Analiza asocijacije na razini cijelog genoma
Tijek rada
Prednosti usluge
●Opsežno stručno znanje i evidencija publikacijaS akumuliranim iskustvom u GWAS-u, BMKGene je završio stotine projekata vezanih uz vrste u istraživanju populacijskih GWAS-a, pomogao istraživačima da objave više od 100 članaka, a kumulativni faktor utjecaja dosegao je 500.
● Sveobuhvatna bioinformatička analizaTijek rada uključuje analizu povezanosti SNP-osobina, isporuku skupa kandidatskih gena i njihovih odgovarajućih funkcionalnih anotacija.
●Visokokvalificirani bioinformatički tim i kratak ciklus analizeS velikim iskustvom u naprednoj genomskoj analizi, BMKGeneov tim pruža sveobuhvatne analize s brzim vremenom obrade.
●Postprodajna podrška:Naša predanost proteže se i nakon završetka projekta, uz 3-mjesečno postprodajno razdoblje. Tijekom tog vremena nudimo praćenje projekta, pomoć u rješavanju problema i sesije s pitanjima i odgovorima kako bismo odgovorili na sva pitanja vezana uz rezultate.
Specifikacije i zahtjevi usluge
| Vrsta sekvenciranja | Preporučena skala populacije | Strategija sekvenciranja | Zahtjevi za nukleotide |
| Sekvenciranje cijelog genoma | 200 uzoraka | 10x | Koncentracija: ≥ 1 ng/µL Ukupna količina ≥ 30 ng Ograničena ili nikakva degradacija ili kontaminacija |
| Specifičan lokus pojačanog fragmenta (SLAF) | Dubina oznake: 10x Broj oznaka: < 400 Mb: preporučuje se WGS < 1 GB: 100 000 oznaka 1 GB > 2 GB: 300 000 oznaka Maks. 500 tisuća oznaka | Koncentracija ≥ 5 ng/µL Ukupna količina ≥ 80 ng Nanodrop OD260/280=1,6-2,5 Agarozni gel: bez ili ograničena razgradnja ili kontaminacija
|
Odabir materijala
Različite sorte, podvrste, domaće sorte/banke gena/mješovite porodice/divlji resursi
Različite sorte, podvrste, domaće sorte
Obitelj polubrata/obitelj punog brata/divlji resursi
Tijek rada usluge
Dizajn eksperimenta
Dostava uzorka
Ekstrakcija RNK
Izgradnja knjižnice
Sekvenciranje
Analiza podataka
Postprodajne usluge
Uključuje sljedeću analizu:
- Analiza asocijacije na razini cijelog genoma: LM, LMM, EMMAX, FASTLMM model
- Funkcionalna anotacija kandidatskih gena
Analiza povezanosti SNP-osobina – Manhattanski dijagram
Analiza povezanosti SNP-osobina – QQ dijagram
Istražite napredak koji omogućuju BMKGeneove de GWAS usluge kroz odabranu zbirku publikacija:
Lv, L. i dr. (2023.) 'Uvid u genetsku osnovu tolerancije na amonijak kod školjke britve Sinonovacula constricta putem studije asocijacije na razini cijelog genoma',Akvakultura, 569, str. 739351. doi: 10.1016/J.AQUACULTURE.2023.739351.
Li, X. i dr. (2022.) 'Multi-omske analize 398 uzoraka prosa lisičjeg repa otkrivaju genomske regije povezane s domestikacijom, metaboličkim svojstvima i protuupalnim učincima',Molekularna biljka, 15(8), str. 1367–1383. doi: 10.1016/j.molp.2022.07.003.
Li, J. i dr. (2022.) 'Mapiranje asocijacija na razini cijelog genoma fenotipova Hulless Barely u sušnom okruženju',Granice u biljnoj znanosti, 13, str. 924892. doi: 10.3389/FPLS.2022.924892/BIBTEX.
Zhao, X. i dr. (2021.) 'GmST1, koji kodira sulfotransferazu, daje otpornost na sojeve G2 i G3 virusa mozaika soje',Biljka, stanica i okoliš, 44(8), str. 2777–2792. doi: 10.1111/PCE.14066.
