Proizvodi

Nereferentno sekvenciranje mRNA-Illumina

Sekvenciranje mRNA usvaja tehniku sekvenciranja sljedeće generacije (NGS) za hvatanje glasničke RNA (mRNA) iz eukariota u određenom razdoblju u kojem se neke posebne funkcije aktiviraju.Najduži spojeni transkript nazvan je 'Unigene' i korišten je kao referentna sekvenca za naknadnu analizu, što je učinkovito sredstvo za proučavanje molekularnog mehanizma i regulatorne mreže vrste bez reference.

Nakon sastavljanja podataka transkriptoma i unigene funkcionalne anotacije

(1) Provest će se analiza SSR-a, predviđanje CDS-a i struktura gena.

(2) Provest će se kvantifikacija ekspresije unigena u svakom uzorku.

(3) Diferencijalno izraženi unigeni između uzoraka (ili skupina) otkrit će se na temelju ekspresije unigena

(4) Provest će se grupiranje, funkcionalna anotacija i analiza obogaćivanja različito izraženih unigena

Kontaktirajte nas

Pojedinosti usluge

Bioinformatika

Demo rezultati

Studija slučaja

Značajke

● Neovisno o referentnom genomu,

● Podaci se mogu koristiti za analizu strukture i ekspresije transkripata

● Identificirajte varijabilna mjesta izrezivanja

Prednosti usluge

● Isporuka rezultata temeljena na BMKCloudu: Rezultati se isporučuju kao podatkovna datoteka i interaktivno izvješće putem BMKCloud platforme, koja omogućuje jednostavno čitanje izlaza složene analize i prilagođeno rudarenje podataka na temelju standardne bioinformatičke analize.

● Usluge nakon prodaje: Usluge nakon prodaje vrijede 3 mjeseca nakon završetka projekta, uključujući praćenje projekta, rješavanje problema, pitanja i odgovore o rezultatima itd.

Zahtjevi za uzorke i isporuka

Zahtjevi za uzorke:

nukleotidi:

Konc. (ng/μl)

Količina (μg)

Čistoća

Integritet

≥ 20

≥ 0,5

OD260/280=1,7-2,5

OD260/230=0,5-2,5

Na gelu se vidi ograničena ili nikakva kontaminacija proteinima ili DNK.

Za biljke: RIN≥6,5;

Za životinje: RIN≥7,0;

5,0≥28S/18S≥1,0;

ograničena ili nikakva osnovna elevacija

Maramica: Težina (suha): ≥1 g
*Za tkivo manje od 5 mg, preporučujemo slanje brzo zamrznutog (u tekućem dušiku) uzorka tkiva.

Stanična suspenzija: Broj stanica = 3×10⁷
*Preporučamo slanje zamrznutog lizata stanica.U slučaju da ta ćelija broji manje od 5×10⁵, preporučuje se brzo zamrzavanje u tekućem dušiku.

Uzorci krvi:
PA×geneBloodRNATube;
6mLTRIzol i 2mL krvi (TRIzol:Krv=3:1)

Preporučena dostava uzoraka

Spremnik:
Centrifugalna epruveta od 2 ml (ne preporučuje se limena folija)
Označavanje uzorka: Grupa + ponavljanje npr. A1, A2, A3;B1, B2, B3... ...

Pošiljka:
1. Suhi led: uzorke je potrebno zapakirati u vrećice i zakopati u suhi led.
2. RNAstable epruvete: RNA uzorci se mogu osušiti u RNA stabilizacijskoj epruveti (npr. RNAstable®) i poslati na sobnoj temperaturi.

Tijek rada usluge

Dizajn eksperimenta

Dostava uzoraka

ekstrakcija RNA

Izgradnja knjižnice

Sekvenciranje

Analiza podataka

Usluge nakon prodaje

Prethodna: Dugo nekodirajuće sekvenciranje-Illumina

Sljedeći: Sekvenciranje eukariotske mRNA-Illumina

Bioinformatika

1.mRNA(denovo) Princip sklapanja

Do Trojstva, čitanja su fragmentirana u manje dijelove, poznate kao K-mer.Ovi K-meri se zatim koriste kao sjemenke koje se proširuju u kontigove, a zatim komponente na temelju preklapanja kontiga.Konačno, De Bruijn je ovdje primijenjen za prepoznavanje transkripata u komponentama.

mRNA-(De-novo)-Pregled-Trinityja

mRNA (De novo) Pregled Trojstva

2.mRNA (De novo) Distribucija razine ekspresije gena

RNA-Seq može postići vrlo osjetljivu procjenu ekspresije gena.Normalno, detektabilni raspon ekspresije transkripata FPKM kreće se od 10^-2 do 10^6

mRNA-(De-novo)-distribucija-gustoće-FPKM-u-svakom-uzorku

mRNA (De novo) Distribucija gustoće FPKM u svakom uzorku

3.mRNA (De novo) GO obogaćena analiza DEG-ova

GO (Gene Ontology) baza podataka je strukturirani sustav bioloških bilježaka koji sadrži standardni rječnik funkcija gena i genskih proizvoda.Sadrži više razina, pri čemu što je razina niža, to su funkcije specifičnije.

mRNA-(De-novo)-GO-klasifikacija-DEG-a-na-drugoj razini

mRNA (De novo) GO klasifikacija DEG na drugoj razini

BMK slučaj

Transkriptomska analiza metabolizma saharoze tijekom bubrenja i razvoja lukovice luka (Allium cepa L.)

Objavljeno: granice u biljnoj znanosti2016

Strategija sekvenciranja

Illumina HiSeq2500

Zbirka uzoraka

U ovom istraživanju korištena je sorta Utah Yellow Sweet Spain "Y1351".Broj prikupljenih uzoraka bio je
15. dan nakon bubrenja (DAS) lukovice (promjer 2 cm i težina 3–4 g), 30. dan nakon bubrenja (promjer 5 cm i težina 100–110 g) i ~3 dana 40. DAS (promjer 7 cm i 260-300 grama).

Ključni rezultati

1. u Vennovom dijagramu otkriveno je ukupno 146 DEG u sva tri para razvojnih faza
2. "Transport i metabolizam ugljikohidrata" predstavljen je sa samo 585 unigena (tj. 7% označenog COG-a).
3. Unigenes koji su uspješno označeni u GO bazi podataka klasificirani su u tri glavne kategorije za tri različite faze razvoja lukovice.Najzastupljeniji u glavnoj kategoriji “bioloških procesa” bili su “metabolički procesi”, a zatim “stanični procesi”.U glavnoj kategoriji "molekularne funkcije" dvije najzastupljenije kategorije bile su "vezivanje" i "katalitička aktivnost".

PB-full-length-RNA-Sekvenciranje-studija-slučaja

Histogram klasifikacije klastera ortolognih skupina (COG).

Histogram klasifikacije ontologije gena (GO) za unigene dobivene iz lukovica u tri razvojna stadija

Vennov dijagram koji prikazuje gene različito izražene u bilo koja dva stadija razvoja lukovice luka

Referenca

Zhang C, Zhang H, Zhan Z, et al.Transkriptomska analiza metabolizma saharoze tijekom bubrenja i razvoja lukovice u luku (Allium cepa L.) [J].Frontiers in Plant Science, 2016, 7:1425-.DOI: 10.3389/fpls.2016.01425