-
De novo sekvenciranje genoma biljaka/životinja
De novosekvenciranje se odnosi na izgradnju cijelog genoma vrste korištenjem tehnologija sekvenciranja, npr. PacBio, Nanopore, NGS, itd., u nedostatku referentnog genoma.Izvanredno poboljšanje duljine čitanja tehnologije sekvenciranja treće generacije donijelo je nove mogućnosti u sastavljanju složenih genoma, kao što su oni s visokom heterozigotnošću, visokim omjerom repetitivnih regija, poliploidima, itd. S duljinom čitanja na razini nekoliko desetaka kilobaza, ova očitavanja sekvenciranja omogućuju rješavanje ponavljajućih elemenata, regija s abnormalnim sadržajem GC i drugih vrlo složenih regija.
Platforma: PacBio Sequel II /Nanopore PromethION P48/ Illumina NovaSeq6000
-
Hi-C sklop genoma
Hi-C je metoda osmišljena za hvatanje konfiguracije kromosoma kombiniranjem sondiranja interakcija temeljenih na blizini i sekvenciranja visoke propusnosti.Vjeruje se da je intenzitet ovih interakcija u negativnoj korelaciji s fizičkom udaljenosti na kromosomima.Stoga bi Hi-C podaci mogli voditi grupiranje, redoslijed i orijentaciju sklopljenih sekvenci u nacrtu genoma i usidriti ih na određeni broj kromosoma.Ova tehnologija omogućuje sklapanje genoma na razini kromosoma u nedostatku genetske karte temeljene na populaciji.Svaki pojedini genom treba Hi-C.
Platforma: Illumina NovaSeq6000 / DNBSEQ
-
Evolucijska genetika
Evolucijska genetika je pakirana usluga sekvenciranja dizajnirana za pružanje sveobuhvatnog tumačenja evolucijskih informacija danih materijala na temelju genetskih varijacija, uključujući SNP, InDels, SV i CNV.Pruža sve temeljne analize potrebne za opisivanje evolucijskih promjena i genetskih značajki populacija, kao što su struktura populacije, genetska raznolikost, filogenski odnosi, itd. Također sadrži studije o protoku gena, što omogućuje procjenu efektivne veličine populacije, vremena divergencije.
-
Komparativna genomika
Komparativna genomika doslovno znači uspoređivanje kompletnih genomskih sekvenci i struktura različitih vrsta.Ova disciplina ima za cilj otkriti evoluciju vrsta, funkciju gena, regulacijski mehanizam gena na razini genoma identificiranjem sekvencijskih struktura i elemenata koji su se sačuvali ili razlikovali među različitim vrstama.Tipična komparativna studija genomike uključuje analize u obitelji gena, evolucijski razvoj, dupliciranje cijelog genoma, selektivni pritisak itd.
-
Bulked Segregant analiza
Grupna segregantna analiza (BSA) je tehnika koja se koristi za brzu identifikaciju genetskih markera povezanih s fenotipom.Glavni tijek rada BSA sadrži odabir dvije skupine pojedinaca s izrazito suprotnim fenotipovima, udruživanje DNK svih pojedinaca kako bi se formirala dva dijela DNK, identificiranje diferencijalnih sekvenci između dva skupa.Ova tehnika se intenzivno koristi u identifikaciji genetskih markera koji su snažno povezani ciljanim genima u genomima biljaka/životinja.
