प्रोकैरियोटिक आरएनए अनुक्रमण
विशेषताएँ
● आरएनए नमूना प्रसंस्करण में आरआरएनए का निष्कासन और उसके बाद दिशात्मक आरएनए लाइब्रेरी का निर्माण शामिल था।
● संदर्भ जीनोम के साथ संरेखण पर आधारित जैवसूचना विश्लेषण
● विश्लेषण में जीन अभिव्यक्ति और डीईजी के साथ-साथ ट्रांसक्रिप्ट संरचना और एसआरएनए विश्लेषण भी शामिल है।
सेवा के लाभ
●कठोर गुणवत्ता नियंत्रणहम नमूना और लाइब्रेरी तैयार करने से लेकर अनुक्रमण और जैवसूचना विज्ञान तक, सभी चरणों में मुख्य नियंत्रण बिंदुओं को लागू करते हैं। यह सावधानीपूर्वक निगरानी उच्च गुणवत्ता वाले परिणामों की निरंतर प्राप्ति सुनिश्चित करती है।
●स्ट्रैंड-विशिष्ट अनुक्रमण डेटा: आरएनए लाइब्रेरी की तैयारी दिशात्मक होने के कारण, एंटी-सेंस ट्रांसक्रिप्ट की पहचान संभव हो पाती है।
●प्रोकेरियोटिक ट्रांसक्रिप्टोम के अनुरूप संपूर्ण विश्लेषणबायोइन्फॉर्मेटिक्स पाइपलाइन में न केवल जीन अभिव्यक्ति का विश्लेषण शामिल है, बल्कि ट्रांसक्रिप्ट संरचना का विश्लेषण भी शामिल है, जिसमें ऑपेरॉन, यूटीआर और प्रमोटर की पहचान शामिल है। इसमें एसआरएनए का विश्लेषण भी शामिल है, विशेष रूप से द्वितीयक संरचना और लक्ष्यों का एनोटेशन और पूर्वानुमान।
●बिक्री के बाद सहायताहमारी प्रतिबद्धता परियोजना पूर्ण होने के बाद भी 3 महीने की बिक्री पश्चात सेवा अवधि तक विस्तारित है। इस दौरान, हम परियोजना का अनुवर्ती कार्रवाई, समस्या निवारण सहायता और परिणामों से संबंधित किसी भी प्रश्न के समाधान हेतु प्रश्नोत्तर सत्र प्रदान करते हैं।
नमूना संबंधी आवश्यकताएँ और वितरण
| पुस्तकालय | अनुक्रमण रणनीति | डेटा की अनुशंसा की गई | गुणवत्ता नियंत्रण |
| rRNA रहित दिशात्मक पुस्तकालय | इलुमिना PE150 | 1-2 जीबी | Q30≥85% |
नमूना आवश्यकताएँ:
| सांद्रता (एनजी/एमएल) | मात्रा (मिग्रा) | पवित्रता | अखंडता |
| ≥ 50 | ≥ 1 | OD260/280=1.8-2.0 OD260/230=1.0-2.5 जेल पर प्रोटीन या डीएनए की संदूषण की मात्रा बहुत कम या न के बराबर दिखाई दी। | आरआईएन≥6.5 |
अनुशंसित नमूना वितरण
कंटेनर: 2 मिलीलीटर सेंट्रीफ्यूज ट्यूब (टिन फॉयल का उपयोग करने की सलाह नहीं दी जाती है)
नमूना लेबलिंग: समूह + प्रतिकृति जैसे A1, A2, A3; B1, B2, B3।
शिपमेंट:
1. ड्राई आइस: नमूनों को बैग में पैक करके ड्राई आइस में दबा देना चाहिए।
2. आरएनएस्टेबल ट्यूब: आरएनए के नमूनों को आरएनए स्थिरीकरण ट्यूब (जैसे आरएनएस्टेबल®) में सुखाया जा सकता है और कमरे के तापमान पर भेजा जा सकता है।
सेवा कार्य प्रवाह
नमूना वितरण
पुस्तकालय निर्माण
अनुक्रमण
डेटा विश्लेषण
बिक्री पश्चात सेवाएं
बायोइन्फॉर्मेटिक विश्लेषण कार्यप्रवाह
इसमें निम्नलिखित विश्लेषण शामिल है:
● कच्चे डेटा की गुणवत्ता नियंत्रण
● संदर्भ जीनोम के साथ संरेखण
● लाइब्रेरी गुणवत्ता मूल्यांकन: आरएनए विखंडन की अनियमितता, सम्मिलन का आकार और अनुक्रमण संतृप्ति
● अनुमानित कोडिंग जीनों का कार्यात्मक एनोटेशन
● अभिव्यक्ति विश्लेषण: सहसंबंध और प्रमुख घटक विश्लेषण (पीसीए)
● विभेदक जीन अभिव्यक्ति (डीईजी)
● डीईजी का कार्यात्मक एनोटेशन और संवर्धन
● एसआरएनए विश्लेषण: भविष्यवाणी, एनोटेशन, लक्ष्य और द्वितीयक संरचना भविष्यवाणी
● प्रतिलेख संरचना विश्लेषण: ऑपेरॉन, आरंभिक और अंतिम स्थान, अनूदित क्षेत्र (यूटीएस), प्रमोटर और एसएनपी/इनडेल विश्लेषण
अनुक्रमण संतृप्ति
कोडिंग जीनों का कार्यात्मक एनोटेशन
नमूनों के बीच सहसंबंध
विभेदक रूप से व्यक्त जीन (डीईजी) विश्लेषण
कार्यात्मक संवर्धन विश्लेषण
एसआरएनए एनोटेशन
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गुआन, सीपी एट अल. (2018) 'सोफोरिया एलोपेकुरोइड्स के कुल एल्कलॉइड्स के प्रति प्रतिक्रिया करते हुए बायोफिल्म बनाने वाले स्टैफिलोकोकस एपिडर्मिडिस के वैश्विक ट्रांसक्रिप्टोम परिवर्तन'पोलिश जर्नल ऑफ माइक्रोबायोलॉजी, 67(2), पृ. 223. डीओआई: 10.21307/पीजेएम-2018-024।
