16S/18S/ITS amplikonsko sekvenciranje-PacBio
Prednosti usluge
● Dugo čitanje koje otkriva sekvencu pune dužine 16S/18S/ITS
● Vrlo precizno pozivanje baze s PacBio CCS načinom sekvenciranja
● Razlučivost na razini vrste u OTU/ASV napomeni
● Najnoviji QIIME2 tijek analize s različitim analizama u smislu baze podataka, komentara, OTU/ASV.
● Primjenjivo na različite studije mikrobne zajednice
● BMK posjeduje veliko iskustvo s više od 100.000 uzoraka godišnje， koji pokrivaju tlo, vodu, plin, mulj, izmet, crijeva, kožu, fermentacijsku juhu, insekte, biljke itd.
● BMKCloud olakšao tumačenje podataka koji sadrži 45 personaliziranih alata za analizu
Specifikacije usluge
| SekvenciranjePlatforma | Knjižnica | Preporučeni podaci | Vrijeme obrade |
| PacBio nastavak II | SMRT-zvono | Oznake 5K/10K/20K | 44 radna dana |
Bioinformatičke analize
● Kontrola kvalitete neobrađenih podataka
● OTU klasteriranje/uklanjanje buke (ASV)
● OTU napomena
● Alfa raznolikost
● Beta raznolikost
● Inter-grupna analiza
● Analiza povezanosti s eksperimentalnim čimbenicima
● Predviđanje funkcije gena
Zahtjevi za uzorke i isporuka
Zahtjevi za uzorke:
ZaDNK ekstrakti:
| Vrsta uzorka | Iznos | Koncentracija | Čistoća |
| DNK ekstrakti | > 1 μg | > 20 ng/μl | OD260/280= 1,6-2,5 |
Za uzorke iz okoliša:
| Vrsta uzorka | Preporučeni postupak uzorkovanja |
| Tlo | Količina uzorka: cca.5 g;Preostalu uvenulu tvar potrebno je ukloniti s površine;Samljeti velike komade i provući kroz filter od 2 mm;Alikvot uzoraka u sterilnoj EP-epruveti ili ciroepruveti za rezervaciju. |
| Izmet | Količina uzorka: cca.5 g;Prikupite i alikvotirajte uzorke u sterilnu EP-epruvetu ili krioepruvetu za rezervaciju. |
| Crijevni sadržaj | Uzorke je potrebno obraditi u aseptičnim uvjetima.Isperite prikupljeno tkivo PBS-om;Centrifugirajte PBS i sakupite talog u EP-epruvete. |
| Mulj | Količina uzorka: cca.5 g;Prikupite i alikvotirajte uzorak mulja u sterilnu EP-epruvetu ili krioepruvetu za rezervaciju |
| Vodeno tijelo | Za uzorak s ograničenom količinom mikroba, kao što je voda iz slavine, voda iz bunara itd., sakupite najmanje 1 L vode i prođite kroz filtar od 0,22 μm kako biste obogatili mikrobe na membrani.Čuvajte membranu u sterilnoj epruveti. |
| Koža | Pažljivo ostružite površinu kože sterilnom vatom ili kirurškom oštricom i stavite je u sterilnu epruvetu. |
Preporučena dostava uzoraka
Zamrznite uzorke u tekućem dušiku 3-4 sata i pohranite u tekućem dušiku ili -80 stupnjeva za dugotrajnu rezervaciju.Potrebna je otprema uzorka sa suhim ledom.
Tijek rada usluge
Dostava uzoraka
Izgradnja knjižnice
Sekvenciranje
Analiza podataka
Usluge nakon prodaje
1. Stopa komentara V3+V4(Illumina) profiliranja mikrobne zajednice u odnosu na profiliranje temeljeno na punoj dužini (PacBio).
(Za statistiku su primijenjeni podaci 30 nasumično odabranih projekata)
2. Stopa napomena sekvenciranja amplikona pune duljine na razini vrste u različitim vrstama uzoraka
3. Rasprostranjenost vrsta
4.Filogenetsko stablo
BMK slučaj
Izloženost arsenu uzrokuje oštećenje crijevne barijere i posljedičnu aktivaciju crijevno-jetrene osovine što dovodi do upale i piroptoze jetre u pataka
Objavljeno:Znanost o ukupnom okolišu,2021
Strategija sekvenciranja:
Uzorci: kontrola u odnosu na 8 mg/kg ATO izložene skupine
Prinos podataka sekvenciranja: ukupno 102,583 neobrađenih CCS sekvenci
Kontrola: 54,518 ± 747 efektivnih CCS
Izloženo ATO-u: 45 050 ± 1675 efektivnih CCS
Ključni rezultati
Alfa raznolikost:Izloženost ATO-u značajno je promijenila bogatstvo i raznolikost crijevnih mikroba u pataka.
Analiza metastata:
Na razini vrste: 2 bakterijske vrste otkrivene samo u kontrolnim skupinama
Na razini roda: utvrđeno je da se 6 rodova značajno razlikuju u relativnoj brojnosti
Na razini vrste: identificirano je ukupno 36 vrsta, od kojih se 6 značajno razlikuje u relativnoj brojnosti
Referenca
Thingholm, LB, et al."Pretile osobe sa i bez dijabetesa tipa 2 pokazuju različitu funkcionalnu sposobnost i sastav crijevnih mikroba."Stanični domaćin i mikrob26.2 (2019).
