BMKCloud Log in
条形banner-03

Proizvodi

Sekvenciranje mRNA pune duljine-Nanopore

Sekvenciranje RNA bilo je neprocjenjiv alat za sveobuhvatnu analizu transkriptoma.Nedvojbeno je tradicionalno sekvenciranje kratkog čitanja ovdje postiglo brojne važne napretke.Unatoč tome, često nailazi na ograničenja u identifikaciji izoforme pune duljine, kvantifikaciji, pristranosti PCR-a.

Nanopore sekvenciranje razlikuje se od ostalih platformi za sekvenciranje po tome što se nukleotidi čitaju izravno bez sinteze DNK i generira dugo čitanje na desetke kilobaza.Ovo omogućuje izravno očitavanje križanjem transkripata pune duljine i suočavanje s izazovima u studijama na razini izoformi.

Platforma:Nanopore PromethION

Knjižnica:cDNA-PCR


Pojedinosti usluge

Demo rezultati

Studija slučaja

Prednosti usluge

● Niska pristranost niza

● Otkrivanje cDNA molekula pune duljine

● Manje podataka potrebno za pokrivanje istog broja prijepisa

● Identifikacija višestrukih izoformi po genu

● Kvantifikacija ekspresije na razini izoforme

Specifikacije usluge

Knjižnica

Platforma

Preporučeni prijenos podataka (Gb)

Kontrola kvalitete

cDNA-PCR (Poly-A obogaćen)

Nanopore PromethION P48

6 Gb/uzorak (ovisno o vrsti)

Omjer pune duljine >70%

Prosječna ocjena kvalitete: Q10

 

Bioinformatičke analize

Obrada sirovih podataka

● Identifikacija prijepisa

● Alternativno spajanje

● Kvantifikacija ekspresije na razini gena i razini izoforme

● Analiza diferencijalnog izraza

● Anotacija i obogaćivanje funkcija (DEG i DET)

 

puna dužina

Zahtjevi za uzorke i isporuka

Zahtjevi za uzorke:

nukleotidi:

Konc. (ng/μl)

Količina (μg)

Čistoća

Integritet

≥ 100

≥ 0,6

OD260/280=1,7-2,5

OD260/230=0,5-2,5

Na gelu se vidi ograničena ili nikakva kontaminacija proteinima ili DNK.

Za biljke: RIN≥7,0;

Za životinje: RIN≥7,5;

5,0≥28S/18S≥1,0;

ograničena ili nikakva osnovna elevacija

Maramica: Težina (suha): ≥1 g

*Za tkivo manje od 5 mg, preporučujemo slanje brzo zamrznutog (u tekućem dušiku) uzorka tkiva.

Stanična suspenzija: Broj stanica = 3×106- 1×107

*Preporučamo slanje zamrznutog lizata stanica.U slučaju da ta ćelija broji manje od 5×105, preporučuje se brzo zamrzavanje u tekućem dušiku, što je poželjno za mikro ekstrakciju.

Uzorci krvi: Volumen≥1 ml

Preporučena dostava uzoraka

Spremnik: epruveta za centrifugu od 2 ml (ne preporučuje se limena folija)

Označavanje uzorka: Grupa + ponavljanje npr. A1, A2, A3;B1, B2, B3... ...

Pošiljka: 2、Suhi led: Uzorke je potrebno zapakirati u vreće i zakopati u suhi led.

  1. RNAstable epruvete: RNA uzorci se mogu osušiti u RNA stabilizacijskoj epruveti (npr. RNAstable®) i otpremiti na sobnoj temperaturi.

 

Tijek rada usluge

nukleotidi:

dostava uzorka

Dostava uzoraka

Priprema knjižnice

Izgradnja knjižnice

Sekvenciranje

Sekvenciranje

Analiza podataka

Analiza podataka

Usluge nakon prodaje

Usluge nakon prodaje

Tijek rada usluge

Tkivo:

Uzorak QC

Dizajn eksperimenta

dostava uzorka

Dostava uzoraka

Pilot eksperiment

ekstrakcija RNA

Priprema knjižnice

Izgradnja knjižnice

Sekvenciranje

Sekvenciranje

Analiza podataka

Analiza podataka

Usluge nakon prodaje

Usluge nakon prodaje


  • Prethodna:
  • Sljedeći:

  • 1.Analiza diferencijalnog izraza - Vulkan dijagram

    Diferencijalna analiza ekspresije može se obraditi na razini gena kako bi se identificirali različito izraženi geni (DEG) i na razini izoforme kako bi se identificirali različito

     3(1)

    izraženi transkripti (DET) 

    2.Toplinska karta hijerarhijskog klasteriranja

    4(1)

    3.Identifikacija i klasifikacija alternativnog spajanja

    Astalavista može predvidjeti pet tipova alternativnih događaja spajanja.

    5(1)

    4.Identifikacija događaja alternativne poli-adenilacije (APA) i motiv na 50 bp uzvodno od poli-A

    6(1)

    BMK slučaj

    Alternativna identifikacija spajanja i kvantifikacija na razini izoforme sekvenciranjem transkriptoma pune duljine nanopora

    Objavljeno:Nature Communications, 2020

    Strategija sekvenciranja:

    Grupiranje: 1. CLL-SF3B1(WT);2. CLL-SF3B1 (mutacija K700E);3. Normalne B-stanice

    Strategija sekvenciranja: MinION 2D biblioteka sekvenciranja, PromethION 1D biblioteka sekvenciranja;podaci kratkog čitanja iz istih uzoraka

    Platforma za sekvenciranje: Nanopore MinION;Nanopore PromethION;

    Ključni rezultati

    1. Identifikacija alternativnog spajanja na razini izoforme

    Sekvence dugog čitanja omogućuju identifikaciju mutantnog SF3B1K700E-promijenjena mjesta spajanja na razini izoforme.Utvrđeno je da su 35 alternativnih 3'SS i 10 alternativnih 5'SS značajno različito spojeni između SF3B1K700Ei SF3B1WT.33 od 35 promjena novootkrivene su dugo čitanim sekvencama.

    2. Kvantifikacija alternativnog spajanja na razini izoforme

    Ekspresija izoformi zadržavanja introna (IR) u SF3B1K700Ei SF3B1WTkvantificirani su na temelju sekvenci nanopora, otkrivajući globalnu nižu regulaciju IR izoformi u SF3B1K700E.

    Referenca

    Tang AD, Soulette CM, Baren MJV, et al.Karakterizacija prijepisa pune duljine mutacije SF3B1 u kroničnoj limfocitnoj leukemiji otkriva smanjenu regulaciju zadržanih introna [J].Nature Communications.

    dobiti citat

    Ovdje napišite svoju poruku i pošaljite nam je

    Pošaljite nam svoju poruku: