Sklop genoma temeljen na Hi-C
Prednosti usluge
Pregled Hi-C
(Lieberman-Aiden E et al.,Znanost, 2009)
● Nema potrebe za konstruiranjem genetske populacije za sidrenje kontiga;
● Veća gustoća markera dovodi do većeg omjera sidrenja kontiga iznad 90%;
● Omogućuje evaluaciju i ispravke na postojećim sklopovima genoma;
● Kraće vrijeme obrade uz veću točnost u sklapanju genoma;
● Bogato iskustvo s više od 1000 Hi-C biblioteka izgrađenih za više od 500 vrsta;
● Preko 100 uspješnih slučajeva s ukupnim objavljenim faktorom utjecaja od preko 760;
● Hi-C sklop genoma za poliploidni genom, 100% stopa usidrenja postignuta je u prethodnom projektu;
● Interni patenti i autorska prava na softver za Hi-C eksperimente i analizu podataka;
● Samorazvijeni softver za vizualizirano ugađanje podataka, omogućuje ručno pomicanje bloka, vraćanje unazad, opoziv i ponavljanje.
Specifikacije usluge
|
Vrsta knjižnice
|
Platforma | Čitaj duljinu | Preporučite strategiju |
| Bok-C | Illumina NovaSeq | PE150 | ≥ 100X |
Bioinformatičke analize
● Kontrola kvalitete neobrađenih podataka
● Kontrola kvalitete Hi-C knjižnice
● Hi-C sklop genoma
● Procjena nakon montaže
Zahtjevi za uzorke i isporuka
Zahtjevi za uzorke:
| Životinja | Gljiva | Bilje
|
| Smrznuto tkivo: 1-2 g po knjižnici Ćelije: 1x 10^7 ćelija po knjižnici | Smrznuto tkivo: 1 g po knjižnici | Smrznuto tkivo: 1-2 g po knjižnici
|
| *Preporučamo slanje najmanje 2 alikvota (1 g svaki) za Hi-C eksperiment. | ||
Preporučena dostava uzoraka
Spremnik: epruveta za centrifugu od 2 ml (ne preporučuje se limena folija)
Za većinu uzoraka preporučujemo da se ne čuvaju u etanolu.
Označavanje uzoraka: Uzorci moraju biti jasno označeni i identični dostavljenom obrascu s podacima o uzorku.
Pošiljka: Suhi led: Uzorke je potrebno prvo zapakirati u vreće i zakopati u suhi led.
Tijek rada usluge
Dizajn eksperimenta
Dostava uzoraka
ekstrakcija DNK
Izgradnja knjižnice
Sekvenciranje
Analiza podataka
Usluge nakon prodaje
*Ovdje prikazani demo rezultati su iz genoma objavljenih uz Biomarker Technologies
1.Hi-C interakcijska toplinska mapaCamptotheca acuminatagenom.Kao što je prikazano na karti, intenzitet interakcija je u negativnoj korelaciji s linearnom udaljenošću, što ukazuje na vrlo točan sklop na razini kromosoma.(Omjer sidrenja: 96,03%)
Kang M i sur.,Nature Communications, 2021
2.Hi-C je olakšao provjeru valjanosti inverzija izmeđuGossypium hirsutumL. TM-1 A06 iG. arboreumChr06
Yang Z i dr.,Nature Communications, 2019
3. Sastavljanje i bialelna diferencijacija genoma kasave SC205.Hi-C toplinska karta pokazuje jasnu podjelu u homolognim kromosomima.
Hu W i sur.,Molekularna biljka, 2021
4. Hi-C toplinska karta na sklopu genoma dvije vrste fikusa:F.microcarpa(omjer sidrenja: 99,3%) iF.hispida (omjer usidrenja: 99,7%)
Zhang X i sur.,Ćelija, 2020
BMK slučaj
Genomi stabla banyan i ose oprašivača daju uvid u koevoluciju smokve i ose
Objavljeno: Ćelija, 2020
Strategija sekvenciranja:
F. microcarpa genom: Pribl.84 X PacBio RSII (36,87 Gb) + Hi-C (44 Gb)
F. hispidagenom: Pribl.97 X PacBio RSII (36,12 Gb) + Hi-C (60 Gb)
Eupristina verticillatagenom: Pribl.170 X PacBio RSII (65 Gb)
Ključni rezultati
1. Dva genoma stabla banyan i jedan genom ose oprašivača konstruirani su pomoću PacBio sekvenciranja, Hi-C i mape povezivanja.
(1)F. microcarpagenom: Ustanovljen je sklop od 426 Mb (97,7% procijenjene veličine genoma) s kontigom N50 od 908 Kb, BUSCO rezultatom od 95,6%.Hi-C je usidrio ukupno 423 Mb sekvencije na 13 kromosoma.Anotacija genoma dala je 29 416 gena koji kodiraju proteine.
(2)F. Hispidagenom: Skup od 360 Mb (97,3% procijenjene veličine genoma) bio je prinos s kontigom N50 od 492 Kb i BUSCO rezultatom od 97,4%.Ukupno 359 Mb sekvencija je usidreno na 14 kromosoma pomoću Hi-C i vrlo je identično karti povezivanja visoke gustoće.
(3)Eupristina verticillatagenom: Ustanovljen je sklop od 387 Mb (procijenjena veličina genoma: 382 Mb) s kontigom N50 od 3,1 Mb i BUSCO rezultatom od 97,7%.
2. Komparativna genomska analiza otkrila je velik broj strukturnih varijacija između dvafikusgenoma, koji su osigurali neprocjenjiv genetski resurs za studije adaptivne evolucije.Ova je studija po prvi put pružila uvid u koevoluciju smokve i ose na genomskoj razini.
 Circosov dijagram o genomskim značajkama dvafikusgenome, uključujući kromosome, segmentne duplikacije (SD), transpozone (LTR, TE, DNA TE), ekspresiju gena i sintenije |  Identifikacija kromosoma Y i gena kandidata za određivanje spola |
Zhang, X., et al."Genomi stabla Banyan i ose oprašivača pružaju uvid u koevoluciju smokve i ose."Ćelija 183.4(2020).
