-
PacBio-पूर्ण-लंबाई 16S/18S/ITS एम्प्लिकॉन अनुक्रमण
माइक्रोबियल विविधता परियोजना विश्लेषण में वर्षों के अनुभव के आधार पर एम्प्लिकॉन (16S/18S/ITS) प्लेटफॉर्म विकसित किया गया है, जिसमें मानकीकृत बुनियादी विश्लेषण और वैयक्तिकृत विश्लेषण शामिल हैं: बुनियादी विश्लेषण वर्तमान माइक्रोबियल अनुसंधान की मुख्यधारा की विश्लेषण सामग्री को कवर करता है, विश्लेषण सामग्री समृद्ध और व्यापक है, और विश्लेषण परिणाम परियोजना रिपोर्ट के रूप में प्रस्तुत किए जाते हैं; वैयक्तिकृत विश्लेषण की सामग्री विविध है। बुनियादी विश्लेषण रिपोर्ट और अनुसंधान उद्देश्य के अनुसार नमूनों का चयन और मापदंडों को लचीले ढंग से सेट किया जा सकता है, जिससे वैयक्तिकृत आवश्यकताओं को पूरा किया जा सके। विंडोज ऑपरेटिंग सिस्टम पर आधारित, यह सरल और तेज़ है।
-
PacBio-पूर्ण-लंबाई ट्रांसक्रिप्टोम (गैर-संदर्भ)
पैसिफिक बायोसाइंसेज (PacBio) आइसोफॉर्म सीक्वेंसिंग डेटा को इनपुट के रूप में लेकर, यह ऐप पूर्ण-लंबाई वाले ट्रांसक्रिप्ट अनुक्रमों (असेंबली के बिना) की पहचान करने में सक्षम है। संदर्भ जीनोम के विरुद्ध पूर्ण-लंबाई वाले अनुक्रमों की मैपिंग करके, ज्ञात जीनों, ट्रांसक्रिप्ट, कोडिंग क्षेत्रों आदि के आधार पर ट्रांसक्रिप्ट को अनुकूलित किया जा सकता है। इस प्रकार, mRNA संरचनाओं, जैसे कि वैकल्पिक स्प्लिसिंग आदि की अधिक सटीक पहचान प्राप्त की जा सकती है। NGS ट्रांसक्रिप्टोम सीक्वेंसिंग डेटा के साथ संयुक्त विश्लेषण से ट्रांसक्रिप्ट स्तर पर अभिव्यक्ति में अधिक व्यापक एनोटेशन और अधिक सटीक मात्रा निर्धारण संभव होता है, जिससे आगे के विभेदक अभिव्यक्ति और कार्यात्मक विश्लेषण को व्यापक लाभ मिलता है।
-
उपकरणकिटें
बीएमकेक्लाउड एक अग्रणी बायोइन्फॉर्मेटिक्स प्लेटफॉर्म है जो जीनोमिक प्रोग्रामों के लिए एक ही स्थान पर सभी समाधान प्रदान करता है और चिकित्सा, कृषि, पर्यावरण आदि विभिन्न क्षेत्रों के शोधकर्ताओं द्वारा इस पर व्यापक रूप से भरोसा किया जाता है। बीएमकेक्लाउड एकीकृत, विश्वसनीय और कुशल सेवाएं प्रदान करने के लिए प्रतिबद्ध है, जिनमें बायोइन्फॉर्मेटिक्स विश्लेषण प्लेटफॉर्म और उपकरण, कंप्यूटिंग संसाधन, सार्वजनिक डेटाबेस, बायोइन्फॉर्मेटिक्स ऑनलाइन पाठ्यक्रम आदि शामिल हैं। बीएमकेक्लाउड में जीन एनोटेशन, विकासवादी आनुवंशिक उपकरण, एनसीआरएनए, डेटा गुणवत्ता नियंत्रण, संयोजन, संरेखण, डेटा निष्कर्षण, उत्परिवर्तन, सांख्यिकी, चित्र जनरेटर, अनुक्रम विश्लेषण आदि सहित कई उपयोग में आने वाले बायोइन्फॉर्मेटिक्स उपकरण उपलब्ध हैं।
-
लघु आरएनए
