Sekvenciranje eukariotskih mRNA - NGS
Značajke
● Opcionalna priprema usmjerene mRNA biblioteke za omogućavanje dobivanja podataka o sekvenciranju specifičnih za lanac
● Različite BI analize pokrivaju sve potrebe naših klijenata
Prednosti
●Opsežno stručno znanjeObradili smo preko 600 000 uzoraka, koji obuhvaćaju različite vrste uzoraka kao što su stanične kulture, tkiva i tjelesne tekućine. U svaki projekt unosimo bogato stručno znanje.
●Rigorozna kontrola kvaliteteU svim fazama primjenjujemo ključne kontrolne točke, od pripreme uzorka do pripreme biblioteke, sekvenciranja i bioinformatike. Naš pedantni nadzor osigurava dosljedno visokokvalitetne rezultate.
●Sveobuhvatna anotacijaKoristimo više baza podataka za funkcionalno označavanje diferencijalno eksprimiranih gena (DEG) i provođenje odgovarajućih analiza obogaćivanja. Ovaj sveobuhvatni pristup pruža uvid u stanične i molekularne procese koji su u osnovi transkriptomskog odgovora, osiguravajući da dobijete sve moguće informacije o podacima vašeg eksperimenta.
●Postprodajna podrškaRazumijemo koliko je važno biti prisutan, zato se naša predanost proteže i nakon završetka projekta s 3-mjesečnim postprodajnim razdobljem. Tijekom tog vremena nudimo praćenje projekta, pomoć u rješavanju problema i sesije s pitanjima i odgovorima kako bismo odgovorili na sva pitanja vezana uz rezultate.
Zahtjevi za uzorke i dostava
| Knjižnica | Strategija sekvenciranja | Preporučeni podaci | Kontrola kvalitete |
| Obogaćen poli A | Illumina PE150 DNBSEQ-T7 | 6 -10 GB | Q30≥85% |
Zahtjevi za uzorak:
Nukleotidi:
Minimalni zahtjevi za uzorak:
| Konc. (ng/μl) | Količina (μg) | Čistoća | Integritet | |
| Standardna biblioteka | ≥ 10 | ≥ 0,2 | OD260/280=1,7-2,5 OD260/230=0,5-2,5 Ograničena ili nikakva kontaminacija proteinima ili DNK prikazana na gelu. | Za biljke: RIN≥4,0; Za životinje: RIN≥4,5; 5,0≥28S/18S≥1,0; ograničena ili nikakva elevacija osnovne linije |
| Uputna knjižnica | ≥ 10 | ≥ 0,2 | OD260/280=1,7-2,5 OD260/230=0,5-2,5 Ograničena ili nikakva kontaminacija proteinima ili DNK prikazana na gelu. | Za biljke: RIN≥4,0; Za životinje: RIN≥4,5; 5,0≥28S/18S≥1,0; ograničena ili nikakva elevacija osnovne linije |
| Biljke | Životinja | Člankonošci | Puna krv | Stanice |
| Korijen, stabljika ili latica: 450 mg List ili sjeme: 300 mg Voće: 1,2 g | Srce ili crijeva: 300 mg Utroba ili mozak: 240 mg Mišići: 450 mg Kosti, kosa ili koža: 1 g | Kukci: 6 g Rakovi: 300 mg | 1 tuba | 106 ćelija |
Preporučena dostava uzorka
Spremnik: epruveta za centrifugiranje od 2 ml (ne preporučuje se aluminijska folija)
Primjer označavanja: Grupa + repliciranje npr. A1, A2, A3; B1, B2, B3... ...
Pošiljka:
1. Suhi led: Uzorke je potrebno pakirati u vreće i zakopati u suhi led.
2. Epruvete za tablicu RNA: Uzorci RNA mogu se sušiti u epruveti za stabilizaciju RNA (npr. RNAstable®) i transportirati na sobnoj temperaturi.
Zahtjevi za uzorke i dostava
Dizajn eksperimenta
Dostava uzorka
Ekstrakcija RNK
Izgradnja knjižnice
Sekvenciranje
Analiza podataka
Postprodajne usluge
Bioinformatika
Za uzorke s dostupnim referentnim genomom, BI analiza je sljedeća:
ØKontrola kvalitete sirovih podataka
ØPoravnanje referentnog genoma
ØAnaliza strukture transkripta
ØKvantifikacija ekspresije
ØAnaliza diferencijalne ekspresije
ØAnotacija i obogaćivanje funkcija
Za uzorke bez referentnog genoma dostupna je ova opcija:
• Kontrola kvalitete sirovih podataka
•Montaža s optimizacijom strukture
•Analiza diferencijalne ekspresije
•Anotacija i obogaćivanje funkcija
Poravnanje referentnog genoma
Zasićenost podacima
Korelacija uzoraka i procjena bioloških replikata
Diferencijalno eksprimirani geni (DEG)
Funkcionalna anotacija stepena razvijenosti
Funkcionalno obogaćivanje DEG-ova
Istražite napredak koji omogućuju BMKGeneove usluge sekvenciranja eukariotskih NGS mRNA putem kurirane zbirke publikacija.
Huang, L. i dr. (2023.) 'Triklosan i triklokarban slabe olfaktorni kapacitet zlatnih ribica ograničavanjem prepoznavanja mirisa, ometanjem prijenosa olfaktornih signala i ometanjem obrade olfaktornih informacija',Istraživanje vode, 233, str. 119736. doi: 10.1016/J.WATRES.2023.119736.
Jia, LJ i dr. (2023.) 'Aspergillus fumigatus otima ljudski p11 kako bi preusmjerio fagosome koji sadrže gljivice na nedegradativni put',Stanica domaćin i mikrob, 31(3), str. 373-388.e10. doi: 10.1016/J.CHOM.2023.02.002.
Jin, K. i dr. (2022.) 'TCP transkripcijski faktori uključeni u razvoj izdanaka bambusa Ma (Dendrocalamus latiflorus Munro)',Granice u biljnoj znanosti, 13, str. 884443. doi: 10.3389/FPLS.2022.884443/BIBTEX.
Wen, X. i dr. (2022.) 'Genom Chrysanthemum lavandulifolium i molekularni mehanizam koji leži u osnovi različitih tipova kapituluma',Istraživanje hortikulture, 9. doi: 10.1093/HR/UHAB022.
Zhang, Yujie i dr. (2023.) 'Kaskadni nanoreaktor za poboljšanje sonodinamičke terapije kolorektalnog karcinoma putem sinergističkog povećanja ROS-a i blokade autofagije',Nano danas, 49, str. 101798. doi: 10.1016/J.NANTOD.2023.101798.
