ØS velikim iskustvom: Više od 200.000 uzoraka obrađeno je u BMK-u koji pokrivaju različite vrste uzoraka, uključujući kulturu stanica, tkivo, tjelesnu tekućinu, itd. i više od 7.000 mRNA-Seq projekata zatvorenih koji pokrivaju različita područja istraživanja.
ØStrogi sustav kontrole kvalitete: ključne točke kontrole kvalitete kroz sve korake, uključujući pripremu uzoraka, pripremu knjižnice, sekvenciranje i bioinformatiku, pod pomnim su nadzorom kako bi se postigli visokokvalitetni rezultati.
ØDostupne su više baza podataka za označavanje funkcija i studije obogaćivanja radi ispunjavanja različitih istraživačkih ciljeva.
ØUsluge nakon prodaje: Usluge nakon prodaje vrijede 3 mjeseca nakon završetka projekta, uključujući praćenje projekta, rješavanje problema, pitanja i odgovore o rezultatima itd.
Knjižnica | Strategija sekvenciranja | Podaci se preporučuju | Kontrola kvalitete |
Poly A obogaćen | Illumina PE150 | 6 Gb | Q30≥85% |
nukleotidi:
Čistoća | Integritet | Iznos |
OD260/280≥1,7-2,5 OD260/230≥0,5-2,5Ograničena ili nikakva kontaminacija proteinima ili DNK prikazana na gelu. | Za biljke: RIN≥6,5;Za životinje: RIN≥7;28S/18S≥1,0;ograničeno ili bez početne visine | Konc.≥30 ng/μl;Volumen ≥ 10 μl;Ukupno ≥ 1,5 μg |
Tkivo: Težina (suho):≥1 g
*Za tkivo manje od 5 mg, preporučamo da pošaljete flash zamrznuti (u tekućem dušiku) uzorak tkiva.
stanična suspenzija:Broj stanica = 3×106- 1×107
*Preporučamo slanje smrznutih staničnih lizata.U slučaju da je ta stanica manji od 5×105, preporučuje se brzo zamrzavanje u tekućem dušiku, što je poželjno za mikro ekstrakciju.
Uzorci krvi:Volumen≥1 ml
Mikroorganizam:Masa ≥ 1 g
Spremnik: cijev za centrifugiranje od 2 ml (ne preporuča se limena folija)
Označavanje uzorka: grupa+replikacija npr. A1, A2, A3;B1, B2, B3 ... ...
Pošiljka:
Bioinformatika
eukariotski Tijek rada analize sekvenciranja mRNA
Bioinformatika
ØKontrola kvalitete sirovih podataka
ØReferentno usklađivanje genoma
ØAnaliza strukture transkripta
ØKvantifikacija izraza
ØAnaliza diferencijalnog izraza
ØOznačavanje i obogaćivanje funkcija
1.Krivulja zasićenja podataka mRNA
2.Analiza diferencijalnog izraza-Vulkanski dijagram
3.KEGG napomena na DEGs
4.GO klasifikacija na DEG