PacBio 2 + 3 Kev daws teeb meem mRNA puv ntoob
Cov yam ntxwv
● Kev tsim qauv kawm:
Cov qauv sib sau ua ke tau ua raws li PacBio los txheeb xyuas cov ntawv sau ua ke
Cov qauv sib cais (cov qauv theej thiab cov xwm txheej uas yuav tsum tau kuaj) raug teeb tsa ua ke nrogNGS los ntsuas qhov kev sau ntawv
● Kev txheeb xyuas PacBio hauv hom CCS, tsim cov ntawv nyeem HiFi
● Kev txheeb xyuas cov ntawv sau tag nrho
● Kev tshuaj xyuas tsis tas yuav tsum muaj cov noob caj noob ces siv; txawm li cas los xij, nws yuav raug siv
● Kev tshuaj xyuas bioinformatic tsis yog tsuas yog suav nrog kev qhia tawm ntawm theem gene thiab isoform xwb tab sis kuj tseem muaj kev tshuaj xyuas ntawm lncRNA, gene fusions, poly-adenylation, thiab cov qauv gene
Cov txiaj ntsig
● Kev Ntsuas SiabHiFi nyeem nrog qhov tseeb >99.9% (Q30), sib piv rau NGS
● Kev Tshawb Fawb Txog Kev Sib Txuas Lwm Txoj KevKev txheeb xyuas txhua daim ntawv sau ua ke ua rau muaj kev txheeb xyuas thiab piav qhia txog isoform.
● Kev sib xyaw ua ke ntawm PacBio thiab NGS Lub ZogNws ua rau muaj kev ntsuas qhov kev qhia tawm ntawm qib isoform, qhia txog kev hloov pauv uas yuav raug zais thaum tshuaj xyuas tag nrho cov kev qhia tawm ntawm cov noob caj noob ces
● Kev Paub Ntau YamPeb tau ua tiav ntau dua 2300 cov qauv, peb pab neeg coj kev paub ntau yam rau txhua qhov project.
● Kev Pab Tom Qab Muag Khoom: peb txoj kev cog lus txuas ntxiv mus dhau qhov ua tiav qhov project nrog rau 3 lub hlis tom qab muag kev pabcuam. Thaum lub sijhawm no, peb muab kev saib xyuas project, kev pab daws teeb meem, thiab cov lus nug thiab lus teb los teb cov lus nug ntsig txog cov txiaj ntsig.
Cov Qauv Yuav Tsum Tau Ua thiab Kev Xa Khoom
| Tsev qiv ntawv | Txoj kev npaj ua sequencing | Cov ntaub ntawv pom zoo | Kev Tswj Xyuas Zoo |
| PolyA enriched mRNA CCS tsev qiv ntawv | PacBio Sequel II PacBio Revio | 20/40 Gb 5/10 M CCS | Q30≥85% |
| Poly A nplua nuj | Illumina PE150 | 6-10 Gb | Q30≥85% |
Cov nucleotides
|
| Conc.(ng/μl) | Tus nqi (μg) | Kev dawb huv | Kev ncaj ncees |
| Tsev Qiv Ntawv Illumina | ≥ 10 | ≥ 0.2 | OD260/280=1.7-2.5 OD260/230=0.5-2.5 Muaj tsawg los yog tsis muaj protein lossis DNA uas pom ntawm gel. | Rau cov nroj tsuag: RIN≥4.0; Rau cov tsiaj: RIN≥4.5; 5.0≥28S / 18S≥1.0; txwv los yog tsis muaj qhov siab pib |
| Tsev qiv ntawv PacBio | ≥ 100 | ≥ 1.0 | OD260/280=1.7-2.5 OD260/230=0.5-2.5 Muaj tsawg los yog tsis muaj protein lossis DNA uas pom ntawm gel. | Cov nroj tsuag: RIN≥7.5 Cov tsiaj: RIN≥8.0 5.0≥28S / 18S≥1.0; txwv los yog tsis muaj qhov siab pib |
Kev Xa Qauv Pom Zoo
Lub thawv: 2 ml centrifuge tube (Tsis pom zoo kom siv ntawv ci)
Piv txwv kev sau npe: Pawg + theej piv txwv li A1, A2, A3; B1, B2, B3.
