पादप/पशु संपूर्ण जीनोम अनुक्रमण
सेवा सुविधाएँ
डी नोवो
यह तकनीक विशेष रूप से चुनौतीपूर्ण जीनोम जैसे कि उच्च स्तर की विषमयुग्मता, दोहराव वाले क्षेत्रों, पॉलीपोलॉइड जीनोम, असामान्य सीजी सामग्री आदि वाले जीनोम के लिए उपयोगी है।
हमारा वन-स्टॉप सॉल्यूशन एकीकृत अनुक्रमण सेवाएं और जैवसूचनात्मक विश्लेषण प्रदान करता है, जिससे उच्च गुणवत्ता वाला डी नोवो असेंबल्ड जीनोम प्राप्त होता है। इलुमिना के साथ प्रारंभिक जीनोम सर्वेक्षण जीनोम के आकार और जटिलता का अनुमान प्रदान करता है, और इस जानकारी का उपयोग पैकबियो हाईफाई के साथ लॉन्ग-रीड अनुक्रमण के अगले चरण को निर्देशित करने के लिए किया जाता है, जिसके बाद...डी नोवोकॉन्टिग्स का संयोजन। इसके बाद HiC असेंबली का उपयोग करके कॉन्टिग्स को जीनोम से जोड़ा जाता है, जिससे गुणसूत्र-स्तर का संयोजन प्राप्त होता है। अंत में, जीन भविष्यवाणी और व्यक्त जीनों के अनुक्रमण द्वारा जीनोम का एनोटेशन किया जाता है, जिसमें लघु और दीर्घ रीड वाले ट्रांसक्रिप्टोम का उपयोग किया जाता है।
एक ही स्थान पर अनेक अनुक्रमण और जैवसूचना विज्ञान सेवाओं का एकीकरण।उपन्यास निर्माण के लिए उपयुक्त सेवा
संबंधित प्रजातियों के लिए जीनोम या मौजूदा संदर्भ जीनोम में सुधार करना।
पुनर्क्रमण
लाइब्रेरी तैयार करने की विधि मानक या पीसीआर-मुक्त हो सकती है।
-- यह 4 सीक्वेंसिंग प्लेटफॉर्म में उपलब्ध है: इलुमिना नोवासेक, एमजीआई टी7, नैनोपोर प्रोमेथियन पी48 या पैकबियो रेवियो।
-- जैवसूचना विश्लेषण में वेरिएंट कॉलिंग पर ध्यान केंद्रित किया गया: एसएनपी, इनडेल, एसवी और सीएनवी
सेवा के लाभ
●व्यापक विशेषज्ञता और प्रकाशन का उत्कृष्ट रिकॉर्ड: के लिएडी नोवोहमारी सेवाओं के माध्यम से, हमने विविध प्रजातियों के उच्च-गुणवत्ता वाले जीनोम संयोजन में व्यापक अनुभव प्राप्त किया है, जिसमें द्विगुणित जीनोम और बहुगुणित और अगुणित प्रजातियों के अत्यंत जटिल जीनोम शामिल हैं। 2018 से, हमने 300 से अधिक महत्वपूर्ण प्रकाशनों में योगदान दिया है, और उनमें से 20 से अधिक नेचर जेनेटिक्स में प्रकाशित हुए हैं। जीनोम री-सीक्वेंसिंग पर, हमने 1000 से अधिक प्रजातियों को एकत्रित किया, जिसके परिणामस्वरूप 1000 से अधिक प्रकाशित मामले सामने आए जिनका संचयी प्रभाव कारक 5000 से अधिक है।
●एक ही स्थान पर सभी समाधान: परडी नोवोअनुक्रमण में, हमारा एकीकृत दृष्टिकोण कई अनुक्रमण प्रौद्योगिकियों और जैवसूचना विश्लेषणों को एक सुसंगत कार्यप्रवाह में जोड़ता है, जिससे उच्च गुणवत्ता वाला संयोजित जीनोम प्राप्त होता है।
●आपकी आवश्यकताओं के अनुरूपहमारी सेवा कार्यप्रणाली अनुकूलन योग्य है, जिससे विविध विशेषताओं वाले जीनोम और विशिष्ट अनुसंधान आवश्यकताओं के लिए अनुकूलन संभव हो पाता है।
●उच्च कुशल जैवसूचना विज्ञान और प्रयोगशाला टीमचाहे यह इसके लिए होडी नोवोचाहे सीक्वेंसिंग हो या री-सीक्वेंसिंग, हमारी टीम के पास परियोजना की सफलता सुनिश्चित करने के लिए कुशल उपकरण और ज्ञान का भंडार है। उनके द्वारा विकसित पेटेंट और सॉफ्टवेयर कॉपीराइट की श्रृंखला से इसकी पुष्टि होती है।
