विशिष्ट-स्थान प्रवर्धित खंड अनुक्रमण (SLAF-Seq)
कार्यप्रवाह
इस सेवा में लाइब्रेरी की तैयारी के दौरान इष्टतम एंजाइम चयन की गारंटी देने के लिए कुछ पूर्व-डिजाइन इन सिलिको शामिल हैं।
तकनीकी योजना
सेवा सुविधाएँ
● PE150 के साथ NovaSeq पर सीक्वेंसिंग।
● डबल बारकोडिंग के साथ लाइब्रेरी तैयार करना, जिससे 1000 से अधिक नमूनों को एक साथ एकत्रित किया जा सके।
● संदर्भ जीनोम से स्वतंत्र:
संदर्भ जीनोम के साथ: एसएनपी और इनडेल की खोज
संदर्भ जीनोम के बिना: नमूना क्लस्टरिंग और एसएनपी खोज
● मेंइन-सिलिकोप्री-डिजाइन चरण में, जीनोम के साथ एसएलएएफ टैग का एक समान वितरण उत्पन्न करने वाले संयोजनों को खोजने के लिए कई प्रतिबंध एंजाइम संयोजनों की जांच की जाती है।
● पूर्व-प्रयोग के दौरान, 9 SLAF लाइब्रेरी बनाने के लिए 3 नमूनों में तीन एंजाइम संयोजनों का परीक्षण किया जाता है, और इस जानकारी का उपयोग परियोजना के लिए इष्टतम प्रतिबंध एंजाइम संयोजन चुनने के लिए किया जाता है।
सेवा के लाभ
●उच्च आनुवंशिक मार्कर खोजहम एक उच्च-थ्रूपुट डबल बारकोड प्रणाली को एकीकृत करते हैं जो बड़ी आबादी के एक साथ अनुक्रमण की अनुमति देता है, और दक्षता बढ़ाने के लिए लोकस-विशिष्ट प्रवर्धन का उपयोग करते हैं, यह सुनिश्चित करते हुए कि टैग संख्याएँ विभिन्न शोध प्रश्नों की विविध आवश्यकताओं को पूरा करती हैं।
● जीनोम पर कम निर्भरताइसे संदर्भ जीनोम वाली या बिना संदर्भ जीनोम वाली प्रजातियों पर लागू किया जा सकता है।
●लचीली योजना डिजाइनएकल-एंजाइम, दोहरे-एंजाइम, बहु-एंजाइम पाचन और विभिन्न प्रकार के एंजाइमों का चयन विभिन्न शोध लक्ष्यों या प्रजातियों के अनुरूप किया जा सकता है।
● एंजाइमेटिक पाचन में उच्च दक्षता: किसी का संचालनइन-सिलिकोपूर्व-डिजाइन और पूर्व-प्रयोग गुणसूत्र पर SLAF टैग के समान वितरण (1 SLAF टैग/4Kb) और कम दोहराव अनुक्रम (<5%) के साथ इष्टतम डिजाइन सुनिश्चित करता है।
●व्यापक विशेषज्ञताहम प्रत्येक परियोजना में व्यापक अनुभव लेकर आते हैं, जिसमें पौधों, स्तनधारियों, पक्षियों, कीड़ों और जलीय जीवों सहित सैकड़ों प्रजातियों पर 5000 से अधिक SLAF-Seq परियोजनाओं को सफलतापूर्वक पूरा करने का रिकॉर्ड है।
● स्वयं विकसित बायोइन्फॉर्मेटिक्स वर्कफ़्लोहमने अंतिम परिणाम की विश्वसनीयता और सटीकता सुनिश्चित करने के लिए SLAF-Seq के लिए एक एकीकृत बायोइन्फॉर्मेटिक वर्कफ़्लो विकसित किया।
सेवा विनिर्देश
| विश्लेषण का प्रकार | अनुशंसित जनसंख्या पैमाना | अनुक्रमण रणनीति | |
| टैग अनुक्रमण की गहराई | टैग संख्या | ||
| आनुवंशिक मानचित्र | 2 माता-पिता और >150 संतानें | अभिभावक: 20 बार विश्व स्तरीय खेल प्रतियोगिता (WGS) संतान: 10 गुना | जीनोम का आकार: <400 Mb: WGS की अनुशंसा की जाती है <1Gb: 100K टैग 1-2 जीबी :: 200K टैग >2 जीबी: 300K टैग अधिकतम 500k टैग |
| जीनोम-वाइड एसोसिएशन अध्ययन (जीडब्ल्यूएस) | ≥200 नमूने | 10 गुना | |
| आनुवंशिक विकास | ≥30 नमूने, जिनमें से प्रत्येक उपसमूह से >10 नमूने हों। | 10 गुना | |
सेवा आवश्यकताएँ
सांद्रता ≥ 5 एनजी/µएल
कुल मात्रा ≥ 80 एनजी
नैनोड्रोप OD260/280=1.6-2.5
एगारोज जेल: इसमें क्षरण या संदूषण बहुत कम या न के बराबर होता है।
अनुशंसित नमूना वितरण
कंटेनर: 2 मिलीलीटर सेंट्रीफ्यूज ट्यूब
(अधिकांश नमूनों के लिए, हम उन्हें इथेनॉल में संरक्षित न करने की सलाह देते हैं)
नमूनों पर लेबल लगाना: नमूनों पर स्पष्ट रूप से लेबल लगा होना चाहिए और वे प्रस्तुत किए गए नमूना सूचना प्रपत्र के समान होने चाहिए।
शिपमेंट: ड्राई आइस: नमूनों को पहले बैग में पैक करना होगा और फिर उन्हें ड्राई आइस में दबा देना होगा।
