Proizvodi

Evolucijska genetika

Evolucijska genetika paketna je usluga sekvenciranja osmišljena za pružanje sveobuhvatne interpretacije evolucijskih informacija danih materijala na temelju genetskih varijacija, uključujući SNP-ove, InDels-ove, SV-ove i CNV-ove.Pruža sve temeljne analize potrebne za opisivanje evolucijskih promjena i genetskih značajki populacija, kao što su struktura populacije, genetička raznolikost, filogenetski odnosi itd. Također sadrži studije o protoku gena, što omogućuje procjenu efektivne veličine populacije, vremena divergencije.

Kontaktirajte nas

Pojedinosti usluge

Demo rezultati

Studija slučaja

Prednosti usluge

Takagi i dr.,Biljni dnevnik, 2013. (enciklopedijska natuknica).

● Procjena vremena i brzine divergencije vrsta na temelju varijacija na razini nukleotida i aminokiselina
● Otkrivanje pouzdanijeg filogenetskog odnosa između vrsta uz minimiziran utjecaj konvergentne evolucije i paralelne evolucije
● Konstruiranje veza između genetskih promjena i fenotipova kako bi se otkrili geni povezani sa osobinama
● Procjena genetske raznolikosti, koja odražava evolucijski potencijal vrsta
● Brže vrijeme obrade
● Opsežno iskustvo: BMK je skupio golemo iskustvo u populacijskim i evolucijskim projektima tijekom više od 12 godina, pokrivajući stotine vrsta, itd. i pridonio je u više od 80 projekata visoke razine objavljenih u Nature Communications, Molecular Plants, Plant Biotechnology Journal, itd.

Specifikacije usluge

Materijali:

Obično se preporučuju najmanje tri podpopulacije (npr. podvrste ili sojevi).Svaka pod-populacija ne smije sadržavati manje od 10 jedinki (biljke >15, može se smanjiti za rijetke vrste).

Strategija sekvenciranja:

* WGS se može koristiti za vrste s visokokvalitetnim referentnim genomom, dok je SLAF-Seq primjenjiv na vrste sa ili bez referentnog genoma ili referentni genom loše kvalitete.

Primjenjivo na veličinu genoma	WGS	SLAF-Oznake (×10 000)
≤ 500 Mb	10×/pojedinac	Više se preporučuje WGS
500 Mb - 1 Gb		10
1 Gb - 2 Gb		20
≥2 Gb		30

Bioinformatičke analize

● Evolucijska analiza

● Selektivno čišćenje

● Protok gena

● Demografska povijest

● Vrijeme divergencije

Zahtjevi za uzorke i isporuka

Zahtjevi za uzorke:

Vrsta	Tkivo	WGS-NGS	SLAF
Životinja	Visceralno tkivo	0,5 ~ 1 g	0,5 g
	Mišićno tkivo
	Krv sisavaca	1,5 mL	1,5 mL
	Krv peradi/riblje
Biljka	Svježi list	1 ~ 2 g	0,5 ~ 1 g
	Latica/Stabljika
	Korijen/sjeme
Stanice	Kultivirana stanica

gDNA

Koncentracija
(ng/ul)

Iznos

(ug)

OD260/OD280

SLAF

≥35

≥1,6

1,6-2,5

WGS-NGS

≥1

≥0,1

Tijek rada usluge

Dizajn eksperimenta

Dostava uzoraka

Izgradnja knjižnice

Sekvenciranje

Analiza podataka

Usluge nakon prodaje

Prethodna: Skupna analiza segregacije

Sljedeći: Metabolomika

*Ovdje prikazani demo rezultati su iz genoma objavljenih uz BMKGENE

1.Evolucijska analiza sadrži konstrukciju filogenetskog stabla, strukturu populacije i PCA na temelju genetskih varijacija.

Filogenetsko stablo predstavlja taksonomske i evolucijske odnose među vrstama sa zajedničkim pretkom.
PCA ima za cilj vizualizirati bliskost između sub-populacija.
Struktura populacije pokazuje prisutnost genetski različite subpopulacije u smislu učestalosti alela.

3-1 Filogenetsko-stablo 3-2PCA 3-3Struktura stanovništva

Chen, et.al.,PNAS, 2020

2. Selektivno čišćenje

Selektivno pretraživanje odnosi se na proces kojim se odabire povoljno mjesto i povećavaju učestalosti povezanih neutralnih mjesta, a smanjuju nepovezanih mjesta, što rezultira smanjenjem regionalnih.

Detekcija na cijelom genomu na selektivnim pretraživanim regijama obrađuje se izračunavanjem populacijskog genetskog indeksa（π，Fst, Tajima D) svih SNP-ova unutar kliznog prozora (100 Kb) u određenom koraku (10 Kb).

Raznolikost nukleotida (π)
4 Raznolikost nukleotida (π)

Tajima D
5Tajima's-D

Indeks fiksacije (Fst)

6 Indeks fiksacije (Fst)

Wu, et.al.,Molekularna biljka, 2018. (enciklopedijska natuknica).

3. Protok gena

7Protok gena

Wu, et.al.,Molekularna biljka, 2018. (enciklopedijska natuknica).

4.Demografska povijest

8Demografska-povijest

Zhang, et.al.,Ekologija prirode i evolucija, 2021

5. Vrijeme divergencije

9Divergencija-vrijeme

Zhang, et.al.,Ekologija prirode i evolucija, 2021

BMK slučaj

Karta genomske varijacije pruža uvid u genetsku osnovu selekcije proljetnog kineskog kupusa (Brassica rapa ssp. Pekinensis).

Objavljeno: Molekularna biljka, 2018. (enciklopedijska natuknica).

Strategija sekvenciranja:

Ponovno sekvenciranje: dubina sekvenciranja: 10×

Ključni rezultati

U ovoj studiji, 194 kineskog kupusa obrađeno je za ponovno sekvenciranje s prosječnom dubinom od 10×, što je dalo 1.208.499 SNP-ova i 416.070 InDela.Filogenetska analiza ovih 194 linije pokazala je da se te linije mogu podijeliti u tri ekotipa, proljeće, ljeto i jesen.Osim toga, struktura populacije i PCA analiza pokazuju da je proljetni kineski kupus nastao od jesenskog kupusa u Shandongu u Kini.Naknadno su uneseni u Koreju i Japan, križani s lokalnim linijama, a neke njihove sorte koje kasno završe uvedene su natrag u Kinu i konačno su postale proljetni kineski kupus.

Skeniranje cijelog genoma na proljetnom kineskom kupusu i jesenskom kupusu na selekciji otkrilo je 23 genomska lokusa koji su prošli kroz snažnu selekciju, od kojih su se dva preklapala s kontroliranim područjem vremena izbacivanja na temelju QTL-mapiranja.Utvrđeno je da ove dvije regije sadrže ključne gene koji reguliraju cvjetanje, BrVIN3.1 i BrFLC1.Studijom transkriptoma i transgenskim pokusima dodatno je potvrđeno da su ova dva gena uključena u vrijeme zatvaranja.

PB-full-length-RNA-Sekvenciranje-studija-slučaja

Analiza strukture populacije na kineskom kupusu

PB-pune duljine-RNA-alternativno spajanje

Genetske informacije o selekciji kineskog kupusa

Referenca

Tongbing, et al."Karta genomske varijacije pruža uvid u genetsku osnovu selekcije proljetnog kineskog kupusa (Brassica rapa ssp.pekinensis.")Molekularne biljke,11 (2018): 1360-1376.