प्रोटीओमिक्स
विशेषताएँ
●गुणात्मक प्रोटीओमिक्स: जटिल नमूनों में प्रोटीन संरचना की पहचान करने के लिए LC-MS/MS का उपयोग करता है (SDS-PAGE जेल स्ट्रिप्स, IP, Co-IP, पुल-डाउन)। लाभ: नमूनों की संख्या की कोई सीमा नहीं, तीव्र पहचान, सरल नमूना प्रसंस्करण, उच्च थ्रूपुट और कम मात्रा में मौजूद प्रोटीनों का पता लगाने की क्षमता।
● लेबल-मुक्त मात्रात्मक प्रोटीओमिक्स: व्यक्तिगत नमूना पहचान के साथ गैर-लेबल वाली तकनीक। मास स्पेक्ट्रोमेट्री डेटा में पेप्टाइड सिग्नल की तीव्रता की तुलना करके प्रोटीन की मात्रा निर्धारित करती है। लाभ: सरल संचालन, उच्च थ्रूपुट (नमूनों की संख्या की कोई सीमा नहीं), और व्यापक प्रयोज्यता (विभिन्न प्रजातियों में प्रोटीन की उपस्थिति/अनुपस्थिति की तुलना के लिए उपयुक्त)।
● डीआईए क्वांटिटेटिव प्रोटीओमिक्स: यह डेटा-इंडिपेंडेंट एक्विजिशन (डीआईए) मोड को अपनाता है, जो संपूर्ण आयन जानकारी प्राप्त करने के लिए खंडित विंडो में सभी आयनों को स्कैन करता है। लाभ: डीडीए मोड (टीएमटी/लेबल फ्री) की तुलना में बेहतर दोहराव, उच्च प्रोटीन कवरेज और अधिक सटीक मात्रा निर्धारण, बड़े नमूना अध्ययनों के लिए आदर्श।
● 4D-लेबल-मुक्त मात्रात्मक प्रोटीओमिक्स/4D-DIA मात्रात्मक प्रोटीओमिक्स: ब्रूकर टिम्सटीओएफ मास स्पेक्ट्रोमीटर पर आधारित, यह पारंपरिक 3D पृथक्करण में आयन गतिशीलता (टकराव क्रॉस-सेक्शन) को जोड़ता है। लाभ: बेहतर आयन उपयोग और सटीकता, कवरेज गहराई, संवेदनशीलता और थ्रूपुट में व्यापक वृद्धि; पारंपरिक 3D विधि की तुलना में उच्च पहचान गहराई।
● एस्ट्रल लेबल फ्री क्वांटिटेटिव प्रोटीओमिक्स/एस्ट्रल डीआईए क्वांटिटेटिव प्रोटीओमिक्स: ऑर्बिट्रैप™ एस्ट्रल™ हाई-रिज़ॉल्यूशन मास स्पेक्ट्रोमीटर पर आधारित। लाभ: उच्च थ्रूपुट (8 मिनट के ग्रेडिएंट के साथ 100+ नमूने/दिन), व्यापक कवरेज (8 मिनट में हेला कोशिकाओं में 8,000+ प्रोटीन का पता लगाना), और उच्च संवेदनशीलता (कम नमूने की आवश्यकता)।
● टीएमटी क्वांटिटेटिव प्रोटीओमिक्स: 18 नमूनों का एक साथ पता लगाने के लिए पेप्टाइड को लेबल करने के लिए 18 आइसोटोप टैग का उपयोग करता है। लाभ: उच्च स्थिरता (न्यूनतम उपकरण स्थिरता हस्तक्षेप, कम सिस्टम त्रुटि) और उच्च संवेदनशीलता (विभाजन नमूने की जटिलता को कम करता है, जिससे कम मात्रा में प्रोटीन का पता लगाना बेहतर होता है)।
● पीआरएम लक्षित प्रोटीओमिक्स: लक्षित प्रोटीन/पेप्टाइड के चयनात्मक पता लगाने के लिए उच्च-रिज़ॉल्यूशन लक्षित तकनीक। लाभ: सापेक्ष/निरपेक्ष मात्रा निर्धारण और मात्रात्मक प्रोटीओमिक्स परिणामों के सत्यापन को सक्षम बनाता है; एंटीबॉडी की कोई सीमा नहीं, वेस्टर्न ब्लॉट और एलिसा की तुलना में व्यापक प्रयोज्यता।
