16S/18S/ITS amplikonsko sekvenciranje-NGS
Prednosti usluge
● Brza identifikacija mikrobnog sastava u uzorcima iz okoliša bez izolacije
● Visoka rezolucija u slabo zastupljenim komponentama u uzorcima okoliša
● Najnoviji QIIME2 tijek analize s različitim analizama u smislu baze podataka, komentara, OTU/ASV.
● Visoka propusnost, veća točnost
● Primjenjivo na različite studije mikrobne zajednice
● BMK posjeduje veliko iskustvo s više od 100.000 uzoraka godišnje， koji pokrivaju tlo, vodu, plin, mulj, izmet, crijeva, kožu, fermentacijsku juhu, insekte, biljke itd.
● BMKCloud olakšao tumačenje podataka koji sadrži 45 personaliziranih alata za analizu
Specifikacije usluge
| SekvenciranjePlatforma | Knjižnica | Preporučeni prinos podataka | Procijenjeno vrijeme obrade |
| Platforma Illumina NovaSeq | PE250 | Oznake 50K/100K/300K | 30 dana |
Bioinformatičke analize
● Kontrola kvalitete neobrađenih podataka
● OTU klasteriranje/uklanjanje buke (ASV)
● OTU napomena
● Alfa raznolikost
● Beta raznolikost
● Inter-grupna analiza
● Analiza povezanosti s eksperimentalnim čimbenicima
● Predviđanje funkcije gena
Zahtjevi za uzorke i isporuka
Zahtjevi za uzorke:
ZaDNK ekstrakti:
| Vrsta uzorka | Iznos | Koncentracija | Čistoća |
| DNK ekstrakti | > 30 ng | > 1 ng/μl | OD260/280= 1,6-2,5 |
Za uzorke iz okoliša:
| Vrsta uzorka | Preporučeni postupak uzorkovanja |
| Tlo | Količina uzorka: cca.5 g;Preostalu uvenulu tvar potrebno je ukloniti s površine;Samljeti velike komade i provući kroz filter od 2 mm;Alikvot uzoraka u sterilnoj EP-epruveti ili ciroepruveti za rezervaciju. |
| Izmet | Količina uzorka: cca.5 g;Prikupite i alikvotirajte uzorke u sterilnu EP-epruvetu ili krioepruvetu za rezervaciju. |
| Crijevni sadržaj | Uzorke je potrebno obraditi u aseptičnim uvjetima.Isperite prikupljeno tkivo PBS-om;Centrifugirajte PBS i sakupite talog u EP-epruvete. |
| Mulj | Količina uzorka: cca.5 g;Prikupite i alikvotirajte uzorak mulja u sterilnu EP-epruvetu ili krioepruvetu za rezervaciju |
| Vodeno tijelo | Za uzorak s ograničenom količinom mikroba, kao što je voda iz slavine, voda iz bunara itd., sakupite najmanje 1 L vode i prođite kroz filtar od 0,22 μm kako biste obogatili mikrobe na membrani.Čuvajte membranu u sterilnoj epruveti. |
| Koža | Pažljivo ostružite površinu kože sterilnom vatom ili kirurškom oštricom i stavite je u sterilnu epruvetu. |
Preporučena dostava uzoraka
Zamrznite uzorke u tekućem dušiku 3-4 sata i pohranite u tekućem dušiku ili -80 stupnjeva za dugotrajnu rezervaciju.Potrebna je otprema uzorka sa suhim ledom.
Tijek rada usluge
Dostava uzoraka
Izgradnja knjižnice
Sekvenciranje
Analiza podataka
Usluge nakon prodaje
1. Rasprostranjenost vrsta
2. Toplinska karta: grupiranje bogatstva vrsta
3. Krivulja rijetke frakcije
4. NMDS analiza
5.Lefse analiza
BMK slučaj
Pretile osobe sa i bez dijabetesa tipa 2 pokazuju različitu funkcionalnu sposobnost i sastav crijevnih mikroba
Objavljeno:Stanični domaćin i mikrob, 2019
Strategija sekvenciranja:
Mršavi ne-dijabetes (n=633);Pretili nedijabetes (n=494);Pretilost - dijabetes tipa 2 (n=153);
Ciljna regija: 16S rDNA V1-V2
Platforma: Illumina Miseq (sekvenciranje amplikona temeljeno na NGS-u)
Podskupina DNA ekstrakata podvrgnuta je metagenomskom sekvenciranju na Illumina Hiseq
Ključni rezultati
Mikrobni profili ovih metaboličkih bolesti uspješno su diferencirani.
Usporedbom mikrobnih značajki generiranih 16S sekvenciranjem, utvrđeno je da je pretilost povezana s promjenama u mikrobnom sastavu, individualnim značajkama, posebno značajnim smanjenjem Akkermansia, Faecalibacterium, Oscillibacter, Alistipes, itd. Dodatno, T2D je nađeno da je povezana s povećanjem Escherichia/shigella .
Referenca
Thingholm, LB, et al."Pretile osobe sa i bez dijabetesa tipa 2 pokazuju različitu funkcionalnu sposobnost i sastav crijevnih mikroba."Stanični domaćin i mikrob26.2 (2019).
