Nanopore transkriptom pune duljine

Sekvenciranje transkriptoma Nanopore moćna je metoda za sekvenciranje cDNA pune duljine, precizno identificirajući i kvantificirajući izoforme transkripta. BMKCloud Nanopore cjevovod transkriptoma pune duljine dizajniran je za analizu RNA-Seq podataka generiranih na Nanopore platformi u odnosu na visokokvalitetni, dobro označeni referentni genom, pružajući kvalitativnu i kvantitativnu analizu i na razini gena i na razini transkripta. Nakon kontrole kvalitete, dobivaju se nehimerne (FLNC) sekvence pune duljine i konsenzusne sekvence mapiraju se na referentni genom kako bi se uklonili redundantni transkripti. Iz ovog skupa transkripata, ekspresija se kvantificira, a različito eksprimirani geni i transkripti se identificiraju i funkcionalno označavaju. Cjevovod također uključuje analizu alternativne poliadenilacije (APA), analizu alternativnog splajsiranja, analizu jednostavnog ponavljanja sekvence (SSR), predviđanje lncRNA i odgovarajućih ciljeva, predviđanje kodirajućih sekvenci (CDS), analizu genske obitelji, analizu transkripcijskih faktora, predviđanje novih gena i funkcionalnu anotaciju transkripata.