Kev Siv mRNA Sequencing Uas Tsis Yog Siv Los Xam-NGS
Cov yam ntxwv
● Kev ntes cov poly mRNA ua ntej npaj cov tsev qiv ntawv
● Ywj pheej ntawm txhua yam genome siv: raws li kev sib sau ua ke ntawm cov ntawv sau, tsim cov npe ntawm unigenes uas tau sau tseg nrog ntau lub hauv paus ntaub ntawv (NR, Swiss-Prot, COG, KOG, eggNOG, Pfam, GO, KEGG)
● Kev tshuaj xyuas txog cov ntaub ntawv qhia txog cov noob caj noob ces thiab cov qauv sau ntawv
Cov Kev Pabcuam Zoo
●Kev Paub Ntau Yam: nrog rau cov ntaub ntawv keeb kwm ntawm kev ua ntau dua 600,000 qhov qauv ntawm BMKGENE, uas suav nrog ntau hom qauv xws li kev cog qoob loo ntawm tes, cov ntaub so ntswg, thiab cov kua dej hauv lub cev, peb pab neeg coj ntau yam kev paub dhau los rau txhua qhov project. Peb tau ua tiav ntau dua 100,000 qhov project mRNA-Seq hauv ntau qhov chaw tshawb fawb.
●Kev Tswj Xyuas Zoopeb siv cov ntsiab lus tswj hwm tseem ceeb thoob plaws txhua theem, txij li kev npaj cov qauv thiab tsev qiv ntawv mus rau kev txheeb xyuas thiab bioinformatics. Qhov kev saib xyuas zoo no ua kom ntseeg tau tias muaj cov txiaj ntsig zoo tas li.
● Cov Lus Qhia Txog Kev Sau Ntawv: peb siv ntau lub ntaub ntawv los sau cov lus piav qhia txog Differentially Expressed Genes (DEGs) thiab ua qhov kev tshuaj xyuas kev nplua nuj, muab kev nkag siab txog cov txheej txheem cellular thiab molecular uas yog lub hauv paus ntawm cov lus teb transcriptome.
●Kev Txhawb Nqa Tom Qab Muag Khoom: peb txoj kev cog lus txuas ntxiv mus dhau qhov ua tiav qhov project nrog rau 3 lub hlis tom qab muag kev pabcuam. Thaum lub sijhawm no, peb muab kev saib xyuas qhov project, kev pab daws teeb meem, thiab cov lus nug thiab lus teb los teb cov lus nug ntsig txog cov txiaj ntsig.
Cov Qauv Yuav Tsum Tau Ua thiab Kev Xa Khoom
| Tsev qiv ntawv | Txoj kev npaj ua sequencing | Cov ntaub ntawv pom zoo | Kev Tswj Xyuas Zoo |
| Poly A nplua nuj | Illumina PE150 DNBSEQ-T7 | 6-10 Gb | Q30≥85% |
Cov Qauv Yuav Tsum Tau Ua:
Cov nucleotides:
| Conc.(ng/μl) | Tus nqi (μg) | Kev dawb huv | Kev ncaj ncees |
| ≥ 10 | ≥ 0.2 | OD260/280=1.7-2.5 OD260/230=0.5-2.5 Muaj tsawg los yog tsis muaj protein lossis DNA uas pom ntawm gel. | Rau cov nroj tsuag: RIN≥4.0; Rau cov tsiaj: RIN≥4.5; 5.0≥28S / 18S≥1.0; txwv los yog tsis muaj qhov siab pib |
● Cov Nroj Tsuag:
Cag, Qia los yog Paj: 450 mg
Nplooj los yog noob: 300 mg
Txiv hmab txiv ntoo: 1.2 g
● Tsiaj:
Lub plawv los yog hnyuv: 300 mg
Cov hnyuv lossis lub hlwb: 240 mg
Cov leeg: 450 mg
Pob txha, Plaub hau los yog Tawv Nqaij: 1g
● Cov kab mob Arthropod:
Kab: 6g
Cov ntses me me: 300 mg
● Cov ntshav tag nrho: 1 lub raj
● Cov Cell: 106 cov hlwb
Kev Xa Qauv Pom Zoo
Lub thawv: 2 ml centrifuge tube (Tsis pom zoo kom siv ntawv ci)
Piv txwv kev sau npe: Pawg + theej piv txwv li A1, A2, A3; B1, B2, B3.
Kev Xa Khoom:
1. Dej khov qhuav: Cov qauv yuav tsum tau ntim rau hauv hnab thiab faus rau hauv dej khov qhuav.
2. Cov raj RNAstable: Cov qauv RNA tuaj yeem ziab hauv cov raj RNA stabilization (piv txwv li RNAstable®) thiab xa tuaj rau hauv chav tsev kub.
Kev Ua Haujlwm Pabcuam
Tsim qauv kev sim
Kev xa khoom qauv
Kev rho tawm RNA
Kev tsim kho tsev qiv ntawv
Kev txheeb xyuas kab ke
Kev tshuaj xyuas cov ntaub ntawv
Cov kev pab cuam tom qab muag
Kev tshawb fawb txog bioinformatics
Kev sib dhos ntawm cov ntawv sau thiab kev xaiv unigene
Cov lus piav qhia Unigene
Cov qauv sib raug zoo thiab kev ntsuam xyuas ntawm cov kab mob sib txawv
Cov noob caj noob ces qhia sib txawv (DEGs)
Cov Lus Qhia Txog Kev Ua Haujlwm ntawm DEGs
Kev Txhim Kho Kev Ua Haujlwm ntawm DEGs
Tshawb nrhiav kev nce qib uas tau pab txhawb los ntawm BMKGene cov kev pabcuam eukaryotic NGS mRNA sequencing los ntawm kev sau cov ntawv tshaj tawm.
Shen, F. et al. (2020) 'Kev sib dhos ntawm cov ntawv sau tshiab thiab kev qhia txog cov noob caj noob ces hauv cov gonads ntawm Amur catfish (Silurus asotus)', Genomics, 112(3), pp. 2603–2614. doi: 10.1016/J.YGENO.2020.01.026.
Zhang, C. et al. (2016) 'Kev tshuaj xyuas Transcriptome ntawm sucrose metabolism thaum lub sij hawm o thiab kev loj hlob ntawm dos (Allium cepa L.)', Frontiers in Plant Science, 7 (Cuaj hlis), p. 212763. doi: 10.3389/FPLS.2016.01425/BIBTEX.
Zhu, C. et al. (2017) 'De novo sib dhos, tus cwj pwm thiab cov lus piav qhia rau cov ntawv sau ntawm Sarcocheilichthys sinensis', PLoS ONE, 12(2). doi: 10.1371/JOURNAL.PONE.0171966.
Zou, L. et al. (2021) 'Kev tshuaj xyuas de novo transcriptome muab kev nkag siab txog kev kam rau ntsev ntawm Podocarpus macrophyllus nyob rau hauv kev ntxhov siab salinity', BMC Plant Biology, 21(1), pp. 1–17. doi: 10.1186/S12870-021-03274-1/FIGURES/9.
