रांसक्रिप्ट (डीईटी) विश्लेषण
- विभेदक रूप से व्यक्त जीन (डीईजी) विश्लेषण
- DEGs और DETs का कार्यात्मक एनोटेशन
बुस्को विश्लेषण
वैकल्पिक स्प्लिसिंग विश्लेषण
वैकल्पिक पॉलीएडेनिलेशन विश्लेषण (एपीए)
विभेदक रूप से व्यक्त जीन (डीईजी) और ट्रांसक्रिप्ट (डीईटी) का विश्लेषण
डीईटी और डीईजी के प्रोटीन-प्रोटीन अंतःक्रिया नेटवर्क
बीएमकेजीन के पैकबियो 2+3 फुल-लेंथ एमआरएनए सीक्वेंसिंग द्वारा सुगम बनाई गई प्रगति का पता लगाने के लिए प्रकाशनों के एक क्यूरेटेड संग्रह का उपयोग करें।
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लियू, एम. एट अल. (2023) 'टुटा एब्सोलुटा (मेयरिक) ट्रांसक्रिप्टोम और साइटोक्रोम पी450 जीन का संयुक्त पैकबियो आइसो-सीक्व और इलुमिना आरएनए-सीक्व विश्लेषण'कीड़े, 14(4), पृ. 363. doi: 10.3390/INSECTS14040363/S1.
वांग, लिजुन एट अल. (2019) 'रिकिनस कम्युनिस में रिसिनोलिक एसिड जैवसंश्लेषण की बेहतर समझ के लिए इलुमिना आरएनए अनुक्रमण के साथ संयुक्त पैकबियो सिंगल-मॉलिक्यूल रियल-टाइम विश्लेषण का उपयोग करके ट्रांसक्रिप्टोम जटिलता का एक सर्वेक्षण'बीएमसी जीनोमिक्स, 20(1), पृ. 1–17. doi: 10.1186/S12864-019-5832-9/FIGURES/7.