लघु आरएनए (स्मॉल आरएनए) एक प्रकार के छोटे गैर-कोडिंग आरएनए होते हैं जिनकी औसत लंबाई 18-30 एनटी होती है, जिनमें माइक्रोआरएनए, एसआईआरएनए और पीआईआरएनए शामिल हैं। इन लघु आरएनए को विभिन्न जैविक प्रक्रियाओं जैसे एमआरएनए निम्नीकरण, अनुवाद अवरोधन, हेटरोक्रोमैटिन निर्माण आदि में व्यापक रूप से शामिल पाया गया है। लघु आरएनए अनुक्रमण विश्लेषण का उपयोग पशु/पौधों के विकास, रोग, वायरस आदि के अध्ययन में व्यापक रूप से किया जाता है। लघु आरएनए अनुक्रमण विश्लेषण प्लेटफॉर्म में मानक विश्लेषण और उन्नत डेटा माइनिंग शामिल हैं। आरएनए-सीक्वेंसिंग डेटा के आधार पर, मानक विश्लेषण माइक्रोआरएनए की पहचान और भविष्यवाणी, माइक्रोआरएनए लक्ष्य जीन की भविष्यवाणी, एनोटेशन और अभिव्यक्ति विश्लेषण कर सकता है। उन्नत विश्लेषण अनुकूलित माइक्रोआरएनए खोज और निष्कर्षण, वेन आरेख निर्माण, माइक्रोआरएनए और लक्ष्य जीन नेटवर्क निर्माण को सक्षम बनाता है।
-
एनजीएस-डब्ल्यूजीएस (इल्यूमिना/बीजीआई)
NGS-WGS एक संपूर्ण जीनोम री-सीक्वेंसिंग विश्लेषण प्लेटफॉर्म है, जिसे बायोमार्कर टेक्नोलॉजी में व्यापक अनुभव के आधार पर विकसित किया गया है। यह उपयोग में आसान प्लेटफॉर्म कुछ बुनियादी मापदंडों को सेट करके एक एकीकृत विश्लेषण वर्कफ़्लो को तुरंत प्रस्तुत करने की सुविधा देता है, जो इलुमिना प्लेटफॉर्म और BGI सीक्वेंसिंग प्लेटफॉर्म दोनों से प्राप्त DNA सीक्वेंसिंग डेटा के लिए उपयुक्त है। यह प्लेटफॉर्म उच्च प्रदर्शन कंप्यूटिंग सर्वर पर तैनात है, जो बहुत कम समय में अत्यधिक कुशल डेटा विश्लेषण को सक्षम बनाता है। मानक विश्लेषण के आधार पर वैयक्तिकृत डेटा माइनिंग उपलब्ध है, जिसमें उत्परिवर्तित जीन क्वेरी, PCR प्राइमर डिज़ाइन आदि शामिल हैं।
-
mRNA(संदर्भ)
ट्रांसक्रिप्टोम, जीनोमिक आनुवंशिक जानकारी और जैविक क्रिया के प्रोटीओम के बीच की कड़ी है। ट्रांसक्रिप्शनल स्तर का विनियमन जीवों का सबसे महत्वपूर्ण और सबसे व्यापक रूप से अध्ययन किया जाने वाला विनियमन तंत्र है। ट्रांसक्रिप्टोम अनुक्रमण किसी भी समय या किसी भी स्थिति में ट्रांसक्रिप्टोम का अनुक्रमण कर सकता है, जिसकी सटीकता एकल न्यूक्लियोटाइड तक होती है। यह जीन ट्रांसक्रिप्शन के स्तर को गतिशील रूप से प्रतिबिंबित कर सकता है, साथ ही दुर्लभ और सामान्य ट्रांसक्रिप्ट की पहचान और मात्रा निर्धारित कर सकता है, और नमूना-विशिष्ट ट्रांसक्रिप्ट की संरचनात्मक जानकारी प्रदान कर सकता है।
वर्तमान में, ट्रांसक्रिप्टोम अनुक्रमण तकनीक का व्यापक रूप से कृषि विज्ञान, चिकित्सा और अन्य अनुसंधान क्षेत्रों में उपयोग किया जा रहा है, जिसमें पशु और पौधों के विकास का नियमन, पर्यावरणीय अनुकूलन, प्रतिरक्षात्मक अंतःक्रिया, जीन का स्थानीयकरण, प्रजातियों का आनुवंशिक विकास और ट्यूमर तथा आनुवंशिक रोगों का पता लगाना शामिल है।
-
मेटाजेनोमिक्स (एनजीएस)
