Cov khoom

Kev Txheeb Xyuas RNA Ib Leeg

Kev tsim cov txheej txheem ntawm kev ntes ib lub cell thiab kev tsim cov tsev qiv ntawv, ua ke nrog kev ua kom muaj txiaj ntsig zoo, tau hloov pauv txoj kev tshawb fawb txog kev qhia txog noob caj noob ces ntawm theem cell. Qhov kev tshawb pom no tso cai rau kev tshuaj xyuas tob dua thiab ntau dua ntawm cov pej xeem cell nyuaj, kov yeej cov kev txwv uas cuam tshuam nrog kev nruab nrab ntawm kev qhia txog noob caj noob ces hla txhua lub cell thiab khaws cia qhov sib txawv tiag tiag hauv cov pej xeem no. Thaum kev ua kom muaj noob caj noob ces ib lub cell (scRNA-seq) muaj qhov zoo tsis lees paub, nws ntsib cov teeb meem hauv qee cov nqaij uas kev tsim cov noob caj noob ces ib lub cell nyuaj thiab xav tau cov qauv tshiab. Ntawm BMKGene, peb daws qhov teeb meem no los ntawm kev muab cov noob caj noob ces ib lub nucleus RNA (snRNA-seq) siv cov thev naus laus zis 10X Genomics Chromium uas siv niaj hnub no. Txoj hauv kev no ua rau cov qauv ntawm cov qauv dav dua rau kev tshuaj xyuas transcriptome ntawm theem cell ib lub cell.

Kev rho tawm cov nuclei tau ua tiav los ntawm lub 10X Genomics Chromium chip tshiab, uas muaj yim-channel microfluidics system nrog ob chav hla. Hauv lub system no, cov hlaws gel uas muaj cov barcodes, primers, enzymes, thiab ib lub nucleus raug encapsulated hauv nanoliter-sized roj tee, tsim Gel Bead-in-Emulsion (GEM). Tom qab GEM tsim, cell lysis thiab barcode tso tawm tshwm sim hauv txhua GEM. Tom qab ntawd, mRNA molecules dhau los ua reverse transcription rau hauv cDNAs, suav nrog 10X barcodes thiab Unique Molecular Identifiers (UMIs). Cov cDNAs no tom qab ntawd raug rau kev tsim cov tsev qiv ntawv sequencing txheem, pab txhawb kev tshawb nrhiav zoo thiab kev tshawb nrhiav ntawm cov qauv qhia txog gene ntawm ib lub cell.

Platform: 10 × Genomics Chromium thiab Illumina NovaSeq Platform

Tiv Tauj Peb

Cov Lus Qhia Txog Kev Pabcuam

Kev tshawb fawb txog bioinformatics

Cov Txiaj Ntsig Qhia Txog Kev Ua Qauv

Cov Ntawv Tshaj Tawm Tshwj Xeeb

Txoj Kev Npaj Txuj Ci

Kev rho tawm cov nuclei yog ua tiav los ntawm 10 × Genomics Chromium ™, uas muaj yim-channel microfluidics system nrog ob chav hla. Hauv lub kaw lus no, cov hlaws gel nrog cov barcodes thiab primer, enzymes thiab ib lub nucleus yog encapsulated hauv nanoliter-sized roj poob, tsim Gel Bead-in-Emulsion (GEM). Thaum GEM tau tsim, cell lysis thiab tso tawm ntawm barcodes tau ua tiav hauv txhua GEM. mRNA raug rov qab sau rau hauv cDNA molecules nrog 10 × barcodes thiab UMI, uas yog ntxiv rau kev tsim kho tsev qiv ntawv sequencing txheem.

Cov yam ntxwv

● Kev npaj cov kua nplaum ib lub nuclei los ntawm cov ntaub so khov

● Kev tsim cov Gel Bead-in-Emulsion (GEM) ua raws li kev tsim cDNA

● Txhua lub hlaws hauv GEM muaj cov primers uas muaj 4 ntu:

poly(dT) tus tw rau mRNA priming thiab cDNA synthesis,

Tus Cim Qhia Txog Molecular Tshwj Xeeb (UMI) los kho qhov kev cuam tshuam ntawm kev ua kom loj dua

10x barcodes

Kev sib txuas lus ntawm kev nyeem ib nrab 1 sequencing primer

Cov txiaj ntsig

Kev txheeb xyuas RNA ib lub nucleus hla dhau cov kev txwv ntawm kev txheeb xyuas RNA ib lub cell, ua rau:

● Kev siv cov qauv khov thiab tsis yog tsuas yog txwv rau cov qauv tshiab xwb

● Kev ntxhov siab tsawg ntawm cov hlwb khov thaum piv rau kev kho mob enzymatic ntawm cov hlwb tshiab, pom tseeb hauv cov ntaub ntawv transcriptome hauv daim ntawv ntawm cov noob caj noob ces uas muaj kev ntxhov siab tsawg dua

● Tsis tas yuav tsum tau tshem cov qe ntshav liab ua ntej

● Txoj kab uas hla ntawm lub cell tsis txwv

● Muaj ntau hom qauv uas tsim nyog rau kev tshuaj xyuas, suav nrog cov ntaub so ntswg nyuaj thiab tsis yooj yim uas yooj yim rau cov cell sib sau ua ke lossis puas tsuaj thaum cov ntaub so ntswg sib cais.

Cov qauv uas tsis tuaj yeem tshuaj xyuas los ntawm kev siv cov RNA sequencing ib lub cell thiab tsim nyog rau kev siv cov RNA sequencing ib lub nuclei:

Lub Cev / Cov Nqaij	Vim li cas
Cov ntaub so ntswg tsis tau khov tshiab	Tsis tuaj yeem tau txais cov koom haum tshiab lossis cov koom haum uas tau khaws cia ntev lawm
Cov leeg nqaij, Megakaryocyte, Rog…	Lub cell txoj kab uas hla loj dhau rau nkag mus rau hauv lub cuab yeej
Siab ...	Tsis yooj yim tawg, tsis paub qhov txawv ntawm cov hlwb ib leeg
Lub hlwb neuron, lub hlwb…	Muaj kev nkag siab ntau dua, yooj yim rau kev ntxhov siab, yuav hloov pauv cov txiaj ntsig ntawm kev txheeb xyuas.
Kab mob Pancreas, Thyroid…	Nplua nuj nyob rau hauv endogenous enzymes, cuam tshuam rau kev tsim cov ib lub cell ncua

Ib lub nucleus vs Ib lub cell

Ib lub nucleus xwb	Ib lub cell
Txoj kab uas hla ntawm lub cell tsis txwv	Lub cheeb ntawm tes: 10-40 μm
Cov khoom siv tuaj yeem yog cov ntaub so khov	Cov khoom siv yuav tsum yog cov ntaub tshiab
Kev ntxhov siab tsawg ntawm cov hlwb khov	Kev kho mob enzyme yuav ua rau muaj kev ntxhov siab ntawm lub hlwb
Tsis tas yuav tsum tshem tawm cov qe ntshav liab	Cov qe ntshav liab yuav tsum tau muab tshem tawm
Nuclear qhia txog bioinformation	Tag nrho lub cell qhia txog bioinformation

Cov Lus Qhia Tshwj Xeeb

Cov Qauv Yuav Tsum Tau Ua

Tsev qiv ntawv

Txoj kev npaj ua sequencing

Cov ntaub ntawv pom zoo

Kev Tswj Xyuas Zoo

Cov nqaij tsiaj ≥ 200 mg

Cov ntaub so ntswg ntawm cov nroj tsuag ≥ 400 mg

10x Genomics sn cDNA tsev qiv ntawv

Illumina PE150

100K PE nyeem ib lub cell

(100-200 Gb)

700-1200 nuclei/μl thiab kev ncaj ncees ntawm nuclei tau pom nyob rau hauv lub tshuab kuaj mob

Yog xav paub ntxiv txog kev npaj cov qauv thiab kev ua haujlwm pabcuam, thov nrog ib tus neeg tham.BMKGENE kws tshaj lij

Kev Ua Haujlwm Pabcuam

Yav dhau los: Kev Txheeb Xyuas Tag Nrho Cov Genome ntawm Cov Nroj Tsuag/Tsiaj

Tom ntej no: Kev Tshawb Fawb Txog Kev Koom Tes Thoob Plaws Genome

Muaj xws li cov kev tshuaj xyuas hauv qab no:

