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Cov khoom

Kev Sib Dhos Genome Raws Li Hi-C

Daim Duab Tshwj Xeeb ntawm Hi-C Based Genome Assembly

Hi-C yog ib txoj kev tsim los ntes cov qauv chromosome los ntawm kev sib txuas ua ke probing proximity-based interactions thiab high-throughput sequencing. Qhov muaj zog ntawm cov kev sib cuam tshuam no ntseeg tau tias muaj kev sib raug zoo tsis zoo nrog qhov deb ntawm cov chromosomes. Yog li ntawd, cov ntaub ntawv Hi-C yog siv los coj kev sib sau ua ke, kev txiav txim, thiab kev taw qhia ntawm cov kab ke sib sau ua ke hauv ib daim ntawv qhia genome thiab anchoring cov ntawd rau ntawm qee tus lej ntawm chromosomes. Cov thev naus laus zis no ua rau muaj kev sib sau ua ke ntawm chromosome-level genome thaum tsis muaj daim ntawv qhia txog cov pej xeem. Txhua lub genome xav tau Hi-C.

Tiv Tauj Peb

Cov Lus Qhia Txog Kev Pabcuam

Kev tshawb fawb txog bioinformatics

Cov Txiaj Ntsig Qhia Txog Kev Ua Qauv

Cov ntawv tshaj tawm tshwj xeeb

Cov yam ntxwv ntawm kev pabcuam

● Kev txheeb xyuas kab ke ntawm Illumina NovaSeq nrog PE150.

● Kev pabcuam yuav tsum tau cov qauv ntaub so ntswg, es tsis txhob siv cov kua qaub nucleic uas tau rho tawm, los txuas nrog formaldehyde thiab khaws cov kev sib cuam tshuam ntawm DNA-protein.

● Qhov kev sim Hi-C suav nrog kev txwv thiab kho qhov kawg ntawm cov nplaum nrog biotin, ua raws li kev sib hloov ntawm cov blunt kawg thaum khaws cov kev sib cuam tshuam. Cov DNA ces raug rub nrog streptavidin hlaws thiab purified rau kev npaj tsev qiv ntawv tom qab.

Cov Kev Pabcuam Zoo

Kev Txheeb Xyuas Txog Hi-C
(Lieberman-Aiden E thiab lwm tus,Kev Tshawb Fawb, 2009)

●Tshem tawm qhov xav tau cov ntaub ntawv txog cov pej xeem caj ces:Hi-C hloov cov ntaub ntawv tseem ceeb uas xav tau rau kev sib txuas contig.

●Cov cim qhia siab ceev:ua rau muaj qhov sib piv siab ntawm contig anchoring siab tshaj 90%.

●Kev Paub Ntau Thiab Cov Ntaub Ntawv Tshaj Tawm:BMKGene muaj kev paub dhau los ntau dua 2000 rooj plaub ntawm Hi-C Genome Assembly los ntawm 1000 hom sib txawv thiab ntau yam patents. Ntau tshaj 200 rooj plaub luam tawm muaj qhov cuam tshuam ntau dua 2000.

●Pab neeg bioinformatics txawj ntse heev:nrog rau cov ntawv pov thawj hauv tsev thiab cov cai software rau Hi-C kev sim thiab kev tshuaj xyuas cov ntaub ntawv, cov ntaub ntawv pom kev uas tus kheej tsim tau ua rau muaj kev txav mus los ntawm tes, thim rov qab, rho tawm, thiab rov ua dua.

●Kev Txhawb Nqa Tom Qab Muag Khoom:Peb txoj kev cog lus tseem ceeb tshaj qhov ua tiav qhov project nrog rau 3 lub hlis kev pabcuam tom qab muag. Thaum lub sijhawm no, peb muab kev saib xyuas project, kev pab daws teeb meem, thiab cov lus nug thiab lus teb los teb cov lus nug ntsig txog cov txiaj ntsig.