यह विश्लेषण प्लेटफॉर्म वर्षों के अनुभव के आधार पर व्यापक मेटाजेनोमिक डेटा विश्लेषण के लिए डिज़ाइन किया गया है। इसमें एकीकृत कार्यप्रणाली शामिल है जिसमें डेटा प्रोसेसिंग, प्रजाति-स्तरीय अध्ययन, जीन कार्य-स्तरीय अध्ययन, मेटाजेनोम बिनिंग आदि सहित विभिन्न प्रकार के सामान्य रूप से आवश्यक मेटाजेनोमिक्स विश्लेषण शामिल हैं। इसके अतिरिक्त, मानक विश्लेषण कार्यप्रणाली के आधार पर अनुकूलित डेटा माइनिंग उपकरण उपलब्ध हैं, जिनमें जीन और प्रजाति क्वेरी, पैरामीटर सेटिंग, वैयक्तिकृत चित्र निर्माण आदि शामिल हैं।
-
एलएनसीआरएनए
दीर्घ गैर-कोडिंग आरएनए (lncRNA) 200 nt से अधिक लंबाई वाले ट्रांसक्रिप्ट का एक प्रकार है, जो प्रोटीन को कोड करने में असमर्थ होते हैं। संचित प्रमाण बताते हैं कि अधिकांश lncRNA के कार्यात्मक होने की प्रबल संभावना है। उच्च-थ्रूपुट अनुक्रमण प्रौद्योगिकियां और जैव-सूचनात्मक विश्लेषण उपकरण हमें lncRNA अनुक्रमों और स्थिति संबंधी जानकारी को अधिक कुशलता से प्रकट करने में सक्षम बनाते हैं और हमें महत्वपूर्ण नियामक कार्यों वाले lncRNA की खोज करने में मदद करते हैं। BMKCloud अपने ग्राहकों को तीव्र, विश्वसनीय और लचीले lncRNA विश्लेषण के लिए lncRNA अनुक्रमण विश्लेषण मंच प्रदान करने पर गर्व करता है।
-
जीडब्ल्यूएएस
जीनोम-वाइड एसोसिएशन स्टडी (जीडब्ल्यूएस) का उद्देश्य विशिष्ट लक्षणों (फेनोटाइप) से जुड़े आनुवंशिक वेरिएंट (जीनोटाइप) की पहचान करना है। जीडब्ल्यूएस अध्ययन बड़ी संख्या में व्यक्तियों के संपूर्ण जीनोम में आनुवंशिक मार्करों की जांच करता है और जनसंख्या स्तर पर सांख्यिकीय विश्लेषण द्वारा जीनोटाइप-फेनोटाइप संबंधों की भविष्यवाणी करता है। संपूर्ण जीनोम रीसीक्वेंसिंग से सभी आनुवंशिक वेरिएंट का पता लगाया जा सकता है। फेनोटाइपिक डेटा के साथ, जीडब्ल्यूएस को फेनोटाइप से संबंधित एसएनपी, क्यूटीएल और संभावित जीनों की पहचान करने के लिए संसाधित किया जा सकता है, जो आधुनिक पशु/पौधे प्रजनन को मजबूती प्रदान करता है। एसएलएएफ एक स्व-विकसित सरलीकृत जीनोम अनुक्रमण रणनीति है, जो जीनोम-व्यापी वितरित मार्करों, एसएनपी की खोज करती है। इन एसएनपी को, आणविक आनुवंशिक मार्करों के रूप में, लक्षित लक्षणों के साथ एसोसिएशन अध्ययनों के लिए संसाधित किया जा सकता है। यह जटिल लक्षणों से जुड़े आनुवंशिक विविधताओं की पहचान करने में एक लागत प्रभावी रणनीति है।
-
नैनोपोर पूर्ण-लंबाई ट्रांसक्रिप्टोमिक्स
जीवों में पाए जाने वाले जटिल और परिवर्तनशील वैकल्पिक आइसोफॉर्म, जीन अभिव्यक्ति और प्रोटीन विविधता को नियंत्रित करने वाले महत्वपूर्ण आनुवंशिक तंत्र हैं। ट्रांसक्रिप्ट संरचनाओं की सटीक पहचान जीन अभिव्यक्ति विनियमन पैटर्न के गहन अध्ययन का आधार है। नैनोपोर अनुक्रमण प्लेटफॉर्म ने ट्रांसक्रिप्टोमिक अध्ययन को आइसोफॉर्म स्तर तक सफलतापूर्वक पहुँचाया है। यह विश्लेषण प्लेटफॉर्म संदर्भ जीनोम के आधार पर नैनोपोर प्लेटफॉर्म पर उत्पन्न RNA-Seq डेटा का विश्लेषण करने के लिए डिज़ाइन किया गया है, जिससे जीन स्तर और ट्रांसक्रिप्ट स्तर दोनों पर गुणात्मक और मात्रात्मक विश्लेषण प्राप्त होता है।
