Pacbio transkriptom pune duljine

PacBio sekvenciranje transkriptoma pune duljine, Isoseq, omogućuje točnu identifikaciju izoformi transkripta, osvjetljavajući alternativnu poliadenilaciju i preradu te dovodeći do točnije analize ekspresije gena. BMKCloud PacBio cjevovod transkriptoma pune duljine dizajniran je za analizu cDNA biblioteka sekvenciranih u načinu kružnog konsenzusnog sekvenciranja (CCS) i identificira nehimerne sekvence pune duljine (FLNC), koje se zatim grupiraju u neredundantne transkripte. Naknadna BUSCO analiza procjenjuje potpunost sastavljanja transkriptoma. Iz sastavljenog transkriptoma provode se višestruke analize: alternativno preradba, jednostavno ponavljanje sekvence (SSR), predviđanje lncRNA i odgovarajućih ciljnih gena, predviđanje novih gena, analiza genske obitelji, analiza transkripcijskih faktora i funkcionalna anotacija transkripata.