Sekvenciranje amplikona 16S/18S/ITS-NGS
Značajke usluge
● Platforma za sekvenciranje: Illumina NovaSeq.
● Amplifikacija kratkih regija 16S, 18S i ITS, među ostalim ciljevima amplifikacije.
● Fleksibilan izbor amplikona.
● Prethodno iskustvo na projektima s više ciljeva amplifikacije.
Prednosti usluge
●Bez izolacije:Brza identifikacija mikrobnog sastava u uzorcima okoliša.
●Visoka rezolucijaU komponentama s malom zastupljenošću u uzorcima okoliša.
●Široko primjenjivoStudije raznolikih mikrobnih zajednica.
●Sveobuhvatna bioinformatička analizaNajnoviji QIIME2 paket (kvantitativni uvid u mikrobnu ekologiju) s raznolikim analizama u smislu baze podataka, anotacija, OTU/ASV.
●Opsežno stručno znanjeS 150 tisuća projekata sekvenciranja amplikona koji se provode godišnje, BMKGENE donosi više od desetljeća iskustva, visokokvalificiran analitički tim, sveobuhvatan sadržaj i izvrsnu postprodajnu podršku.
Specifikacije usluge
| Knjižnica | Strategija sekvenciranja | Preporučeni podaci |
| Amplikon | Illumina PE250 | 50/100/300 tisuća oznaka (parovi čitanja) |
Zahtjevi za uslugu
| Koncentracija (ng/µL) | Ukupna količina (ng) | Volumen (µL) |
| ≥1 | ≥200 | ≥20 |
● Tlo/mulj: 1-2 g
● Sadržaj crijeva - životinja: 0,5-2 g
● Sadržaj crijeva - kukac: 0,1-0,25 g
● Površina biljke (obogaćeni sediment): 0,1-0,5 g
● Sediment obogaćen fermentacijskom juhom): 0,1-0,5 g
● Izmet (velike životinje): 0,5-2 g
● Izmet (mišji): 3-5 zrna
● Tekućina za ispiranje plućnih alveola: filter papir
● Vaginalni bris: 5-6 briseva
● Bris kože/genitalija/sline/mekog tkiva usne šupljine/bris ždrijela/bris rektuma: 2-3 brisa
● Površinski mikroorganizmi: filter papir
● Vodena površina/zrak/biofilm: filter papir
● Endofiti: 1-2 g
● Zubni plak: 0,5-1 g
Tijek rada usluge
Dostava uzorka
Izgradnja knjižnice
Sekvenciranje
Analiza podataka
Postprodajne usluge
Uključuje sljedeću analizu:
- Kontrola kvalitete sirovih podataka
- Grupiranje OTU-a / uklanjanje šuma (ASV)
- OTU napomena
- Analiza alfa raznolikosti: više indeksa, uključujući Shannon, Simpson i ACE.
- Analiza beta raznolikosti
- Međugrupna analiza
- Analiza korelacije: između čimbenika okoliša i sastava i raznolikosti OUT-a
- Predviđanje funkcionalnog gena 16S
Histogram taksonomske distribucije
toplinska karta grupiranja taksonomske abundancije
Analiza alfa raznolikosti: krivulja razrjeđivanja
analiza beta raznolikosti: NMDS
Međugrupna analiza: Otkriće LEFSE biomarkera
Istražite napredak koji omogućuju BMKGeneove usluge sekvenciranja amplikona s Illuminom putem odabrane kolekcije publikacija.
Dong, C. i dr. (2022.) 'Sastav, središnja mikrobiota i funkcija mikrobiote tla i kore rizosfere kod Eucommia ulmoides', Frontiers in Microbiology, 13. doi: 10.3389/FMICB.2022.855317/FULL.
Li, Y. i dr. (2023.) 'Transplantacija sintetskih bakterijskih konzorcija za liječenje bakterijske vaginoze izazvane Gardnerellom vaginalis u miševa', Microbiome, 11(1), str. 1–14. doi: 10.1186/s40168-023-01497-y
Yang, J., Fu, Y. i Liu, H. (2022.) 'Mikrobiomi zračne prašine prikupljeni tijekom zatvorenog bioregenerativnog eksperimenta održavanja života na Zemlji 'Lunar Palace 365'', Environmental Microbiomes, 17(1), str. 1–20. doi: 10.1186/S40793-022-00399-0/FIGURES/8.
Yin, S. i dr. (2022.) 'O sirovini ovisna obrojnost funkcionalnih gena povezanih s transformacijom dušika kontroliranim gubitkom dušika u kompostiranju', Bioresource Technology, 361, str. 127678. doi: 10.1016/J.BIORTECH.2022.127678.