-
सर्क-आरएनए
वृत्ताकार आरएनए (circRNA) एक प्रकार का गैर-कोडिंग आरएनए है, जो हाल ही में विकास, पर्यावरणीय प्रतिरोध आदि से जुड़े नियामक नेटवर्क में महत्वपूर्ण भूमिका निभाता पाया गया है। रैखिक आरएनए अणुओं, जैसे mRNA, lncRNA से भिन्न, circRNA के 3' और 5' सिरे आपस में जुड़कर एक वृत्ताकार संरचना बनाते हैं, जो उन्हें एक्सोन्यूक्लिएज़ के पाचन से बचाता है और अधिकांश रैखिक आरएनए की तुलना में अधिक स्थिर होता है। circRNA को जीन अभिव्यक्ति को विनियमित करने में विविध कार्यों के लिए जाना जाता है। circRNA, ceRNA के रूप में कार्य कर सकता है, जो miRNA को प्रतिस्पर्धी रूप से बांधता है, जिसे miRNA स्पंज के रूप में जाना जाता है। circRNA अनुक्रमण विश्लेषण प्लेटफॉर्म circRNA संरचना और अभिव्यक्ति विश्लेषण, लक्ष्य भविष्यवाणी और अन्य प्रकार के आरएनए अणुओं के साथ संयुक्त विश्लेषण को सक्षम बनाता है।
-
बीएसए
बल्क्ड सेग्रेगेंट एनालिसिस (बीएसए) प्लेटफॉर्म में एक-चरण मानक विश्लेषण और अनुकूलित पैरामीटर सेटिंग के साथ उन्नत विश्लेषण शामिल हैं। बीएसए एक ऐसी तकनीक है जिसका उपयोग फेनोटाइप से जुड़े आनुवंशिक मार्करों की शीघ्र पहचान करने के लिए किया जाता है। बीएसए की मुख्य कार्यप्रणाली में शामिल हैं: 1. अत्यंत विपरीत फेनोटाइप वाले व्यक्तियों के दो समूहों का चयन; 2. सभी व्यक्तियों के डीएनए, आरएनए या एसएलएएफ-सीक्वेंसिंग (बायोमार्कर द्वारा विकसित) को मिलाकर डीएनए के दो बल्क बनाना; 3. संदर्भ जीनोम के विरुद्ध या उनके बीच विभेदक अनुक्रमों की पहचान करना; 4. ईडी और एसएनपी-इंडेक्स एल्गोरिदम द्वारा संभावित संबद्ध क्षेत्रों का पूर्वानुमान लगाना; 5. संभावित क्षेत्रों में जीनों का कार्यात्मक विश्लेषण और संवर्धन करना, आदि। आनुवंशिक मार्कर स्क्रीनिंग और प्राइमर डिजाइन सहित डेटा में अधिक उन्नत माइनिंग भी उपलब्ध है।
-
एम्प्लिकॉन (16S/18S/ITS)
माइक्रोबियल विविधता परियोजना विश्लेषण में वर्षों के अनुभव के आधार पर एम्प्लिकॉन (16S/18S/ITS) प्लेटफॉर्म विकसित किया गया है, जिसमें मानकीकृत बुनियादी विश्लेषण और वैयक्तिकृत विश्लेषण शामिल हैं: बुनियादी विश्लेषण वर्तमान माइक्रोबियल अनुसंधान की मुख्यधारा की विश्लेषण सामग्री को कवर करता है, विश्लेषण सामग्री समृद्ध और व्यापक है, और विश्लेषण परिणाम परियोजना रिपोर्ट के रूप में प्रस्तुत किए जाते हैं; वैयक्तिकृत विश्लेषण की सामग्री विविध है। बुनियादी विश्लेषण रिपोर्ट और अनुसंधान उद्देश्य के अनुसार नमूनों का चयन और मापदंडों को लचीले ढंग से सेट किया जा सकता है, जिससे वैयक्तिकृत आवश्यकताओं को पूरा किया जा सके। विंडोज ऑपरेटिंग सिस्टम पर आधारित, यह सरल और तेज़ है।