लाभ
● उन्नत उपकरण: पारंपरिक प्रोटिओमिक्स प्लेटफॉर्म और उन्नत उच्च-गहराई वाले मास स्पेक्ट्रोमीटर (जैसे, 4D, एस्ट्रल) दोनों से सुसज्जित।
● स्थिर पहचान: कठोर गुणवत्ता नियंत्रण प्रणालियाँ सुसंगत और स्थिर परीक्षण प्रक्रियाओं को सुनिश्चित करती हैं।
● विश्वसनीय परिणाम: एक साथ गुणात्मक और मात्रात्मक विश्लेषण प्रत्येक समूह के लिए सापेक्ष अभिव्यक्ति, आणविक भार, प्रचुरता और अन्य महत्वपूर्ण डेटा प्रदान करता है।
● उच्च स्वचालन: स्वचालित एलसी-एमएस सिस्टम तीव्र विश्लेषण और उत्कृष्ट पृथक्करण प्रदर्शन को सक्षम बनाते हैं।
सेवा विनिर्देश
| गैर-लक्षित प्रोटीओमिक्स तकनीकों की तुलना | ||||
| लेबल से मुक्त | डीआइए | टीएमटी | ||
| लेबलिंग | NO | NO | हाँ | |
| डेटा स्कैनिंग मोड | डीडीए | डीडीए | डीआइए | डीडीए |
| reproducibility | निचला | उच्च | उच्च | |
| संवेदनशीलता | निचला | उच्च | उच्च | |
| बहुसंकेतन | NO | हाँ | NO | हाँ |
| आवेदन | प्रोटीन की उपस्थिति/अनुपस्थिति की तुलना करना | बड़े पैमाने पर नमूने | नमूनों के विभिन्न बैचों का विश्लेषण | विभेदक प्रोटीन अभिव्यक्ति की तुलना करना एक ही प्रजाति और ऊतक में |
| शुद्धता | ★ | ★★(4डी/एस्ट्रल डीएलए ★★★) | ★★ | |
| पता लगाने की संख्या | ★ | ★★(4डी/एस्ट्रल डी|ए★★★) | ★★ | |
नमूना आवश्यकताएँ
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सेवा कार्य प्रवाह
नमूना संग्रह
प्रोटीन निष्कर्षण
एंजाइमेटिक पाचन
पृथक्करण
आंकड़ा अधिग्रहण
डेटा विश्लेषण
डेटा वितरण
गुणात्मक प्रोटीओमिक्स
1. प्रोटीन विलयन/जेल: गुणात्मक परिणाम तालिका
2. डेटाबेस खोज परिणाम
2.1 डेटाबेस खोज में मेल खाने वाले पेप्टाइड खंडों की सूची
2.2 डेटाबेस खोज में मेल खाने वाले प्रोटीनों की सूची
2.3 डेटाबेस खोज में मेल खाने वाले संशोधनों की सूची (फॉस्फोरिलेशन, यूबिक्विटिनेशन, आदि)
3. कच्चा डेटा
मात्रात्मक प्रोटीओमिक्स(लेबल-मुक्त/डीआईए/टीएमटी)
1. डेटा पूर्व-प्रसंस्करण
1.1 प्रोटीन डेटाबेस खोज
2. प्रोटीन अभिव्यक्ति विश्लेषण
2.1 प्रमुख घटक विश्लेषण (पीसीए)
2.2 सापेक्ष मानक विचलन (आरएसडी)
2.3 के-मीन्स ट्रेंड वितरण
2.4 पुनरुत्पादकता मूल्यांकन
2.5 प्रोटीन अभिव्यक्ति हीटमैप
3. कार्यात्मक एनोटेशन
3.1 जीओ कार्यात्मक एनोटेशन
3.2 केईजीजी कार्यात्मक एनोटेशन
3.3 सीओजी कार्यात्मक एनोटेशन
3.4 गोस्लिम कार्यात्मक एनोटेशन
3.5 Pfam प्रोटीन संरचना डोमेन एनोटेशन
4. प्रोटीन विभेदक विश्लेषण (जैविक प्रतिकृतियां ≥ 3)
4.1 प्रोटीन विभेदक विश्लेषण परिणाम
