BMKCloud Log in
条形banner-03

Proizvodi

Komparativna genomika

Komparativna genomika doslovno znači usporedbu kompletnih sekvenci genoma i struktura različitih vrsta.Ova disciplina ima za cilj otkrivanje evolucije vrste, funkcije gena, mehanizma regulacije gena na razini genoma identificiranjem struktura sekvenci i elemenata koji su sačuvani ili diferencirani među različitim vrstama.Tipična komparativna genomska studija uključuje analize obitelji gena, evolucijski razvoj, dupliciranje cijelog genoma, selektivni pritisak itd.


Pojedinosti usluge

Demo rezultati

Studija slučaja

Prednosti usluge

1Komparativna-genomika

● Sveobuhvatni paket analiza, koji sadrži osam najčešće potrebnih analiza

● Visoka pouzdanost analize s detaljnim i lako razumljivim tumačenjem rezultata

● Dobro dizajnirane brojke spremne za objavu

● Visokostručni bioinformatički tim ispunjava različite zahtjeve personalizirane analize

● Kraće vrijeme obrade uz veću točnost analize

● Bogato iskustvo s više od 90 uspješnih slučajeva s ukupnim objavljenim faktorom utjecaja od preko 900

Specifikacije usluge

Procijenjeno vrijeme obrade

Broj vrsta

Analize

30 radnih dana

6 - 12 (izvorni znanstveni rad, znanstveni).

Grupiranje obitelji gena

Širenje i skupljanje obitelji gena

Konstrukcija filogenetskog stabla

Procjena vremena divergencije (potrebna kalibracija fosila)

Vrijeme umetanja LTR (za biljke)

Dupliciranje cijelog genoma (za biljke)

Selektivni pritisak

Sintenska analiza

Bioinformatičke analize

● Obitelj gena

● Filogenetika

● Vrijeme divergencije

● Selektivni pritisak

● Synteny analiza

流程图Komparativna genomika

Zahtjevi za uzorke i isporuka

Zahtjevi za uzorke:

Tkivo ili DNK za sekvenciranje i sastavljanje genoma

Za tkivo

Vrsta

Tkivo

Pregled

PacBio CCS

Životinja

Visceralno tkivo

0,5 ~ 1 g

≥ 3,5 g

Mišićno tkivo

≥ 5,0 g

≥ 5,0 ml

Krv sisavaca

≥ 0,5 ml

Krv peradi/riblje

Biljka

Svježi list

1 ~ 2 g

≥ 5,0 g

 

Latica/Stabljika

1 ~ 2 g

≥ 10,0 g

 

Korijen/sjeme

1 ~ 2 g

≥ 20,0g

Stanice

Kultivirana stanica

-

≥ 1 x 108

Podaci

Datoteke sekvenci genoma (.fasta) i datoteke s komentarima (.gff3) blisko povezanih vrsta

Tijek rada usluge

Uzorak QC

Dizajn eksperimenta

dostava uzorka

Dostava uzoraka

Priprema knjižnice

Izgradnja knjižnice

Sekvenciranje

Sekvenciranje

Analiza podataka

Analiza podataka

Usluge nakon prodaje

Usluge nakon prodaje


  • Prethodna:
  • Sljedeći:

  • *Ovdje prikazani demo rezultati su iz genoma objavljenih uz Biomarker Technologies

    1. Procjena vremena umetanja LTR: Slika prikazuje jedinstvenu bimodalnu distribuciju vremena umetanja LTR-RTs u genom Weiningove raži, u usporedbi s drugim vrstama.Najnoviji vrhunac pojavio se prije otprilike 0,5 milijuna godina.

    3LTR-procjena-vremena-umetanja-u-Weining-rye

    Li Guang i dr.,Nature Genetics, 2021

     

     

    2. Analiza filogenije i obitelji gena na čajotu (Sechium edule): Analizom čajote i drugih 13 srodnih vrsta u obitelji gena, Chayote je najteže povezan sa zmijom (Trichosanthes anguina).Chayote dobiven iz zmijske tikve u razdoblju od oko 27-45 Mya, a udvostručenje cijelog genoma (WGD) primijećeno je u čajotu u 25±4 Mya, što je treći događaj WGD-a u cucuibitaceae.

