BMKCloud Log in
条形banner-03

Proizvodi

Metagenomsko sekvenciranje-Nanopore

Metagenomika je molekularni alat koji se koristi za analizu mješovitih genomskih materijala ekstrahiranih iz uzoraka iz okoliša, koji pruža detaljne informacije o raznolikosti i obilju vrsta, strukturi populacije, filogenetskom odnosu, funkcionalnim genima i korelacijskoj mreži s čimbenicima okoliša itd. Platforme za sekvenciranje nanopora nedavno su uvedene na metagenomske studije.Njegova izvanredna izvedba u duljini čitanja uvelike je poboljšala nizvodnu metagenomsku analizu, posebno sastavljanje metagenoma.Koristeći prednosti duljine čitanja, metagenomska studija temeljena na nanoporima može postići kontinuiranije sklapanje u usporedbi s metagenomikom sačmarice.Objavljeno je da je metagenomika temeljena na nanoporama uspješno generirala potpune i zatvorene bakterijske genome iz mikrobioma (Moss, EL, et. al,Nature Biotech, 2020.)

Platforma:Nanopore PromethION P48


Pojedinosti usluge

Demo rezultati

BMK slučaj

Prednosti usluge

● Visokokvalitetna montaža-Poboljšanje točnosti identifikacije vrsta i predviđanja funkcionalnih gena

● Zatvorena izolacija bakterijskog genoma

● Snažnija i pouzdanija primjena u različitim područjima, npr. otkrivanje patogenih mikroorganizama ili gena povezanih s otpornošću na antibiotike

● Usporedna analiza metagenoma

Specifikacije usluge

 Platforma

Sekvenciranje

Preporučeni podaci

Vrijeme obrade

Nanopore

NA T

6 G/10 G

65 radnih dana

Bioinformatičke analize

● Kontrola kvalitete neobrađenih podataka

● Sklapanje metagenoma

● Neredundantni skup gena i bilješke

● Analiza raznolikosti vrsta

● Analiza raznolikosti genetičke funkcije

● Inter-grupna analiza

● Analiza povezanosti s eksperimentalnim čimbenicima

nanopore

Zahtjevi za uzorke i isporuka

Zahtjevi za uzorke i dostava

Zahtjevi za uzorke:   

ZaDNK ekstrakti:

Vrsta uzorka

Iznos

Koncentracija

Čistoća

DNK ekstrakti

1-1,5 μg

> 20 ng/μl

OD260/280= 1,6-2,5

Za uzorke iz okoliša:

Vrsta uzorka

Preporučeni postupak uzorkovanja

Tlo

Količina uzorka: cca.5 g;Preostalu uvenulu tvar potrebno je ukloniti s površine;Samljeti velike komade i provući kroz filter od 2 mm;Alikvot uzoraka u sterilnoj EP-epruveti ili ciroepruveti za rezervaciju.

Izmet

Količina uzorka: cca.5 g;Prikupite i alikvotirajte uzorke u sterilnu EP-epruvetu ili krioepruvetu za rezervaciju.

Crijevni sadržaj

Uzorke je potrebno obraditi u aseptičnim uvjetima.Isperite prikupljeno tkivo PBS-om;Centrifugirajte PBS i sakupite talog u EP-epruvete.

Mulj

Količina uzorka: cca.5 g;Prikupite i alikvotirajte uzorak mulja u sterilnu EP-epruvetu ili krioepruvetu za rezervaciju

Vodeno tijelo

Za uzorak s ograničenom količinom mikroba, kao što je voda iz slavine, voda iz bunara itd., sakupite najmanje 1 L vode i prođite kroz filtar od 0,22 μm kako biste obogatili mikrobe na membrani.Čuvajte membranu u sterilnoj epruveti.

Koža

Pažljivo ostružite površinu kože sterilnom vatom ili kirurškom oštricom i stavite je u sterilnu epruvetu.

Preporučena dostava uzoraka

Zamrznite uzorke u tekućem dušiku 3-4 sata i pohranite u tekućem dušiku ili -80 stupnjeva za dugotrajnu rezervaciju.Potrebna je otprema uzorka sa suhim ledom.

Tijek rada usluge

dostava uzorka

Dostava uzoraka

Priprema knjižnice

Izgradnja knjižnice

Sekvenciranje

Sekvenciranje

Analiza podataka

Analiza podataka

Usluge nakon prodaje

Usluge nakon prodaje


  • Prethodna:
  • Sljedeći:

  • 1.Toplotna karta: Grupiranje bogatstva vrsta32. Funkcionalni geni označeni KEGG metaboličkim putovima43.Mreža korelacije vrsta54. Circos CARD gena za rezistenciju na antibiotike
    6

    BMK slučaj

    Metagenomika nanopora omogućuje brzu kliničku dijagnozu bakterijske infekcije donjeg dišnog sustava

    Objavljeno:Biotehnologija prirode, 2019

    Tehničke značajke
    Sekvenciranje: Nanopore MinION
    Klinička metagenomika bioinformatika: deplecija DNK domaćina, WIMP i ARMA analiza
    Brza detekcija: 6 sati
    Visoka osjetljivost: 96,6%

    Ključni rezultati

    U 2006. infekcija donjeg dišnog sustava (LR) uzrokovala je 3 milijuna ljudskih smrti u svijetu.Tipična metoda za otkrivanje patogena LR1 je kultivacija, koja ima slabu osjetljivost, dugo vrijeme obrade i nedostatak smjernica za ranu antibiotsku terapiju.Brza i točna mikrobna dijagnoza dugo je bila hitna potreba.Dr. Justin sa Sveučilišta East Anglia i njegovi partneri uspješno su razvili metagenomsku metodu za detekciju patogena koja se temelji na nanoporima.Prema njihovom tijeku rada, 99,99% DNK domaćina može biti iscrpljeno.Detekcija kod patogena i gena otpornih na antibiotike može biti gotova za 6 sati.

    Referenca
    Charalampous, T., Kay, GL, Richardson, H., Aydin, A., & O'Grady, J.(2019).Metagenomika nanopora omogućuje brzu kliničku dijagnozu bakterijske infekcije donjeg dišnog sustava.Nature Biotechnology, 37(7), 1.

    dobiti citat

    Ovdje napišite svoju poruku i pošaljite nam je

    Pošaljite nam svoju poruku: