Kev Tshawb Fawb Me Me RNA-Illumina
Cov yam ntxwv
● Kev npaj tsev qiv ntawv xaiv qhov loj me.
● Kev tshuaj xyuas bioinformatic tsom mus rau kev kwv yees miRNA thiab cov hom phiaj.
Cov Kev Pabcuam Zoo
●Kev Paub Ntau YamPeb tau ua ntau tshaj 300 cov qauv, uas suav nrog ntau hom qauv sib txawv. Peb coj kev txawj ntse ntau yam los rau txhua qhov project.
●Kev Tswj Xyuas ZooPeb siv cov ntsiab lus tswj hwm tseem ceeb thoob plaws txhua theem, txij li kev npaj cov qauv mus rau kev npaj tsev qiv ntawv, kev txheeb xyuas cov ntaub ntawv thiab kev siv bioinformatics. Peb qhov kev saib xyuas zoo ua kom ntseeg tau tias muaj cov txiaj ntsig zoo tas li.
●Kev tshuaj xyuas bioinformatics kom ntxaws:Nws ua rau muaj peev xwm txheeb xyuas cov miRNAs uas paub thiab cov miRNAs tshiab, txheeb xyuas cov hom phiaj miRNAs, thiab cov lus piav qhia ua haujlwm thiab kev txhim kho nrog ntau lub ntaub ntawv khaws cia (KEGG, GO).
●Kev Txhawb Nqa Tom Qab Muag KhoomPeb nkag siab tias qhov tseem ceeb ntawm kev nyob ntawd yog dab tsi, yog vim li cas peb txoj kev cog lus txuas ntxiv mus dhau qhov ua tiav qhov project nrog 3 lub hlis kev pabcuam tom qab muag. Thaum lub sijhawm no, peb muab kev saib xyuas qhov project, kev pab daws teeb meem, thiab cov lus nug thiab lus teb los teb cov lus nug ntsig txog cov txiaj ntsig.
Cov Qauv Yuav Tsum Tau Ua thiab Kev Xa Khoom
| Tsev qiv ntawv | Platform | Cov ntaub ntawv pom zoo | Kev Tswj Xyuas Cov Ntaub Ntawv |
| Qhov loj uas tau xaiv | Illumina SE50 | 10M-20M nyeem | Q30≥85% |
Cov Qauv Yuav Tsum Tau Ua:
Cov nucleotides:
| Conc.(ng/μl) | Tus nqi (μg) | Kev dawb huv | Kev ncaj ncees |
| ≥ 80 | ≥ 0.8 | OD260/280=1.7-2.5 OD260/230=0.5-2.5 Muaj tsawg los yog tsis muaj protein lossis DNA uas pom ntawm gel. | RIN≥6.0; 5.0≥28S / 18S≥1.0; txwv los yog tsis muaj qhov siab pib |
● Cov Nroj Tsuag:
Cag, Qia los yog Paj: 450 mg
Nplooj los yog noob: 300 mg
Txiv hmab txiv ntoo: 1.2 g
● Tsiaj:
Lub plawv los yog hnyuv: 450 mg
Cov hnyuv lossis lub hlwb: 240 mg
Cov leeg: 600 mg
Pob txha, Plaub hau los yog Tawv Nqaij: 1.5g
● Cov kab mob Arthropod:
Kab: 9g
Cov ntses me me: 450 mg
● Cov ntshav tag nrho: 2 lub raj
● Cov Cell: 106 cov hlwb
● Cov ntshav thiab cov ntshav hauv lub cev:6 mL
Kev Xa Qauv Pom Zoo
Lub thawv: 2 ml centrifuge tube (Tsis pom zoo kom siv ntawv ci)
Piv txwv kev sau npe: Pawg + theej piv txwv li A1, A2, A3; B1, B2, B3.
Kev Xa Khoom:
1. Dej khov qhuav: Cov qauv yuav tsum tau ntim rau hauv hnab thiab faus rau hauv dej khov qhuav.
2. Cov raj RNAstable: Cov qauv RNA tuaj yeem ziab hauv cov raj RNA stabilization (piv txwv li RNAstable®) thiab xa tuaj rau hauv chav tsev kub.
Kev Ua Haujlwm Pabcuam
Tsim qauv kev sim
Kev xa khoom qauv
Kev rho tawm RNA
Kev tsim kho tsev qiv ntawv
Kev txheeb xyuas kab ke
Kev tshuaj xyuas cov ntaub ntawv
Cov kev pab cuam tom qab muag
Kev tshawb fawb txog bioinformatics
● Kev tswj xyuas cov ntaub ntawv raw zoo
● Kev faib tawm RNA me me
● kev tshuaj xyuas kev qhia tawm thiab kev qhia tawm sib txawv ntawm miRNA
● miRNA lub hom phiaj gene thiab cov lus piav qhia txog miRNA lub hom phiaj gene sib txawv
● Kev piav qhia txog cov noob caj noob ces thiab kev txhim kho kev ua haujlwm ntawm cov noob caj noob ces miRNA uas qhia tawm sib txawv
Kev txheeb xyuas miRNA: cov qauv thiab qhov tob
Kev qhia sib txawv ntawm miRNA - hiearchical clustering
Kev piav qhia txog kev ua haujlwm ntawm lub hom phiaj ntawm cov miRNAs sib txawv
Tshawb nrhiav kev nce qib ntawm kev tshawb fawb uas tau pab txhawb los ntawm BMKGene' sRNA sequencing cov kev pabcuam los ntawm kev sau cov ntawv tshaj tawm uas tau xaiv tseg.
Chen, H. et al. (2023) 'Cov kab mob kis tau inhibit saponin biosynthesis thiab photosynthesis hauv Panax notoginseng',Kev Tshawb Fawb Txog Tsob Ntoo thiab Biochemistry, 203, nplooj 108038. doi: 10.1016/J.PLAPHY.2023.108038.
Li, H. et al. (2023) 'Cov nroj tsuag FYVE domain uas muaj protein FREE1 koom nrog cov khoom microprocessor los tswj miRNA biogenesis',Cov ntawv qhia txog EMBO, 24(1). doi: 10.15252/EMBR.202255037/SUPPL_FILE/EMBR202255037-SUP-0004-SDATAFIG4.TIF.
Yu, J. et al. (2023) 'Lub MicroRNA Ame-Bantam-3p Tswj Kev Loj Hlob ntawm Cov Menyuam Yaus los ntawm Kev Taw Qhia rau Ntau Yam Epidermal Growth Factor-like Domains 8 Gene (megf8) hauv tus muv zib ntab, Apis mellifera',Phau Ntawv Xov Xwm Thoob Ntiaj Teb ntawm Kev Tshawb Fawb Txog Molecular, 24(6), nplooj 5726. doi: 10.3390/IJMS24065726/S1.
Zhang, M. et al. (2018) 'Kev Tshawb Fawb Ua Ke ntawm MiRNA thiab Cov Genes Cuam Tshuam nrog Qhov Zoo ntawm Nqaij Qhia tau tias Gga-MiR-140-5p Cuam Tshuam rau Kev Tso Rog Hauv Cov Nqaij Qaib',Kev Tshawb Fawb Txog Lub Cev thiab Biochemistry, 46(6), pp. 2421–2433. doi: 10.1159/000489649 ib.
