Komparativna genomika
Prednosti usluge
●Opsežno stručno znanje i evidencija publikacijaS akumuliranim rezultatima, BMKGene je završio preko 90 projekata komparativne genomike, s kumulativnim faktorom utjecaja od 900.
●Sveobuhvatna bioinformatička analizaPaket analiza sadrži osam najčešće potrebnih analiza, pružajući dobro osmišljene podatke spremne za objavu i omogućujući jednostavno tumačenje rezultata
●Visokokvalificirani bioinformatički tim i kratak ciklus analizeS velikim iskustvom u komparativnoj genomskoj analizi, BMKGeneov tim ispunjava raznolike personalizirane analitičke zahtjeve u kratkom roku.
●Postprodajna podrška:Naša predanost proteže se i nakon završetka projekta, uz 3-mjesečno postprodajno razdoblje. Tijekom tog vremena nudimo praćenje projekta, pomoć u rješavanju problema i sesije s pitanjima i odgovorima kako bismo odgovorili na sva pitanja vezana uz rezultate.
Specifikacije usluge
| Procijenjeno vrijeme obrade | Broj vrsta | Analize |
| 30 radnih dana | 6 - 12 | Grupiranje genskih obitelji Širenje i skupljanje genskih obitelji Konstrukcija filogenetskog stabla Procjena vremena divergencije (potrebna kalibracija fosila) Vrijeme umetanja LTR-a (za biljke) Duplikacija cijelog genoma (za biljke) Selektivni pritisak Analiza sintenije |
Bioinformatičke analize
● Obitelj gena
● Filogenetika
● Vrijeme divergencije
● Selektivni tlak
● Analiza sintenije
Zahtjevi za uzorke i dostava
Zahtjevi za uzorak:
Tkivo ili DNK za sekvenciranje i sastavljanje genoma
Za tkivo
| Vrsta | Tkivo | Anketa | PacBio CCS |
| Životinja | Visceralno tkivo | 0,5 ~ 1 g | ≥ 3,5 g |
| Mišićno tkivo | |||
| ≥ 5,0 g | |||
| ≥ 5,0 mL | |||
| Krv sisavaca | |||
| ≥ 0,5 mL | |||
| Krv peradi/ribe | |||
| Biljka | Svježi list | 1 ~ 2 g | ≥ 5,0 g |
| Latica/Stubka | 1 ~ 2 g | ≥ 10,0 g | |
| Korijen/Sjeme | 1 ~ 2 g | ≥ 20,0 g | |
| Stanice | Kultivirana stanica | - | ≥ 1 x 108 |
Podaci
Datoteke sekvenci genoma (.fasta) i datoteke s napomenama (.gff3) blisko srodnih vrsta
Tijek rada usluge
Dizajn eksperimenta
Dostava uzorka
Izgradnja knjižnice
Sekvenciranje
Analiza podataka
Postprodajne usluge
*Prikazani demo rezultati potječu od genoma objavljenih s Biomarker Technologies.
1. Procjena vremena umetanja LTR-a: Slika prikazuje jedinstvenu bimodalnu distribuciju vremena umetanja LTR-RT-a u genomu raži Weining u usporedbi s drugim vrstama. Najnoviji vrhunac pojavio se prije otprilike 0,5 milijuna godina.
Li Guang i sur.,Prirodna genetika, 2021.
2. Filogenija i analiza genske obitelji čajote (Sechium edule): Analizom čajote i ostalih 13 srodnih vrsta u genskoj obitelji, utvrđeno je da je čajota najuže povezana sa zmijskim tikvama (Trichosanthes anguina). Čajota je nastala od zmijskih tikva prije oko 27-45 milijuna godina, a duplikacija cijelog genoma (WGD) uočena je kod čajote prije 25±4 milijuna godina, što je treći WGD događaj kod cucuibitaceae.
Fu A i sur.,Istraživanje hortikulture, 2021.
3. Sintetička analiza: Neki geni povezani s fitohormonima u razvoju ploda pronađeni su kod čajote, zmijske tikve i tikve. Korelacija između čajote i tikve nešto je veća nego između čajote i zmijske tikve.
Fu A i sur.,Istraživanje hortikulture, 2021.
4. Analiza genske obitelji: Obogaćivanje KEGG-om širenjem i kontrakcijom genske obitelji u genomima G.thurberi i G.davidsonii pokazalo je da su geni povezani s biosintezom steroida i biosintezom brassinosteroida prošireni.
Yang Z i sur.,BMC biologija, 2021.
5. Analiza duplikacije cijelog genoma: Analiza 4DTV i Ks distribucije pokazala je duplikaciju cijelog genoma. Vrhovi intraspecijskih duplikacija pokazali su duplikacije. Vrhovi međuspecijskih duplikacija pokazali su specijacijske događaje. Analiza je pokazala da je, u usporedbi s ostale tri blisko srodne vrste, O. europaea nedavno prošla kroz duplikaciju gena velikih razmjera.
Rao G i sur.,Istraživanje hortikulture, 2021.
Slučaj BMK-a
Ruža bez bodlji: genomski uvidi povezani s prilagodbom vlazi
Objavljeno: Nacionalni znanstveni pregled, 2021.
Strategija sekvenciranja:
BasyeovBez trnja' (R.Wichurainan) genom:
Otprilike 93 X PacBio + otprilike 90 X Nanopore + 267 X Illumina
Ključni rezultati
1. Visokokvalitetni genom R. wichuraiana konstruiran je korištenjem tehnika sekvenciranja s dugim čitanjem, koje daju sklop od 530,07 Mb (procijenjena veličina genoma bila je približno 525,9 Mb protočnom citometrijom i 525,5 genomskim pregledom; heterozigotnost je bila oko 1,03%). Procijenjeni rezultat BUSCO-a bio je 93,9%. U usporedbi sa "Old blush" (haploOB), kvaliteta i potpunost ovog genoma potvrđena je točnošću pojedinačnih baza i LTR indeksom sklopa (LAI = 20,03). Genom R. wichuraiana sadrži 32 674 gena koji kodiraju proteine.
2. Zajednička analiza više omika, koja se sastoji od komparativne genomike, transkriptomike i QTL analize genetske populacije, otkrila je ključnu specijaciju između R. wichuraiana i Rosa chinensis. Također, varijacije u ekspresiji srodnih gena u QTL-u vjerojatno su povezane s uzorkom bodljikavih stabljika.
Komparativna genomska analiza između Basye's Thornless i Rosa chinensis, uključujući analizu sintenije, klastera genskih porodica, analizu ekspanzije i kontrakcije, otkrila je veliki broj varijacija koje su povezane s ključnim osobinama ruža. Jedinstvena ekspanzija u genskim porodicama NAC i FAR1/FRS vrlo je vjerojatno povezana s otpornošću na crnu pjegavost.
Komparativna genomska analiza između BT i haploOB genoma.
Zhong, M. i dr. „Ruža bez bodlji: genomski uvidi povezani s prilagodbom vlazi“Nacionalni znanstveni pregled, 2021.;, nwab092.