● बिक्री के बाद सहायता:परियोजना पूर्ण होने के बाद भी हमारी प्रतिबद्धता 3 महीने की बिक्री पश्चात सेवा अवधि तक विस्तारित है। इस दौरान, हम परियोजना का अनुवर्ती कार्रवाई, समस्या निवारण सहायता और परिणामों से संबंधित किसी भी प्रश्न के समाधान हेतु प्रश्नोत्तर सत्र प्रदान करते हैं।
●व्यापक जैवसूचना विज्ञान विश्लेषणइसमें वेरिएशन कॉलिंग और फंक्शन एनोटेशन शामिल हैं।
●अनुक्रमण के लिए व्यापक एनोटेशनहम पहचाने गए विभिन्नताओं वाले जीनों को कार्यात्मक रूप से एनोटेट करने और संबंधित संवर्धन विश्लेषण करने के लिए कई डेटाबेस का उपयोग करते हैं, जिससे आपकी अनुसंधान परियोजनाओं पर अंतर्दृष्टि मिलती है।
सेवा विनिर्देश
| पहचाने जाने वाले वेरिएंट | अनुक्रमण रणनीति | अनुशंसित गहराई |
| एसएनपी और इनडेल | इलुमिना नोवासेक पीई150 या एमजीआई टी7 | 10 गुना |
| एसवी और सीएनवी (कम सटीक) | 30 गुना | |
| SV और CNV (अधिक सटीक) | नैनोपोर प्रोम पी48 | 20 गुना |
| एसएनपी, इंडेल्स, एसवी और सीएनवी | पैकबियो रेवियो | 10 गुना |
नमूना आवश्यकताएँ
| ऊतक या निकाले गए न्यूक्लिक एसिड | इलुमिना/एमजीआई | नैनोपोर (8 केबी लाइब्रेरी) | PacBio (15 Kb लाइब्रेरी)
| ||
| पशु आंतरिक अंग | ≥ 0.2 ग्राम | ≥ 0.5 ग्राम | ≥ 1 ग्राम
| ||
| पशु मांसपेशी | |||||
| स्तनधारी रक्त | ≥ 0.3 मिलीलीटर | ≥ 0.5 मिलीलीटर
| ≥ 1 मिलीलीटर
| ||
| मुर्गी/मछली का रक्त | ≥ 0.05 मिलीलीटर | ≥ 0.1 मिलीलीटर
| ≥ 0.1 मिलीलीटर
| ||
| पौधा - ताजी पत्ती | ≥ 0.5 ग्राम | ≥ 1 ग्राम
| ≥ 2 ग्राम
| ||
| संवर्धित कोशिकाएँ | ≥ 1x106 | ≥ 5x106 | ≥ 5x106
| ||
| कीट का कोमल ऊतक/व्यक्तिगत | ≥ 0.2 ग्राम | ≥ 0.3 ग्राम
| ≥ 1 ग्राम
| ||
| जलीय जीव - मांसपेशी ऊतक | ≥ 0.3 ग्राम | ≥ 1 ग्राम | ≥ 1.5 ग्राम | ||
| जलीय जीव - शैवाल | ≥ 0.5 ग्राम | ≥ 1.5 ग्राम | ≥ 3 ग्राम | ||
| निकाला गया डीएनए
| सांद्रता: ≥ 1 एनजी/µएल मात्रा: ≥ 30 एनजी सीमित या नगण्य क्षरण या संदूषण
| एकाग्रता मात्रा
ओडी260/280
ओडी260/230
सीमित या नगण्य क्षरण या संदूषण
| ≥ 40 एनजी/µएल 2 माइक्रोग्राम/फ्लो सेल/नमूना
1.7 - 2.2
1.5 - 3.0 | एकाग्रता मात्रा
ओडी260/280
ओडी260/230
सीमित या नगण्य क्षरण या संदूषण | ≥ 50 एनजी/µएल 8 माइक्रोग्राम/फ्लो सेल/नमूना
1.7 - 2.2
1.8 - 2.5 |
| पीसीआर-मुक्त लाइब्रेरी तैयारी: सांद्रता ≥ 40 एनजी/µएल मात्रा ≥ 500 एनजी | |||||
सेवा कार्य प्रवाह
नमूना वितरण
डीएनए निष्कर्षण
पुस्तकालय निर्माण
अनुक्रमण
डेटा विश्लेषण
डेटा वितरण
डी नोवोबायोइन्फॉर्मेटिक्स पाइपलाइन
यदि आप असेंबली के लिए हमारी विभिन्न पाइपलाइनों का अवलोकन देखना चाहते हैं:
संपूर्ण जैवसूचना विश्लेषण, जिसे 4 चरणों में विभाजित किया गया है:
1. एनजीएस रीड्स के साथ के-मेर विश्लेषण पर आधारित जीनोम सर्वेक्षण।इससे हमें निम्नलिखित जानकारी मिलेगी:
- जीनोम के आकार का अनुमान
- विषमयुग्मता का अनुमान
- दोहराव वाले क्षेत्रों का अनुमान
2. पैकबियो हाईफाई के साथ जीनोम असेंबली।लंबे लेखों का उपयोग करने से हमें निम्नलिखित प्राप्त होगा:
- डी नोवोविधानसभा
