Interakcija kromatina temeljena na Hi-C
Značajke usluge
● Sekvenciranje na Illumina NovaSeq s PE150.
● Usluga zahtijeva uzorke tkiva, umjesto ekstrahiranih nukleinskih kiselina, kako bi se umrežili s formaldehidom i očuvale interakcije DNA i proteina.
● Hi-C eksperiment uključuje restrikciju i popravak ljepljivih krajeva biotinom, nakon čega slijedi kružna obrada rezultirajućih tupih krajeva uz očuvanje interakcija. DNK se zatim uklanja streptavidinskim kuglicama i pročišćava za naknadnu pripremu biblioteke.
Prednosti usluge
●Optimalni dizajn restrikcijskih enzima: osigurati visoku Hi-C učinkovitost na različitim vrstama s do 93% valjanih interakcijskih parova.
●Opsežno stručno znanje i zapisi o publikacijama:BMKGene ima bogato iskustvo s više od 2000 projekata Hi-C sekvenciranja od 800 različitih vrsta i raznih patenata. Preko 100 objavljenih slučajeva s akumulativnim faktorom utjecaja većim od 900.
●Visokokvalificirani bioinformatički tim:s internim patentima i autorskim pravima na softver za Hi-C eksperimente i analizu podataka te samostalno razvijenim softverom za vizualizaciju podataka.
●Postprodajna podrška:Naša predanost proteže se i nakon završetka projekta, uz 3-mjesečno postprodajno razdoblje. Tijekom tog vremena nudimo praćenje projekta, pomoć u rješavanju problema i sesije s pitanjima i odgovorima kako bismo odgovorili na sva pitanja vezana uz rezultate.
●Sveobuhvatna anotacijaKoristimo više baza podataka za funkcionalno označavanje gena s identificiranim varijacijama i provođenje odgovarajuće analize obogaćivanja, pružajući uvid u više istraživačkih projekata.
Specifikacije usluge
| Knjižnica | Strategija sekvenciranja | Preporučeni izlaz podataka | Hi-C rezolucija signala |
| Hi-C biblioteka | Illumina PE150 | Kromatinska petlja: 150x TAD: 50x | Kromatinska petlja: 10Kb TAD: 40Kb |
Zahtjevi za uslugu
| Vrsta uzorka | Potrebna količina |
| Životinjsko tkivo | ≥2 g |
| Puna krv | ≥2 mL |
| Gljive | ≥1 g |
| Biljno - mlado tkivo | 1 g/alikvot, preporučuju se 2-4 alikvota |
| Kultivirane stanice | ≥1x107 |
Uključuje sljedeću analizu:
● Kontrola kvalitete sirovih podataka;
● Mapiranje i kontrola kvalitete Hi-C knjižnice: valjani parovi interakcija i eksponenti raspada interakcija (IDE);
● Profiliranje interakcija na razini cijelog genoma: cis/trans analiza i Hi-C mapa interakcija;
● Analiza distribucije A/B odjeljaka;
● Identifikacija TAD-ova i kromatinskih petlji;
● Diferencijalna analiza 3D elemenata kromatina među uzorcima i odgovarajuća funkcionalna anotacija povezanih gena.
Cis i trans proporcionalna distribucija
Toplinska karta kromosomskih interakcija između uzoraka
Raspodjela A/B odjeljaka na razini cijelog genoma
Raspodjela kromatinskih petlji na razini cijelog genoma
Vizualizacija TAD-ova
Istražite napredak u istraživanju koji omogućuju BMKGeneove usluge sekvenciranja Hi-C putem odabrane zbirke publikacija.
Meng, T. i dr. (2021.) 'Komparativna integrirana multi-omska analiza identificira CA2 kao novu metu za hordom',Neuroonkologija, 23(10), str. 1709–1722. doi: 10.1093/NEUONC/NOAB156.
Xu, L. i dr. (2021.) '3D dezorganizacija i preuređenje genoma pružaju uvid u patogenezu NAFLD-a integriranim Hi-C, Nanopore i RNA sekvenciranjem',Acta Pharmaceutica Sinica B, 11(10), str. 3150–3164. doi: 10.1016/J.APSB.2021.03.022.
