टी2टी जीनोम असेंबली | अल्ट्रा लॉन्ग सीक्वेंसिंग
सेवा सुविधाएँ
•यह उच्च सटीकता, उच्च निरंतरता और उच्च पूर्णता वाले टेलोमेयर-टू-टेलोमेयर जीनोम संयोजन प्रदान करता है।
•यह सेंट्रोमेरिक और अत्यधिक दोहराव वाले क्षेत्रों में संयोजन संबंधी चुनौतियों पर काबू पाता है।
•यह सेंट्रोमियर और टेलोमियर जैसे जटिल क्षेत्रों में संरचनात्मक भिन्नताओं का विश्लेषण करता है।
•यह गुणसूत्रों की उत्पत्ति और पालतूकरण की पड़ताल करता है, और लिंग निर्धारण करने वाले प्रमुख जीनों की पहचान करता है।
सेवा के लाभ
•निष्कर्षण से लेकर अनुक्रमण तक की प्रक्रियाओं को कवर करने वाली पेशेवर अल्ट्रा-लॉन्ग टीम, जिसे कई प्रजातियों में सफल अनुभव प्राप्त है।
•उच्च थ्रूपुट और लचीली अनुक्रमण रणनीतियों के साथ PacBio और Nanopore दोनों लॉन्ग-रीड प्लेटफॉर्म तक पहुंच।
•जीनोम असेंबली और अनुकूलित बायोइन्फॉर्मेटिक्स विश्लेषण में अनुभवी टीम, टी2टी जीनोम परियोजनाओं में निपुण।
•200 से अधिक सफल जीनोम परियोजनाएं और 2000 से अधिक संचित प्रभाव कारक।
•कॉपीराइट और पेटेंट द्वारा समर्थित एकीकृत प्रायोगिक और जैवसूचना संबंधी समाधान।
सेवा विनिर्देश
| जीनोम सर्वेक्षण | जीनोम संयोजन | गुणसूत्र-स्तर | खाली जगह भरना | जीनोम एनोटेशन |
| 50X इलुमिना नोवासेक PE150 | 30X PacBio CCS HiFi रीड्स | 100X हाई-सी | 40-100X ONT अल्ट्रा लॉन्ग रीड्स | RNA-seq Illumina PE150 10 Gb + (वैकल्पिक) पूर्ण लंबाई RNA-seq PacBio 40 Gb या Nanopore 12 Gb |
सेवा आवश्यकताएँ
सर्वे, पैकबियो सीसीएस, हाई-सी और ट्रांसक्रिप्टोम (एनोटेशन के लिए) अनुक्रमण नमूनों के लिए, कृपया "गुणसूत्र-स्तरजीनोम असेंबली नमूना आवश्यकताएँ।
ओएनटी अल्ट्रा-लॉन्ग सीक्वेंसिंग के लिए, ऊतक के नमूनों की अनुशंसा की जाती है, जिसमें अल्ट्रा-एचएमडब्ल्यू डीएनए के निष्कर्षण का समर्थन करने के लिए उच्च गुणवत्ता वाले मानक हों।
नमूना तैयार करने संबंधी विस्तृत निर्देशों और आवश्यकताओं के लिए, कृपया प्रजाति के आधार पर अनुकूलित समाधान के लिए हमारी बिक्री टीम से संपर्क करें।
सेवा कार्य प्रवाह
प्रयोग डिजाइन
नमूना वितरण
डीएनए निष्कर्षण
पुस्तकालय निर्माण
अनुक्रमण
डेटा विश्लेषण
बिक्री पश्चात सेवाएं
मुख्य विश्लेषणों में शामिल हैं:
1) टी2टी जीनोम असेंबली
● टी2टी जीनोम से तात्पर्य ऐसे जीनोम से है जिसमें "0 अंतराल" होते हैं और जिसमें कम से कम एक गुणसूत्र टेलोमेयर से टेलोमेयर तक पूरी तरह से जुड़ा होता है।
● उच्च सटीकता वाले सीसीएस रीड्स और ओएनटी अल्ट्रा-लॉन्ग रीड्स का उपयोग करना:
* hifiasm (v0.25.0) का उपयोग करके हाइब्रिड असेंबली के माध्यम से कॉन्टिग v1 जीनोम उत्पन्न करें।
* NT डेटाबेस के विरुद्ध BLAST का उपयोग करके प्लास्टिड और दूषित अनुक्रमों को हटा दें।
* 3डी-डीएनए के साथ हाई-सी डेटा का उपयोग करके क्रोमोसोम-स्केल असेंबली में स्कैफोल्ड कॉन्टिग्स।
* अंतिम T2T जीनोम प्राप्त करने के लिए ONT रीड्स के साथ स्थानीय संयोजन के माध्यम से लुप्त टेलोमियर को भरें।
2) विधानसभा मूल्यांकन
● बुस्को मूल्यांकन
BUSCO v5.2.1 (बेंचमार्किंग यूनिवर्सल सिंगल-कॉपी ऑर्थोलॉग्स) ऑर्थोडीबी 10 डेटाबेस के आधार पर प्रमुख विकासवादी वंशों के लिए सिंगल-कॉपी जीन सेट का निर्माण करता है। असेंबल किए गए जीनोम का मूल्यांकन इस जीन सेट के साथ संरेखण द्वारा, मिलान अनुपात और अखंडता के आधार पर किया जाता है।
"पूर्ण BUSCOs" का उच्च अनुपात जीनोम असेंबली की उच्च पूर्णता को दर्शाता है।
● मैपिंग पढ़ता है
अगली पीढ़ी के अनुक्रमण (जैसे, इलुमिना) से प्राप्त लघु रीड्स को bwa का उपयोग करके असेंबल किए गए जीनोम से संरेखित करें। तीसरी पीढ़ी के दीर्घकालिक रीड्स को Minimap2 का उपयोग करके असेंबल किए गए जीनोम से संरेखित करें।
मैपिंग दर, जीनोम कवरेज अनुपात और गहराई वितरण के आधार पर, एकत्रित जीनोम की पूर्णता और अनुक्रमण कवरेज की एकरूपता का मूल्यांकन किया जाता है।
● जीनोम क्यूसी मूल्यांकन
जीनोम असेंबली के साथ उच्च-सटीकता अनुक्रमण रीड्स (के-मर्स) की तुलना करके मर्करी का उपयोग करके असेंबली का मूल्यांकन करें ताकि सर्वसम्मति गुणवत्ता (क्यूवी) प्राप्त की जा सके।
उच्च गुणवत्ता मान एकत्रित जीनोम की उच्च सटीकता को दर्शाते हैं।
● जीनोम एलएआई मूल्यांकन
एलएआई (एलटीआर असेंबली इंडेक्स) जीनोम असेंबली की अखंडता का आकलन करता है, जो कि कुल एलटीआर अनुक्रमों के अनुपात में अक्षुण्ण एलटीआर रेट्रोट्रांसपोज़ोन अनुक्रमों की संख्या है। संभावित एलटीआर-आरटी अनुक्रमों की पहचान एलटीआर_फाइंडर (v1.0.7) और एलटीआरहार्वेस्ट (v1.5.9) का उपयोग करके की जाती है, फिर उन्हें एलटीआर_रिट्रीवर (v2.8) का उपयोग करके फ़िल्टर और एकीकृत किया जाता है ताकि उच्च-विश्वसनीयता वाले एलटीआर रेट्रोट्रांसपोज़ोन प्राप्त किए जा सकें और एलएआई की गणना की जा सके।
एलएआई डेवलपर के प्रकाशन के अनुसार, एलएआई मूल्यों को तीन स्तरों में वर्गीकृत किया गया है:
ड्राफ्ट (0 ≤ एलएआई <10), संदर्भ (10 ≤ एलएआई <20), और सोना (एलएआई ≥ 20)।
● टेलोमेयर और सेंट्रोमेयर की पहचान
TIDK का उपयोग करके जीनोम में संभावित टेलोमेयर रिपीट इकाइयों की पहचान करें। रिपीट मोटिफ के आधार पर FindTelomeres का उपयोग करके टेलोमेयर अनुक्रमों का पता लगाएं और स्थिति संबंधी जानकारी प्राप्त करें।
तीसरी पीढ़ी के लॉन्ग रीड्स के साथ सेंट्रोमिक्स का उपयोग करके संभावित सेंट्रोमेरिक रिपीट की पहचान करें, फिर सेंट्रोमियर की स्थिति और अनुक्रम प्राप्त करने के लिए उन्हें जीनोम पर पुनः मैप करें।
1) जीनोम गुणसूत्र मानचित्र
2)जीनोम में टेलोमेयर की स्थिति