    4Phylogenetic-tree-of-chayote

    Fu A i sur.,Istraživanje hortikulture, 2021

     

     

    3.Synteny analiza: Neki geni povezani s fitohormonima u razvoju voća pronađeni su u čajotu, zmijskoj tikvi i tikvicama.Korelacija između čajote i tikve nešto je veća od one između čajote i zmijske tikve.

    4Phylogenetic-tree-of-chayote

    Fu A i sur.,Istraživanje hortikulture, 2021

     

     

    4. Analiza obitelji gena: obogaćivanje KEGG-a na ekspanziju i kontrakciju obitelji gena u genomima G.thurberi i G.davidsonii pokazalo je da su geni povezani s biosintezom steroida i biosintezom brasinosteroida prošireni.

    4Phylogenetic-tree-of-chayote

    Yang Z i dr.,BMC biologija, 2021

     

     

    5. Analiza dupliciranja cijelog genoma: Analiza distribucije 4DTV i Ks pokazala je događaj dupliciranja cijelog genoma.Vrhovi intraspecijskih događaja koji pokazuju duplikaciju.Vrhovi interspecijskih prikazanih događaja specijacije.Analiza je pokazala da je u usporedbi s ostale tri blisko povezane vrste, O. europaea nedavno prošla kroz dupliciranje gena velikih razmjera.

    4Phylogenetic-tree-of-chayote

    Rao G i dr.,Istraživanje hortikulture, 2021

    BMK slučaj

    Ruža bez bodlji: genomski uvidi povezani s prilagodbom vlage

    Objavljeno: National Science Review, 2021

    Strategija sekvenciranja:

    'Basye'sBez trna' (R.Wichurainan) genom:
    Cca.93 X PacBio + cca.90 X Nanopore + 267 X Illumina

    Ključni rezultati

    1. Visokokvalitetni genom R.wichuraiana konstruiran je korištenjem tehnika dugotrajnog sekvenciranja, koje daju skup od 530,07 Mb (procijenjena veličina genoma bila je približno 525,9 Mb protočnom citometrijom i 525,5 Mb ispitivanjem genoma; Heterozigotnost je bila oko 1,03%).BUSCO procijenjeni rezultat bio je 93,9%.Uspoređujući sa "starim rumenilom" (haploOB), kvaliteta i cjelovitost ovog genoma potvrđena je osnovnom jednobaznom preciznošću i LTR indeksom sklopa (LAI=20,03).Genom R.wichuraiana sadrži 32 674 gena koji kodiraju proteine.

    2. Zajednička multi-omika analiza, koja se sastoji od komparativne genomike, transkriptomike, QTL analize genetske populacije, otkrila je ključnu specijaciju između R. wichuraiana i Rosa chinensis.Također, varijacije ekspresije srodnih gena u QTL-u vjerojatno su povezane s uzorkom bodljikavih stabljika.

    7KEGG-obogaćivanje-proširenje-i-skupljanje-obitelji-gena

    Usporedna genomska analiza između Basye;s Thornless i Rosa chinensis, uključujući analizu sintenije, familiju gena, analizu ekspanzije i kontrakcije, otkrila je veliki broj varijacija, koje se odnose na ključne osobine ruža.Jedinstveno širenje obitelji gena NAC i FAR1/FRS vrlo je vjerojatno povezano s otpornošću na crnu pjegavost.

    81Komparativne-genomske-analize-između-BT-i-OB 82Usporedne-genomske-analize-između-BT-i-OB 83Komparativne-genomske-analize-između-BT-i-OB

    Usporedna genomska analiza između BT i haploOB genoma.

    Referenca

    Zhong, M., et al.“Ruža bez bodlji: genomski uvidi povezani s prilagodbom vlage”National Science Review, 2021;, nwab092.

    dobiti citat

    Ovdje napišite svoju poruku i pošaljite nam je

    Pošaljite nam svoju poruku: