Sekvenciranje amplikona 16S/18S/ITS - PacBio
Značajke usluge
● Platforma za sekvenciranje: PacBio Revio
● Način sekvenciranja: CCS (HiFi čitanja)
● Amplifikacija ciljne regije nakon čega slijedi tandemsko povezivanje amplikona prije pripreme HiFi SMRT bell biblioteke
Prednosti usluge
●Viša taksonomska rezolucija: Tsekvenciranje kratkih amplikona Hana,omogućujući veće stope klasifikacije OTU-a na razini vrste.
●Vrlo precizno određivanje bazePacBio CCS sekvenciranje (HiFi očitavanja).
●Bez izolacijeBrza identifikacija mikrobnog sastava u uzorcima okoliša.
●Široko primjenjivoStudije raznolikih mikrobnih zajednica.
●Sveobuhvatna bioinformatička analizaNajnoviji QIIME2 paket (kvantitativni uvid u mikrobnu ekologiju) s raznolikim analizama u smislu baze podataka, anotacija, OTU/ASV.
●Opsežno stručno znanjeS tisućama projekata sekvenciranja amplikona koji se provode godišnje, BMKGENE donosi više od desetljeća iskustva, visokokvalificiran analitički tim, sveobuhvatan sadržaj i izvrsnu postprodajnu podršku.
Specifikacije usluge
| Knjižnica | Strategija sekvenciranja | Preporučeni podaci |
| Amplikon | PacBio Revio | 10/30/50 tisuća oznaka (CCS) |
Zahtjevi za uzorak
| Koncentracija (ng/µL) | Ukupna količina (µg) | Volumen (µL) |
| ≥5 | ≥0,3 | ≥20 |
Preporučena dostava uzorka
Zamrznite uzorke u tekućem dušiku 3-4 sata i pohranite u tekućem dušiku ili na -80 stupnjeva Celzijusa do dugoročnog skladištenja. Uzorke je potrebno dostaviti sa suhim ledom.
Tijek rada usluge
Dostava uzorka
Izgradnja knjižnice
Sekvenciranje
Analiza podataka
Postprodajne usluge
Uključuje sljedeću analizu:
●Kontrola kvalitete sirovih podataka
●OTU klasteriranje/uklanjanje šuma (ASV)
●OTU napomena
●Analiza alfa raznolikosti: više indeksa, uključujući Shannon, Simpson i ACE.
●Analiza beta raznolikosti
●Međugrupna analiza
●Analiza korelacije: između čimbenika okoliša i sastava i raznolikosti OUT-a
●Predviđanje funkcionalnog gena 16S
Histogram taksonomske distribucije
Filogenetsko stablo rasprostranjenosti u zajednici
Analiza alfa raznolikosti: ACE
indeks
Analiza beta raznolikosti: PCoA
Međugrupna analiza: ANOVA
Istražite napredak koji omogućuju BMKGeneove usluge sekvenciranja amplikona s PacBio putem odabrane kolekcije publikacija.
Gao, X. i Wang, H. (2023.) 'Komparativna analiza profila i funkcija bakterija u buragu tijekom prilagodbe na različite fenologije (ponovno ozelenjavanje vs. travnata) kod alpskih merino ovaca s dvije faze rasta na alpskoj livadi', Fermentation, 9(1), str. 16. doi: 10.3390/FERMENTATION9010016/S1.
Li, S. i dr. (2023.) 'Hvatanje mikrobne tamne tvari u pustinjskim tlima korištenjem metagenomike temeljene na kulturomici i analize visoke rezolucije', npj Biofilms and Microbiomes 2023 9:1, 9(1), str. 1–14. doi: 10.1038/s41522-023-00439-8.
Mu, L. i dr. (2022.) 'Utjecaji soli masnih kiselina na karakteristike fermentacije, bakterijsku raznolikost i aerobnu stabilnost miješane silaže pripremljene s lucernom, rižinom slamom i pšeničnim mekinjama', Journal of the Science of Food and Agriculture, 102(4), str. 1475–1487. doi: 10.1002/JSFA.11482.
Yang, J. i dr. (2023.) 'Interakcija između biomarkera oksidativnog stresa i crijevne mikrobiote u antioksidativnim učincima ekstrakata iz Sonchus brachyotus DC. u crijevnom oksidativnom stresu izazvanom oksazolonom u odraslih zebrica', Antioxidants 2023., sv. 12, stranica 192, 12(1), str. 192. doi: 10.3390/ANTIOX12010192.