सेवा कार्यप्रवाह
नमूना क्यूसी
प्रायोगिक प्रयोग
एसएलएएफ-प्रयोग
पुस्तकालय की तैयारी
अनुक्रमण
डेटा विश्लेषण
बिक्री पश्चात सेवाएं
हमारे जैवसूचना विश्लेषण में निम्नलिखित शामिल हैं:
डेटा क्यूसी और डेटा ट्रिमिंग के माध्यम से एन-रिच रीड्स, एडेप्टर रीड्स या निम्न गुणवत्ता वाले रीड्स को हटाना।
बेस वितरण, अनुक्रम गुणवत्ता और डेटा मूल्यांकन की जांच करने के लिए, साथ ही पाचन दक्षता और प्राप्त इंसर्ट की जांच करने के लिए स्वच्छ रीड्स का दूसरा गुणवत्ता नियंत्रण किया जाता है।
एक बार रीड्स की जाँच हो जाने के बाद, दो विकल्प होते हैं:
- संदर्भ जीनोम से मैपिंग
- संदर्भ जीनोम के बिना: क्लस्टरिंग
इसके बाद, मार्कर की पहचान में सहायता के लिए SLAF टैग के विश्लेषण का उपयोग करके कुछ वेरिएंट कॉलिंग की जाती है: SNP, InDel, SNV, CV कॉलिंग और एनोटेशन।
गुणसूत्रों पर SLAF टैग का वितरण:
गुणसूत्रों पर एसएनपी का वितरण:
एसएनपी एनोटेशन
जियांग एस, ली एस, लूओ जे, वांग एक्स और शी सी (2023) फल पकने के दौरान शर्करा सामग्री का क्यूटीएल मानचित्रण और ट्रांसक्रिप्टोम विश्लेषणPyrus pyrifolia.फ्रंट. प्लांट साइंस.14:1137104. डीओआई: 10.3389/एफपीएल.2023.1137104
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| वर्ष | पत्रिका | IF | शीर्षक | आवेदन |
| 2022 | प्रकृति संचार | 17.694 | ट्री पीनी के गीगा-क्रोमोसोम और गीगा-जीनोम का जीनोमिक आधार पैओनिया ओस्टी | एसएलएएफ-जीडब्ल्यूएएस |
| 2015 | न्यू फाइटोलॉजिस्ट | 7.433 | पालतूकरण के निशान कृषि संबंधी महत्व के जीनोमिक क्षेत्रों को स्थिर करते हैं सोयाबीन | एसएलएएफ-जीडब्ल्यूएएस |
| 2022 | जर्नल ऑफ एडवांस्ड रिसर्च | 12.822 | गोसिपियम बारबाडेंस का जी. हिर्सुटम में जीनोम-व्यापी कृत्रिम अंतर्प्रवेश कपास के रेशे की गुणवत्ता और उपज में एक साथ सुधार के लिए बेहतर स्थानों का पता लगाना लक्षण | एसएलएएफ-विकासवादी आनुवंशिकी |
| 2019 | आणविक पादप | 10.81 | जनसंख्या जीनोमिक विश्लेषण और डी नोवो असेंबली से खरपतवारों की उत्पत्ति का पता चलता है एक विकासवादी खेल के रूप में चावल | एसएलएएफ-विकासवादी आनुवंशिकी |
| 2019 | नेचर जेनेटिक्स | 31.616 | सामान्य कार्प (साइप्रिनस कार्पियो) के जीनोम अनुक्रम और आनुवंशिक विविधता | SLAF-लिंकेज मानचित्र |
| 2014 | नेचर जेनेटिक्स | 25.455 | खेती की जाने वाली मूंगफली का जीनोम फलीदार पौधों के कैरियोटाइप और पॉलीप्लॉइड के बारे में जानकारी प्रदान करता है। विकास और फसलों का पालतूकरण। | SLAF-लिंकेज मानचित्र |
| 2022 | पादप जैव प्रौद्योगिकी जर्नल | 9.803 | ST1 की पहचान से पता चलता है कि इसमें बीज आकृति विज्ञान के सह-प्रवर्तन से जुड़ा चयन शामिल है। और सोयाबीन के घरेलूकरण के दौरान तेल की मात्रा | SLAF-मार्कर विकास |
| 2022 | इंटरनेशनल जर्नल ऑफ मॉलिक्यूलर साइंसेज | 6.208 | गेहूं-लेमस मोलिस 2Ns (2D) के लिए पहचान और डीएनए मार्कर विकास डिसोमिक क्रोमोसोम प्रतिस्थापन | SLAF-मार्कर विकास |
| वर्ष | पत्रिका | IF | शीर्षक | आवेदन |
| 2023 | पादप विज्ञान में सीमांत | 6.735 | पाइरस पाइरिफोलिया के फल पकने के दौरान शर्करा की मात्रा का क्यूटीएल मानचित्रण और ट्रांसक्रिप्टोम विश्लेषण | आनुवंशिक मानचित्र |
| 2022 | पादप जैव प्रौद्योगिकी जर्नल | 8.154 | ST1 की पहचान से पता चलता है कि सोयाबीन के घरेलूकरण के दौरान बीज की आकृति विज्ञान और तेल सामग्री के परस्पर आदान-प्रदान से संबंधित चयन प्रक्रिया हुई थी।
| एसएनपी का आह्वान |
| 2022 | पादप विज्ञान में सीमांत | 6.623 | सूखे के वातावरण में छिलका रहित जौ के फेनोटाइप का जीनोम-व्यापी एसोसिएशन मैपिंग।
| जीडब्ल्यूएएस |