Kev Xa Khoom:
1. Dej khov qhuav:Cov qauv yuav tsum tau ntim rau hauv cov hnab thiab faus rau hauv cov dej khov qhuav.
2. Cov raj RNAstable: Cov qauv RNA tuaj yeem ziab hauv cov raj RNA stabilization (piv txwv li RNAstable®) thiab xa tuaj rau hauv chav tsev kub.
Muaj xws li cov kev tshuaj xyuas hauv qab no:
- Cov ntaub ntawv raw
- Kev tswj xyuas zoo
- Kev Tshuaj Xyuas Polyadenylation Lwm Txoj (APA)
- Kev tshuaj xyuas cov ntawv sau sib xyaw
- Kev Tshawb Fawb Txog Kev Sib Txuas Lwm Txoj Kev
- Kev Ntsuas Kev Tshawb Fawb Txog Universal Single-Copy Orthologs (BUSCO)
- Kev tshuaj xyuas cov ntawv sau tshiab: kev kwv yees ntawm cov kab ke coding (CDS) thiab kev piav qhia ua haujlwm
- Kev tshuaj xyuas lncRNA: kev kwv yees ntawm lncRNA thiab cov hom phiaj
- Kev Txheeb Xyuas MicroSatelite (SSR)
- Kev tshuaj xyuas cov ntawv sau sib txawv (DETs)
- Kev tshuaj xyuas cov noob caj noob ces sib txawv (DEGs)
- Cov lus piav qhia txog kev ua haujlwm ntawm DEGs thiab DETs
Kev tshuaj xyuas BUSCO
Kev Tshawb Fawb Txog Kev Sib Txuas Lwm Txoj Kev
Kev Tshuaj Xyuas Polyadenylation Lwm Txoj (APA)
Cov noob caj noob ces qhia sib txawv (DEGs) thiab cov ntawv sau (DETs9 kev tshuaj xyuas)
Cov tes hauj lwm sib txuas ntawm cov protein-protein ntawm DETs thiab DEGs
Tshawb nrhiav cov kev nce qib uas tau pab txhawb los ntawm BMKGene's PacBio 2 + 3 mRNA sequencing puv ntoob los ntawm kev sau cov ntawv tshaj tawm.
Chao, Q. et al. (2019) 'Kev loj hlob ntawm Populus stem transcriptome',Phau Ntawv Xov Xwm Txog Kev Siv Tshuaj Biotechnology, 17(1), nplooj ntawv 206–219. doi: 10.1111/PBI.12958.
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Hua, X. et al. (2022) 'Kev kwv yees zoo ntawm cov noob caj noob ces biosynthetic uas koom nrog cov bioactive polyphyllins hauv Paris polyphylla',Kev Sib Txuas Lus Txog Kev Kawm Txog Kab Mob2022 5:1, 5(1), nplooj ntawv 1–10. doi: 10.1038/s42003-022-03000-z.
Liu, M. et al. (2023) 'Kev Tshawb Fawb Ua Ke ntawm PacBio Iso-Seq thiab Illumina RNA-Seq ntawm Tuta absoluta (Meyrick) Transcriptome thiab Cytochrome P450 Genes',Kab tsuag, 14(4), nplooj 363. doi: 10.3390/INSECTS14040363/S1.
Wang, Lijun et al. (2019) 'Kev tshawb fawb txog qhov nyuaj ntawm cov ntawv sau siv PacBio ib lub molecule real-time analysis ua ke nrog Illumina RNA sequencing rau kev nkag siab zoo dua ntawm ricinoleic acid biosynthesis hauv Ricinus communis',BMC Genomics, 20(1), nplooj ntawv 1–17. doi: 10.1186/S12864-019-5832-9/FIGURES/7.
