-
Kromatin imunoprecipitacijsko sekvenciranje (ChIP-seq)
ChIP-Seq pruža profiliranje DNK ciljeva u cijelom genomu za modifikaciju histona, faktore transkripcije i druge proteine povezane s DNK.Kombinira selektivnost imunoprecipitacije kromatina (ChIP) za obnavljanje specifičnih kompleksa protein-DNA, sa snagom sekvenciranja sljedeće generacije (NGS) za visokopropusno sekvenciranje obnovljene DNA.Dodatno, budući da se kompleksi protein-DNA dobivaju iz živih stanica, mjesta vezanja mogu se usporediti u različitim tipovima stanica i tkivima, ili pod različitim uvjetima.Primjene se kreću od regulacije transkripcije do razvojnih putova do mehanizama bolesti i dalje.
Platforma: Illumina NovaSeq 6000
-
Bisulfitno sekvenciranje cijelog genoma
Metilacija DNA na petoj poziciji u citozinu (5-mC) ima temeljni utjecaj na ekspresiju gena i staničnu aktivnost.Abnormalni obrasci metilacije povezani su s nekoliko stanja i bolesti, poput raka.WGBS je postao zlatni standard za proučavanje metilacije u cijelom genomu u rezoluciji s jednom bazom.
Platforma: Illumina NovaSeq6000
-
Analiza kromatina dostupnog transpozazi s sekvenciranjem visoke propusnosti (ATAC-seq)
ATAC-seq je visokopropusna metoda sekvenciranja za analizu dostupnosti kromatina u cijelom genomu, što je važno za globalnu epigenetsku kontrolu ekspresije gena.Adapteri za sekvenciranje su umetnuti u otvorena područja kromatina hiperaktivnom Tn5 transpozazom.Nakon PCR amplifikacije, konstruira se knjižnica sekvenciranja.Sve otvorene regije kromatina mogu se dobiti pod specifičnim prostorno-vremenskim uvjetima, ne samo ograničenim na mjesta vezanja transkripcijskog faktora ili određene histonsko modificirane regije.
-
Reducirano sekvenciranje bisulfita (RRBS)
Istraživanje metilacije DNA oduvijek je bilo vruća tema u istraživanju bolesti i usko je povezano s ekspresijom gena i fenotipskim osobinama.RRBS je točna, učinkovita i ekonomična metoda za istraživanje metilacije DNA.Obogaćivanje regija promotora i CpG otoka enzimskim cijepanjem (Msp I), u kombinaciji s bisulfitnim sekvenciranjem, osigurava detekciju metilacije DNA visoke rezolucije.
Platforma: Illumina NovaSeq 6000