| सीआर | क्रोमोसोम की लंबाई (bp) | अपस्ट्रीम_स्टार्ट(बीपी) | अपस्ट्रीम_एंड(बीपी) | अपस्ट्रीम_लंबाई(बीपी) | डाउनस्ट्रीम_स्टार्ट(बीपी) | डाउनस्ट्रीम_एंड(बीपी) | डाउनस्ट्रीम_लंबाई(बीपी) |
| Chr01 | 55,340,768 | 53 | 2,036 | 1,984 | 55,338,794 | 55,340,768 | 1,975 |
| Chr02 | 56,588,289 | 1 | 2,760 | 2,760 | 56,584,191 | 56,588,289 | 4,099 |
| Chr03 | 46,886,733 | 20 | 3,001 | 2,982 | 46,881,994 | 46,886,733 | 4,740 |
| Chr04 | 49,401,798 | 1 | 2,143 | 2,143 | 49,399,160 | 49,401,798 | 2,639 |
| Chr05 | 45,855,317 | 10 | 3,043 | 3,034 | 45,852,809 | 45,855,317 | 2,509 |
| Chr06 | 45,285,625 | 1 | 3,268 | 3,268 | 45,283,427 | 45,285,625 | 2,199 |
| Chr07 | 48,122,726 | 1 | 2,317 | 2,317 | 48,120,519 | 48,122,726 | 2,208 |
Nनोट:
Chr: गुणसूत्र आईडी
क्रोमोसोम की लंबाई (bp):
अपस्ट्रीम_स्टार्ट (बीपी): गुणसूत्र पर अपस्ट्रीम टेलोमेयर की आरंभिक स्थिति
अपस्ट्रीम_एंड (बीपी): गुणसूत्र पर अपस्ट्रीम टेलोमेयर की अंतिम स्थिति
अपस्ट्रीम_लेंथ (बीपी): गुणसूत्र पर स्थित अपस्ट्रीम टेलोमेयर की लंबाई
डाउनस्ट्रीम_स्टार्ट (बीपी): गुणसूत्र पर डाउनस्ट्रीम टेलोमेयर की आरंभिक स्थिति
डाउनस्ट्रीम_एंड (बीपी): गुणसूत्र पर डाउनस्ट्रीम टेलोमेयर की अंतिम स्थिति
डाउनस्ट्रीम_लेंथ (बीपी): गुणसूत्र पर स्थित डाउनस्ट्रीम टेलोमेयर की लंबाई
3)जीनोम में सेंट्रोमियर की स्थिति
| सीआर | Chr_Length(bp) | सेंट्रोमिक्स_स्टार्ट(बीपी) | सेंट्रोमिक्स_एंड(बीपी) |
| Chr01 | 55,340,768 | 18,943,204 | 23,005,555 |
| Chr02 | 56,588,289 | 28,114,720 | 30,677,916 |
| Chr03 | 46,886,733 | 24,487,558 | 24,929,326 |
| Chr04 | 49,401,798 | 20,976,875 | 22,563,388 |
| Chr05 | 45,855,317 | 18,578,095 | 19,715,924 |
| Chr06 | 45,285,625 | 19,398,436 | 19,950,173 |
| Chr07 | 48,122,726 | 26,390,720 | 27,913,284 |
टिप्पणी:
Chr: गुणसूत्र आईडी
क्रोमोसोम की लंबाई (bp):
Centromere_Start (bp): गुणसूत्र पर सेंट्रोमियर की प्रारंभिक स्थिति
सेंट्रोमियर_एंड (bp): गुणसूत्र पर सेंट्रोमियर की अंतिम स्थिति
4) विधानसभा परिणामों के अंतर संबंधी आँकड़े
| समूह | अंतराल_संख्या | लेन |
| Chr01 | 0 | 55,340,768 |
| Chr02 | 0 | 56,588,289 |
| Chr03 | 0 | 46,886,733 |
| Chr04 | 0 | 49,401,798 |
| Chr05 | 0 | 45,855,317 |
| Chr06 | 0 | 45,285,625 |
| Chr07 | 0 | 48,122,726 |
| कुल (अनुपात %) | 0 | 347,481,256(100.00) |
Nनोट:
समूह: गुणसूत्र आईडी
Gap_Number: गुणसूत्र पर मौजूद अंतरालों की संख्या
लेन (बीएपी): गुणसूत्र की लंबाई
5) जीनोम एलएआई मूल्यांकन
| सीआर | क्रोमोसोम की लंबाई (बीपीएस) | अखंड | कुल | रॉ_एलएआई | लाइ |