●Cov Lus Qhia Txog Kev Ua Haujlwm: peb siv ntau lub ntaub ntawv los sau cov noob caj noob ces nrog cov kev hloov pauv uas tau txheeb xyuas thiab ua qhov kev tshuaj xyuas kev nplua nuj sib xws, muab kev nkag siab txog ntau qhov kev tshawb fawb.

Cov Lus Qhia Txog Kev Pabcuam

Kev npaj tsev qiv ntawv	Txoj kev npaj ua sequencing	Cov ntaub ntawv tso tawm pom zoo	Kev tswj xyuas zoo
Tsev qiv ntawv Hi-C	Illumina NovaSeq PE150	100x	Q30 ≥ 85%

Cov Qauv Yuav Tsum Tau Ua

Cov ntaub so ntswg	Tus nqi yuav tsum tau muaj
Cov quav tsiaj	≥ 2 g
Cov leeg nqaij tsiaj	≥ 2 g
Cov Ntshav Tsiaj	≥ 2 mL
Ntshav Nqaij qaib/Ntses	≥ 2 mL
Nroj Tsuag - Nplooj Tshiab	≥ 3 g
Cov Cell Uas Muaj Kab Mob	≥ 1x10⁷
Kab tsuag	≥ 2 g

Kev Ua Haujlwm Pabcuam

Tsim qauv kev sim

Kev xa khoom qauv

Kev tsim kho tsev qiv ntawv

Kev txheeb xyuas kab ke

Kev tshuaj xyuas cov ntaub ntawv

Cov kev pab cuam tom qab muag

Yav dhau los: Nroj / Tsiaj De Novo Genome Sequencing

Tom ntej no: Kev Hloov Pauv Genes

1) Cov ntaub ntawv nyoos QC

2) QC ntawm tsev qiv ntawv Hi-C: kev kwv yees ntawm kev sib cuam tshuam Hi-C uas siv tau

3) Hi-C sib dhos: kev sib sau ua ke ntawm cov contigs ua pawg, ua raws li kev txiav txim contig hauv txhua pawg thiab muab kev taw qhia contig

4) Kev ntsuam xyuas Hi-C

Hi-C Library QC - kev kwv yees ntawm Hi-C cov khub sib cuam tshuam siv tau

Hi-C Sib Dhos - cov ntaub ntawv

Kev ntsuam xyuas tom qab sib dhos - daim ntawv qhia cua sov ntawm lub zog teeb liab ntawm cov bins

Tshawb nrhiav cov kev nce qib uas tau pab txhawb los ntawm BMKGene's Hi-C cov kev pabcuam sib dhos los ntawm kev sau cov ntawv tshaj tawm uas tau xaiv los.

Tian, T. et al. (2023) 'Kev sib sau ua ke ntawm genome thiab kev txiav txim siab txog noob caj noob ces ntawm cov noob pob kws uas tiv taus kev qhuav', Nature Genetics 2023 55:3, 55(3), nplooj ntawv 496–506. doi: 10.1038/s41588-023-01297-y.

Wang, ZL et al. (2020) 'Kev Sib Sau Ua Ke ntawm Chromosome-Scale ntawm Asian Honeybee Apis cerana Genome', Frontiers in Genetics, 11, p. 524140. doi: 10.3389/FGENE.2020.00279/BIBTEX.

Zhang, F. et al. (2023) 'Qhia txog kev hloov pauv ntawm tropane alkaloid biosynthesis los ntawm kev tshuaj xyuas ob lub genomes hauv tsev neeg Solanaceae', Nature Communications 2023 14:1, 14(1), pp. 1–18. doi: 10.1038/s41467-023-37133-4.

Zhang, X. et al. (2020) 'Genomes ntawm Banyan Tree thiab Pollinator Wasp Muab Kev Nkag Siab rau hauv Fig-Wasp Coevolution', Cell, 183(4), pp. 875-889.e17. doi: 10.1016/J.CELL.2020.09.043