- असेंबली मूल्यांकन: जीनोम की पूर्णता के लिए BUSCO विश्लेषण और NGS तथा PacBio HiFi रीड्स की मैपिंग सहित।
3. हाई-सी असेंबली।एक बार जब हमारे पास असेंबली हो जाएगी, तो जीनोम की 3डी संरचना के बारे में जानकारी होने से हमारे ज्ञान में गहराई आएगी और हम जिस संदर्भ जीनोम का निर्माण कर रहे हैं, वह समृद्ध होगा।
- वैध हाई-सी अंतःक्रियाओं का अनुमान लगाने के लिए हाई-सी लाइब्रेरी क्यूसी।
- हाई-सी असेंबली। हम कॉन्टिग्स को समूहों में क्लस्टर करेंगे, उसके बाद प्रत्येक समूह के भीतर कॉन्टिग्स को क्रमबद्ध करेंगे और कॉन्टिग्स का ओरिएंटेशन निर्धारित करेंगे।
- हाई-सी मूल्यांकन
4. जीनोम एनोटेशन:
- नॉन-कोडिंग आरएनए भविष्यवाणी
- पुनरावर्ती अनुक्रमों की पहचान (ट्रांसपोज़ोन और टैंडम रिपीट)
- जीन भविष्यवाणी
- डी नोवो: एब इनिशियो एल्गोरिदम
- समरूपता पर आधारित
- ट्रांसक्रिप्टोम पर आधारित, लंबी और छोटी रीड्स के साथ: रीड्स हैंडी नोवोमसौदा जीनोम से संयोजित या मैप किया गया
- कई डेटाबेस के साथ अनुमानित जीनों का एनोटेशन
पुन: अनुक्रमणबायोइन्फॉर्मेटिक्स पाइपलाइन
इसमें निम्नलिखित विश्लेषण शामिल है:
- कच्चे डेटा की गुणवत्ता नियंत्रण
- संदर्भ जीनोम के साथ संरेखण के आँकड़े
- वेरिएंट की पहचान: SNP, InDel, SV और CNV
- वेरिएंट का कार्यात्मक एनोटेशन
संदर्भ जीनोम के साथ संरेखण के आँकड़े – अनुक्रमण गहराई वितरण
कई नमूनों के बीच एसएनपी कॉलिंग
इनडेल पहचान – सीडीएस क्षेत्र और जीनोम-व्यापी क्षेत्र में इनडेल की लंबाई के आँकड़े
जीनोम में विभिन्नताओं का वितरण – सर्कस प्लॉट
पहचाने गए वेरिएंट वाले जीनों का कार्यात्मक एनोटेशन – जीन ओन्टोलॉजी
चाय, क्यू. एट अल. (2023) 'एक ग्लूटाथियोन एस-ट्रांसफरेज जीएचटीटी19 कपास में एंथोसायनिन संचय को विनियमित करके फूल पंखुड़ी रंजकता निर्धारित करता है',पादप जैव प्रौद्योगिकी जर्नल, 21(2), पृ. 433. डीओआई: 10.1111/पीबीआई.13965।
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झांग, एफ. एट अल. (2023) 'सोलानेसी परिवार में दो जीनोम का विश्लेषण करके ट्रॉपेन एल्कलॉइड जैवसंश्लेषण के विकास का खुलासा'प्रकृति संचार2023 14:1, 14(1), पृ. 1–18. doi: 10.1038/s41467-023-37133-4.
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चुनौतीपूर्ण केस स्टडी:
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हैप्लोटाइप संयोजन:हू, डब्ल्यू. एट अल. (2021) 'एलील-परिभाषित जीनोम कसावा के विकास के दौरान द्विएलीलिक विभेदन को प्रकट करता है',आणविक पादप, 14(6), पृ. 851-854। doi: 10.1016/j.molp.2021.04.009।
विशाल जीनोम संयोजन:युआन, जे. एट अल. (2022) 'वृक्ष पेओनी पेओनिया ओस्टी के गीगा-क्रोमोसोम और गीगा-जीनोम का जीनोमिक आधार',प्रकृति संचार2022 13:1, 13(1), पृ. 1–16. doi: 10.1038/s41467-022-35063-1.
पॉलीप्लॉइड जीनोम संयोजन:झांग, क्यू. एट अल. (2022) 'ऑटोपॉलीप्लॉइड गन्ना सैकरम स्पॉन्टेनियम के हालिया गुणसूत्र कमी में जीनोमिक अंतर्दृष्टि',नेचर जेनेटिक्स 202254:6, 54(6), पृ. 885-896। डीओआई: 10.1038/एस41588-022-01084-1।