| संपूर्ण_जीनोम | 347,481,256 | 0.046 | 0.36 | 12.94 | 15.18 |
नोट: एलएआई डेवलपर्स द्वारा प्रकाशित जानकारी के अनुसार, एलएआई मूल्यों को तीन श्रेणियों में वर्गीकृत किया गया है: ड्राफ्ट (0 ≤ एलएआई < 10), रेफरेंस (10 ≤ एलएआई < 20), और गोल्ड (एलएआई ≥ 20)।
गुणसूत्र की लंबाई (bp): गुणसूत्र की लंबाई
अक्षुण्ण: जीनोम में अक्षुण्ण एलटीआर-आरटी का अनुपात
कुल: जीनोम में कुल एलटीआर का अनुपात
raw_LAI = अक्षुण्ण / कुल × 100
एलएआई: संशोधित एलएआई मान
बीएमकेजीन की डी नोवो जीनोम असेंबली सेवाओं द्वारा सुगम बनाई गई प्रगति का अन्वेषण प्रकाशनों के एक क्यूरेटेड संग्रह के माध्यम से करें:
T2T Gएनोम
लियू, शाउचेंग एट अल।“टेलोमेयर-टू-टेलोमेयर जीनोम असेंबली को मल्टी-ओमिक डेटा के साथ मिलाकर हेक्साप्लॉइड ब्रेड गेहूं के विकास के बारे में जानकारी मिलती है।”प्रकृति आनुवंशिकी खंड. 57,4 (2025): 1008-1020। doi:10.1038/s41588-025-02137-x
याओ, ज़ू-फ़ेंग एट अल।“जैपोनिका चावल की किस्म झोंगहुआ 11 का संपूर्ण जीनोम संयोजन।”पादप संचार खंड 6, 10 (2025): 101463. doi:10.1016/j.xplc.2025.101463
एलवी, झियुआन एट अल.“कैमेलिया पिटार्डी के टेलोमेयर से टेलोमेयर तक के जीनोम का निकट संयोजन।”वैज्ञानिक डेटा खंड. 12,1 1422. 14 अगस्त 2025, doi:10.1038/s41597-025-05764-5
डू, हैयुआन एट अल.“फ्रैगेरिया इनुमाई के लगभग पूर्ण जीनोम का संयोजन।”बीएमसी जीनोमिक्स खंड. 26,1 253. 14 मार्च 2025, doi:10.1186/s12864-025-11440-0
चेन, वेइकाई एट अल।“निकोटियाना बेंथैमियाना के संपूर्ण जीनोम संयोजन से सेंट्रोमियर के आनुवंशिक और एपिजेनेटिक परिदृश्य का पता चलता है।”प्रकृति के पौधे खंड. 10,12 (2024): 1928-1943। doi:10.1038/s41477-024-01849-y
हैप्लोटाइप-समाधानित टी2टी जीनोम
खान, फलक शेर एट अल. "वाइनग्रेप कल्टीवर कैबरनेट सॉविनॉन के हैप्लोटाइप-रिजॉल्व्ड टी2टी गैप-फ्री जीनोम।"वैज्ञानिक डेटा, 10.1038/एस41597-026-06910-3। 26 फरवरी 2026, doi:10.1038/s41597-026-06910-3
टी2टी जीनोम + तुलनात्मक जीनोम
हांग, लिन एट अल. "2 मीठे संतरों के लिए टेलोमेयर-टू-टेलोमेयर जीनोम का निर्माण और विश्लेषण: लोंगहुईहोंग और न्यूहॉल (सिट्रस साइनेंसिस)।"गीगासाइंसखंड 13 (2024): giae084. doi:10.1093/gigascience/giae084
ली, ज़ियाओ-जी एट अल. "लाल गाजर TXH4 के टेलोमेयर-टू-टेलोमेयर जीनोम का विश्लेषण गाजर में लाइकोपीन संचय में DcLCYE और DcLCYB1 की भूमिका को स्पष्ट करता है।"बागवानी अनुसंधानखंड. 12,11 उहाफ192. 29 जुलाई 2025, doi:10.1093/घंटा/uhaf192
टी2टी जीनोम + पैनजीनोम
वांग, शियाओजिंग एट अल. "टी2टी जीनोम, पैन-जीनोम विश्लेषण, और रोडोडेंड्रोन प्रजातियों में हीट स्ट्रेस रिस्पांस जीन।"आईमेटाखंड. 4,2 ई70010. 5 मार्च 2025, doi:10.1002/imt2.70010