● Kev Tswj Xyuas Zoo: tus naj npawb ntawm cov cell, kev nrhiav pom cov noob caj noob ces, kev txheeb xyuas cov cell kom raug, RNA molecules thiab kev ntsuas kev qhia tawm

● Kev Tshuaj Xyuas Qauv Sab Hauv:

Kev sib sau ua ke ntawm tes thiab kev piav qhia txog pawg

Kev Tshawb Fawb Txog Kev Qhia Txawv: kev txheeb xyuas cov DEGs hauv cov pawg

Kev piav qhia txog kev ua haujlwm thiab kev txhim kho ntawm cov pawg DEGs

● Kev Tshawb Fawb Txog Pawg Neeg Sib Koom Tes:

Kev sib xyaw ua ke ntawm cov ntaub ntawv

Kev Tshawb Fawb Txog Kev Qhia Txawv: kev txheeb xyuas cov DEGs hauv pawg

Kev piav qhia txog kev ua haujlwm thiab kev txhim kho ntawm pawg DEGs

● Kev Tshawb Fawb Qib Siab:

Kev tshuaj xyuas lub voj voog ntawm tes

Kev tshuaj xyuas lub sijhawm cuav

Kev tshuaj xyuas kev sib txuas lus ntawm tes (CellPhoneDB)

Kev Tshuaj Xyuas Kev Nce Qib ntawm Cov Gene Set (GSEA)

Kev tshuaj xyuas sab hauv qauv

Kev sib sau ua ke ntawm tes:

Kev Tshawb Fawb Txog Kev Qhia Sib Txawv: pawg DEGs

Kev tshuaj xyuas ntawm pawg neeg sib txawv

Kev Tshawb Fawb Txog Kev Qhia Sib Txawv: Pawg DEGs

Kev Tshuaj Xyuas Qib Siab:

Kev tshuaj xyuas lub sijhawm cuav:

Kev tshuaj xyuas lub voj voog ntawm tes:

Tshawb nrhiav cov kev nce qib uas tau pab txhawb los ntawm BMKGene cov kev pabcuam RNA sequencing ib leeg los ntawm 10X Chromium hauv cov ntawv tshaj tawm tshwj xeeb no:

Wang, L. et al. (2021) 'Kev tshuaj xyuas cov ntaub ntawv transcriptomic ib lub cell qhia txog thaj chaw tiv thaiv kab mob ntawm lub ntsws hauv kev mob hawb pob uas tsis muaj tshuaj steroid',Cov Txheej Txheem ntawm Lub Tsev Kawm Ntawv Qib Siab ntawm Tebchaws Meskas, 118(2), p. e2005590118. doi: 10.1073/pnas.2005590118

Zheng, H. et al. (2022) 'Ib Lub Koom Haum Tswj Xyuas Thoob Ntiaj Teb rau Kev Qhia Txog Gene Tsis Zoo thiab Kev Qhia Txog Metabolic Tsis Zoo hauv Cov Cell Tiv Thaiv Kab Mob hauv Qhov Chaw Me Me ntawm Graves' Kab Mob thiab Hashimoto's Thyroiditis',Cov ciam teb hauv kev tiv thaiv kab mob, 13, ib. 879824. doi: 10.3389/FIMMU.2022.879824/BIBTEX.

Tian, H. et al. (2023) 'Ib lub cell transcriptome qhia txog qhov sib txawv thiab kev tiv thaiv kab mob ntawm cov leukocytes tom qab txhaj tshuaj tiv thaiv nrog Edwardsiella tarda uas tsis ua haujlwm hauv flounder (Paralichthys olivaceus)',Kev cog qoob loo hauv dej, 566, nplooj ntawv 739238. doi: 10.1016/J.AQUACULTURE.2023.739238.

Yu, Y. et al. (2023) 'Kev kho mob Photodynamic txhim kho qhov tshwm sim ntawm cov tshuaj tiv thaiv kab mob los ntawm kev hloov kho lub zog tiv thaiv kab mob hauv cov neeg mob uas muaj mob qog noj ntshav hauv plab',Mob Cancer Hauv Plab, 26(5), nplooj ntawv 798–813. doi: 10.1007/S10120-023-01409-X/METRICS.