De Novo sekvenciranje genoma biljaka/životinja
Prednosti usluge
Razvoj platformi za sekvenciranje i bioinformatika ude novosklapanje genoma
(Amarasinghe SL i sur.,Biologija genoma, 2020.)
● Konstruiranje novih genoma i poboljšanje postojećih referentnih genoma za vrste od interesa.
● Veća točnost, kontinuitet i cjelovitost u montaži
● Izgradnja temeljnih resursa za istraživanje polimorfizma sekvenci, QTL-ova, uređivanja gena, uzgoja itd.
● Opremljen cijelim spektrom platformi za sekvenciranje treće generacije: rješenje za sastavljanje genoma na jednom mjestu
● Fleksibilno sekvenciranje i sastavljanje strategija koje ispunjavaju različite genome s različitim značajkama
● Visoko kvalificiran tim bioinformatičara s velikim iskustvom u složenim sklopovima genoma, uključujući poliploide, divovske genome itd.
● Više od 100 uspješnih slučajeva s ukupnim objavljenim faktorom utjecaja od preko 900
● Vrijeme obrade čak 3 mjeseca za sklapanje genoma na razini kromosoma.
● Solidna tehnička podrška s nizom patenata i softverskih autorskih prava u eksperimentalnoj i bioinformatičkoj strani.
Specifikacije usluge
|
Sadržaj
|
Platforma
|
Čitaj duljinu
|
Pokrivenost
|
| Istraživanje genoma
| Illumina NovaSeq
| PE150
| ≥ 50X
|
| Sekvenciranje genoma
| PacBio Revio
| 15 kb HiFi čitanja
| ≥ 30X
|
| Bok-C
| Illumina NovaSeq
| PE150
| ≥100X
|
Tijek rada
Zahtjevi za uzorke i isporuka
Zahtjevi za uzorke:
| Vrsta | Tkivo | Za PacBio | Za Nanopore |
| Životinje | Visceralni organi (jetra, slezena, itd.) | ≥ 1,0 g | ≥ 3,5 g |
| Mišić | ≥ 1,5 g | ≥ 5,0 g | |
| Krv sisavaca | ≥ 1,5 mL | ≥ 5,0 mL | |
| Krv riba ili ptica | ≥ 0,2 mL | ≥ 0,5 ml | |
| Bilje | Svježi listovi | ≥ 1,5 g | ≥ 5,0 g |
| Latica ili stabljika | ≥ 3,5 g | ≥ 10,0 g | |
| Korijenje ili sjeme | ≥ 7,0 g | ≥ 20,0 g | |
| Stanice | Kultura stanica | ≥ 3×107 | ≥ 1×108 |
Preporučena dostava uzoraka
Spremnik: epruveta za centrifugu od 2 ml (ne preporučuje se limena folija)
Za većinu uzoraka preporučujemo da se ne čuvaju u etanolu.
Označavanje uzoraka: Uzorci moraju biti jasno označeni i identični dostavljenom obrascu s podacima o uzorku.
Pošiljka: Suhi led: Uzorke je potrebno prvo zapakirati u vreće i zakopati u suhi led.
Tijek rada usluge
Dizajn eksperimenta
Dostava uzoraka
ekstrakcija DNK
Izgradnja knjižnice
Sekvenciranje
Analiza podataka
Usluge nakon prodaje
*Ovdje prikazani demo rezultati su iz genoma objavljenih uz Biomarker Technologies
1. Circos na sklop genoma na razini kromosomaG. rotundifoliumNanopore platformom za sekvenciranje
Wang M i sur.,Molekularna biologija i evolucija, 2021
2. Statistika sklopa Weining genoma raži i bilješke
Li G i sur.,Nature Genetics, 2021
3. Predviđanje genaSechium edulegenoma, izveden iz tri metode predviđanja:De novopredviđanje, predviđanje temeljeno na homologiji i predviđanje temeljeno na podacima RNA-Seq
Fu A i sur.,Istraživanje hortikulture, 2021
4. Identifikacija netaknutih dugih završnih ponavljanja u tri genoma pamuka
Wang M i sur.,Molekularna biologija i evolucija, 2021
5.Hi-C toplinska kartaC. acuminatagenom koji prikazuje sve-po-sve interakcije na cijelom genomu.Intenzitet Hi-C interakcija proporcionalan je linearnoj udaljenosti između kontiga.Čista ravna linija na ovoj toplinskoj karti ukazuje na vrlo precizno usidrenje kontiga na kromosomima.(Contig omjer sidrenja: 96,03%)
kang M i sur.,Nature Communications,2021
BMK slučaj
Visokokvalitetni sklop genoma ističe genomske karakteristike raži i agronomski važne gene
Objavljeno: Nature Genetics, 2021
Strategija sekvenciranja:
Sastavljanje genoma: PacBio CLR način rada s bibliotekom od 20 kb (497 Gb, približno 63 ×)
Ispravak sekvence: NGS s bibliotekom DNK od 270 bp (430 Gb, približno 54×) na Illumina platformi
Usidrenje kontiga: Hi-C biblioteka (560 Gb, pribl. 71 ×) na platformi Illumina
Optička karta: (779,55 Gb, cca. 99×) na Bionano Irys
Ključni rezultati
1. Objavljen je skup Weining genoma raži s ukupnom veličinom genoma od 7,74 Gb (98,74% procijenjene veličine genoma protočnom citometrijom).Scaffold N50 ovog sklopa postigao je 1,04 Gb.93,67% kontiga uspješno je usidreno na 7 pseudo-kromosoma.Ovaj sklop je ocijenjen mapom povezivanja, LAI i BUSCO, što je rezultiralo visokim ocjenama u svim ocjenama.
2. Na temelju ovog genoma provedene su daljnje studije o komparativnoj genomici, mapi genetske povezanosti, studijama transkriptomije.Otkriven je niz genomskih značajki povezanih s osobinama, uključujući duplikacije gena na cijelom genomu i njihov utjecaj na gene za biosintezu škroba;fizička organizacija složenih prolaminskih lokusa, značajke ekspresije gena koje leže u osnovi osobine ranog rasta i pretpostavljene kromosomske regije i lokuse povezane s pripitomljavanjem u raži.
 Circosov dijagram genomskih značajki Weining genoma raži |  Evolucijske analize i analize kromosomske sintenije genoma raži |
Li, G., Wang, L., Yang, J.et al.Visokokvalitetni sklop genoma ističe genomske karakteristike raži i agronomski važne gene.Nat Genet 53,574–584 (2021).
https://doi.org/10.1038/s41588-021-00808-z