4.2 विभेदक प्रोटीन फोल्ड परिवर्तन (एफसी) का वितरण
4.3 विभेदक प्रोटीन मात्रा का सांख्यिकीय विश्लेषण
4.4 विभेदक प्रोटीन ज्वालामुखी प्लॉट
4.5 विभेदक प्रोटीन क्लस्टरिंग हीटमैप
4.6 विभेदक प्रोटीन जीओ कार्यात्मक एनोटेशन और संवर्धन विश्लेषण
4.7 विभेदक प्रोटीन KEGG कार्यात्मक एनोटेशन और संवर्धन विश्लेषण
4.8 विभेदक प्रोटीन सीओजी कार्यात्मक एनोटेशन
4.9 विभेदक प्रोटीन GOslim एनोटेशन और संवर्धन विश्लेषण
4.10 विभेदक प्रोटीन संरचना डोमेन एनोटेशन और संवर्धन विश्लेषण
5. प्रोटीन नेटवर्क अंतःक्रिया विश्लेषण
6. प्रोटीन रिएक्टोम पाथवे एनोटेशन
7. सिग्नल पेप्टाइड भविष्यवाणी
8. प्रोटीनों का उपकोशिकीय स्थानीयकरण
मात्रात्मक प्रोटीओमिक्स(पीआरएम)
1. पीआरएम प्रोटीन मात्रा निर्धारण के परिणाम
1.1 मात्रा निर्धारण परिणामों का अवलोकन
1.2 पेप्टाइड खंडों के लिए खंड आयन शिखर क्षेत्रों का वितरण
मात्रात्मक प्रोटीओमिक्स
1.प्रोटीन अभिव्यक्ति विश्लेषण
↑प्रधान घटक विश्लेषण (पीसीए)ऊपरसापेक्ष मानक विचलन (आरएसडी)
↑के-मीन्स ट्रेंड वितरण ↑सहसंबंधAविश्लेषणPप्रोटीनEहै xpressionLस्तर
↑ प्रोटीन अभिव्यक्ति हीटमैप
2. कार्यात्मक एनोटेशन
↑GO कार्यात्मक एनोटेशनऊपरKEGG कार्यात्मक एनोटेशन
↑ सीओजी कार्यात्मक एनोटेशन ↑ गोस्लिम कार्यात्मक एनोटेशन
↑ Pfam प्रोटीन संरचना डोमेन एनोटेशन
3.प्रोटीन नेटवर्क अंतःक्रिया विश्लेषण
↑ प्रोटीन नेटवर्क अंतःक्रिया विश्लेषण
4.सिग्नल पेप्टाइड भविष्यवाणी
↑ सिग्नल पेप्टाइड भविष्यवाणी
5. प्रोटीनों का उपकोशिकीय स्थानीयकरण
↑प्रोटीनों का उपकोशिकीय स्थानीयकरण
| 2025 | मेसेनकाइमल स्टेम कोशिकाओं से उत्पन्न एपोप्टोटिक वेसिकल्स अतिसंवेदनशीलता प्रतिक्रियाओं को कम करते हैं। कैल्शियम की अधिकता और माइटोकॉन्ड्रियल शिथिलता के माध्यम से CD8+ टी कोशिकाओं में एपोप्टोसिस प्रेरित करके | उन्नत विज्ञान |
| 2024 | एकीकृत मल्टी-ओमिक्स से एंटीट्यूमर प्रभावकारिता में वृद्धि प्रदर्शित होती है | ट्रांसलेशनल ऑन्कोलॉजी |
| 2024 | मल्टी-ओमिक्स विश्लेषण चयापचय मार्गों की विशिष्ट विशेषताओं को प्रकट करता है जो समर्थन करते हैं विशाल कद्दू के फल के आकार और रंग में भिन्नता | इंट. जे. मोल. साइंस. |
| 2024 | ट्रांसक्रिप्टोम और मेटाबोलोम प्रोफाइलिंग से निष्क्रियता के कारण होने वाली मांसपेशियों की क्षीणता के बारे में नई जानकारी मिलती है। चिकन में: तीव्र गति से सिकुड़ने वाले मांसपेशी तंतुओं की संभावित भूमिका | इंट. जे. मोल. साइंस. |
| 2023 | मल्टी-ओमिक्स विश्लेषण से राईग्रास की जड़ की वृद्धि पर टेट्रासाइक्लिन के प्रभाव का पता चलता है। | खतरनाक पदार्थों की पत्रिका |
