mRNA-sekvenciranje (NGS) – De novo

Sekvenciranje mRNA omogućuje profiliranje svih transkripata mRNA u stanicama pod specifičnim uvjetima i široko je korištena tehnologija u raznim istraživačkim područjima. BMKCloud De novo mRNA-seq cjevovod dizajniran je za analizu biblioteka sekvenciranja obogaćenih poli-A kada nije dostupan referentni genom. Cjevovod započinje kontrolom kvalitete, nakon čega slijedide novosastavljanje transkripta i odabir unigenskog seta. Analiza unigenske strukture predviđa kodirajuću sekvencu (CDS) i jednostavne sekvencijske ponavljanja (SSR). Nakon toga, analiza diferencijalne ekspresije pronalazi različito eksprimirane gene (DEG) među testiranim uvjetima, nakon čega slijedi funkcionalna anotacija i obogaćivanje DEG-ova kako bi se izvukli biološki uvidi.