Kev Tshawb Fawb Txog Chromatin Immunoprecipitation (ChIP-seq)
Cov Kev Pabcuam Zoo
●Kev Tshawb Fawb Txog Bioinformatic Siab Tshaj Plaws thiab Cov Lus Qhia Txog Kev Ua Haujlwm:Peb siv ntau lub ntaub ntawv los sau cov noob caj noob ces uas cuam tshuam nrog cov cheeb tsam ntawm kev khi protein-DNA, muab kev nkag siab txog cov txheej txheem cellular thiab molecular uas yog lub hauv paus ntawm kev sib cuam tshuam.
●Kev Txhawb Nqa Tom Qab Muag Khoom:Peb txoj kev cog lus tseem ceeb tshaj qhov ua tiav qhov project nrog rau 3 lub hlis kev pabcuam tom qab muag. Thaum lub sijhawm no, peb muab kev saib xyuas project, kev pab daws teeb meem, thiab cov lus nug thiab lus teb los teb cov lus nug ntsig txog cov txiaj ntsig.
●Kev Paub Ntau Yam:Peb lub tuam txhab muaj keeb kwm ua tiav ntau yam haujlwm ChIP-Seq, thiab peb muaj kev txawj ntse ntau tshaj kaum xyoo. Peb pab neeg tshuaj xyuas uas muaj kev txawj ntse heev, nrog rau cov ntsiab lus dav dav thiab kev txhawb nqa tom qab muag, ua kom koj cov haujlwm ua tiav.
● Kev Tswj Xyuas ZooPeb siv cov ntsiab lus tswj hwm tseem ceeb thoob plaws txhua theem, txij li kev npaj cov qauv thiab tsev qiv ntawv mus rau kev txheeb xyuas thiab bioinformatics. Qhov kev saib xyuas zoo no ua kom ntseeg tau tias muaj cov txiaj ntsig zoo tas li.
Cov Lus Qhia Txog Kev Pabcuam
| Tsev qiv ntawv | Txoj Kev Npaj Txog Sequencing | Cov ntaub ntawv tso tawm pom zoo | Kev tswj xyuas zoo |
| DNA huv tom qab Immunoprecipitation | Illumina PE150 | 10Gb | Q30≥85% |
Cov Qauv Yuav Tsum Tau Ua
Tag nrho cov nyiaj: ≥10 ng
Kev faib tawm ntawm qhov loj me ntawm cov khoom: 100-750 bps
Kev Ua Haujlwm Pabcuam
Kev xa khoom qauv
Kev tsim kho tsev qiv ntawv
Kev txheeb xyuas kab ke
Kev tshuaj xyuas cov ntaub ntawv
Cov kev pab cuam tom qab muag
Muaj xws li cov kev tshuaj xyuas hauv qab no:
● Kev tswj xyuas cov ntaub ntawv raw zoo
● Kev hu xov tooj siab tshaj plaws raws li kev sib txuas lus rau cov genome siv
● Cov lus piav qhia txog cov noob caj noob ces uas cuam tshuam nrog cov ncov siab tshaj plaws
● Kev tshuaj xyuas Motif: kev txheeb xyuas cov chaw khi cov ntaub ntawv sau (TFBS)
● Kev Tshawb Fawb Txog Qhov Sib Txawv thiab Kev Sau Ntawv Qhia
Kev Ntsuam Xyuas Kev Txhim Kho Nyob Ze Ntawm Cov Chaw Pib Sau Ntawv (TSSs)
Kev faib tawm thoob plaws genome ntawm CHIP peaks
Kev faib tawm ntawm cov cheeb tsam siab tshaj plaws
Kev txhim kho kev ua haujlwm ntawm cov noob caj noob ces uas cuam tshuam nrog lub ncov (KEGG)
